Web 2.0+ educación: colaboración y recursos abiertos

Con la llegada de la web 2.0, ha sido posible para todos los usuarios participar y colaborar en la construcción del conocimiento, además de servir al dominio público gracias al intercambio libre y legal de los contenidos y a su reutilización. Además los recursos educativos abiertos, son un concepto reciente en lo que respecta a la organización del mundo de intercambio de variedad de materiales y herramientas educacionales, e instituciones como la UNESCO están interesadas en el desarrollo de estos, para ser utilizados en una escala tan amplia y global como sea posible. Sin embargo los REA están teniendo algunas dificultades para alcanzar su eficacia, ya que hay algunas diferencias cruciales en la organización y en la interacción de estas redes abiertas. Este artículo intenta realizar un análisis del intercambio libre y legal de los contenidos y su reutilización utilizadas como apoyo para el aprendizaje en diferentes espacios en línea, aprovechando las posibilidades tecnológicas que permiten conformar nuevas estructuras de socialización-colaboración en línea.

Un núvol més accessible

Treball fi de carrera d'accessibilitat web. Anàlisi i conclusions de 20 pàgines avaluades amb wcag 1.0 i wcag 2.0.

Estudio de la accesibilidad web en la Universitat Oberta de Catalunya

En la relación de la UOC con sus alumnos a través de un medio electrónico, hay que tener en cuenta algunas variables que pueden llegar a ser, y de hecho son, una barrera infranqueable en el acceso al contenido de los sitios web. Este trabajo describe estas barreras y los medios para evitarlas a través de un análisis del diseño del site UOC teniendo en cuenta en todo momento las normas WCAG 1.0 y WCAG 2.0.

Trabajo final de carrera : accesibilidad web

Evaluación manual de 10 páginas web siguiendo la pautas WCAG 1.0 y WCAG 2.0.

Evaluación de accesibilidad web en upc.edu

Evaluación de la accesibilidad Web de 10 páginas del sitio www.upc.edu siguiendo las pautas para niveles de conformidad en WCAG 1.0 y WCAG 2.0 de acuerdo a la Metodología Unificada de Evaluación Web (UWEM 1.0).

O2 : Estudi d'accessibilitat del repositori documental de la UOC

Els repositoris de documents són una font important d'informació per a in­vestigadors, universitaris, docents, i per qualsevol persona que vulgui ac­cedir a informació contrastada sobre qualsevol temàtica. És important que aquesta informació sigui accessible a tothom, i gràcies a Internet s'ha trobat el mitjà vehicular perquè això sigui possible. Ara bé, un cop tenim el mitjà per arribar-­hi, cal que el destí, els programaris contenidors dels repositoris, també siguin accessibles. Amb aquest propòsit, aquest treball recull la informació recaptada de l'avaluació d'una mostra de pàgines del repositori de la UOC. Aquesta avaluació s'ha fet seguint les directrius marcades per la W3C (World Wide Web Consortium), mitjançant el seu grup de treball WAI (Web Accessibility Initiative) i amb la versió 2.0 del recull de directrius WCAG (Web Content Accessibility Guidelines).

Accessibilitat web : un estudi sobre el Repositori O2 de la UOC

Són objectius d'aquest Treball Final de Carrera, en primer lloc, avaluar l'accessibilitat del programari de codi lliure Dspace que utilitza la UOC per gestionar les seves publicacions digitals. En segon lloc, avaluar l'accessibilitat de cinc planes web del Repositori Institucional O2 de la UOC, a les quals s'aplicaran les directrius WCAG 1.0 i WCAG 2.0, amb l'ajut de cinc eines d'avaluació automàtica.

Accessibilitat web : revisió d'accessibilitat del repositori documental de la UOC, Dspace

Aquest treball fi de carrera tracta sobre les normes d'accessibilitat WCAG 2.0 ("Web Content Accessibility Guidelines"). Són una sèrie de pautes i recomanacions per fer el contingut web més accessible, sobretot a una gamma més àmplia de persones amb discapacitat, com ceguesa i baixa visió, sordesa i la pèrdua d'audició, problemes d'aprenentatge, limitacions cognitives, limitacions de moviments, problemes de parla, fotosensibilitat i combinacions d'aquestes. Seguint aquestes directrius també fan sovint el contingut del seu web més usable per als usuaris en general.Les WCAG 2.0, recomanació oficial des del 11 de desembre de 2008, s'organitzen en 4 principis fonamentals per a l'accessibilitat del contingut: perceptible, operable, comprensible i robust.En total conformen 12 pautes o directrius (guidelines), els dos primers principis tenen quatre pautes associades, el tercer té tres i l'últim una pauta. Aquestes pautes proporcionen els objectius bàsics per fer el contingut accessible, i serveixen per comprendre els criteris d'èxit i implementar-los. S'han definit 60 criteris d'èxit o punts de comprovació que defineixen el nivell d'accessibilitat (A, AA o AAA).Per altra banda, s'analitzaran alternatives al programari que empra la UOC, Dspace, com a repositori de documentació. D'aquestes alternatives es valorarà sobretot l'aspecte d'accessibilitat per tal de determinar si l'elecció del Dspace ha estat l'opció més adient. També es s'analitzaran algunes planes del repositori de la UOC per tal de verificar el nivell de compliment de de les WCAG 2.0.Al mateix temps es farà una recerca d'eines que ens puguin ajudar en l'avaluació de l'accessibilitat i s'anomenaran en els punts que ens puguin ajudar cadascuna d'aquestes.

