Assembling genes from predicted exons in linear time with dynamic programming

In a number of programs for gene structure prediction in higher eukaryotic genomic sequences, exon prediction is decoupled from gene assembly: a large pool of candidate exons is predicted and scored from features located in the query DNA sequence, and candidate genes are assembled from such a pool as sequences of nonoverlapping frame-compatible exons. Genes are scored as a function of the scores of the assembled exons, and the highest scoring candidate gene is assumed to be the most likely gene encoded by the query DNA sequence. Considering additive gene scoring functions, currently available algorithms to determine such a highest scoring candidate gene run in time proportional to the square of the number of predicted exons. Here, we present an algorithm whose running time grows only linearly with the size of the set of predicted exons. Polynomial algorithms rely on the fact that, while scanning the set of predicted exons, the highest scoring gene ending in a given exon can be obtained by appending the exon to the highest scoring among the highest scoring genes ending at each compatible preceding exon. The algorithm here relies on the simple fact that such highest scoring gene can be stored and updated. This requires scanning the set of predicted exons simultaneously by increasing acceptor and donor position. On the other hand, the algorithm described here does not assume an underlying gene structure model. Indeed, the definition of valid gene structures is externally defined in the so-called Gene Model. The Gene Model specifies simply which gene features are allowed immediately upstream which other gene features in valid gene structures. This allows for great flexibility in formulating the gene identification problem. In particular it allows for multiple-gene two-strand predictions and for considering gene features other than coding exons (such as promoter elements) in valid gene structures.

Development and validation of AMANDA, a new algorithm for selecting highly relevant regions in Molecular Interaction Fields

Descriptors based on Molecular Interaction Fields (MIF) are highly suitable for drug discovery, but their size (thousands of variables) often limits their application in practice. Here we describe a simple and fast computational method that extracts from a MIF a handful of highly informative points (hot spots) which summarize the most relevant information. The method was specifically developed for drug discovery, is fast, and does not require human supervision, being suitable for its application on very large series of compounds. The quality of the results has been tested by running the method on the ligand structure of a large number of ligand-receptor complexes and then comparing the position of the selected hot spots with actual atoms of the receptor. As an additional test, the hot spots obtained with the novel method were used to obtain GRIND-like molecular descriptors which were compared with the original GRIND. In both cases the results show that the novel method is highly suitable for describing ligand-receptor interactions and compares favorably with other state-of-the-art methods.

The electric revolution in Latin America

Latin America participated in the electric revolution which profoundly transformed the most developed Western economies between 1880 and 1930. The electrification of Latin America began relatively soon after these economies, but it was incapable of keeping up with them. Public electric lighting was introduced early in the big Latin American cities, where electric trams started running at almost the same time as in Europe, and electricity spread rapidly in the mining sector. In the most advanced countries or areas in the region, the manufacturing industry substituted the steam engine with the electric motor, following the example of industry in the United States and Europe. Nevertheless, towards 1930 electricity consumption per inhabitant for Latin America was far below that of the more advanced economies, and only the Latin American countries which lead the process of electrification had reached levels of electric consumption that were similar to those of the late industrialised European countries. One of the most striking features of the electric revolution in Latin America is rooted precisely in the enormous national differences. These differences are indicative of the great economic inequalities existing in the heart of the region and these nations highly diverse capacity for economic modernisation.

Insuring California earthquakes and the role for catastrophe bonds

The 1994 Northridge earthquake sent ripples to insurance conpanieseverywhere. This was one in a series of natural disasters such asHurricane Andrew which together with the problems in Lloyd's of Londonhave insurance companies running for cover. This paper presents a calibration of the U.S. economy in a model with financial markets forinsurance derivatives that suggests the U.S. economy can deal with thedamage of natural catastrophe far better than one might think.

