BioSWR - Semantic Web services Registry for Bioinformatics

Article About the Authors Metrics Comments Related Content Abstract Introduction Functionality Implementation Discussion Acknowledgments Author Contributions References Reader Comments (0) Figures Abstract Despite of the variety of available Web services registries specially aimed at Life Sciences, their scope is usually restricted to a limited set of well-defined types of services. While dedicated registries are generally tied to a particular format, general-purpose ones are more adherent to standards and usually rely on Web Service Definition Language (WSDL). Although WSDL is quite flexible to support common Web services types, its lack of semantic expressiveness led to various initiatives to describe Web services via ontology languages. Nevertheless, WSDL 2.0 descriptions gained a standard representation based on Web Ontology Language (OWL). BioSWR is a novel Web services registry that provides standard Resource Description Framework (RDF) based Web services descriptions along with the traditional WSDL based ones. The registry provides Web-based interface for Web services registration, querying and annotation, and is also accessible programmatically via Representational State Transfer (REST) API or using a SPARQL Protocol and RDF Query Language. BioSWR server is located at http://inb.bsc.es/BioSWR/and its code is available at https://sourceforge.net/projects/bioswr/​under the LGPL license.

Moodle Mobile : Mejorando lo presente... plugin 'myprofile'

El proyecto trata sobre la aplicación Moodle Mobile y las posibilidades de personalización y mejoras que ofrece. Principalmente el proyecto se centra en la personalización gráfica del interfaz y en el desarrollo de un plugin que añada la funcionalidad de permitir a un usuario cambiar la fotografía de su perfil en una instalación Moodle.

XML i Web Semàntica

En aquest treball es realitza una descripció dels llenguatges que constitueixen la base de la construcció de la Web Semàntica: l'XML, l'RDF i l'OWL. En concret, es realitza un estudi de la base de dades lèxica WordNet. Finalment, es presenta el disseny i la implementació d'una ontologia per representar les relacions lèxiques dels mots del català. A partir d'aquesta ontologia es crea una petita base de dades basada en la temàtica dels animals de companyia. Aquest cas pràctic permet extreure conclusions sobre els avantatges d'introduir metadades en els documents electrònics, i sobre les facilitats que ofereixen les aplicacions actuals pel desenvolupament d'aquest tipus de documents.

Ontologies turístiques geogràfiques

En els propers anys, la Web semàntica i les tecnologies que porta associades sembla que constituiran els eixos vertebradors d'una nova manera d'entendre la Xarxa. Aquesta deixarà de ser un mer repositori d'informació per a convertir-se en un ens capaç de generar coneixement per si sol, on màquines i usuaris treballin de manera col·laborativa. En aquest treball s'analitzarà l'evolució que ha sofert el mitjà i el significat d'una Web semàntica, passant per algunes de les tecnologies que hi donen suport. Per a entendre com es confereix significat a l'estructura d'una web, s'estudiaran de manera incremental els diferents llenguatges que permeten construir-la: XML, RDF i OWL. L'estructura conceptual que pren la informació, la representació de la qual és codificada amb els llenguatges mencionats anteriorment, es tractarà tant en un vessant teòric com en un de pràctic. Així, s'analitzarà el concepte i el procés de creació d'una ontologia i, mitjançant el programari Protégé, es crearà una taxonomia adequada en l'àmbit del turisme o lleure de muntanya. Un altre aspecte que s'analitzarà en el document és la nova generació de bases de dades que ha sorgit com a conseqüència del nou suport de la informació, on preval la relació que s'estableix entre les dades per sobre d'aquestes. Així doncs, s'estudiaran les característiques bàsiques de les bases de dades XML natives i es farà una breu introducció als llenguatges de modificació i consulta que suporten. Aquests aspectes s'aplicaran de manera pràctica sobre la base de dades eXist, mitjançant l'ús de les instàncies de l'ontologia creada. Finalment es desenvoluparà una aplicació web que permeti portar a la pràctica algunes de les tecnologies estudiades. El context en què se centrarà el cas pràctic serà el mateix que s'ha representat mitjançant l'ontologia i permetrà comprovar el funcionament d'una web explotada de manera semàntica.

