Bioinformática: interfaz web para estudiar el efecto de diferentes condiciones sobre la expresión de los genes

El trabajo realizado se divide en dos bloques bien diferenciados, ambos relacionados con el análisis de microarrays. El primer bloque consiste en agrupar las condiciones muestrales de todos los genes en grupos o clústers. Estas agrupaciones se obtienen al aplicar directamente sobre la microarray los siguientes algoritmos de agrupación: SOM,PAM,SOTA,HC y al aplicar sobre la microarray escalada con PC y MDS los siguientes algoritmos: SOM,PAM,SOTA,HC y K-MEANS. El segundo bloque consiste en realizar una búsqueda de genes basada en los intervalos de confianza de cada clúster de la agrupación activa. Las condiciones de búsqueda ajustadas por el usuario se validan para cada clúster respecto el valor basal 0 y respecto el resto de clústers, para estas validaciones se usan los intervalos de confianza. Estos dos bloques se integran en una aplicación web ya existente, el applet PCOPGene, alojada en el servidor: http://revolutionresearch.uab.es.

ERP recursos humanos con ASP.NET 2.0

Implementación de un ERP (Enterprise Resource Planning) orientado al departamento de recursos humanos, que trata de agilizar las funciones de dicho departamento. Se emplea la tecnología ASP.NET 2.02, los datos se almacenan en una base de datos realizada mediante Microsoft Access, y también se utiliza una librería específíca para la generación de ficheros en formato PDF.

Re-opening the black box in societal metabolism: the application of MuSIASEM to water

In this paper we address the complexity of the analysis of water use in relation to the issue of sustainability. In fact, the flows of water in our planet represent a complex reality which can be studied using many different perceptions and narratives referring to different scales and dimensions of analysis. For this reason, a quantitative analysis of water use has to be based on analytical methods that are semantically open: they must be able to define what we mean with the term “water” when crossing different scales of analysis. We propose here a definition of water as a resource that deal with the many services it provides to humans and ecosystems. WE argue that water can fulfil so many of them since the element has many characteristics that allow for the resource to be labelled with different attributes, depending on the end use –such as drinkable. Since the services for humans and the functions for ecosystems associated with water flows are defined on different scales but still interconnected it is necessary to organize our assessment of water use across different hierarchical levels. In order to do so we define how to approach the study of water use in the Societal Metabolism, by proposing the Water Metabolism, tganized in three levels: societal level, ecosystem level and global level. The possible end uses we distinguish for the society are: personal/physiological use, household use, economic use. Organizing the study of “water use” across all these levels increases the usefulness of the quantitative analysis and the possibilities of finding relevant and comparable results. To achieve this result, we adapted a method developed to deal with multi-level, multi-scale analysis - the Multi-Scale Integrated Analysis of Societal and Ecosystem Metabolism (MuSIASEM) approach - to the analysis of water metabolism. In this paper, we discuss the peculiar analytical identity that “water” shows within multi-scale metabolic studies: water represents a flow-element when considering the metabolism of social systems (at a small scale, when describing the water metabolism inside the society) and a fund-element when considering the metabolism o ecosystems (at a larger scale when describing the water metabolism outside the society). The theoretical analysis is illustrated using two case which characterize the metabolic patterns regarding water use of a productive system in Catalonia and a water management policy in Andarax River Basin in Andalusia.

Application of ZnO-Functionalised-Sepiolite in weaning piglet diets

The objective was to evaluate the effect of ZnO-Functionalised-Sepiolite (ZnO-Sepiolite) to fulfil Zn requirements and health status of weaning piglets. Pre-starter Basal Diet (BD, corn– soybean based, from weaning till 14 days on trial) was calculated to provide 27 mg Zn/kg feed from raw materials and had no added ZnO and no antibiotics or organic acids. Treatments during pre-starter period were: 1) BD+90% of NRC Zn requirements completed with ZnO (ZnO90); 2) BD+90% of NRC Zn requirements completed with ZnO-Sepiolite (ZnOS90); 3) BD+3000 mg ZnO/kg of diet (ZnO3000); 4) BD+150 mg added Zn/kg diet from ZnO-Sepiolite (ZnOS150). The starter feed (corn–soybean based, from 14 till 31 days on trial) was common for all piglets, and met 90% NRC Zn requirements by adding ZnO. Diarrhea affected more than 50% of the animals of ZnO90, ZnOS90 and ZnOS150, and 33% of the ZnO3000 animals. Animals from ZnOS90 tended (Pb0.10) to improve Gain to Feed ratio (G:F) compared to animals from ZnO90 (0.830 kg/kg vs. 0.811 kg/kg for G:F). Performance of animals from ZnO3000 was not significantly different from the other treatments, and was numerically similar to animals from ZnOS90. The inclusion of ZnO at 3000 mg/kg of feed in the pre-starter period numerically decreased P in serum at the end of this period, with no effect on Ca level; normal levels were restored after 2 weeks of feeding the same levels of Zn than other animals. Animals fed ZnOSepiolite diets had numerically higher serum Ca than ZnO90 and ZnO3000 at 12 days and higher than ZnO90 at 28 days. Serum Zn levels were significantly higher for ZnO3000 than the other treatments.

