Identifying protein-coding genes in genomic sequences

The vast majority of the biology of a newly sequenced genome is inferred from the set of encoded proteins. Predicting this set is therefore invariably the first step after the completion of the genome DNA sequence. Here we review the main computational pipelines used to generate the human reference protein-coding gene sets.

Unemployment in an estimated new Keynesian model

We reformulate the Smets-Wouters (2007) framework by embedding the theory of unemployment proposed in Galí (2011a,b). Weestimate the resulting model using postwar U.S. data, while treatingthe unemployment rate as an additional observable variable. Our approach overcomes the lack of identification of wage markup and laborsupply shocks highlighted by Chari, Kehoe and McGrattan (2008) intheir criticism of New Keynesian models, and allows us to estimate a"correct" measure of the output gap. In addition, the estimated modelcan be used to analyze the sources of unemployment fluctuations.

The contributions of rare objects in correspondence analysis

Correspondence analysis, when used to visualize relationships in a table of counts(for example, abundance data in ecology), has been frequently criticized as being too sensitiveto objects (for example, species) that occur with very low frequency or in very few samples. Inthis statistical report we show that this criticism is generally unfounded. We demonstrate this inseveral data sets by calculating the actual contributions of rare objects to the results ofcorrespondence analysis and canonical correspondence analysis, both to the determination ofthe principal axes and to the chi-square distance. It is a fact that rare objects are oftenpositioned as outliers in correspondence analysis maps, which gives the impression that theyare highly influential, but their low weight offsets their distant positions and reduces their effecton the results. An alternative scaling of the correspondence analysis solution, the contributionbiplot, is proposed as a way of mapping the results in order to avoid the problem of outlying andlow contributing rare objects.

Constant interest rate projections without the curse of indeterminacy

Constant interest rate (CIR) projections are often criticized on the grounds that they are inconsistent with the existence of a unique equilibrium in a variety of forward-looking models. This note shows howto construct CIR projections that are not subject to that criticism, using a standard New Keynesian model as a reference framework.

Adaptive dynamics and the implementation problem with complete information

This paper studies the equilibrating process of several implementationmechanisms using naive adaptive dynamics. We show that the dynamics convergeand are stable, for the canonical mechanism of implementation in Nash equilibrium.In this way we cast some doubt on the criticism of ``complexity'' commonlyused against this mechanism. For mechanisms that use more refined equilibrium concepts,the dynamics converge but are not stable. Some papers in the literatureon implementation with refined equilibrium concepts have claimed that themechanisms they propose are ``simple'' and implement ``everything'' (incontrast with the canonical mechanism). The fact that some of these ``simple''mechanisms have unstable equilibria suggests that these statements shouldbe interpreted with some caution.

Censura gubernativa, Iglesia e inquisición en el siglo XVIII

Government censorship in Eighteenth Century Spain was another means of the Spanish Enlightenment policy. Until mid-century both powers of Church and State were balanced, from Charles III’s reign on the censorship of the Consejo de Castilla tried to control and restrict not only the traditional power of the Inquisition, but also the intellectual output of the country, either ideological -criticism on the Crown’s policy- or cultural-publishing religious Works. It is important to notice that many members of the elergy collaborated with the State in that task; and also that, after the French Revolution, the Inquisition regained its previous role. In the last decade of the Seventeenth century the irreconcilable clash between the advocates and the critics of the Inquisition became evident

Francesc Fontanella, le poète alchimiste baroque

Deux vers saisissants. Un homme qui s’arrête quelques instants à la croisée décisive des chemins. Voici en quelques mots le résumé d’un passé traumatisant qu’il faut abolir, d’un présent fugace et douloureux, d’un avenir inconnu et menaçant

Vicent Garcia, poeta europeu

Si hi ha un període postmedieval similar al nostre d’avui en la història literària catalana en el qual els nostres escriptors -trencant radicalment amb una tradició ja obsoleta (com era la del cinc-cents en la seva major part)- es posen a l’alçada dels corrents literaris europeus, aquest és el període barroc (cf. Rossich 1984 ). El text que em proposo analitzar i comparar il·lustra perfectament aquesta circumstància

Materiales para una edición crítica de las Novelas ejemplares

El artículo realiza un repaso sobre las alternativas teóricas y pragmáticas para una edición crítica de las Novelas ejemplares de Cervantes y a partir de los desarrollos más actuales de la bibliografía material se centra en varios lugares críticos del texto comentados por la tradición editorial de las Novelas.

Who are Cerverí's worst enemies?

Those who heard the piece sung at the royal court of Aragon, where it was composed, were more than likely familiar with its author, the troubadour Cerverí de Girona, one of the most significant poets of the time. If later readers knew the poem from a compilation similar to the only chansonnier that has preserved it until present times, they would have had access to at least one hundred and three other pieces by the same troubadour, which give useful clues to understand this self-referential piece

