Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Comparison of different devices for predicting the lean meat percentage of pig carcasses

Lean meat percentage (LMP) is the criterion for carcass classification and it must be measured on line objectively. The aim of this work was to compare the error of the prediction (RMSEP) of the LMP measured with the following different devices: Fat-O-Meat’er (FOM), UltraFOM (UFOM), AUTOFOM and -VCS2000. For this reason the same 99 carcasses were measured using all 4 apparatus and dissected according to the European Reference Method. Moreover a subsample of the carcasses (n=77) were fully scanned with a X-ray Computed Tomography equipment (CT). The RMSEP calculated with cross validation leave-one-out was lower for FOM and AUTOFOM (1.8% and 1.9%, respectively) and higher for UFOM and VCS2000 (2.3% for both devices). The error obtained with CT was the lowest (0.96%) in accordance with previous results, but CT cannot be used on line. It can be concluded that FOM and AUTOFOM presented better accuracy than UFOM and VCS2000.

A general multiserver state-dependent queueing system

The work studies a general multiserver queue in which the service time of an arriving customer and the next interarrival period may depend on both the current waiting time and the server assigned to the arriving customer. Stability of the system is proved under general assumptions on the predetermined distributions describing the model. The proof exploits a combination of the Markov property of the workload process with a regenerative property of the process. The key idea leading to stability is a characterization of the limit behavior of the forward renewal process generated by regenerations. Extensions of the basic model are also studied.

Primordial Perturbations in Einstein-Aether theories

El nostre objectiu es l'estudi d'extensions de la Relativitat General i, en particular, estem interessats en les teories que continguin camps vectorials addicionals. En aquests tipus de teories es necessari imposar que el vector ha de tenir norma fixa per evitar la presència d'un fantasma o grau de llibertat amb terme cinètic negatiu, i això implica que la simetria Lorentz està trencada espontàniament. El camp del aether només interactua gravitatòriament i la seva presència es difícil de detectar, no obstant això, durant inflació les fluctuacions del buit a escales petites d'un camp lleuger pot deixar una empremta en observables com les anisotropies del fons de radiació de microones. Les fluctuacions del Einstein-aether es comporten com els camps sense massa i això fa que inflació generi modes de longitud de ona llarga en els sectors escalar i vectorial. Hem estudiat la signatura del Einstein-aether dins l'espectre de pertorbacions primordials lluny del límit de de Sitter de inflació. Aquests modes escalars i vectorials poden deixar una empremta significativa en la radiació de fons de microones en funció dels paràmetres del model. Les observacions del fons de radiació de microones imposen restriccions fenomenològiques que redueixen els límits existents per aquesta classe de teoria. Amb aquest estudi del aether també esperem millorar el coneixement que tenim de una classe més ampla de teories que exhibeixen el mateix tipus de trencament de simetria.

Implementación de una metodología docente basada en las TIC y orientada al autoaprendizaje en asignaturas con un elevado contenido iconográfico en la Licenciatura de Veterinària de la UAB

La adaptación de los estudios universitarios al Espacio Europeo de Educación Superior (EEES) pretende conseguir un nuevo modelo educativo basado en el aprendizaje activo del estudiante. En este sentido, las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TICs) pueden desempeñar un papel importante en la renovación de la metodología docente, y muy especialmente en asignaturas donde la carga iconográfica es fundamental, tal como ocurre en las Ciencias morfológicas y en algunas materias clínicas. En la Licenciatura en Veterinària de la UAB la carga presencial del alumno es muy elevada, lo que deja poco tiempo para el autoaprendizaje activo y el estudio autónomo. Para intentar paliar este problema, en nuestra Titulación se han elaborado en los últimos años diversos atlas y otros documentos virtuales cuyos contenidos didácticos están relacionados con materias como la Anatomía, Parasitología, Radiología y Anatomía Patológica. Estos materiales, algunos de los cuales ya están publicados on line en la plataforma Veterinària Virtual (http://quiro.uab.es), y que están a disposición de los estudiantes, posibilitan reducir en parte la carga presencial, sirven de ayuda en el proceso de enseñanza y aprendizaje, facilitan el aprendizaje no presencial, autónomo y activo y permiten la evaluación continuada, consiguiendo en definitiva un aumento del protagonismo del alumno en el proceso educativo, lo que constituye una de las metas de la adaptación al EEES. Los alumnos valoran muy positivamente la publicación on line de material educativo, ya que representa un recurso didáctico fácilmente disponible, de acceso permanente y de bajo coste económico. La duración del proyecto ha sido de dos años.

