In silico pathway reconstruction: Iron-sulfur cluster biogenesis in Saccharomyces cerevisiae

Background: Current advances in genomics, proteomics and other areas of molecular biology make the identification and reconstruction of novel pathways an emerging area of great interest. One such class of pathways is involved in the biogenesis of Iron-Sulfur Clusters (ISC). Results: Our goal is the development of a new approach based on the use and combination of mathematical, theoretical and computational methods to identify the topology of a target network. In this approach, mathematical models play a central role for the evaluation of the alternative network structures that arise from literature data-mining, phylogenetic profiling, structural methods, and human curation. As a test case, we reconstruct the topology of the reaction and regulatory network for the mitochondrial ISC biogenesis pathway in S. cerevisiae. Predictions regarding how proteins act in ISC biogenesis are validated by comparison with published experimental results. For example, the predicted role of Arh1 and Yah1 and some of the interactions we predict for Grx5 both matches experimental evidence. A putative role for frataxin in directly regulating mitochondrial iron import is discarded from our analysis, which agrees with also published experimental results. Additionally, we propose a number of experiments for testing other predictions and further improve the identification of the network structure. Conclusion: We propose and apply an iterative in silico procedure for predictive reconstruction of the network topology of metabolic pathways. The procedure combines structural bioinformatics tools and mathematical modeling techniques that allow the reconstruction of biochemical networks. Using the Iron Sulfur cluster biogenesis in S. cerevisiae as a test case we indicate how this procedure can be used to analyze and validate the network model against experimental results. Critical evaluation of the obtained results through this procedure allows devising new wet lab experiments to confirm its predictions or provide alternative explanations for further improving the models.

Caciquisme rural i contrautopies pageses. Testimonis d'unes cobles de la Conca de Barberà i del Priorat

Aquest article presenta i estudia un conjunt de cobles de la tradició oral recollides a la Conca de Barberà i al Priorat. Les cançons, creades en el marc de la Restauració, denuncien un conjunt de greuges lligats al caciquisme i al desenvolupament de l’Estat i de les relacions capitalistes que aquest fomenta. Les cobles presenten dos grans registres expressius, que obeeixen a diferents perspectives dels greuges que denuncien. D’una banda tenim unes cobles caracteritzades per una sàtira violenta, dreturera, una sintaxi cantelluda, antítesis primàries, i un recurs viu a les deformacions de l’adversari. En aquests casos, les lletres obeeixen a factors percebuts en la immediatesa de la comunitat, d’acord amb una perspectiva tradicional. D’altra banda, tenim cobles que es caracteritzen per un relaxament còmic i jocós de la sàtira, per una major narrativitat o arromançament, i també per una catarsi benèfica. En aquests casos, les cançons responen a un nou ordre de factors —polítics/política de partit, representants de l’Estat, noves modes estètiques, etc.— que en la societat rural, especialment entre aquells sectors poc introduïts a la modernitat, són percebuts amb una amplitud panoràmica, d’acord amb una ingenuïtat perceptiva, amb un distanciament naïf cap a la realitat. Es tracta d’un ordre de percepcions que informen els trets expressius que hem apuntat quant a aquestes cobles. Unes manifestacions ben il·lustratives d’aquestes darreres composicions són unes contrautopies que recullen, amb voluntat de totalitat, el conjunt d’abusos que pateix la societat pagesa, general o local.

WiBed, a platform for commodity wireless testbeds

This paper presents WiBed, a FOSS platform for WiFi testbeds based on OpenWRT Linux made to run on commodity IEEE802.11 WiFi routers part of the Community-lab.net project, a global testbed for Community networks. WiBed has been designed to support realistic low layer network experiments (according to the OSI model). This work recolects the details of the architecture, design and implementation of WiBed consolidated during its operation as a testbed.

Understanding Optical Trapping Phenomena: a Simulation for Undergraduates

Optical trapping is an attractive and multidisciplinary topic that has become the center of attention to a large number of researchers. Moreover, it is a suitable subject for advanced students that requires a knowledge of a wide range of topics. As a result, it has been incorporated into some syllabuses of both undergraduate and graduate programs. In this paper, basic concepts in laser trapping theory are reviewed. To provide a better understanding of the underlying concepts for students, a Java application for simulating the behavior of a dielectric particle trapped in a highly focused beam has been developed. The program illustrates a wide range of theoretical results and features, such as the calculation of the force exerted by a beam in the Mie and Rayleigh regimes or the calibration of the trap stiffness. Some examples that are ready to be used in the classroom or in the computer lab are also supplied.

Valoración experiencial del aprendizaje tras formación virtual.

