Bioinformática: identificar genes en una interfaz gráfica vía web para la comparación de genomas

Este trabajo desarrolla el proceso de diseño e implementación de una interfaz web que permite la exploración en detalle de las relaciones entre genomas completos. La interfaz permite la comparación simultánea de nueve genomas, representando en cada gráfica las relaciones entre cada par de genomas junto los genes identificados de cada uno de ellos. Es capaz de trabajar con genomas del dominio Eukaryota y se adapta a la capacidad de cómputo de la máquina cliente. La información representada son MUMs (Maximal Unique Matching, secuencia máxima y única encontrada en ambos genomas) y SuperMUMs (agrupación de MUMs mediante Approximate String Matching). Los datos son previamente calculados y accesibles desde un servidor web.

MR MAQ: algorisme de Read Mapping utilitzant la plataforma Hadoop

L’èxit del Projecte Genoma Humà (PGH) l’any 2000 va fer de la “medicina personalitzada” una realitat més propera. Els descobriments del PGH han simplificat les tècniques de seqüenciació de tal manera que actualment qualsevol persona pot aconseguir la seva seqüència d’ADN complerta. La tecnologia de Read Mapping destaca en aquest tipus de tècniques i es caracteritza per manegar una gran quantitat de dades. Hadoop, el framework d’Apache per aplicacions intensives de dades sota el paradigma Map Reduce, resulta un aliat perfecte per aquest tipus de tecnologia i ha sigut l’opció escollida per a realitzar aquest projecte. Durant tot el treball es realitza l’estudi, l’anàlisi i les experimentacions necessàries per aconseguir un Algorisme Genètic innovador que utilitzi tot el potencial de Hadoop.

Obtenció de jerarquies d'estats cel·lulars via web

Hi ha diversos mètodes d'anàlisi que duen a terme una agrupació global de la sèries de mostres de microarrays, com SelfOrganizing Maps, o que realitzen agrupaments locals tenint en compte només un subconjunt de gens coexpressats, com Biclustering, entre d'altres. En aquest projecte s'ha desenvolupat una aplicació web: el PCOPSamplecl, és una eina que pertany als mètodes d'agrupació (clustering) local, que no busca subconjunts de gens coexpresats (anàlisi de relacions linials), si no parelles de gens que davant canvis fenotípics, la seva relació d'expressió pateix fluctuacions. El resultats del PCOPSamplecl seràn les diferents distribucions finals de clusters i les parelles de gens involucrades en aquests canvis fenotípics. Aquestes parelles de gens podràn ser estudiades per trobar la causa i efecte del canvi fenotípic. A més, l'eina facilita l'estudi de les dependències entre les diferents distribucions de clusters que proporciona l'aplicació per poder estudiar la intersecció entre clusters o l'aparició de subclusters (2 clusters d'una mateixa agrupació de clusters poden ser subclusters d'altres clusters de diferents distribucions de clusters). L'eina és disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es/

Programació d'aplicacions bioinformàtiques

Avui en dia la biologia aporta grans quantitats de dades que només la informàtica pot tractar. Les aplicacions bioinformàtiques són la més important eina d’anàlisi i comparació que tenim per entendre la vida i aconseguir desxifrar aquestes dades. Aquest projecte centra el seu esforç en l’estudi de les aplicacions dedicades a l’alineament de seqüències genètiques, i més concretament a dos algoritmes, basats en programació dinàmica i òptims: el Needleman&Wunsch i el Smith&Waterman. Amb l’objectiu de millorar el rendiment d’aquests algoritmes per a alineaments de seqüències grans, proposem diferents versions d’implementació. Busquem millorar rendiments en temps i espai. Per a aconseguir millorar els resultats aprofitem el paral·lelisme. Els resultats dels anàlisis de les versions els comparem per obtenir les dades necessàries per valorar cost, guany i rendiment.

Bioinformática: interfaz web para estudiar el efecto de diferentes condiciones sobre la expresión de los genes

El trabajo realizado se divide en dos bloques bien diferenciados, ambos relacionados con el análisis de microarrays. El primer bloque consiste en agrupar las condiciones muestrales de todos los genes en grupos o clústers. Estas agrupaciones se obtienen al aplicar directamente sobre la microarray los siguientes algoritmos de agrupación: SOM,PAM,SOTA,HC y al aplicar sobre la microarray escalada con PC y MDS los siguientes algoritmos: SOM,PAM,SOTA,HC y K-MEANS. El segundo bloque consiste en realizar una búsqueda de genes basada en los intervalos de confianza de cada clúster de la agrupación activa. Las condiciones de búsqueda ajustadas por el usuario se validan para cada clúster respecto el valor basal 0 y respecto el resto de clústers, para estas validaciones se usan los intervalos de confianza. Estos dos bloques se integran en una aplicación web ya existente, el applet PCOPGene, alojada en el servidor: http://revolutionresearch.uab.es.

Desarrollo de una plataforma bioinformática para la gestión de datos fenotípicos y moleculares

Este proyecto está orientado a ayudar a un grupo de investigadores del Departamento de Ciencia Animal y de los Alimentos (UAB), que se dedican a recopilar datos genómicos obtenidos en experimentos. La aplicación constará de dos partes. La primera es la parte de los usuarios, donde se podrá crear proyectos, insertar, modificar o eliminar datos y consultar la información ya existente en la aplicación. La segunda parte es la del administrador, que como tal podrá dar de alta a nuevos usuarios, restaurar versiones anteriores de la base de datos, eliminar usuarios y consultar las acciones realizadas por los usuarios.