Quality safeguards and regulation of online pharmacies

Using econometric evidence, this article confirms that distribution ofmedicines online is split into two market segments of very diversequality, and identifies the factors that drive quality and qualityassurance in this activity. Unlike fraudulent, rogue, websites, whichoffer scant guarantees and usually sell just a few medicines withoutprescription, online pharmacies offering insurance coverage and linkedto conventional pharmacies typically sell a wholerange of drugs, require third-party medical prescriptions and provideabundant information to patients. It is shown that, where onlinepharmacies are allowed to act legally, market forces enhance quality,as private insurers require professional standards, and specialized thirdparties make a business of certifying them. Furthermore, older onlinepharmacies and those running conventional operations offer higherquality, probably because of reputational investments. Overall, this evidence supports licensing online pharmacies, especiallyconsidering that prohibiting them is ineffective against fraudulent sites.

Strategic ambiguity in electoral competition

Many have observed that political candidates running for election areoften purposefully expressing themselves in vague and ambiguous terms. In thispaper we provide a simple formal model of this phenomenon. We model theelectoral competition between two candidates as a two--stage game. In thefirst stage of the game two candidates simultaneously choose their ideologies,and in the second stage they simultaneously choose their level of ambiguity.Our results show that ambiguity, although disliked by voters, may be sustainedin equilibrium. The introduction of ambiguity as a strategic choice variablefor the candidates can also serve to explain why candidates with the sameelectoral objectives end up ``separating'', that is, assuming different ideological positions.

Competition amongst contests

This article analyses the allocation of prizes in contests. While existing models consider a single contest with an exogenously given set of players, in our model several contests compete for participants. As a consequence, prizes not only induce incentive effects but also participation effects. We show that contests that aim to maximize players aggregate effort will award their entire prize budget to the winner. In contrast, multiple prizes will be awarded in contests that aim to maximize participation and the share of the prize budget awarded to the winner increases in the contests randomness. We also provide empirical evidence for this relationship using data from professional road running. In addition, we show that prize structures might be used to screen between players of differing ability.

Stabilization versus insurance: Welfare effects of procyclical taxation under incomplete markets

We construct and calibrate a general equilibrium business cycle model with unemployment and precautionary saving. We compute the cost of business cycles and locate the optimum in a set of simple cyclical fiscal policies. Our economy exhibits productivity shocks, giving firms an incentive to hire more when productivity is high. However, business cycles make workers' income riskier, both by increasing the unconditional probability of unusuallylong unemployment spells, and by making wages more variable, and therefore they decrease social welfare by around one-fourth or one-third of 1% of consumption. Optimal fiscal policy offsets the cycle, holding unemployment benefits constant but varying the tax rate procyclically to smooth hiring. By running a deficit of 4% to 5% of output in recessions, the government eliminates half the variation in the unemployment rate, most of the variation in workers'aggregate consumption, and most of the welfare cost of business cycles.

State and industry in the 1940s: The Spanish automobile industry

The decade of the 1940s was one of the darkest periods in the country's history, with years of famine, repression, general misery, and impoverishment of all aspects of national life ranging from culture to the economy. During those years plans were made to establish a Spanish motor industry once the Civil War had come to an end in 1939. It seemed a propitious moment for private enterprise and various foreign motor companies presented proposals for manufacturing their entire vehicle range, from cars to trucks. However, the government plans were for a State monopoly, a policy which meant that any private projects which did not contemplate the regime taking management decisions were rejected out of hand. From 1941 onwards, any new initiative was required to meet the plans set by INI. The main argument running through this paper is that one can only understand the development of the modern Spanish motor industry if one grasps the haggling between motor companies and government regarding market entry and the impact of the regime's autarchic policies in the 1940s.

Job search and asset accumulation under borrowing constraints

In this paper I show how borrowing constraints and job search interact.I fit a dynamic model to data from the National Longitudinal Survey(1979-cohort) and show that borrowing constraints are significant. Agentswith more initial assets and more access to credit attain higher wagesfor several periods after high school graduation. The unemployed maintaintheir consumption by running down their assets, while the employed saveto buffer against future unemployment spells. I also show that, unlikein models with exogenous income streams, unemployment transfers, byallowing agents to attain higher wages do not 'crowd out' but increasesaving.

