Networking of differentially expressed genes in human cancer cells resistant to methotrexate

BACKGROUND: The need for an integrated view of data obtained from high-throughput technologies gave rise to network analyses. These are especially useful to rationalize how external perturbations propagate through the expression of genes. To address this issue in the case of drug resistance, we constructed biological association networks of genes differentially expressed in cell lines resistant to methotrexate (MTX). METHODS: Seven cell lines representative of different types of cancer, including colon cancer (HT29 and Caco2), breast cancer (MCF-7 and MDA-MB-468), pancreatic cancer (MIA PaCa-2), erythroblastic leukemia (K562) and osteosarcoma (Saos-2), were used. The differential expression pattern between sensitive and MTX-resistant cells was determined by whole human genome microarrays and analyzed with the GeneSpring GX software package. Genes deregulated in common between the different cancer cell lines served to generate biological association networks using the Pathway Architect software. RESULTS: Dikkopf homolog-1 (DKK1) is a highly interconnected node in the network generated with genes in common between the two colon cancer cell lines, and functional validations of this target using small interfering RNAs (siRNAs) showed a chemosensitization toward MTX. Members of the UDP-glucuronosyltransferase 1A (UGT1A) family formed a network of genes differentially expressed in the two breast cancer cell lines. siRNA treatment against UGT1A also showed an increase in MTX sensitivity. Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1 (EEF1A1) was overexpressed among the pancreatic cancer, leukemia and osteosarcoma cell lines, and siRNA treatment against EEF1A1 produced a chemosensitization toward MTX. CONCLUSIONS: Biological association networks identified DKK1, UGT1As and EEF1A1 as important gene nodes in MTX-resistance. Treatments using siRNA technology against these three genes showed chemosensitization toward MTX.

Networking of differentially expressed genes in human cancer cells resistant to methotrexate

BACKGROUND: The need for an integrated view of data obtained from high-throughput technologies gave rise to network analyses. These are especially useful to rationalize how external perturbations propagate through the expression of genes. To address this issue in the case of drug resistance, we constructed biological association networks of genes differentially expressed in cell lines resistant to methotrexate (MTX). METHODS: Seven cell lines representative of different types of cancer, including colon cancer (HT29 and Caco2), breast cancer (MCF-7 and MDA-MB-468), pancreatic cancer (MIA PaCa-2), erythroblastic leukemia (K562) and osteosarcoma (Saos-2), were used. The differential expression pattern between sensitive and MTX-resistant cells was determined by whole human genome microarrays and analyzed with the GeneSpring GX software package. Genes deregulated in common between the different cancer cell lines served to generate biological association networks using the Pathway Architect software. RESULTS: Dikkopf homolog-1 (DKK1) is a highly interconnected node in the network generated with genes in common between the two colon cancer cell lines, and functional validations of this target using small interfering RNAs (siRNAs) showed a chemosensitization toward MTX. Members of the UDP-glucuronosyltransferase 1A (UGT1A) family formed a network of genes differentially expressed in the two breast cancer cell lines. siRNA treatment against UGT1A also showed an increase in MTX sensitivity. Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1 (EEF1A1) was overexpressed among the pancreatic cancer, leukemia and osteosarcoma cell lines, and siRNA treatment against EEF1A1 produced a chemosensitization toward MTX. CONCLUSIONS: Biological association networks identified DKK1, UGT1As and EEF1A1 as important gene nodes in MTX-resistance. Treatments using siRNA technology against these three genes showed chemosensitization toward MTX.

Sociedad y economia durante el Bronce final y la Primera edad del Hierro en el noreste peninsular: una aproximacion a partir de las evidencias arqueologicas.

A finales de la Edad del Bronce comienzan a producirse importantes transformaciones en el seno de las comunidades del noreste peninsular que tendrán continuidad durante los siglos VII y VI ANE y que se caracterizarán por la paulatina formación de una clase aristocrática de carácter guerrero. Sin embargo, esta élite no se consolidará definitivamente en el poder hasta el ibérico antiguo, constituyéndose así la estructura social sobre la que se desarrollarán los estados arcaicos durante el ibérico pleno.

Felisa Jordán, la madre de Estanislao Zeballos. Prácticas asociativas, espacio público y proyección femenina en Argentina (1870-1880)

La reconstrucción de la historia de la madre del conocido Estanislao Severo Zeballos es el objetivo de este artículo que se centra en la búsqueda del rol ejercido por Felisa Jordán durante la organización del Estado-Nación de la República Argentina. Zeballos divulgó algunos datos de su vida privada, como su parentesco con los Urquiza y los Ruiz Moreno, o su condición de propietario de 351.562 hectáreas en el Chaco Boreal gracias a la mediación que practicó en el transcurso de la firma del tratado boliviano-paraguayo que fijó la línea de statu-quo de 1907. Pero el relato más creativo del rosarino Estanislao fue la gestión de su madre Felisa Jordán de Zeballos en el marco del ámbito asociativo de la ciudad de Rosario. Para describir esta llamativa vinculación entre Zeballos y su madre Felisa Jordán me he centrado en dos fuentes documentales singulares que nos permiten abordar las prácticas asociativas, los espacios públicos y la proyección femenina en Argentina entre 1869 y 1872. En primer lugar en los documentos privados de las mujeres de élite de la Ciudad de Rosario, en particular las actas y la correspondencia de la asociación benéfica Damas de Caridad. Esta documentación signó durante años mi investigación sobre el Asilo de Huérfanos y Expósitos cuyo nombre fue modificado por Hogar del Huérfano por el peronismo, una institución que hoy día se encuentra en un futuro incierto. La secretaria de aquella asociación femenina fue la llamativa Felisa Jordán, la viuda del militar Estanislao Zeballos, que colaboraba activamente con la presidenta de la asociación Damas de Caridad, María de los Ángeles Rodríguez de Rosas, y con la tesorera Blanca Musch de Villegas en cuyo domicilio se reunieron por primera vez para formar la entidad en el año 1869, es decir, en plena Guerra de la Triple Alianza. La documentación de las hoy llamadas Damas de Protección al Huérfano se conserva en el archivo del Hogar del Huérfano, otrora denominado Hogar de Huérfanos y Expósitos, y hace referencia a aspectos de la vida cotidiana de la entidad, de la asociación femenina y de sus socias.

Parentesco, redes familiares y sociabilidad en el mundo hispanoamericano en los siglos XVII y XIX

Hasta hace algunos años, el interés por la historia de la familia, aunque no era escaso, estaba orientado a enfoques de tipo macrohistórico, ya que el énfasis estaba puesto en las estructuras de la sociedad. La dominación de los planteamientos cuantitativistas impuestos por los Annales, así como la fuerte influencia del marxismo, coadyuvaron en la consideración de la familia, no como objeto de investigación en sí misma, sino como expresión o ilustración de un funcionamiento económico social global. Los numerosos y excelentes trabajos sobre la élite colonial americana ejemplifican esta clase de acercamiento, fundamentado a partir de una reflexión acerca de los grupos sociales definidos en base a criterios socio-económicos. De la misma marreta, si la familia servia de base a los estudios de demografía histórica,lo que se pretendía a través de ella era la deconstrucción de modelos de comportamiento demográfico para un espacio definido. Fuera de estos planteos con sesgos estructuralistas y funcionalistas, la historia de la familia fue el refugio de la historiografia más tradicional y a veces rancia, fundada muchas veces en la aplicación de la reconstrucción genealógica como único método de estudio de los sectotes sociales más poderosos a nivel económico o político.