Efectes no intencionats de transgens i optimització de la producció de pèptids antimicrobians d'ús fitosanitari en plantes-biofactoria

Actualment s’està duent a terme el projecte de tesi consistent en estudiar la producció de pèptids antimicrobians d'ús fitosanitari en plantes-biofactoria. Durant aquest període de la tesi doctoral he realitzat la transformació (mitjançant Agrobacterium tumefaciens) de plantes d’arròs per a la síntesi massiva d’una sèrie de pèptids antimicrobians, BP188, BP183, BP183TAG, BP215, BP173 i BP178. Es tracta d’una sèrie de derivats de BP100 que presenta unes propietats fitosanitàries molt interessants: elevada activitat contra bacteris d’interès fitosanitari, toxicitat reduïda i estabilitat moderada. El treball que he realitzat per dur a terme aquesta tasca ha requerit inicialment realitzar els clonatges necessaris per a les transformacions; per a continuació realitzar les transformacions de calls d’arròs varietat Sènia, seleccionar les cèl•lules transformades, regenerar plantes transgèniques i analitzar-ne la presència del transgén.

Optimització d'una aplicacio bioinformàtica d'alineament de seqüències executada en processadors multi-core i many-core (GPUs)

Las aplicaciones de alineamiento de secuencias son una herramienta importante para la comunidad científica. Estas aplicaciones bioinformáticas son usadas en muchos campos distintos como pueden ser la medicina, la biología, la farmacología, la genética, etc. A día de hoy los algoritmos de alineamiento de secuencias tienen una complejidad elevada y cada día tienen que manejar un volumen de datos más grande. Por esta razón se deben buscar alternativas para que estas aplicaciones sean capaces de manejar el aumento de tamaño que los bancos de secuencias están sufriendo día a día. En este proyecto se estudian y se investigan mejoras en este tipo de aplicaciones como puede ser el uso de sistemas paralelos que pueden mejorar el rendimiento notablemente.

GesClínic : enginyeria del programari

This paper deals with the problem of managing a medical centre to have control over patients, medical records, physicians, nurses, secretaries and administrators of the application.

Anàlisi de les competències comunicatives transversals dels graus d'enginyeria informàtica, enginyeria de telecomunicació i multimèdia a l'estat espanyol

En el cas sota estudi, hem revisat totes les memòries oficials de verificació disponibles dels graus en enginyeria en informàtica, enginyeria en telecomunicació i multimèdia amb l'objectiu d'analitzar diferents aspectes de la presència de diferents competències comunicatives transversals. En concret ens hem centrat en les competències d'expressió oral i escrita en llengua pròpia i estrangera (anglès), en l'habilitat en les relacions interpersonals i en la capacitat de comunicar-se amb audiències expertes i profanes sobre els matèries dels estudis.

Entorn d'autoaprenentatge per a assignatures d'Enginyeria del Programari

L'aplicació desenvolupada és un entorn web que permetrà als estudiants de la UOC millorarel seu rendiment en les assignatures d'Enginyeria del programari, mitjançant la utilització de l'eina de correcció automàtica de diagrames UML desenvolupada pel grup de recerca GRES-UOC.

AOP i Enginyeria inversa amb Objectes Distribuïts

L'objectiu d'aquest projecte és fer ús de la nova programació orientada a aspectes (AOP) per a fer tasques de reenginyeria. la finalitat seria que, amb l'ajut d'aquesta tecnologia, es pogués extreure informació de l'execució d'una aplicació, de manera que a partir d'aquesta informació es pogués obtenir el diagrama de cas d'ús.

Anàlisi de models d'ensenyament-aprenentatge de competències no tècniques als estudis d'Enginyeria en informàtica

Actualment a l'Estat espanyol s'està implantant el Pla Bolonya per incorporar-se a l'Espai Europeu d'Estudis Superiors (l'EEES). Com a un dels principals objectius, l'EEES pretén homogeneïtzar els estudis i de manera concreta les competències adquirides per qualsevol estudiant independentment d'on hagi realitzat els seus estudis. Per això, existeixen iniciatives europees (com el projecte Tuning) que treballen per definir competències per a totes les titulacions universitàries.El projecte presenta l'anàlisi realitzat sobre vint Universitats de diferents continents per identificar models d'ensenyament-aprenentatge de competències no tècniques. La recerca es centra addicionalment en la competència comunicativa escrita.La font principal de dades ha estat la informació proporcionada a les pàgines Web de les universitats i molt especialment els seus plans d'estudi.

L'ensenyament-aprenentatge de competències transversals a les titulacions d'enginyeria en informàtica concretament de la competència de comunicació escrita en currículums TIC

Per una banda, contextualitza el concepte de competència professional dins del marc de l'EEES, i reconeix i classifica a partir de la revisió de la documentació existent les competències específiques i transversals o genèriques, que han de tenir els nous titulats del Grau d'EI. Per altra banda, s'escomet l'anàlisi dels plans d'estudi i dels plans docents del Grau per identificar la seva adaptació al EEES,, concretament en el que fa referència a la competència de comunicació escrita.