Cercador documental amb lematització

Un cercador documental d'arxius locals, en diferents formats, que permet l'extracció i indexació de lemes en diferents idiomes (principalment català, castellà i anglès) en el que s'habilita la cerca a través d'una pàgina web allotjada en un servidor local.

Control de la derivació de l'aigua de reg de Masjoan

RESUM Masjoan és una masia del segle XII on resideix la família Masferrer des del 1710. Actualment a Masjoan l’activitat principal és el cultiu i venta de plantes ornamentals, i l’explotació forestal per obtenir fusta. Pel que fa a l’aigua, tant per a la realització de l’activitat professional com per al subministrament de la casa, aquesta prové de mines d’aigua natural situades en la finca. L’objectiu d’aquest TFC ha estat dissenyar un sistema autònom per automatitzar el procés de derivació de l’aigua procedent d’una mina, i d’aquesta manera aprofitar millor els recursos naturals dels que és disposa. El desenvolupament d’aquest sistema, comprèn la selecció i configuració de sensors i actuadors, el disseny del circuit amb la realització de la placa, el disseny del sistema d’alimentació autònom, el software que controla el sistema, i dimensionar la resta d’elements de la instal•lació. Tot el sistema està controlat per un microcontrolador PIC16F876 i alimentat per un mòdul solar de 4W. En el disseny s’ha procurat, sobredimencionar les diferents etapes per possibles ampliacions o modificacions del sistema i que el circuit procures optimitzar el consum d’energia. Com a conclusions cal dir que s’han assolit els objectius proposats amb èxit. S’ha aconseguit un disseny funcional i estable que actualment es troba en funcionament.

Control de 6 respiròmetres i anàlisi de les dades

L’aplicació de tècniques respiromètriques és de recent innovació dins l’estudi dels tractaments d’aigües residuals. Aquest conjunt de tècniques ens permeten analitzar dos processos importants dins una planta de tractament biològic: el creixement de la biomassa i el consum del substrat. Això fa que siguin una eina amb gran potencial en l’avaluació dels sistemes de tractament biològic d’aigües residuals. L’objectiu principal d’aquest treball es la realització d’una aplicació capaç de controlar el funcionament de 6 respiròmetres, gestionant el procés del mostreig de les respirometries i l’anàlisi de les dades obtingudes, per obtenir el substrat ràpidament biodegradable (Ss) per a mostres d’aigua residual, i la taxa màxima de creixement específic per a mostres de compost. L’aplicació s’ha desenvolupat sobre l’entorn Microsoft Access, on s’integren la base de dades amb les mostres i els resultats de les respirometries, i els formularis de control que ens permeten gestionar i controlar els processos de mostreig i anàlisi. L’aplicació es comunica amb els sensors i actuadors dels respiròmetres a través del control ActiveX, ADS-OCX, subministrat per TwinCAT, que ens permet capturar les lectures dels sensors i controlar el funcionament dels actuadors. Aquests elements estan connectats a mòduls descentralitzats d’entrades i sortides, comunicats mitjançant el bus Ethernet amb el PC-Industrial, on s’executa l’aplicació. Un cop finalitzada l’aplicació, aquesta controla correctament el mostreig de les respirometries, registrant les lectures de les sondes a la base de dades i controlant l’activació de les vàlvules del respiròmetre. Partint de les mostres obtingudes, o de respirometries externes, importades des de Microsoft Excel, s’ha comprovat el correcte funcionament en el càlcul del substrat ràpidament biodegradable (Ss) i la taxa màxima de creixement específic. Amb l’aplicació desenvolupada, s’ha comprovat el funcionament i les possibilitats que ens ofereix TwinCAT alhora de controlar mòduls d’entrades i sortides, així com la seva comunicació amb aplicacions com Microsoft Access. Això pot afavorir a la utilització d’aquest tipus de tecnologia, per aplicacions futures.