WCAG, els repositoris de documents i la UOC

L'objectiu del present document de Treball de Final de Carrera consisteix en l'anàlisi automàtic de cinc pàgines del repositori de documents de la UOC, i l'anàlisi dels diferents repositoris de documents existents al mercat, tot comparant-los amb el Dspace, que és el repositori que actualment utilitza la UOC. Per realitzar l'anàlisi primer s'ha fet una cerca per trobar les eines de revisió automàtica existents al mercat. Desprès d'analitzar-les, s'han escollit les cinc millors i s'han utilitzat per analitzar el compliment de les pautes d'accessibilitat de les normes WCAG 1.0 i 2.0 Posteriorment s'ha fet una cerca per trobar els diferents repositoris de documents que actualment existeixen, per escollir els tres millors, i després, utilitzant l'eina TAW de revisió automàtica de la normativa WCAG 1.0 i 2.0, s'ha fet una comparativa de com implementen aquest repositoris l'accessibilitat web. Com a conclusió, és pot afirmar que la UOC està utilitzant el millor repositori de documents que existeix a l'actualitat, Dspace, aquest repositori és també el més utilitzat a nivell mundial. La implementació que ha realitzat la UOC del Dspace, tenint en compte l'accessibilitat, és correcte, encara que és pot millorar. Com també és poden millorar les eines de validació automàtiques, ja que els resultats que obtenen analitzant les mateixes pàgines són molt diferents.

SelenoDB 1.0 : a database of selenoprotein genes, proteins and SECIS elements

Selenoproteins are a diverse group of proteinsusually misidentified and misannotated in sequencedatabases. The presence of an in-frame UGA (stop)codon in the coding sequence of selenoproteingenes precludes their identification and correctannotation. The in-frame UGA codons are recodedto cotranslationally incorporate selenocysteine,a rare selenium-containing amino acid. The developmentof ad hoc experimental and, more recently,computational approaches have allowed the efficientidentification and characterization of theselenoproteomes of a growing number of species.Today, dozens of selenoprotein families have beendescribed and more are being discovered in recentlysequenced species, but the correct genomic annotationis not available for the majority of thesegenes. SelenoDB is a long-term project that aims toprovide, through the collaborative effort of experimentaland computational researchers, automaticand manually curated annotations of selenoproteingenes, proteins and SECIS elements. Version 1.0 ofthe database includes an initial set of eukaryoticgenomic annotations, with special emphasis on thehuman selenoproteome, for immediate inspectionby selenium researchers or incorporation into moregeneral databases. SelenoDB is freely available athttp://www.selenodb.org.

A short motif in Drosophila SECIS Binding Protein 2 provides differential binding affinity to SECIS RNA hairpins

Selenoproteins contain the amino acid selenocysteine which is encoded by a UGA Sec codon. Recoding UGA Sec requires a complex mechanism, comprising the cis-acting SECIS RNA hairpin in the 3′UTR of selenoprotein mRNAs, and trans-acting factors. Among these, the SECIS Binding Protein 2 (SBP2) is central to the mechanism. SBP2 has been so far functionally characterized only in rats and humans. In this work, we report the characterization of the Drosophila melanogaster SBP2 (dSBP2). Despite its shorter length, it retained the same selenoprotein synthesis-promoting capabilities as the mammalian counterpart. However, a major difference resides in the SECIS recognition pattern: while human SBP2 (hSBP2) binds the distinct form 1 and 2 SECIS RNAs with similar affinities, dSBP2 exhibits high affinity toward form 2 only. In addition, we report the identification of a K (lysine)-rich domain in all SBP2s, essential for SECIS and 60S ribosomal subunit binding, differing from the well-characterized L7Ae RNA-binding domain. Swapping only five amino acids between dSBP2 and hSBP2 in the K-rich domain conferred reversed SECIS-binding properties to the proteins, thus unveiling an important sequence for form 1 binding.