Sky Net : sistema de sincronización y control de versiones de documentos on-line

La función de la aplicación Sky Net (un sistema de control de versiones y sincronización de documentos on-line) será la de ofrecer un conjunto de herramientas capaces de establecer una comunicación cliente-servidor de forma transparente utilizando carpetas del disco duro. De esta forma el usuario final podrá tener todos sus documentos guardados en un servidor, poderlos recuperar en el momento que se desee, y tener los mismos documentos en todas las estaciones de trabajo que estén conectadas a la aplicación. Además se le añade una función de control de versiones que permitirá guardar el contenido de una carpeta bajo un identificador (nombre o versión), y poderlo recuperar más adelante aunque ya hayamos hecho modificaciones en los documentos de dicha carpeta. El proyecto se compone de dos aplicaciones: Sky Catcher, la aplicación cliente, y Sky Node, la aplicación servidor.

Aplicación de la ingeniería del software sobre la herramienta MATE : application controller

Este proyecto tiene como objetivo crear y aplicar una metodología a una aplicación llamada MATE que fue creada en en el año 2003 por Anna Sikora para su tesis doctoral. Se trata de dotar el proyecto MATE de las herramientas necesarias para garantizar su evolución. La metodología creada consta de la especificación de un entorno de trabajo y una serie de documentos que detallan los procesos relativos al desarrollo de MATE. Además se han creado algunas nuevas características que hacen de MATE una herramienta más completa y cómoda.

Comparación de datos de expresión génica del servidor local con datos de una base de datos remota

En la presente memoria se detalla con precisión las diversas fases del trabajo para construir una aplicación web en el servidor http://revolutionresearch.uab.es que permite enriquecer los clusters de la microarray del usuario con información biomédica de una base de datos remota. Los clusters de origen estadístico (o no) de la microarray del usuario se enriquecen a partir de cruzar sus genes marcadores con la base de datos de genes marcadores de microarrays (base de datos remota) con clusters basados en información biomédica. La base de datos de genes marcadores de microarrays ha sido obtenida a partir de la base de datos de GEO Profiles del NCBI.

Búsqueda de ancentros comunes entre genomas de diferentes especies

La cerca de similituds entre regions de diferents genomes ofereix molta informació sobre les relaciones entre les especies d’aquest genomes. Es molt útil per a l’estudi de la conservació de gens d’una especia a un altre, de com les propietats d’un gen son assignades a un altre gen o de com es creen variacions en genomes diferents durant l’evolució d’aquestes especies. La finalitat d’aquest projecte es la creació d’una eina per a la cerca d’ancestres comuns de diferents especies basada en la comparació de la conservació entre regions dels genomes d’aquestes especies. Per a una comparació entre genomes mes eficaç una part important del projecte es destinarà a la creació d’una nova unitat de comparació. Aquestes noves unitats seran superestructures basades en agrupació dels MUMs existent per la mateixa comparació que anomenarem superMUMs. La aplicació final estarà disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es

Monitor de servidors JMS

El monitor de servidors JMS és un projecte basat en el disseny i implementacio d'una eina GUI, destinada a programadors i equips de proves que treballin amb la tecnología Java Message Service, multiplataforma i multiservidor, que podrà monitoritzar un nombre variat de servidors JMS des de qualsevol sistema que tingui una màquina virtual de Java instal·lada. L'aplicació té com a principal objectiu visualitzar de forma clara i senzilla l'estat global d'un servidor JMS, mostrant les cues i tòpics creats, juntament amb la possibilitat de realitzar accions sobre les mateixes destinacions (enviament i eliminació de missatges residents al servidor) i la creació de gràfiques sobre el tràfic de missatges.

Design of Novel Frequency Generation Circuit with Application to Ultra-Wideband Distributed Oscillators

Given the urgence of a new paradigm in wireless digital trasmission which should allow for higher bit rate, lower latency and tigher delay constaints, it has been proposed to investigate the fundamental building blocks that at the circuital/device level, will boost the change towards a more efficient network architecture, with high capacity, higher bandwidth and a more satisfactory end user experience. At the core of each transciever, there are inherently analog devices capable of providing the carrier signal, the oscillators. It is strongly believed that many limitations in today's communication protocols, could be relieved by permitting high carrier frequency radio transmission, and having some degree of reconfigurability. This led us to studying distributed oscillator architectures which work in the microwave range and possess wideband tuning capability. As microvave oscillators are essentially nonlinear devices, a full nonlinear analyis, synthesis, and optimization had to be considered for their implementation. Consequently, all the most used nonlinear numerical techniques in commercial EDA software had been reviewed. An application of all the aforementioned techniques has been shown, considering a systems of three coupled oscillator ("triple push" oscillator) in which the stability of the various oscillating modes has been studied. Provided that a certain phase distribution is maintained among the oscillating elements, this topology permits a rise in the output power of the third harmonic; nevertheless due to circuit simmetry, "unwanted" oscillating modes coexist with the intenteded one. Starting with the necessary background on distributed amplification and distributed oscillator theory, the design of a four stage reverse mode distributed voltage controlled oscillator (DVCO) using lumped elments has been presented. All the design steps have been reported and for the first time a method for an optimized design with reduced variations in the output power has been presented. Ongoing work is devoted to model a wideband DVCO and to implement a frequency divider.