[eng] An observable study on the behaviour in the laboratory of Pharmaceutical Technology II (pharmaceutical pilot plant), with two groups of students of 3rd course (proactive aptitude and valuation of the"knowledge to do acquired") is carried out. The variable between groups is that one has realised a training (by means of self-study of an interactive application multimedia, especially designed), without tutorship on behalf the teacher in front of the other group that carried out the same training with the same material but with the guide of the teacher in the computer lab. On the one hand it is valued if there is some effect differentiator between both types of training, by means of the accounting of the correct results obtained in a previous test to the entrance in the pilot plant and by another one the valuation that the professors made responsible for the groups of practices in situ. The results demonstrate the previous hypothesis that there must not be significant differences between the groups, beyond the inherent ones to personality of the students itself (interest and personal implication by the subject). On the other hand the test for the observation in the laboratory did not facilitate the distinction of objective differences. [spa] Se lleva a cabo un estudio observacional sobre el comportamiento de los estudiantes (aptitud pro-activa y valoración del “saber hacer adquirido”) en el laboratorio de Tecnología Farmacéutica II (planta piloto farmacéutica) de dos grupos de estudiantes de 3er curso. La variable entre los dos grupos es que uno ha realizado una formación no presencial (mediante el autoestudio de una aplicación interactiva multimedia, especialmente diseñada), sin tutoría por parte del profesor, frente al otro grupo que llevó a cabo la misma formación con el mismo material pero con la guía del profesor en el aula de informática. Por una parte se valora si hay algún efecto diferenciador entre ambos tipos de formación, mediante la contabilización de los resultados correctos obtenidos en un test previo a la entrada en la planta piloto y por otro la valoración que hicieron los profesores responsables de los grupos de prácticas in situ. Los resultados demuestran la hipótesis previa de que no debían existir diferencias significativas entre los grupos, más allá de las inherentes a la propia personalidad de los estudiantes (interés e implicación personal por el tema). Por otra parte el test para la observación en el laboratorio no facilitó la distinción de diferencias objetivas.

Remodelació Camp Nou

Un proyecto catalán, finalista. La propuesta presentada por el despacho catalán Ferrater-Serra-Vives-Cartagena-Aurosport fue la finalista junto al proyecto de Foster, un concepto muy similar al estilo del Fly Emirates del Arsenal o del estadio Da Luz del Benfica.

An Experimental Study on Peer Selection in a P2P Network over PlanetLab

Peer-reviewed

Felisa Jordán, la madre de Estanislao Zeballos. Prácticas asociativas, espacio público y proyección femenina en Argentina (1870-1880)

La reconstrucción de la historia de la madre del conocido Estanislao Severo Zeballos es el objetivo de este artículo que se centra en la búsqueda del rol ejercido por Felisa Jordán durante la organización del Estado-Nación de la República Argentina. Zeballos divulgó algunos datos de su vida privada, como su parentesco con los Urquiza y los Ruiz Moreno, o su condición de propietario de 351.562 hectáreas en el Chaco Boreal gracias a la mediación que practicó en el transcurso de la firma del tratado boliviano-paraguayo que fijó la línea de statu-quo de 1907. Pero el relato más creativo del rosarino Estanislao fue la gestión de su madre Felisa Jordán de Zeballos en el marco del ámbito asociativo de la ciudad de Rosario. Para describir esta llamativa vinculación entre Zeballos y su madre Felisa Jordán me he centrado en dos fuentes documentales singulares que nos permiten abordar las prácticas asociativas, los espacios públicos y la proyección femenina en Argentina entre 1869 y 1872. En primer lugar en los documentos privados de las mujeres de élite de la Ciudad de Rosario, en particular las actas y la correspondencia de la asociación benéfica Damas de Caridad. Esta documentación signó durante años mi investigación sobre el Asilo de Huérfanos y Expósitos cuyo nombre fue modificado por Hogar del Huérfano por el peronismo, una institución que hoy día se encuentra en un futuro incierto. La secretaria de aquella asociación femenina fue la llamativa Felisa Jordán, la viuda del militar Estanislao Zeballos, que colaboraba activamente con la presidenta de la asociación Damas de Caridad, María de los Ángeles Rodríguez de Rosas, y con la tesorera Blanca Musch de Villegas en cuyo domicilio se reunieron por primera vez para formar la entidad en el año 1869, es decir, en plena Guerra de la Triple Alianza. La documentación de las hoy llamadas Damas de Protección al Huérfano se conserva en el archivo del Hogar del Huérfano, otrora denominado Hogar de Huérfanos y Expósitos, y hace referencia a aspectos de la vida cotidiana de la entidad, de la asociación femenina y de sus socias.