Estudi de software lliure en diferents entorns

El software lliure està tenint últimament un pes cada cop més important en les empreses, però encara és el gran desconegut per a molta gent. Des de la seva creació als anys 80 fins ara, hi ha hagut un creixement exponencial de software lliure de gran qualitat, oferint eines per a tot tipus de necessitats, eines ofimàtiques, gestors de correu, sistemes de fitxer, sistemes operatius…. Tot aquest moviment no ha passat desapercebut per a molts usuaris i empreses, que s’han aprofitat d’ell per cobrir les seves necessitats. Pel que fa a les empreses, cada cop n’hi ha més que en petita o gran mesura, utilitzen el software lliure, ja sigui per el seu menor cost d’adquisició, o bé per la seva gran fiabilitat o per que és fàcilment adaptable o per no establir cap lligam tecnològic, en definitiva per tenir més llibertat. En el moment de la creació d’una nova empresa, on es parteix de zero en tota la tecnologia informàtica, és el moment menys costòs d’implementar l’arquitectura informàtica amb software lliure, és quan l’impacte que té sobre l’empresa, usuaris i clients és menor. En les empreses que ja tenen un sistema informàtic, caldrà establir un pla de migració, ja sigui total o parcial. La finalitat d’aquest projecte no és la de dir quin software és millor que l’altre o de dir quin s’ha d’instal•lar, sinó el de donar a conèixer el món del software lliure, mostrar part d’aquest software, fer alguna comparativa de software lliure amb software propietari, donant idees i un conjunt de solucions per a empreses, per què una empresa pugui agafar idees d’implementació d’algunes de les solucions informàtiques exposades o seguir algun dels consells proposats. Actualment ja hi ha moltes empreses que utilitzen software lliure. Algunes només n’utilitzen una petita part en les seves instal•lacions, ja que el fet de que una empresa funcioni al 100% amb software lliure, tot i que n’hi comença ha haver, de moment ho considero una mica arriscat, però que en poc temps, aquest fet serà cada cop més habitual.

Estudi i implantació de programari lliure

RESUM Actualment la majoria de nosaltres sabem de l’existència de molts programes lliures, però hem tenir clar que lliure no vol dir sempre programa gratuït. Tot i que a vegades sí que pot ser-ho, es té en compte molt més que això: és una manera de pensar i entendre el programari i al llarg dels anys ha generat tot un moviment social. Considerem que un programa lliure és aquell que garanteix als usuaris la llibertat per executar, copiar, distribuir, estudiar, canviar i millorar el codi programat, com molt bé defineixen les seves llibertats bàsiques. El programari lliure el podem trobar funcionant en ordinadors personals, escoles, empreses diverses, administracions, etc. ja que la majoria de programes que utilitzen actualment, com hem vist, tenen el seu equivalent en lliure. El fet de si és viable que una empresa es passi a programari lliure, depèn ben bé del seu entorn, ja que en funció d’aquest li serà més o menys fàcil la migració. La finalitat d’aquest projecte és, primer de tot, fer un ampli estudi del món del programari lliure i del seu moviment social. S’ha fet una recerca de diferents aspectes dins del programari lliure per conèixer-lo a fons i després s’ha proposat una possible implantació d’aquest en un usuari domèstic i en una administració pública, tenint en compte tots els aspectes vistos en l’estudi, valorant si totes les idees que defensa i els beneficis que aporta són aplicables i viables en qualsevol persona i àmbit i el perquè. Com a conclusió principal en destacaria que tot i que el programa lliure disposa d’una ideologia que agrada i té uns programes tècnicament perfectes (sense que això sigui el seu objectiu principal), penso que encara hi ha molt camí per recórrer quant a una migració en grans entorns, ja que per exemple en un ajuntament una migració total és encara difícil (tot i que no impossible perquè n’hi ha que s’hi han migrat). A l’apartat d’annexos s’hi inclou un glossari amb un seguit de terminologies amb paraules que no tothom pot saber i s’ha cregut oportú incloure-les en aquest apartat. La primera vegada que apareix alguna d’aquestes paraules la podem trobar senyalitzada amb un *.