Practical applications of quantum molecular similarity measures (QMSM): programs and examples

Es descriu l'aproximació de Capes Atòmiques dins de la teoria de la Semblança Molecular Quàntica. Partint només de dades teòriques, s'ha trobat una relació entre estructura molecular i activitat biològica per a diversos conjunts de molècules. Es descriuen els aspectes teòrics de la Semblança Molecular Quàntica i alguns exemples d'aplicació

Descripció de propietats moleculars i activitats biològiques emprant l'energia de repulsió electró-electró

En aquest treball es descriu l'ús de les mesures de semblança molecular quàntica (MSMQ) per a caracteritzar propietats i activitats biològiques moleculars, i definir descriptors emprables per a construir models QSAR i QSPR. L'estudi que es presenta consisteix en la continuació d'un treball recent, on es descrivien relacions entre el paràmetre log P i MSMQ, donant així una alternativa a aquest parimetre hidrofòbic empíric. L'actual contribució presenta una nova mesura, capaç d'estendre l'ús de les MSMQ, que consisteix en l'energia de repulsió electró-electró (Vee). Aquest valor, disponible normalment a partir de programari de química quàntica, considera la molècula com una sola entitat, i no cal recórrer a l'ús decontribucions de fragments. La metodologia s'ha aplicat a cinc tipus diferents de compostos on diferents propietats moleculars i activitats biològiques s'han correlacionat amb Vee com a únic descriptor molecular. En tots els casos estudiats, s'han obtingut correlacions satisfactòries.

Theoretical study of the second-order vibrational Stark effect

The behaviour of the harmonic infrared frequency of diatomic molecules subjected to moderate static uniform electric fields is analysed. The potential energy expression has been developed as a function of a static uniform electric field, which brings about a formulation describing the frequency versus field strength curve. With the help of the first and second derivatives of the expressions obtained, which correspond to the first- and second-order Stark effects, it was possible to find the maxima of the frequency versus field strength curves for a series of molecules using a Newton-Raphson search. A method is proposed which requires only the calculation of a few energy derivatives at a particular value of the field strength. At the same time, the expression for the dependence of the interatomic distance on the electric field strength is derived and the minimum of this curve is found for the same species. Derived expressions and numerical results are discussed and compared with other studi

Does Warfare Matter? Severity, Duration, and Outcomes of Civil Wars

Importa si una guerra civil es combat com un conflicte irregular, convencional o simètric no convencional? En altres paraules, tenen les “tecnologies de la rebel·lió” un impacte sobre la gravetat d’una guerra, la seva durada o el seu resultat? Aquest treball mostra que els conflictes irregulars duren més que els altres tipus de conflicte, mentre els convencionals tendeixen a ser més greus en termes de letalitat al camp de batalla. D’altra banda, els conflictes irregulars tendeixen a ser guanyats pels governs, mentre els altres són més propensos a acabar en empat. Substancialment, aquests resultats ens ajuden a donar sentit a l’evolució de les guerres civils, les quals tendeixen a ser més curtes, més intenses i més difícils per als governs. Teòricament, aquests resultats donen suport a la importància de la tecnologia de rebel·lió a l’estudiar la gravetat, la durada i els resultats de les guerres civils; a més, contribueixen a una millor comprensió de la contribució històrica de la guerra irregular a la construcció de l’Estat i al canvi social.

Dímero-D y resultados clínicos a corto plazo en el embolismo pulmonar: papel del tamaño del coágulo en la arteria pulmonar

Introducció: Existeixen factors pronòstics en el embolisme pulmonar (EP) que influeixen en la gravetat del mateix i és necessari estudiar-los. -Objectiu: comparar nivells de dímer-D amb la grandària del coàgul en l'artèria pulmonar en pacients amb EP. -Material i mètodes: Cohorts retrospectiu en pacients amb EP simptomàtic entre 2008-2010 en un hospital comarcal. -Resultats: Els nivells de dímer-D van ser de 4068±2764 ng/ml. En el 46,9% el coàgul es va situar centralment, en el 31,3% va ser segmentari i en el 21,9% va ser subsegmentari. -Conclusió: Alts nivells de dímer-D semblen relacionats amb una localització més proximal del coàgul en l'artèria pulmonar, però no es va poder establir cap relació estadísticament significativa.

