Parallelization of whole genome alignment

With the advent of High performance computing, it is now possible to achieve orders of magnitude performance and computation e ciency gains over conventional computer architectures. This thesis explores the potential of using high performance computing to accelerate whole genome alignment. A parallel technique is applied to an algorithm for whole genome alignment, this technique is explained and some experiments were carried out to test it. This technique is based in a fair usage of the available resource to execute genome alignment and how this can be used in HPC clusters. This work is a rst approximation to whole genome alignment and it shows the advantages of parallelism and some of the drawbacks that our technique has. This work describes the resource limitations of current WGA applications when dealing with large quantities of sequences. It proposes a parallel heuristic to distribute the load and to assure that alignment quality is mantained.

Avaluació de la tecnologia de les GPUs

En el projecte s’ha dut a terme un estudi sobre la tecnologia que aporten les targetes gràfiques (GPU) dins l’àmbit de programació d’aplicacions que tradicionalment eren executades en la CPU o altrament conegut com a GPGPU. S’ha fet una anàlisi profunda del marc tecnològic actual explicant part del maquinari de les targetes gràfiques i de què tracta el GPGPU. També s’han estudiat les diferents opcions que existeixen per poder realitzar els tests de rendiment que permetran avaluar el programari, quin programari està dissenyat per ser executat amb aquesta tecnologia i quin és el procediment a seguir per poder utilitzar-los. S’han efectuat diverses proves per avaluar el rendiment de programari dissenyat o compatible d’executar en la GPU, realitzant taules comparatives amb els temps de còmput. Un cop finalitzades les diferents proves del programari, es pot concloure que no tota aplicació processada en la GPU aporta un benefici. Per poder veure millores és necessari que l’aplicació reuneixi una sèrie de requisits com que disposi d’un elevat nombre d’operacions que es puguin realitzar en paral lel, que no existeixin condicionants per a l’execució de les operacions i que sigui un procés amb càlcul aritmètic intensiu.

Including the workload effect in the parallel program signature

Performance prediction and application behavior modeling have been the subject of exten- sive research that aim to estimate applications performance with an acceptable precision. A novel approach to predict the performance of parallel applications is based in the con- cept of Parallel Application Signatures that consists in extract an application most relevant parts (phases) and the number of times they repeat (weights). Executing these phases in a target machine and multiplying its exeuction time by its weight an estimation of the application total execution time can be made. One of the problems is that the performance of an application depends on the program workload. Every type of workload affects differently how an application performs in a given system and so affects the signature execution time. Since the workloads used in most scientific parallel applications have dimensions and data ranges well known and the behavior of these applications are mostly deterministic, a model of how the programs workload affect its performance can be obtained. We create a new methodology to model how a program’s workload affect the parallel application signature. Using regression analysis we are able to generalize each phase time execution and weight function to predict an application performance in a target system for any type of workload within predefined range. We validate our methodology using a synthetic program, benchmarks applications and well known real scientific applications.

Gesevent. Gestió d'events. Desenvolupament d'aplicacions amb tecnologies J2EE.

Treball de final de carrera on s'explica com s'ha realitzat el desenvolupament d'una aplicació de gestió d'events utilitzant la plataforma J2EE: Struts2, EJB.

Evolución del índice espacial para la extensión JASPA sobre H2

El presente documento describe los trabajos realizados en el ámbito del Proyecto Fin de Carrera de la titulación de Ingeniería Informática de la Universitat Oberta de Catalunya para la creación de un nuevo índice espacial para la extensión JASPA sobre H2. En él se detallan el análisis y desarrollo realizados así como la documentación generada durante su proceso de creación.

Sistema integral de facturación y fabricación para una empresa de manufacturas metalúrgicas

L'objectiu d'aquest projecte és fer l'anàlisi i el disseny d'un sistema informàtic que gestioni de manera integral la facturació i els estocs de l'empresa García Escalera SL.