Trayectorias de vida de los extranjeros encarcelados

El estudio analiza en profundidad las experiencias migratorias de los extranjeros que es encuentran en prisión, cual es su situación familiar y social aquí y en su país, la trayectoria delictiva y su experiencia penitenciaria, así como las expectativas de futuro cuando salga de prisión.

Anàlisi de les variables relacionades amb la reincidència dels agressors sexuals. Estudi d’una mostra d’interns de les presons de Catalunya

Les taxes de reincidència dels delinqüents sexuals son, en general més baixes que les de la resta de delinqüents. No obstant, hi ha una part que tenen una major probabilitat de tornar a delinquir i que tenen unes característiques de risc que els diferencien dels altres. S’ha dut a terme un estudi retrospectiu amb la totalitat dels delinqüents sexuals que van sortir de les presons de Catalunya entre l’1 de gener de 1998 i el 31 de desembre de 2001. El període de seguiment promig és de sis anys i nou mesos. S’han avaluat les taxes de reincidència en delictes sexuals, delictes no sexuals (generals) i en qualsevol tipus de delicte. Un 5,7 % va tornar a delinquir en delictes sexuals, el 13,2 dels subjectes va reincidir en delictes no sexuals i el 18,8 % va tornar a cometre qualsevol tipus de delicte. Entre les variables de risc, el nombre de delictes sexuals pels que compleixen condemna abans de sortir en llibertat i el tipus de víctima influeixen en la reincidència sexual, encara que respecte a la segona no es va poder calcular la significació estadística. També van tenir un pes significatiu l’edat del primer ingrés i la versatilitat delictiva. Pel que fa a la reincidència general, les variables relacionades amb la carrera delictiva i trets antisocials, a més de les condicions de la condemna, van ser les variables de més influencia. No s’ha trobat relació entre el tractament i la reincidència. Posteriorment a l’estudi d’aquestes variables van ser entrevistats vuit dels 11 subjectes que havien reincidit en delictes sexuals. A partir de l’anàlisi de les entrevistes es va elaborar un sistema de classificació dels principals components del procés del delicte. De la revisió del procés de cada subjecte apareixen dos perfils diferenciats.

Análisis de las variables relacionadas con la reincidencia de los agresores sexuales. Estudio de una muestra de internos de las prisiones de Catalunya

Con esta investigación se pretende llegar a concretar aquellos factores que pueden tener relación con la reincidencia de los delincuentes sexuales que salen de los centros penitenciarios de Catalunya. Estas conclusiones han de permitir en el futuro enriquecer los programas de tratamiento mediante la inclusión de contenidos y el establecimiento de criterios de individualización de la intervención.

El perdó de l’ofés: la via adecuada per alleugerir les càrregues de la justícia? Estudi de la institució i de les alternatives per rendibilitzar els recursos de l’Administració de justícia

