Use and availability of scholarly journals in Catalan academic libraries

This paper presents the results of a survey of academics affiliated to the universities that are members of the Consortium of Academic Libraries of Catalonia (CBUC), and an analysis of the availability in the libraries of these universities, of the references cited in a sample of articles published by these academics. The results reflect the major importance that researchers assign to scholarly journals as the main source of scientific information. Most state that they use electronic journals either exclusively or in any case more than print journals, a preference that is higher among younger scholars. With regard to frequency of reading, four out of ten researchers state that they read journals virtually every day, while nine out of ten report that they do so at least once a week. Scholars claim that the obstacles they face when trying to download an article are related to the lack of subscriptions. However, the availability study showed that most of the articles cited in their publications are available at least at one of the CBUC libraries. Though most researchers keep a copy of the articles they consult, just over a third of them use some kind of reference management software.

PUC: préstamo consorciado de las bibliotecas del CBUC

Se describe brevemente el estado de la cuestión sobre el préstamo interbibliotecario (PI) consorciado a nivel internacional, y se explican las limitaciones del anterior servicio de PI del Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC) y su evolución hacia el nuevo servicio de préstamo de libros, el PUC, que se ha implementado recientemente. Se detalla la selección del software, el reglamento, la logística del PUC y su funcionamiento técnico. Se destacan las mejoras que ha supuesto el PUC como la de ser un servicio iniciado por el propio usuario, que puede pedir el libro a través del Catàleg Col·lectiu de les Universitats de Catalunya (CCUC) directamente a la biblioteca que lo tiene, sin mediación del personal de biblioteca y la reducción del tiempo de espera y de costes que esto supone.

GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE

Background: The GENCODE consortium was formed to identify and map all protein-coding genes within the ENCODE regions. This was achieved by a combination of initial manualannotation by the HAVANA team, experimental validation by the GENCODE consortium and a refinement of the annotation based on these experimental results.Results: The GENCODE gene features are divided into eight different categories of which onlythe first two (known and novel coding sequence) are confidently predicted to be protein-codinggenes. 5’ rapid amplification of cDNA ends (RACE) and RT-PCR were used to experimentallyverify the initial annotation. Of the 420 coding loci tested, 229 RACE products have beensequenced. They supported 5’ extensions of 30 loci and new splice variants in 50 loci. In addition,46 loci without evidence for a coding sequence were validated, consisting of 31 novel and 15putative transcripts. We assessed the comprehensiveness of the GENCODE annotation byattempting to validate all the predicted exon boundaries outside the GENCODE annotation. Outof 1,215 tested in a subset of the ENCODE regions, 14 novel exon pairs were validated, only twoof them in intergenic regions.Conclusions: In total, 487 loci, of which 434 are coding, have been annotated as part of theGENCODE reference set available from the UCSC browser. Comparison of GENCODEannotation with RefSeq and ENSEMBL show only 40% of GENCODE exons are contained withinthe two sets, which is a reflection of the high number of alternative splice forms with uniqueexons annotated. Over 50% of coding loci have been experimentally verified by 5’ RACE forEGASP and the GENCODE collaboration is continuing to refine its annotation of 1% humangenome with the aid of experimental validation.

Minimizing recombinations in consensus networks for phylogeographic studies

Background: We address the problem of studying recombinational variations in (human) populations. In this paper, our focus is on one computational aspect of the general task: Given two networks G1 and G2, with both mutation and recombination events, defined on overlapping sets of extant units the objective is to compute a consensus network G3 with minimum number of additional recombinations. We describe a polynomial time algorithm with a guarantee that the number of computed new recombination events is within ϵ = sz(G1, G2) (function sz is a well-behaved function of the sizes and topologies of G1 and G2) of the optimal number of recombinations. To date, this is the best known result for a network consensus problem.Results: Although the network consensus problem can be applied to a variety of domains, here we focus on structure of human populations. With our preliminary analysis on a segment of the human Chromosome X data we are able to infer ancient recombinations, population-specific recombinations and more, which also support the widely accepted 'Out of Africa' model. These results have been verified independently using traditional manual procedures. To the best of our knowledge, this is the first recombinations-based characterization of human populations. Conclusion: We show that our mathematical model identifies recombination spots in the individual haplotypes; the aggregate of these spots over a set of haplotypes defines a recombinational landscape that has enough signal to detect continental as well as population divide based on a short segment of Chromosome X. In particular, we are able to infer ancient recombinations, population-specific recombinations and more, which also support the widely accepted 'Out of Africa' model. The agreement with mutation-based analysis can be viewed as an indirect validation of our results and the model. Since the model in principle gives us more information embedded in the networks, in our future work, we plan to investigate more non-traditional questions via these structures computed by our methodology.