Clinical application of differential time to positivity of blood cultures as a diagnostic method for catheter-related bloodstream infection.

La sospita de bacterièmia relacionada a catèter (BRC) necessita la retirada d’aquest, confirmant-se a posteriori només en un 15-25%. La diferencia en el temps de positivització d´ hemocultius (DTP) ha demostrat ser un mètode fiable per el diagnòstic de BRC evitant la retirada del catèter. Amb la intenció de comprovar la utilitat clínica de la DTP, l’hem comparada amb un mètode diagnòstic estàndard. Hem inclòs 133 pacients ingressats a una unitat de cures intensives portadors de catèters venosos centrals. 56 pacients s’han aleatoritzats. No hem trobat diferències significatives en quant a morbi-mortalitat en els 2 grups havent evitat 70% de retirada innecessària de catèters en el grup de DTP.

Gestió de Centres en J2EE

Veurem el desenvolupament del projecte pas a pas, des de l¿estudi dels marcs de treballs més importants que es poden incorporar en projectes J2EE, passant per un anàlisi i disseny acurat, fins arribar a la implementació dels mòduls bàsics que inclouria el sistema de gestió dels centres intentant aprofitar totes les avantatges que ens ofereixen els marcs de treball més adients i tecnologies de darrera generació con AJAX per a fer un sistema flexible i robust capaç d¿assolir totes les necessitats de gestió de la informació dels centres. També veurem com apliquen diversos patrons en aquesta arquitectura client-servidor de tres capes aconseguint, entre altres aspectes, que cada component s¿assigni a una capa a un cert nivell d¿abstracció.

Generació de documents en application/pdf a partir d'una estructura XML

Aquesta memòria vol mostrar que la tecnologia XML és la millor alternativa per a afrontar el repte tecnològic existent en els sistemes d'extracció d'informació de les aplicacions de nova generació. Aquests sistemes, d'una banda, han de garantir la seva independència respecte dels esquemes de les bases de dades dels quals s'alimenten i, de l'altra, han de ser capaços de mostrar la informació en múltiples formats.

Desenvolupament d'una aplicació Android per a Moodle

L'evolució que la tecnologia de les comunicacions sense fils ha experimentat en els darrers anys permet que avui en dia els dispositius mòbils proporcionin una resposta més que acceptable. Ja s'han superat molts dels problemes de mobilitat, d'infraestructura i d'ample de banda que fins ara dificultaven l'ús d'aquests dispositius. Aquest fet ha fomentat l'expansió de diferents sistemes dels que es pot destacar Android, iPhone OS i Windows Mobile/Windows Phone 7. Els dos primers són els que actualment es disputen el lideratge del mercat dels dispositius i aplicacions mòbils i és Android el que ha experimentat el major creixement els darrers anys. Paral·lelament, la constant introducció de programari d'e-learning destinat a activitats de formació no presencial basades en Internet ha permès arribar a milions d'usuaris en diferents àmbits, com ara universitats, empreses i institucions d'arreu del món. D'aquest conjunt de programari destaca Moodle, suite de codi obert que permet crear llocs web de formació en línia de forma senzilla i eficaç.Aquest Projecte de Final de Carrera, emmarcat en l'àrea de Xarxes de Computadors, conjugaaquests tres conceptes mitjançant el desenvolupament d'una aplicació per a dispositius mòbils Android que connecta a un servidor Moodle. La comunicació entre ells utilitza intensivament les xarxes sense fils i fa crides als serveis que aquest ofereix gràcies als Web Services, mètode de comunicacions composat d'un conjunt de protocols i de programari que permet la comunicació entre dos dispositius a través de la xarxa.

Filtrat de Pàgines Web

Aquesta memòria sintetitza el treball de desenvolupament d¿una aplicació per realitzar el filtrat de pàgines web.Els objectius principals del projecte han estat d¿una banda obtenir una aplicació que permeti realitzar el filtrat i de l¿altra aprofitar el projecte per construir un model complet de desenvolupament de programari per a industrialitzar futurs projectes. En quant a la metodologia, s¿ha emprat el cicle de vida RUP de forma incremental en les tres parts de l¿aplicació, (proxy, filtres i log). En la seqüència de quatre fases s¿executen iterativament una sèrie de processos. Pel que fa al producte obtingut, es tracta d¿un servidor proxy, que realitza la funció de filtrat de pàgines web, mitjançant dues utilitats, ¿llista negra¿ d¿adreces i ¿llista negra¿ de continguts, ames de disposar d¿un registre d¿activitat log.