Knowledge management for systems biology a general and visually driven framework applied to translational medicine

Background: To enhance our understanding of complex biological systems like diseases we need to put all of the available data into context and use this to detect relations, pattern and rules which allow predictive hypotheses to be defined. Life science has become a data rich science with information about the behaviour of millions of entities like genes, chemical compounds, diseases, cell types and organs, which are organised in many different databases and/or spread throughout the literature. Existing knowledge such as genotype - phenotype relations or signal transduction pathways must be semantically integrated and dynamically organised into structured networks that are connected with clinical and experimental data. Different approaches to this challenge exist but so far none has proven entirely satisfactory. Results: To address this challenge we previously developed a generic knowledge management framework, BioXM™, which allows the dynamic, graphic generation of domain specific knowledge representation models based on specific objects and their relations supporting annotations and ontologies. Here we demonstrate the utility of BioXM for knowledge management in systems biology as part of the EU FP6 BioBridge project on translational approaches to chronic diseases. From clinical and experimental data, text-mining results and public databases we generate a chronic obstructive pulmonary disease (COPD) knowledge base and demonstrate its use by mining specific molecular networks together with integrated clinical and experimental data. Conclusions: We generate the first semantically integrated COPD specific public knowledge base and find that for the integration of clinical and experimental data with pre-existing knowledge the configuration based set-up enabled by BioXM reduced implementation time and effort for the knowledge base compared to similar systems implemented as classical software development projects. The knowledgebase enables the retrieval of sub-networks including protein-protein interaction, pathway, gene - disease and gene - compound data which are used for subsequent data analysis, modelling and simulation. Pre-structured queries and reports enhance usability; establishing their use in everyday clinical settings requires further simplification with a browser based interface which is currently under development.

Derivation of human embryonic stem cells at the center for regenerative medicine in Barcelona

We report here the legislative issues related toembryo research and human embryonic stem cell (hESC)research in Spain and the derivation of nine hESC lines atthe Center of Regenerative Medicine in Barcelona. You canfind the information for obtaining our lines for researchpurposes at blc@cmrb.eu.

Immigration controls and the erosion of popular sovereignty

The idea that immigration controls in Western developed states are a response to popular pressure is axiomatic in the academic literature on migration. In the academic literature and in policy circles it is also commonplace to hear that migration is eroding the sovereignty of states. This article challenges both of these ideas. We argue that both of these ideas overlook or ignore the erosion of popular sovereignty from within states. We argue that engaging with, rather than evading, public debate on migration can potentially help to reinvigorate popular sovereignty.

El conte popular català com a eina de transmissió dels valors educatius

Al final dels anys setanta neix una nova manera d'explicar contes, a partir de contistes sovint urbans i cultes, utilitzant recursos no directament tradicionals, i amb una relació amb l'auditori que s'apropa més aviat a l'espectacle instituït que no pas a la transmissió de coneixements i fantasies deis nostres avantpassats. Es configura una etapa caracteritzada per l'arraconament i l'oblit del conte popular catala; paral-lelament van desenvolupant-se noves técniques que proporcionen educació i basicament distracció als nens i nenes.

El género que se escribe en la cultura popular

Este libro surge del interés por explorar un ámbito, el de la cultura popular, que en su misma definición entraña un componente ideológico, pues parece que se delimite exclusivamente por oposición a la «alta cultura». Esta estructuración dicotómica de la producción cultural se ha convertido en el eje sobre el que pivotan otras oposicionesduales, como las que conciernen a la calidad vs. la falta de calidad, al conservadurismo vs. el carácter subversivo, el valorestético vs. su potencialidad política, el consumo formado y elitista vs. el consumo masivo al que no se le supone criterio estético, la prevalencia de soportes o formatos «convencionales» vs. formatosalternativos o desarrollados con las tecnologías actuales…

El género que se escribe en la cultura popular

Este libro surge del interés por explorar un ámbito, el de la cultura popular, que en su misma definición entraña un componente ideológico, pues parece que se delimite exclusivamente por oposición a la «alta cultura». Esta estructuración dicotómica de la producción cultural se ha convertido en el eje sobre el que pivotan otras oposicionesduales, como las que conciernen a la calidad vs. la falta de calidad, al conservadurismo vs. el carácter subversivo, el valorestético vs. su potencialidad política, el consumo formado y elitista vs. el consumo masivo al que no se le supone criterio estético, la prevalencia de soportes o formatos «convencionales» vs. formatosalternativos o desarrollados con las tecnologías actuales…

Història i Comunitat Popular a l’Alemanya Nazi

El projecte pretén esdevenir l’anàlisi sobre quin fou el rol que assumí la història –a nivell institucional, educatiu i popular– en la configuració del Tercer Reich, apuntant doncs principalment a descobrir quina funció va tenir aquesta en la construcció de la nació alemanya durant els anys trenta. La hipòtesi que servirà de punt de partida de la investigació serà concebre que la història es convertí en una eïna que únicament es debia a l’estat per així poder reforçar la construcció del règim nacionalsocialista alemany. L’estudi es dedicarà per tant a haver de demostrar tal afirmació.

August i la política d'entreteniment popular: la construcció d'edificis d'espectacles durant l'època augustal.