FGF signaling controls caudal hindbrain specification through Ras-ERK1/2 pathway

Background: During early steps of embryonic development the hindbrain undergoes a regionalization process along the anterior-posterior (AP) axis that leads to a metameric organization in a series of rhombomeres (r). Refinement of the AP identities within the hindbrain requires the establishment of local signaling centers, which emit signals that pattern territories in their vicinity. Previous results demonstrated that the transcription factor vHnf1 confers caudal identity to the hindbrain inducing Krox20 in r5 and MafB/Kreisler in r5 and r6, through FGF signaling [1].Results: We show that in the chick hindbrain, Fgf3 is transcriptionally activated as early as 30 min after mvHnf1 electroporation, suggesting that it is a direct target of this transcription factor. We also analyzed the expression profiles of FGF activity readouts, such as MKP3 and Pea3, and showed that both are expressed within the hindbrain at early stages of embryonic development. In addition, MKP3 is induced upon overexpression of mFgf3 or mvHnf1 in the hindbrain, confirming vHnf1 is upstream FGF signaling. Finally, we addressed the question of which of the FGF-responding intracellular pathways were active and involved in the regulation of Krox20 and MafB in the hindbrain. While Ras-ERK1/2 activity is necessary for MKP3, Krox20 and MafB induction, PI3K-Akt is not involved in that process.Conclusion: Based on these observations we propose that vHnf1 acts directly through FGF3, and promotes caudal hindbrain identity by activating MafB and Krox20 via the Ras-ERK1/2 intracellular pathway.

OSIRISv1.2: a named entity recognition system for sequence variants of genes in biomedical literature

Background: Single Nucleotide Polymorphisms, among other type of sequence variants, constitute key elements in genetic epidemiology and pharmacogenomics. While sequence data about genetic variation is found at databases such as dbSNP, clues about the functional and phenotypic consequences of the variations are generally found in biomedical literature. The identification of the relevant documents and the extraction of the information from them are hampered by the large size of literature databases and the lack of widely accepted standard notation for biomedical entities. Thus, automatic systems for the identification of citations of allelic variants of genes in biomedical texts are required. Results: Our group has previously reported the development of OSIRIS, a system aimed at the retrieval of literature about allelic variants of genes http://ibi.imim.es/osirisform.html. Here we describe the development of a new version of OSIRIS (OSIRISv1.2, http://ibi.imim.es/OSIRISv1.2.html webcite) which incorporates a new entity recognition module and is built on top of a local mirror of the MEDLINE collection and HgenetInfoDB: a database that collects data on human gene sequence variations. The new entity recognition module is based on a pattern-based search algorithm for the identification of variation terms in the texts and their mapping to dbSNP identifiers. The performance of OSIRISv1.2 was evaluated on a manually annotated corpus, resulting in 99% precision, 82% recall, and an F-score of 0.89. As an example, the application of the system for collecting literature citations for the allelic variants of genes related to the diseases intracranial aneurysm and breast cancer is presented. Conclusion: OSIRISv1.2 can be used to link literature references to dbSNP database entries with high accuracy, and therefore is suitable for collecting current knowledge on gene sequence variations and supporting the functional annotation of variation databases. The application of OSIRISv1.2 in combination with controlled vocabularies like MeSH provides a way to identify associations of biomedical interest, such as those that relate SNPs with diseases.

Analysis of meiotic recombination in 22q11.2, a region that frequently undergoes deletions and duplications

Background: The 22q11.2 deletion syndrome is the most frequent genomic disorder with an estimated frequency of 1/4000 live births. The majority of patients (90%) have the same deletion of 3 Mb (Typically Deleted Region, TDR) that results from aberrant recombination at meiosis between region specific low-copy repeats (LCRs). Methods: As a first step towards the characterization of recombination rates and breakpoints within the 22q11.2 region we have constructed a high resolution recombination breakpoint map based on pedigree analysis and a population-based historical recombination map based on LD analysis. Results: Our pedigree map allows the location of recombination breakpoints with a high resolution (potential recombination hotspots), and this approach has led to the identification of 5 breakpoint segments of 50 kb or less (8.6 kb the smallest), that coincide with historical hotspots. It has been suggested that aberrant recombination leading to deletion (and duplication) is caused by low rates of Allelic Homologous Recombination (AHR) within the affected region. However, recombination rate estimates for 22q11.2 region show that neither average recombination rates in the 22q11.2 region or within LCR22-2 (the LCR implicated in most deletions and duplications), are significantly below chromosome 22 averages. Furthermore, LCR22-2, the repeat most frequently implicated in rearrangements, is also the LCR22 with the highest levels of AHR. In addition, we find recombination events in the 22q11.2 region to cluster within families. Within this context, the same chromosome recombines twice in one family; first by AHR and in the next generation by NAHR resulting in an individual affected with the del22q11.2 syndrome. Conclusion: We show in the context of a first high resolution pedigree map of the 22q11.2 region that NAHR within LCR22 leading to duplications and deletions cannot be explained exclusively under a hypothesis of low AHR rates. In addition, we find that AHR recombination events cluster within families. If normal and aberrant recombination are mechanistically related, the fact that LCR22s undergo frequent AHR and that we find familial differences in recombination rates within the 22q11.2 region would have obvious health-related implications.