Notes sobre la tradició textual del Llibre dels àngels de Francesc Eiximenis

L’edició completa de les obres de Francesc Eiximenis és una empresa filològica que presenta dificultats objectives, no només perquè les obres tenen un pes material més que considerable, sinó també per la gran quantitat de testimonis manuscrits i impresos que cal col·lacionar. Amb l’objectiu d’ajudar a superar aquestes dificultats, ja fa alguns anys que l’Institut de Llengua i Cultura Catalanes de la Universitat de Girona ha emprès la publicació de les Obres de Francesc Eiximenis, i avui afortunadament podem afirmar que les obres d’Eiximenis, especialment les inèdites, ja tenen equips de treball que s’ocupen de la preparació de les edicions corresponents. Paral·lelament, i en la mateixa línia de treball, s’ha iniciat una nova descripció integral dels testimonis manuscrits i impresos de Francesc Eiximenis, els primers resultats de la qual es podran consultar en línia ben aviat. En el marc que acabo de descriure fa temps que un equip treballa en l’edició crítica del Llibre dels àngels (en endavant LA), escrit a València el 1392

Borges: fervor de Dante

Ya son más de una docena los estudios dedicados a la asimilación de Dante en la obra de Borges, pero la dispersión bibliográfica y la carencia de una edición crítica de los textos borgesianos pueden suponer un obstáculo serio para quien pretenda estudiar este aspecto de forma sistemática. Por ello, en este artículo se ofrece una síntesis de los problemas que entraña la presencia de Dante en Borges (cronología de su presencia, tendencias de la crítica y significado de Dante en la poética del escritor argentino). También se ofrece un corpus, ordenado y completo, de las menciones de Dante en las narraciones, ensayos y poemas del bonaerense, que incluye los ensayos que este dedicó a la Comedia, los recuerdos autobiográficos que le conciernen, las menciones generales y precisas, y los comentaristas de Dante que citó a lo largo de sus textos

Experiència dels cuidadors i les cuidadores principals informals que tenen cura d'un familiar vell amb demència des de fa més de quatre anys

El treball que es presenta vol respondre la pregunta de quina és l’experiència dels cuidadors i les cuidadores principals informals que tenen cura d’un familiar vell amb demència des de fa més de 4 anys. Després de plantejar les hipòtesis de partida, es defineixen els objectius generals i específics i s’expliquen l’interès, la justificació, la rellevància i l’aportació d’aquest estudi. En l’apartat corresponent a l’estat de la qüestió i la fonamentació conceptual, després de fer una revisió bibliogràfica, es descriuen els elements que formen part d’aquesta temàtica: perfils dels receptors de cures i de les cuidadores, significat de tenir cura, vida quotidiana i qualitat de vida i descripció del model conceptual de Virginia Henderson. En el capítol següent s’exposen la metodologia, el paradigma i el mètode d’investigació utilitzats en aquest treball, així com les matrius d’anàlisi del contingut i del discurs. A partir d’aquí s’exposen els resultats en funció dels objectius plantejats. En la discussió, s’analitzen i s’interpreten les dades obtingudes i es contraposen amb altres estudis, a més de fer-se una reflexió personal sobre els aprenentatges adquirits i una proposta de línies de treball futures. A continuació s’exposen unes conclusions per resumir la informació obtinguda. En la secció de referències bibliogràfiques es detallen les fonts consultades, i en els annexos hi consten els models d’entrevista i de matriu per a l’anàlisi de dades, el full de consentiment informat, així com el buidatge i l’anàlisi de les entrevistes.

Super-resolution of remotely sensed images with variable-pixel linear reconstruction

This paper describes the development and applications of a super-resolution method, known as Super-Resolution Variable-Pixel Linear Reconstruction. The algorithm works combining different lower resolution images in order to obtain, as a result, a higher resolution image. We show that it can make significant spatial resolution improvements to satellite images of the Earth¿s surface allowing recognition of objects with size approaching the limiting spatial resolution of the lower resolution images. The algorithm is based on the Variable-Pixel Linear Reconstruction algorithm developed by Fruchter and Hook, a well-known method in astronomy but never used for Earth remote sensing purposes. The algorithm preserves photometry, can weight input images according to the statistical significance of each pixel, and removes the effect of geometric distortion on both image shape and photometry. In this paper, we describe its development for remote sensing purposes, show the usefulness of the algorithm working with images as different to the astronomical images as the remote sensing ones, and show applications to: 1) a set of simulated multispectral images obtained from a real Quickbird image; and 2) a set of multispectral real Landsat Enhanced Thematic Mapper Plus (ETM+) images. These examples show that the algorithm provides a substantial improvement in limiting spatial resolution for both simulated and real data sets without significantly altering the multispectral content of the input low-resolution images, without amplifying the noise, and with very few artifacts.

Avaluació de revistes i avaluació de la recerca en humanitats i ciències socials a Catalunya: aproximació a un problema

The evaluation of the quality and impact of journals as a starting point to systematise the quality of research is an indirect method commonly used for obtaining information for systematic and major evaluation efforts, such as those needed for public tenders to aid projects and research groups. Nevertheless, this method runs into an important obstacle: preparing rankings of journals in the humanities and social sciences is considerably more complex than for those on experimental, biomedical or technological sciences. Cultural, linguistic and territorial components of research in the humanities and social sciences radically question the international rankings. Within this context, the article presents the experience of a study-in-progress whose intention is to evaluate the rankings of journals in the humanities and social sciences published in 1997 by the Generalitat de Catalunya. Even thought an attempt was made to bring this type of titles closer to the Catalan community of researchers, the initiative has been frequently surrounded by controversy and criticism and, at the present, does not enjoy the needed recognition of the Catalan academic sector.