Quan August va accedir al poder en solitari l'any 31 aC, Roma es trobava trastornada per un seguit de guerres civils que havien deixat l'Estat molt malparat. A partir d'aquell moment, el principal objectiu d'August va ser el retorn a la normalitat, assegurar les necessitats del poble i consolidar el règim que acabava d'inaugurar. No en va, aquest emperador presumia d'haver trobat una Roma de maons i haverla deixat de marbre. August va assumir una bona part de les despeses que generava aquesta política com si fos un veritable deure personal. Gràcies a la immensa fortuna heretada de Juli Cèsar, August va poder finançar aquells aspectes de la vida pública que més atreien els seus contemporanis. El primer ciutadà de l'Imperi es converteix també en el primer evergeta (benefactor) amb un propòsit ben interessat: captar el favor popular.

August i la política d'entreteniment popular: la construcció d'edificis d'espectacles durant l'època augustal.

Quan August va accedir al poder en solitari l'any 31 aC, Roma es trobava trastornada per un seguit de guerres civils que havien deixat l'Estat molt malparat. A partir d'aquell moment, el principal objectiu d'August va ser el retorn a la normalitat, assegurar les necessitats del poble i consolidar el règim que acabava d'inaugurar. No en va, aquest emperador presumia d'haver trobat una Roma de maons i haverla deixat de marbre. August va assumir una bona part de les despeses que generava aquesta política com si fos un veritable deure personal. Gràcies a la immensa fortuna heretada de Juli Cèsar, August va poder finançar aquells aspectes de la vida pública que més atreien els seus contemporanis. El primer ciutadà de l'Imperi es converteix també en el primer evergeta (benefactor) amb un propòsit ben interessat: captar el favor popular.

Significats compartits : La festa popular, el llegat cultural d'un poble. El cas de la Festa Major a Sant Pere Pescador

Aquest treball analitza la festa popular a través de l'estudi de cas de la festa major de Sant Pere Pescador: es presenta una manifestació concreta de la cultura popular i tradicional a partir d'una pràctica quotidiana. Exposem allò que dóna significat a la festa major, quin paper hi juga a la creació d'identitat i com la gent se l'ha fet seva.

Systems medicine and integrated care to combat chronic noncommunicable diseases

We propose an innovative, integrated, cost-effective health system to combat major non-communicable diseases (NCDs), including cardiovascular, chronic respiratory, metabolic, rheumatologic and neurologic disorders and cancers, which together are the predominant health problem of the 21st century. This proposed holistic strategy involves comprehensive patient-centered integrated care and multi-scale, multi-modal and multi-level systems approaches to tackle NCDs as a common group of diseases. Rather than studying each disease individually, it will take into account their intertwined gene-environment, socio-economic interactions and co-morbidities that lead to individual-specific complex phenotypes. It will implement a road map for predictive, preventive, personalized and participatory (P4) medicine based on a robust and extensive knowledge management infrastructure that contains individual patient information. It will be supported by strategic partnerships involving all stakeholders, including general practitioners associated with patient-centered care. This systems medicine strategy, which will take a holistic approach to disease, is designed to allow the results to be used globally, taking into account the needs and specificities of local economies and health systems.

Un fòssil juràssic amb un nom popular peculiar a la Vall de Sóller

En aquest treball s’estudia, des d’una perspectiva etnopaleontològica, la denominació popular aplicada pels habitants de la Vall de Sóller al braquiòpode fòssil Terabratula davidsoni Haime 1855, fòssil del període Juràssic, descrit pel geòleg francès Jules Haime al segle XIX al jaciment de Muleta de ca s’Hereu i que apareix a diversos indrets de la zona de Sóller. També es fa una revisió de l’estat actual del coneixement sobre la presència d’aquest fòssil a l’illa de Mallorca, a la vegada que se’n proposa una revisió taxonòmica.

El gest nostre de cada dia. La gestualitat emblemàtica com a patrimoni de la cultura popular

El libro de Lluís Payrató, El gest nostre de cada dia, es un estudio escrito en catalán de los gestos de la categoría de emblemas de la cultura catalana. Los emblemas constituyen un recurso comunicativo autónomo de la palabra, en el sentido de que expresan un mensaje que equivale a una palabra o expresión. El autor incorpora a la investigación el repertorio gestual que elaboró Joan Amades en 1957. La tesis central de la obra es la naturaleza cultural y contextual de los emblemas, de modo que pueden tener un significado mundial en algunos casos y un significado local en otros. La contribución del ensayo es una descripción de los gestos según su función comunicativa y la confección de un repertorio de 108 emblemas catalanes. El gest nostre de cada dia [Our daily gesture] is a study written by Lluís Payrató in Catalan about the Catalan culture. It deals with a type of gestures called emblems. The emblems are gestures that correspond to a word or expression. The author analyzes the gestural repertoire that developed in 1957 Joan Amades. The central thesis of the work is the cultural and contextual nature of the emblems, so that may have global significance in some cases and in other local significance. The contribution of the paper is a description of gestures by communicative function and the production of a repertoire of 108 Catalan emblems.

August i la política d'entreteniment popular: la construcció d'edificis d'espectacles durant l'època augustal.

Quan August va accedir al poder en solitari l'any 31 aC, Roma es trobava trastornada per un seguit de guerres civils que havien deixat l'Estat molt malparat. A partir d'aquell moment, el principal objectiu d'August va ser el retorn a la normalitat, assegurar les necessitats del poble i consolidar el règim que acabava d'inaugurar. No en va, aquest emperador presumia d'haver trobat una Roma de maons i haverla deixat de marbre. August va assumir una bona part de les despeses que generava aquesta política com si fos un veritable deure personal. Gràcies a la immensa fortuna heretada de Juli Cèsar, August va poder finançar aquells aspectes de la vida pública que més atreien els seus contemporanis. El primer ciutadà de l'Imperi es converteix també en el primer evergeta (benefactor) amb un propòsit ben interessat: captar el favor popular.