Desenvolupament d'una aplicació Android per a Moodle

L'evolució que la tecnologia de les comunicacions sense fils ha experimentat en els darrers anys permet que avui en dia els dispositius mòbils proporcionin una resposta més que acceptable. Ja s'han superat molts dels problemes de mobilitat, d'infraestructura i d'ample de banda que fins ara dificultaven l'ús d'aquests dispositius. Aquest fet ha fomentat l'expansió de diferents sistemes dels que es pot destacar Android, iPhone OS i Windows Mobile/Windows Phone 7. Els dos primers són els que actualment es disputen el lideratge del mercat dels dispositius i aplicacions mòbils i és Android el que ha experimentat el major creixement els darrers anys. Paral·lelament, la constant introducció de programari d'e-learning destinat a activitats de formació no presencial basades en Internet ha permès arribar a milions d'usuaris en diferents àmbits, com ara universitats, empreses i institucions d'arreu del món. D'aquest conjunt de programari destaca Moodle, suite de codi obert que permet crear llocs web de formació en línia de forma senzilla i eficaç.Aquest Projecte de Final de Carrera, emmarcat en l'àrea de Xarxes de Computadors, conjugaaquests tres conceptes mitjançant el desenvolupament d'una aplicació per a dispositius mòbils Android que connecta a un servidor Moodle. La comunicació entre ells utilitza intensivament les xarxes sense fils i fa crides als serveis que aquest ofereix gràcies als Web Services, mètode de comunicacions composat d'un conjunt de protocols i de programari que permet la comunicació entre dos dispositius a través de la xarxa.

ServEngine : Framework pel desenvolupament de serveis en línia

En aquest projecte es desenvoluparà ServEngine, un framework per al desenvolupament de serveis de portals, comunitats virtuals i sistemes de comerç electrònic basat en el patró MVC i, com s'elegirà més endavant després d'un procés d'anàlisi i comparació, utilitzant Struts com a base de desenvolupament.

Analizador de red (sniffer) en entorno GNU

Aquest projecte mira de reflectir els coneixements adquirits en les assignatures pròpies de la carrera, com ara Fonaments de programació, Sistemes operatius i Ampliació de sistemes operatius, Xarxes, Estructura de xarxes de computadors i Seguretat en xarxes de computadors.

Sistemes de BD XML natius : estat de l'art

Aquest projecte avalua l'estat actual dels sistemes de BD:XML natius que permeten desar i recuperar documents XML, i alhora els compara amb les solucions clàssiques adoptades per als SGBD relacionals, els quals afegeixen extensions (XML, per exemple) al capdamunt del model relacional.

Projecte Matic : Una eina d' ensenyament assistit per ordinador via internet

El projecte Matic vol crear un entorn d'EAO apte per a treballar qualsevol contingut acadèmic i personalitzat per a cada estudiant, seguint les directrius marcades pel professor, que en podrà fer el seguiment acadèmic.

Desenvolupament d'un videojoc 3D basat en OpenGL

En aquest treball es presenta una aplicació gràfica per a desenvolupar un videojoc de tema lliure, amb premisses senzilles però fermes i amb la utilització d'unes eines el funcionament de les qual s'ha assolit durant la carrera i s?ha aprofundit durant el temps que ha durat la confecció d'aquest projecte.

Implementació d'un esquema criptogrà fic per gestionar de forma segura els historials mèdics dels pacients a traves d'una xarxa de comunicacions

Aquest treball presenta una solució basada en criptosistemes de clau pública, certificats i signatures digitals, emprant Java com a llenguatge de programació. Per a estendre la funcionalitat quant a seguretat del Java Developer Kit (JDK) s'utilitza la llibreria criptogràficaIAIK (Institute for Applied Information Processing and Communication).

Una extensió de LaCOLLA : abstracció de processament

En aquest PFC s'estudia la possibilitat d'estendre LaCOLLA dotant-la d'abstracció de processament: es tracta d?oferir a les aplicacions la possibilitat d'utilitzar els recursos del grup per a executar processos de la manera més eficient i segura possible, sense que les aplicacions s'hagin de preocupar d'on i quan s'executen aquests processos.

Xat segur

L'objectiu d'aquest treball de final de carrera és crear un programari de missatgeria instantània deslligada de qualsevol servidor, de manera que cada usuari tingui un programa client/servidor amb el qual pugui rebre 'trucades' o fer-ne, en aquest últim cas indicant prèviament l'adreça IP del destinatari.