Mnemosyne y el proyecto Trans-formare, lecturas de la trasformación del Museo Frederic Marès de Barcelona

El artículo que presentamos a continuación recoge el proyecto Trans formare. Lecturas de la Transformación del Museo Frederic Marès, relatando la experiencia de ocho artistas vinculados al Equipo Confluencias [The Crossing Lab] de la Facultat de Belles Arts de la Universidad de Barcelona (convenios ref. UB 007095 y UB 008992), que a lo largo del período de renovación del Museu Frederic Marès de Barcelona (2009-2011) han revisitado las salas de este espacio museográfico en tránsito. Durante estas circunstancias especiales, las obras, protagonistas del Museo, carentes de su aura habitual y de la rigidez del contexto expositivo, han permitido una proximidad y una cercanía poco corrientes; siendo esta particularidad el punto de partida de Trans formare: una investigación en torno al objeto artístico y su imagen, a través de las experiencias de transformación y memoria. Asimismo, el proyecto ha buscado releer el trabajo de Aby Warburg, sus propuestas de catalogación iconográfica y, muy especialmente, sus Mnemosyne, permitiendo con ello aportar nuevas lecturas y perspectivas interpretativas al recorrido museográfico. En este artículo se pretende, pues, analizar y describir el proyecto, sus bases ideológicas y sus resultados, que han dado lugar a una exposición temporal con la que el Museo Marès ha reabierto sus puertas, y que puede visitarse hasta enero de 2012.

Obtenció d'estruvita a partir de la fracció líquida digerida de purins de vaca

Actualment a Catalunya existeixen zones amb importants limitacions per l’aplicació de purins al sòl, pel que és imprescindible trobar alternatives de gestió i tractament que permetin l’aprofitament adequat dels recursos continguts a les dejeccions ramaderes sense afectar el medi. La digestió anaeròbia és una de les tècniques utilitzades en el tractament de les dejeccions ramaderes. L’efluent líquid que s’obté d’aquest tractament no modifica el contingut de nitrogen i fòsfor i per tant ha de ser gestionat correctament. L’objectiu general d’aquest projecte és avaluar la precipitació d’estruvita (sal de magnesi, amoni i fosfat) com una alternativa de gestió de l’efluent líquid d’una planta de digestió anaeròbia i compostatge que tracta dejeccions ramaderes conjuntament amb altres residus orgànics. S’han avaluat els efectes dels diferents paràmetres operacionals en la formació d’estruvita (pH, temperatura, velocitat d’agitació, alcalinitat), mitjançant assaigs en discontinu amb solució sintètica. A continuació s’ha procedit a obtenir estruvita a partir de la fracció líquida digerida de purí (FLD), en assaigs en discontinu per estudiar l’efecte del contingut de matèria orgànica i sòlids Totals (ST), així com el contingut en fosfats i el pH de reacció. Finalment, s’han optimitzat els paràmetres de procés en continu, mitjançant la posada en marxa d’un reactor a escala de laboratori i estudi de l’efecte de la velocitat d’agitació i de la introducció del stripping de CO2, tant amb solució sintètica com amb la fracció líquida digerida del purí. Dels resultats obtinguts es pot concloure que els factors que tenen una major influència en el procés d’obtenció d’estruvita són el pH (el pH òptim es situa al voltant de 9), i la presència de matèria orgànica i sòlids ens suspensió, que interfereix de forma quantitativa i qualitativa en la formació de l’estruvita. En el procés en continu s’ha aconseguit reduccions d’un 84% i 98% d’amoni i fòsfor respectivament, obtenintse estruvita que pot ser utilitzada com a fertilitzant d’alliberació lenta. Es pot concloure que la precipitació d’estruvita és una bona alternativa per millorar la gestió de les dejeccions ramaderes alhora que permet recuperar nutrients i tancar cicles. La combinació amb un tractament previ que elimini la matèria orgànica, com podria ser la digestió anaeròbia, i una separació de fases, per eliminar els sòlids en suspensió, es presenta com una configuració amb molts avantatges.

Combined dielectrophoretic and impedance system for on-chip controlled bacteria concentration: Application to Escherichia coli

The present paper reports a bacteria autonomous controlled concentrator prototype with a user-friendly interface for bench-top applications. It is based on a micro-fluidic lab-on-a-chip and its associated custom instrumentation, which consists in a dielectrophoretic actuator, to pre-concentrate the sample, and an impedance analyser, to measure concentrated bacteria levels. The system is composed by a single micro-fluidic chamber with interdigitated electrodes and a instrumentation with custom electronics. The prototype is supported by a real-time platform connected to a remote computer, which automatically controls the system and displays impedance data used to monitor the status of bacteria accumulation on-chip. The system automates the whole concentrating operation. Performance has been studied for controlled volumes of Escherichia coli (E. coli) samples injected into the micro-fluidic chip at constant flow rate of 10 μL/min. A media conductivity correcting protocol has been developed, as the preliminary results showed distortion of the impedance analyser measurement produced by bacterial media conductivity variations through time. With the correcting protocol, the measured impedance values were related to the quantity of bacteria concentrated with a correlation of 0.988 and a coefficient of variation of 3.1%. Feasibility of E. coli on-chip automated concentration, using the miniaturized system, has been demonstrated. Furthermore, the impedance monitoring protocol had been adjusted and optimized, to handle changes in the electrical properties of the bacteria media over time.