Distortion control for delay-sensitive sources

We investigate the problem of finding minimum-distortion policies for streaming delay-sensitive but distortion-tolerant data. We consider cross-layer approaches which exploit the coupling between presentation and transport layers. We make the natural assumption that the distortion function is convex and decreasing. We focus on a single source-destination pair and analytically find the optimum transmission policy when the transmission is done over an error-free channel. This optimum policy turns out to be independent of the exact form of the convex and decreasing distortion function. Then, for a packet-erasure channel, we analytically find the optimum open-loop transmission policy, which is also independent of the form of the convex distortion function. We then find computationally efficient closed-loop heuristic policies and show, through numerical evaluation, that they outperform the open-loop policy and have near optimal performance.

Integración de plantillas para la creación de soluciones de aprendizaje siguiendo los estándares IMS LD e IMS CP en LdShake

Des de fa alguns anys les tecnologies educatives han anat evolucionant y revolucionant el món pedagògic. En aquest sentit, son molts els grups de treball que participen en la investigació i producció de nous estàndards educatius. Alguns d’aquests estàndards son IMS Learning Designi IMS Content Packaging. L’adopció d’aquests estàndards per part de la comunitat educativa depèn en gran mesura de l’accessibilitat a les eines de producció per part dels membres d’aquesta comunitat. En aquest projecte es fa patent la necessitat d’una aplicació que permeti la generació d’unitats d’aprenentatge de forma assistida mitjançant plantilles.D’altre banda, ELGG és un sistema gestor de continguts open-source que permet crear xarxes socials de forma senzilla i amb la possibilitat d’afegir nous mòduls per augmentar així la seva funcionalitat. Per aquest motiu, aquest projecte es basa en la plataforma col·laborativa de recolzament als professors LdShake, utilitzada per la Universitat Pompeu Fabra (UPF), quetreballa sobre el Framework de ELGG.Sobre aquests dos conceptes descansa la idea general del projecte – a saber, el disseny iposterior desenvolupament d’un sistema de generació d’unitats d’aprenentatge basat enplantilles seguint els estàndards IMS LD i IMS CP sobre LdShake.Per tant, en aquest projecte ens hem centrat en el desenvolupament i avaluació preliminar d’un mòdul integrat en LdShake, centrat en el subconjunt necessari de característiques bàsiques dels estàndards de la IMS Global Consortium, que ens permet la generació d’unitats d’aprenentatge, així com la seva distribució i reproducció en sistemes de gestió d’aprenentatge o LMS, gràcies al’ús de plantilles que son en si mateixes una solució coneguda, provada i exitosa.

Directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0

Aquestes directrius expliquen com fer que el contingut web sigui accessible a persones amb discapacitats i s'adrecen a creadors de contingut (autors de pàgines web o dissenyadors de llocs web) i a creadors d'eines d'autor. L'objectiu principal d'aquestes directrius és promoure l'accessibilitat. Tanmateix, l'aplicació de les directrius facilitarà l'accés al contingut a tot tipus d'usuari, sigui quin sigui l'agent d'usuari usat (navegador web, navegador de veu, telèfon mòbil, ordinador de cotxe, etc.) o les condicions de l'entorn de consulta (entorns sorollosos, espais mal il·luminats, entorns en què no es poden usar les mans, etc.). L'aplicació d'aquestes directrius també ajudarà els usuaris a trobar la informació d'una manera més ràpida dins el web. Les directrius no pretenen desincentivar l'ús d'imatges, vídeo, etc., sinó que expliquen com fer que el contingut multimèdia sigui més accessible a una àmplia audiència.Aquest és un document de referència per a uns principis d'accessibilitat i idees de disseny. Algunes de les estratègies comentades tracten d'aspectes relatius a la internacionalització del web i a l'accés des de terminals mòbils. Tanmateix, el document se centra en l'accessibilitat i no tracta exhaustivament dels aspectes relacionats amb altres activitats del W3C. Si voleu més informació sobre aquests temes podeu consultar les pàgines inicials W3C Mobile Access Activity (per a l'accés des de terminals mòbils) i W3C Internationalization Activity (per als aspectes d'internacionalització).Aquest document està pensat per a ser estable en el temps i, per tant, no dóna informació específica sobre si els navegadors funcionen o no amb una determinada tecnologia, ja que aquesta informació varia molt ràpidament. Aquesta informació es pot trobar al web de la Web Accessibility Initiative ,WAI, (Iniciativa d'Accessibilitat Web) [WAI-UA-SUPPORT].Aquest document inclou un annex que organitza tots els punts de verificació ordenats per tema i per prioritat. Els punts de l'annex estan enllaçats a les respectives definicions en el document. Els temes recollits en l'annex inclouen les imatges, el contingut multimèdia, les taules, els marcs, els formularis i els scripts. L'annex es presenta en forma de taula o com a simple llista.Un document a part, amb el títol Techniques for Web Content Accessibility Guidelines 1.0 (Tècniques per a les directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0) ([TECHNIQUES]) explica com posar a la pràctica els punts citats fins aquí. El document de tècniques explica cada punt amb més detalls i dóna exemples usant el llenguatge d'etiquetatge d'hipertext (HTML), fulls d'estil en cascada (CSS), el llenguatge d'integració multimèdia sincronitzada (SMIL) o el llenguatge d'etiquetatge matemàtic (MathML). Aquest document també inclou tècniques per a provar o validar una pàgina web i un índex dels elements i atributs HTML amb les tècniques que els usen. El document de tècniques està pensat per a seguir de prop els canvis tecnològics i es preveu que s'actualitzi més sovint que les directrius.Nota: Algunes de les característiques descrites en les directrius no estan encara implementades en tots els navegadors o eines multimèdia; en concret pot ser que no es puguin utilitzar funcions noves d'HTML 4.0, de CSS1 o CSS2.Les Directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0 són part d'una col·lecció de directrius sobre accessibilitat publicades per la Web Accessibility Initiative, WAI (Iniciativa d'Accessibilitat Web). La col·lecció comprèn User Agent Accessibility Guidelines (Directrius d'accessibilitat per a agents d'usuari) [WAI-USERAGENT] i Authoring Tool Accessibility Guidelines (Directrius d'accessibilitat per a eines d'autor [WAI-AUTOOLS].

Accessibilitat al web: panoràmica general

Es presenta el concepte d'accessibilitat al web com a sistema per a facilitar el treball a la xarxa per part de les persones discapacitades i millorar la usabilitat dels continguts. A partir de la Iniciativa per a l'Accessibilitat al Web (WAI) del World-Wide Web Consortium (W3C), aquest ha elaborat unes directrius que actualment estan en procés d'adopció pels diferents governs i empreses. Finalment es presenten diverses eines informàtiques i entitats de contacte que donen suport a aquestes actuacions.

Taula de punts de verificació de les directrius per a l'accessibilitat al contingut de pàgines web, versió 1.0

El World-Wide Web Consortium (W3C), organisme encarregat de la normalització del web, va començar a preocupar-se fa uns anys dels problemes d'accessibilitat que poden presentar les pàgines web a les persones amb discapacitats. Com a resultat d'aquesta preocupació, va posar en marxa la Iniciativa sobre Accessibilitat al Web (WAI), amb el fi d'estudiar el tema i elaborar directrius d'actuació i altres materials d'ajuda. El document més important sorgit de la Iniciativa són les Directrius per a l'accessibilitat al contingut de pàgines web, versió 1.0, que ja va ser traduït al català en aquesta mateixa revista.2 Com a complement, el W3C ha publicat altres documents que volen facilitar-ne la implementació; en destaca el document que a continuació publiquem traduït, la Taula de punts de verificació de les Directrius per a l'accessibilitat al contingut de pàgines web, versió 1.0. La Taula de punts de verificació està pensada per actuar com un annex a les Directrius; sota la forma de llista de control (checklist) presenta un llistat classificat per nivells de prioritat de les pautes que s'haurien de seguir per crear pàgines web accessibles per tothom. La Taula vol ser, per tant, una eina ràpida per a la detecció manual dels problemes que puguin aparèixer, i que es descriuen amb més detalls a les Directrius.

Nivel de accesibilidad de las sedes web de las universidades españolas

El estudio presenta un análisis del nivel de accesibilidad de las webs de las universidades españolas según los indicadores de prioridad 1 de las Pautas de accesibilidad al contenido de la web, versión 1.0WCAG dentro de la Iniciativa WAI del World-Wide Web Consortium, y otros indicadores complementarios. Los resultados obtenidos nos indican que ninguna web universitaria española cumple en su totalidad este primer nivel y que queda pendiente una gran tarea de adaptación. [eng] This report presents an analysis of the accessibility level of websites in the Spanish universities considering level"A" of Web Contents Accessibility Guidelines 1.0 WCAG issued by the Web Accessibility Initiative working group in the Worlwide Web Consortium, and some additional criteria. The conclusions show that no Spanish university web reaches completely this first level and that there is still a hard work to do redesigning websites.

Directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0. Recomanació de W3C, 5 de maig de 1999

Aquestes directrius expliquen com fer que el contingut web sigui accessible a persones ambdiscapacitats i s'adrecen a creadors de contingut (autors de pàgines web o dissenyadors de llocs web) ia creadors d'eines d'autor. L'objectiu principal d'aquestes directrius és promoure l'accessibilitat.Tanmateix, l'aplicació de les directrius facilitarà l'accés al contingut a tot tipus d'usuari, sigui quin siguil'agent d'usuari usat (navegador web, navegador de veu, telèfon mòbil, ordinador de cotxe, etc.) o les condicions de l'entorn de consulta (entorns sorollosos, espais mal il·luminats, entorns en què no es poden usar lesmans, etc.). L'aplicació d'aquestes directrius també ajudarà els usuaris a trobar la informació d'unamanera més ràpida dins el web. Les directrius no pretenen desincentivar l'ús d'imatges, vídeo, etc., sinóque expliquen com fer que el contingut multimèdia sigui més accessible a una àmplia audiència.Aquest és un document de referència per a uns principis d'accessibilitat i idees de disseny. Algunes deles estratègies comentades tracten d'aspectes relatius a la internacionalització del web i a l'accés desde terminals mòbils. Tanmateix, el document se centra en l'accessibilitat i no tracta exhaustivament delsaspectes relacionats amb altres activitats del W3C. Si voleu més informació sobre aquests temes podeuconsultar les pàgines inicials W3C Mobile Access Activity (per a l'accés des de terminals mòbils) i W3CInternationalization Activity (per als aspectes d'internacionalització). Aquest document està pensat per a ser estable en el temps i, per tant, no dóna informació específica sobre si els navegadors funcionen o no amb una determinada tecnologia, ja que aquesta informació varia molt ràpidament. Aquesta informació es pot trobar al web de la Web Accessibility Initiative ,WAI, (Iniciativa d'Accessibilitat Web) [WAI-UA-SUPPORT].Aquest document inclou un annex que organitza tots els punts de verificació ordenats per tema i perprioritat. Els punts de l'annex estan enllaçats a les respectives definicions en el document. Els temesrecollits en l'annex inclouen les imatges, el contingut multimèdia, les taules, els marcs, els formularis iels scripts. L'annex es presenta en forma de taula o com a simple llista. Un document a part, amb el títol Techniques for Web Content Accessibility Guidelines 1.0 (Tècniques per a les directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0) ([TECHNIQUES]) explica com posar a la pràctica els punts citats fins aquí. El document de tècniques explica cada punt amb més detalls i dóna exemples usant el llenguatge d'etiquetatge d'hipertext (HTML), fulls d'estil en cascada (CSS), el llenguatge d'integració multimèdia sincronitzada (SMIL) o el llenguatge d'etiquetatge matemàtic (MathML). Aquest document també inclou tècniques per a provar o validar una pàgina web i un índex Directrius per a l'accessibilitat al contingut web, versió 1.0 dels elements i atributs HTML amb les tècniques que els usen. El document de tècniques està pensat per a seguir de prop els canvis tecnològics i es preveu que s'actualitzi més sovint que les directrius.

The tomato genome sequence providies insights into fleshy fruit evolution

Tomato (Solanum lycopersicum) is a major crop plant and a model system for fruit development. Solanum is one of the largest angiosperm genera1 and includes annual and perennial plants from diverse habitats. Here we present a high-quality genome sequence of domesticated tomato, a draft sequence of its closest wild relative, Solanum pimpinellifolium2, and compare them to each other and to the potato genome (Solanum tuberosum). The two tomato genomes show only 0.6% nucleotide divergence and signs of recent admixture, but show more than 8% divergence from potato, with nine large and several smaller inversions. In contrast to Arabidopsis, but similar to soybean, tomato and potato small RNAs map predominantly to gene-rich chromosomal regions, including gene promoters. The Solanum lineage has experienced two consecutive genome triplications: one that is ancient and shared with rosids, and a more recent one. These triplications set the stage for the neofunctionalization of genes controlling fruit characteristics, such as colour and fleshiness.