En aquesta recerca aportem les conclusions de la nostra investigació sobre la figura del perdó de l’ofès i la seva possible virtualitat com a mitjà per alleugerir l’Administració de Justícia. En primer lloc, analitzem la institució del perdó de l’ofès, en concret, la seva regulació en el nostre Codi penal, els seus antecedents històrics i aportem certes dades de Dret comparat que poden ajudar a l’estudi crític de la institució (1). En la segona part, estudiem els arguments a favor i en contra del perdó de l’ofès dins el sistema penal i ens pronunciem sobre la seva legitimitat com a mecanisme per rendibilitzar l’Administració de Justícia (2). En la tercera part, sobre la base de les conclusions anteriors, aportem una reflexió sobre les alternatives al perdó de l’ofès (3). Per últim, en la darrera part, formulem la nostra proposta final sobre els mecanismes per rendibilitzar els recursos de l’Administració de Justícia (4). Segons el nostre estudi, el perdó de l’ofès no és un bon mecanisme per alleugerir la feina de l’Administració de Justícia. En canvi, la reparació i la conciliació si poden operar com a substitutius de la pena en els supòsits de delictes de menor gravetat; en els processos penals per aquests delictes caldria introduir un intent obligatori de conciliació, com el del § 380 StPO alemany i, a més, convindria preveure en el Codi penal la facultat del jutge d’eliminar la responsabilitat penal en determinats supòsits de reparació de l’autor a la víctima del delicte.

El perdó de l’ofés: la via adequada per alleugerir les càrregues de la justícia? Estudi de la institució i de les alternatives per rendibilitzar els recursos de l’Administració de justícia

En aquesta recerca aportem les conclusions de la nostra investigació sobre la figura del perdó de l’ofès i la seva possible virtualitat com a mitjà per alleugerir l’Administració de Justícia. En primer lloc, analitzem la institució del perdó de l’ofès, en concret, la seva regulació en el nostre Codi penal, els seus antecedents històrics i aportem certes dades de Dret comparat que poden ajudar a l’estudi crític de la institució (1). En la segona part, estudiem els arguments a favor i en contra del perdó de l’ofès dins el sistema penal i ens pronunciem sobre la seva legitimitat com a mecanisme per rendibilitzar l’Administració de Justícia (2). En la tercera part, sobre la base de les conclusions anteriors, aportem una reflexió sobre les alternatives al perdó de l’ofès (3). Per últim, en la darrera part, formulem la nostra proposta final sobre els mecanismes per rendibilitzar els recursos de l’Administració de Justícia (4). Segons el nostre estudi, el perdó de l’ofès no és un bon mecanisme per alleugerir la feina de l’Administració de Justícia. En canvi, la reparació i la conciliació si poden operar com a substitutius de la pena en els supòsits de delictes de menor gravetat; en els processos penals per aquests delictes caldria introduir un intent obligatori de conciliació, com el del § 380 StPO alemany i, a més, convindria preveure en el Codi penal la facultat del jutge d’eliminar la responsabilitat penal en determinats supòsits de reparació de l’autor a la víctima del delicte.

Les tecnologies de la comunicació al servei de la gent gran

Aquest informe mira de documentar el projecte GeriaTic, que desenvolupa l'Ajuntament de Barcelona al districte 22@. L'informe fa una anàlisi de la situació de la gent gran en relació amb les tecnologies de la informació i la comunicació en el sector de la salut, el control de l'entorn i el lleure. L'anàlisi de la documentació trobada i la informació extreta d'un grup de discussió amb persones grans usuàries de les TIC permeten identificar el mercat existent, els productes i serveis, les necessitats no cobertes i les bones pràctiques relacionades amb els tres sectors estudiats. Les conclusions de l'estudi assenyalen tres aspectes clau: la necessitat que la tecnologia s'incorpori a la vida quotidiana de les persones, perquè aparegui com a quelcom necessari i útil; la cura en cercar un disseny modular, escalable i integrat de la tecnologia que acompanyi les característiques específiques de la persona i els canvis al llarg del seu cicle vital, i, finalment, la consideració que la incorporació de les TIC en l'àmbit de la gent gran no tan sols involucra la persona, sinó també el conjunt de professionals i la societat en general. Aquests tres aspectes permeten plantejar l'exigència que la incorporació de la tecnologia en la vida de la gent gran abandoni el model assistencial i es presenti a la persona i a la societat com una font de noves possibilitats i una oportunitat per al canvi.