Ab initio absorption spectrum of NiO combining molecular dynamics with the embedded cluster approach in a discrete reaction field

We developed a procedure that combines three complementary computational methodologies to improve the theoretical description of the electronic structure of nickel oxide. The starting point is a Car-Parrinello molecular dynamics simulation to incorporate vibrorotational degrees of freedom into the material model. By means ofcomplete active space self-consistent field second-order perturbation theory (CASPT2) calculations on embedded clusters extracted from the resulting trajectory, we describe localized spectroscopic phenomena on NiO with an efficient treatment of electron correlation. The inclusion of thermal motion into the theoretical description allowsus to study electronic transitions that, otherwise, would be dipole forbidden in the ideal structure and results in a natural reproduction of the band broadening. Moreover, we improved the embedded cluster model by incorporating self-consistently at the complete active space self-consistent field (CASSCF) level a discrete (or direct) reaction field (DRF) in the cluster surroundings. The DRF approach offers an efficient treatment ofelectric response effects of the crystalline embedding to the electronic transitions localized in the cluster. We offer accurate theoretical estimates of the absorption spectrum and the density of states around the Fermi level of NiO, and a comprehensive explanation of the source of the broadening and the relaxation of the charge transferstates due to the adaptation of the environment

Comportament dinàmic de biomarcadors com a factors pronòstics de supervivència en la sèpsia greu i xoc sèptic.

La sèpsia greu i el xoc sèptic constitueixen una de les principals causes de mort en les unitats de cures intensives. Els biomarcadors són elements importants per al diagnòstic i seguiment, i intenten ser marcadors pronòstics de la gravetat i mortalitat. En aquest treball s’analitza en una cohort de pacients la dinàmica de paràmetres i biomarcadors com la febre, leucòcits, proteïna C reactiva, saturació venosa central d’oxigen, lactat i procalcitonina d’una forma seqüencial i sistemàtica durant les primeres hores de la sèpsia amb l’objectiu d’avaluar el seu poder discriminatiu en quant a pronòstic de supervivència.

Effective atomic orbitals for fuzzy atoms

The method of extracting effective atomic orbitals and effective minimal basis sets from molecular wave function characterizing the state of an atom in a molecule is developed in the framework of the "fuzzy" atoms. In all cases studied, there were as many effective orbitals that have considerable occupation numbers as orbitals in the classical minimal basis. That is considered to be of high conceptual importance

La Investigació farmacèutica i les seves dues realitats : malària vs. hipertensió

El món està mal repartit, això és evident. La qüestió és: fins a quin punt? El treball que segueix a continuació pretén estudiar aquest mal repartiment a través d'un àmbit concret: el de la indústria farmacèutica.Els recursos per a la investigació farmacèutica sovint es destinen a finalitats que estan lluny d'aconseguir benestar pel màxim nombre de persones possible. En canvi, es destinen allà on hi ha més possibilitat d'obtenir uns elevats rendiments econòmics. Malgrat no haver-hi dades concretes que evidenciïn aquest fet, sí que n'hi ha d'indirectes que ens ajudaran a esbrinar-ho.En l'estudi es posa en evidència les enormes discriminacions que pateixen diferents tipus de malalties, així com també algunes solucions que permetrien arreglar el problema, però que no es duen a terme. A més, ens endinsem en el món de la indústria farmacèutica a partir de dos països i dues malalties que mostren de primera mà la situació de la indústria farmacèutica mundial.

Estudio de las complicaciones infecciosas asociadas a la biopsia hepática en el trasplante hepático ortotópico

Analizamos un total de 669 biopsias hepáticas (557 percutáneas y 92 transyugulares) realizadas en 286 pacientes receptores de trasplante hepático con la intención de identificar factores de riesgo para el desarrollo de complicaciones infecciosas en relación a la biopsia hepática. Identificamos un total de 25 complicaciones en 24 pacientes (incidencia global de 3,7%). De ellas, 14 correspondieron a complicaciones infecciosas (2,09%). El principal factor de riesgo en nuestra serie fue el hecho de que los pacientes se encontrasen hospitalizados en el momento del procedimiento, reflejo de la mayor gravedad de esta población. Dentro de la población nosocomial, obtuvimos diferencias estadísticamente significativas en relación a los niveles de albúmina, con un riesgo estimado 3,7 veces mayor de desarrollar una infección en aquellos pacientes con niveles inferiores a 2,4 mg/dL.