Genome sequence of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Aphids are important agricultural pests and also biological models for studies of insect-plant interactions, symbiosis, virus vectoring, and the developmental causes of extreme phenotypic plasticity. Here we present the 464 Mb draft genome assembly of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. This first published whole genome sequence of a basal hemimetabolous insect provides an outgroup to the multiple published genomes of holometabolous insects. Pea aphids are host-plant specialists, they can reproduce both sexually and asexually, and they have coevolved with an obligate bacterial symbiont. Here we highlight findings from whole genome analysis that may be related to these unusual biological features. These findings include discovery of extensive gene duplication in more than 2000 gene families as well as loss of evolutionarily conserved genes. Gene family expansions relative to other published genomes include genes involved in chromatin modification, miRNA synthesis, and sugar transport. Gene losses include genes central to the IMD immune pathway, selenoprotein utilization, purine salvage, and the entire urea cycle. The pea aphid genome reveals that only a limited number of genes have been acquired from bacteria; thus the reduced gene count of Buchnera does not reflect gene transfer to the host genome. The inventory of metabolic genes in the pea aphid genome suggests that there is extensive metabolite exchange between the aphid and Buchnera, including sharing of amino acid biosynthesis between the aphid and Buchnera. The pea aphid genome provides a foundation for post-genomic studies of fundamental biological questions and applied agricultural problems.

Use of palm-oil by-products in chicken and rabbit feeds: effect on the fatty acid and tocol composition of meat, liver and plasma

This study was undertaken in the framework of a larger European project dealing with the characterization of fat co- and by-products from the food chain, available for feed uses. In this study, we compare the effects, on the fatty acid (FA) and tocol composition of chicken and rabbit tissues, of the addition to feeds of a palm fatty acid distillate, very low in trans fatty acids (TFA), and two levels of the corresponding hydrogenated by-product, containing intermediate and high levels of TFA. Thus, the experimental design included three treatments, formulated for each species, containing the three levels of TFA defined above. Obviously, due to the use of hydrogenated fats, the levels of saturated fatty acids (SFA) show clear differences between the three dietary treatments. The results show that diets high in TFA (76 g/kg fat) compared with those low in TFA (4.4 g/kg fat) led to a lower content of tocopherols and tocotrienols in tissues, although these differences were not always statistically significant, and show a different pattern for rabbit and chicken. The TFA content in meat, liver and plasma increased from low-to-high TFA feeds in both chicken and rabbit. However, the transfer ratios from feed were not proportional to the TFA levels in feeds, reflecting certain differences according to the animal species. Moreover, feeds containing fats higher in TFA induced significant changes in tissue SFA, monounsaturated fatty acids and polyunsaturated fatty acids composition, but different patterns can be described for chicken and rabbit and for each type of tissue.

Use of recovered frying oils in chicken and rabbit feeds: effect on the fatty acid and tocol composition and on the oxidation levels of meat, liver and plasma

The addition of some fat co- and by-products to feeds is usual nowadays; however, the regulations of their use are not always clear and vary between countries. For instance, the use of recycled cooking oils is not allowed in the European Union, but they are used in other countries. However, oils recovered from industrial frying processes could show satisfactory quality for this purpose. Here we studied the effects of including oils recovered from the frying industry in rabbit and chicken feeds (at 30 and 60 g/kg, respectively) on the fatty acid (FA) and tocol (tocopherol + tocotrienol) compositon of meat, liver and plasma, and on their oxidative stability. Three dietary treatments (replicated eight times) were compared: fresh non-used oil (LOX); oil discarded from the frying industry, having a high content of secondary oxidation compounds (HOX); and an intermediate level (MOX) obtained by mixing 50 : 50 of LOX and HOX. The FA composition of oil diets and tissues was assessed by GC, their tocol content by HPLC, the thiobarbituric acid value was used to assess tissue oxidation status, and the ferrous oxidation-xylenol orange method was used to assess the susceptibility of tissues to oxidation. Our results indicate that FA composition of rabbit and chicken meat, liver and plasma was scarcely altered by the addition of recovered frying oils to feed. Differences were encountered in the FA composition between species, which might be attributed mainly to differences in the FA digestion, absorption and metabolism between species, and to some physiological dietary factors (i.e. coprophagy in rabbits that involves fermentation with FA structure modification). The α-tocopherol (αT) content of tissues was reduced in response to the lower αT content in the recovered frying oil. Differences in the content of other tocols were encountered between chickens and rabbits, which might be attributable to the different tocol composition of their feeds, as well as to species differences in the digestion and metabolism of tocols. Tissue oxidation and susceptibility to oxidation were in general low and were not greatly affected by the degree of oxidation of the oil added to the feeds. The relative content of polyunsaturated fatty acids/αT in these types of samples would explain the differences observed between species in the susceptibility of each tissue to oxidation. According to our results, oils recovered from the frying industry could be useful for feed uses.