Automatic classification of breast density

A recent trend in digital mammography is computer-aided diagnosis systems, which are computerised tools designed to assist radiologists. Most of these systems are used for the automatic detection of abnormalities. However, recent studies have shown that their sensitivity is significantly decreased as the density of the breast increases. This dependence is method specific. In this paper we propose a new approach to the classification of mammographic images according to their breast parenchymal density. Our classification uses information extracted from segmentation results and is based on the underlying breast tissue texture. Classification performance was based on a large set of digitised mammograms. Evaluation involves different classifiers and uses a leave-one-out methodology. Results demonstrate the feasibility of estimating breast density using image processing and analysis techniques

Networks of PhD Students and Academic Performance: A Comparison across Countries

In this article we compare regression models obtained to predict PhD students’ academic performance in the universities of Girona (Spain) and Slovenia. Explanatory variables are characteristics of PhD student’s research group understood as an egocentered social network, background and attitudinal characteristics of the PhD students and some characteristics of the supervisors. Academic performance was measured by the weighted number of publications. Two web questionnaires were designed, one for PhD students and one for their supervisors and other research group members. Most of the variables were easily comparable across universities due to the careful translation procedure and pre-tests. When direct comparison was notpossible we created comparable indicators. We used a regression model in which the country was introduced as a dummy coded variable including all possible interaction effects. The optimal transformations of the main and interaction variables are discussed. Some differences between Slovenian and Girona universities emerge. Some variables like supervisor’s performance and motivation for autonomy prior to starting the PhD have the same positive effect on the PhD student’s performance in both countries. On the other hand, variables like too close supervision by the supervisor and having children have a negative influence in both countries. However, we find differences between countries when we observe the motivation for research prior to starting the PhD which increases performance in Slovenia but not in Girona. As regards network variables, frequency of supervisor advice increases performance in Slovenia and decreases it in Girona. The negative effect in Girona could be explained by the fact that additional contacts of the PhD student with his/her supervisor might indicate a higher workload in addition to or instead of a better advice about the dissertation. The number of external student’s advice relationships and social support mean contact intensity are not significant in Girona, but they have a negative effect in Slovenia. We might explain the negative effect of external advice relationships in Slovenia by saying that a lot of external advice may actually result from a lack of the more relevant internal advice

Entrevista y urgencia social: un reto para las competencias profesionales del educador social

Si decimos que los seres humanos sólo son capaces de vivir como tales mediante la reconstrucción narrativa de sus experiencias, estamos teniendo en cuenta conceptos e ideas que recuerdan a algunos autores contemporáneos (Ricoeur, Gadamer) que defienden la importancia de ser reconocido como una creatura hecha de palabras. En la medida en que son interpretadas, traducidas, contextualizadas y ordenadas por los profesionales, la situación dialogal significativa cobra importancia. Desde esta perspectiva hemos planteado las asignaturas: Habilidades Sociales, Técnicas de Entrevista y Gestión de Situación de Crisis diseñadas para integrar los diferentes modelos teóricos y las variables que se presentan en la relación comunicativa con el usuario y en particular en la situación de entrevista. Se mostrará también el modo cómo en nuestro proceso formativo, basado en la simulación de situaciones, se fomenta el compromiso con el trabajo en equipo, la autocomprensión y enseña a crear un clima de trabajo cooperativo en el que se hace más eficaz la relación de ayuda. A través de la presentación en clase de un caso práctico en el cual se describen todos los procedimientos y las fases del que se compone el ejercicio de la práctica profesional –paso a paso-, se busca poner de manifiesto las competencias adquiridas, los modelos empleados y las habilidades sociales que han sido necesarias para afrontar con éxito la situación de urgencia social. Finalmente se deja abierta la cuestión sobre la manera en que incide y beneficia este aprendizaje en las futuras situaciones de manejo del estrés profesional (burn out).

Internal test sets studies in a group of antimalarials

Topological indices have been applied to build QSAR models for a set of 20 antimalarial cyclic peroxy cetals. In order to evaluate the reliability of the proposed linear models leave-n-out and Internal Test Sets (ITS) approaches have been considered. The proposed procedure resulted in a robust and consensued prediction equation and here it is shown why it is superior to the employed standard cross-validation algorithms involving multilinear regression models