Alteracions de l’excitabilitat cortico-espinal en pacients amb dany axonal difús d’origen traumàtic

Aquest treball ha estat dirigit a investigar les característiques de l’excitabilitat cortical del sistema motor en el dany axonal difús (DAD), conseqüència d’un Traumatisme Cranioencefàlic greu (TCE). Hem aplicat diversos paradigmes d'estimulació magnètica transcranial (TMS) de polsos simples, sobre l'escorça motora, per avaluar l'excitabilitat cortical i els mecanismes excitatoris i inhibitoris. Els paràmetres inclouen el llindar motor en repòs (MT), l’àrea sota la corba dels potencials motors evocats compostos (MEP), corbes d’estímul resposta, la variabilitat dels MEPs i la durada del període de silenci (SP). El grup de pacients en general va mostrar un MT més alt que els pacients, àrees dels MEPs més petites, i menor increment en les corbes en comparació amb els controls normals (p <0,05). Les alteracions en l'excitabilitat van ser significativament més pronunciades amb l'augment de la gravetat del DAD (p <0,005) i la presència de deteriorament motor (p <0,05), mentre que la coexistència de lesions focals no va afectar el grau dels canvis del MEPs. La variabilitat dels MEPs va ser significativament menor en el grup que presentava sols dèficit motor (P<0,05). La inhibició cortical, segons mostrava la durada del SP, no va mostrar diferències significatives en cap dels grups de pacients. En conclusió, les nostres troballes reforcen el concepte de que l’alteració dels fenòmens excitatoris i inhibitoris en l'escorça motora no son processos paral•lels, i aporten informació sobre els diferents patrons d’alteració en el DAD. A més, aquestes dades suggereixen que les alteracions en els mecanismes excitatoris corticoespinals es determinen principalment per la gravetat del DAD i mostren una relació significativa amb l’afectació clínica en relació a la funció motora després d'un TCE greu que afecta difusament les connexions corticals del sistema motor. Des d'un punt de vista clínic, aquest estudi indica que la neurofisiologia hauria de ser considerada com una exploració complementaria a l’exploració neurològica en el TCE greu.

Basis set effects on the energy and hardness profiles of the hydrogen fluoride dimer

In earlier work, the present authors have shown that hardness profiles are less dependent on the level of calculation than energy profiles for potential energy surfaces (PESs) having pathological behaviors. At variance with energy profiles, hardness profiles always show the correct number of stationary points. This characteristic has been used to indicate the existence of spurious stationary points on the PESs. In the present work, we apply this methodology to the hydrogen fluoride dimer, a classical difficult case for the density functional theory methods

Microstructure and secondary phases in coevaporated CuInS2 films: Dependence on growth temperature and chemical composition

The microstructure of CuInS2-(CIS2) polycrystalline films deposited onto Mo-coated glass has been analyzed by Raman scattering, Auger electron spectroscopy (AES), transmission electron microscopy, and x-ray diffraction techniques. Samples were obtained by a coevaporation procedure that allows different Cu-to-In composition ratios (from Cu-rich to Cu-poor films). Films were grown at different temperatures between 370 and 520-°C. The combination of micro-Raman and AES techniques onto Ar+-sputtered samples has allowed us to identify the main secondary phases from Cu-poor films such as CuIn5S8 (at the central region of the layer) and MoS2 (at the CIS2/Mo interface). For Cu-rich films, secondary phases are CuS at the surface of as-grown layers and MoS2 at the CIS2/Mo interface. The lower intensity of the MoS2 modes from the Raman spectra measured at these samples suggests excess Cu to inhibit MoS2 interface formation. Decreasing the temperature of deposition to 420-°C leads to an inhibition in observing these secondary phases. This inhibition is also accompanied by a significant broadening and blueshift of the main A1 Raman mode from CIS2, as well as by an increase in the contribution of an additional mode at about 305 cm-1. The experimental data suggest that these effects are related to a decrease in structural quality of the CIS2 films obtained under low-temperature deposition conditions, which are likely connected to the inhibition in the measured spectra of secondary-phase vibrational modes.

The role of energy correlations on Coulomb suppression in ballistic conductors contacted to degenerate reservoirs

Coulomb suppression of shot noise in a ballistic diode connected to degenerate ideal contacts is analyzed in terms of the correlations taking place between current fluctuations due to carriers injected with different energies. By using Monte Carlo simulations we show that at low frequencies the origin of Coulomb suppression can be traced back to the negative correlations existing between electrons injected with an energy close to that of the potential barrier present in the diode active region and all other carriers injected with higher energies. Correlations between electrons with energy above the potential barrier with the rest of electrons are found to influence significantly the spectra at high frequency in the cutoff region.