Generación de metadatos semánticos mediante juegos on-line

Actualmente se pretende que los ordenadores puedan entender la semántica de la información que hay en la Web y que sea posible integrar diversas fuentes de información independientemente de la procedencia y formato de éstas, haciendo así una Web Semántica. Uno de los mayores problemas que tiene la Web Semántica es la falta de contenidos semánticos, principalmente debido a la falta de métodos de anotación automáticos existentes. Una forma de resolver este problema se basa en esconder tras aplicaciones que la gente usa diariamente, como los juegos on-line, estos procesos de generación de metadatos semánticos. El objetivo de este proyecto es estudiar diferentes iniciativas que tratan de enmascarar la generación de metadatos semánticos a través de los juegos on-line y el desarrollo de un prototipo de casual game para anotar semánticamente recursos. Se trata de un juego sencillo de pregunta-respuesta, donde dos usuarios concurrentes contestan a preguntas preestablecidas y definidas dentro de una ontología de dominio, obteniendo puntos en aquellas preguntas donde hayan dado la misma respuesta.

An Ontology for Open Rubric Exchange on the Web

While the Internet has given educators access to a steady supply of Open Educational Resources, the educational rubrics commonly shared on the Web are generally in the form of static, non-semantic presentational documents or in the proprietary data structures of commercial content and learning management systems.With the advent of Semantic Web Standards, producers of online resources have a new framework to support the open exchange of software-readable datasets. Despite these advances, the state of the art of digital representation of rubrics as sharable documents has not progressed.This paper proposes an ontological model for digital rubrics. This model is built upon the Semantic Web Standards of the World Wide Web Consortium (W3C), principally the Resource Description Framework (RDF) and Web Ontology Language (OWL).

Generación automàtica de formularios con asistencia al usuario para la edición de datos en la web semántica

Desarrollo de mecanismos para la edición de datos semánticos mendiante formularios generados automáticamente que asisten al usuario mediante mecanismos de auto-completado. Estos mecanismos se basarán en formularios web y se integrarán en una aplicación basada en tecnologías de web semántica. Los formularios se generarán a partir de datos basados en RDF, su estructura y semántica proporcionada por esquemas RDF. Los usuarios podrán editar los datos existentes o crear nuevas descripciones basadas en datos semánticos. En ambos casos, se recomendarán al usuario propiedades y valores conformes a los esquemas y ontologías que estructuran los datos.

Web semántica y ontologías en el procesamiento de la información documental

La carencia de unmodelo bien definido de representaciónde la informaciónen la web ha traído consigoproblemas de cara a diversosaspectos relacionados con suprocesamiento. Para intentarsolucionarlos, el W3C, organismoencargado de guiar la evoluciónde la web, ha propuestosu transformación hacia unanueva web denominada websemántica. En este trabajo sepresentan las posibilidades queofrece este nuevo escenario, asícomo las dificultades para suconsecución, prestando especialatención a las ontologías,herramientas de representacióndel conocimiento fundamentalespara la web semántica. Porúltimo, se analiza el papel delprofesional de la biblioteconomíay documentación en estenuevo entorno.

Biana: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks

Background: The analysis and usage of biological data is hindered by the spread of information across multiple repositories and the difficulties posed by different nomenclature systems and storage formats. In particular, there is an important need for data unification in the study and use of protein-protein interactions. Without good integration strategies, it is difficult to analyze the whole set of available data and its properties.Results: We introduce BIANA (Biologic Interactions and Network Analysis), a tool for biological information integration and network management. BIANA is a Python framework designed to achieve two major goals: i) the integration of multiple sources of biological information, including biological entities and their relationships, and ii) the management of biological information as a network where entities are nodes and relationships are edges. Moreover, BIANA uses properties of proteins and genes to infer latent biomolecular relationships by transferring edges to entities sharing similar properties. BIANA is also provided as a plugin for Cytoscape, which allows users to visualize and interactively manage the data. A web interface to BIANA providing basic functionalities is also available. The software can be downloaded under GNU GPL license from http://sbi.imim.es/web/BIANA.php.Conclusions: BIANA's approach to data unification solves many of the nomenclature issues common to systems dealing with biological data. BIANA can easily be extended to handle new specific data repositories and new specific data types. The unification protocol allows BIANA to be a flexible tool suitable for different user requirements: non-expert users can use a suggested unification protocol while expert users can define their own specific unification rules.

La didàctica de l'educació visual i plàstica, entre el discurs visual i el discurs estètic. La perversió del model

El presente trabajo es el resultado de un año de investigación de campo y de estudio bibliográfico, que se formalizó en un proyecto educativo dirigido a alumnos de 3 de secundaria en la área de educación visual y plástica. " Las manos" , título del proyecto, se presentó como una alternativa en la didáctica de la educación visual y plástica cuando se plantea desde un aprendizaje lineal, desde un modelo. El planteamiento consistió en potenciar la comprensión y expresión artísticas a partir de la interrelación de otras áreas de conocimiento con la visual y plástica para sensibilizar al alumno en la importancia que tiene el proceso en el acto creativo. Valorar el proceso facilitó la asimilación de conceptos como figuración, abstracción y síntesis tan importantes para entender el hecho artístico. La valoración positiva del proyecto no pretende contraponer dos metodologías diferentes: la lineal con modelos y la que se presenta en espiral, inductiva, con referentes que no tienen que ser necesariamente visuales. Las dos opciones pueden actuar en simbiosis siempre que el alumno sepa percibir el significado que quiere dar a su obra y que todo no quede en una pura representación decorativa.

L'aplicació dels nous plans d'estudi a l'escola de formació de professorat de la UB: un balanç (1992-1997)

En el presente artículo se realiza un balance, desde la perspectiva que otorgan los cinco años de su implantación, de los aspectos tanto positivos como negativos que han comportado los nuevos pianes de estudio de los seis títulos de magisterio. Se pone de relieve una serie de problemas que inciden tanto en el diseño de los planes como en su aplicación práctica, tales como la indefinición del perfil de maestro de cada título, el desequilibrio en algunos itinerarios curriculares, la infrautilización de la libre elección, la concentración de la demanda en las optativas, etc. También se destaca los aspectos positivos que se ha podido apreciar. Entre otros, se constata una mayor adecuación a las salidas profesionales, el nuevo diseño del Practicum y el gran potencial que la optatividad y la libre elección suponen para el alumnado que sepa utilizar los recursos que se ofrecen en este sentido.

L'aplicació dels nous plans d'estudi a l'escola de formació de professorat de la UB: un balanç (1992-1997)

En el presente artículo se realiza un balance, desde la perspectiva que otorgan los cinco años de su implantación, de los aspectos tanto positivos como negativos que han comportado los nuevos pianes de estudio de los seis títulos de magisterio. Se pone de relieve una serie de problemas que inciden tanto en el diseño de los planes como en su aplicación práctica, tales como la indefinición del perfil de maestro de cada título, el desequilibrio en algunos itinerarios curriculares, la infrautilización de la libre elección, la concentración de la demanda en las optativas, etc. También se destaca los aspectos positivos que se ha podido apreciar. Entre otros, se constata una mayor adecuación a las salidas profesionales, el nuevo diseño del Practicum y el gran potencial que la optatividad y la libre elección suponen para el alumnado que sepa utilizar los recursos que se ofrecen en este sentido.

NoFeud : Privacitat per a xarxes socials

Aquest treball fi de carrera és un estudi-prototip d'un model de privacitat per a xarxes socials on els missatges són visibles només per a qui comparteix un cert nombre d'amics en comú, fent servir els algorismes RSA i la compartició de secrets de Shamir. Per realitzar el prototip s'ha creat un plugin de Google Chrome per a la part de client i per a la part de servidor un servei en NodeJS i l'emmagatzematge en una base de dades NoSQL mongoDB, que són tecnologies emergents dins del desenvolupament web; per tant, tot el codi ha estat escrit en JavaScript.

Ampliación de funcionalidades para la red KPAX

Creación de un plugin con nuevas funcionalidades para la aplicación KPAX.

EvaExam HTML Report

El proyecto tiene la finalidad de crear un plugin para la aplicación web EvaExam que permite presentar los resultados de exámenes en un informe HTML. El proyecto forma parte del trabajo central de las prácticas de fin de carrera que se realizaron en la empresa Electric Paper Evaluationssysteme GmbH.