An efficient algorithm to perform multiple testing in epistasis screening

Background: Research in epistasis or gene-gene interaction detection for human complex traits has grown over the last few years. It has been marked by promising methodological developments, improved translation efforts of statistical epistasis to biological epistasis and attempts to integrate different omics information sources into the epistasis screening to enhance power. The quest for gene-gene interactions poses severe multiple-testing problems. In this context, the maxT algorithm is one technique to control the false-positive rate. However, the memory needed by this algorithm rises linearly with the amount of hypothesis tests. Gene-gene interaction studies will require a memory proportional to the squared number of SNPs. A genome-wide epistasis search would therefore require terabytes of memory. Hence, cache problems are likely to occur, increasing the computation time. In this work we present a new version of maxT, requiring an amount of memory independent from the number of genetic effects to be investigated. This algorithm was implemented in C++ in our epistasis screening software MBMDR-3.0.3. We evaluate the new implementation in terms of memory efficiency and speed using simulated data. The software is illustrated on real-life data for Crohn’s disease. Results: In the case of a binary (affected/unaffected) trait, the parallel workflow of MBMDR-3.0.3 analyzes all gene-gene interactions with a dataset of 100,000 SNPs typed on 1000 individuals within 4 days and 9 hours, using 999 permutations of the trait to assess statistical significance, on a cluster composed of 10 blades, containing each four Quad-Core AMD Opteron(tm) Processor 2352 2.1 GHz. In the case of a continuous trait, a similar run takes 9 days. Our program found 14 SNP-SNP interactions with a multiple-testing corrected p-value of less than 0.05 on real-life Crohn’s disease (CD) data. Conclusions: Our software is the first implementation of the MB-MDR methodology able to solve large-scale SNP-SNP interactions problems within a few days, without using much memory, while adequately controlling the type I error rates. A new implementation to reach genome-wide epistasis screening is under construction. In the context of Crohn’s disease, MBMDR-3.0.3 could identify epistasis involving regions that are well known in the field and could be explained from a biological point of view. This demonstrates the power of our software to find relevant phenotype-genotype higher-order associations.

Application of Multi-SNP Approaches Bayesian LASSO and AUC-RF to Detect Main Effects of Inflammatory-Gene Variants Associated with Bladder Cancer Risk

The relationship between inflammation and cancer is well established in several tumor types, including bladder cancer. We performed an association study between 886 inflammatory-gene variants and bladder cancer risk in 1,047 cases and 988 controls from the Spanish Bladder Cancer (SBC)/EPICURO Study. A preliminary exploration with the widely used univariate logistic regression approach did not identify any significant SNP after correcting for multiple testing. We further applied two more comprehensive methods to capture the complexity of bladder cancer genetic susceptibility: Bayesian Threshold LASSO (BTL), a regularized regression method, and AUC-Random Forest, a machine-learning algorithm. Both approaches explore the joint effect of markers. BTL analysis identified a signature of 37 SNPs in 34 genes showing an association with bladder cancer. AUC-RF detected an optimal predictive subset of 56 SNPs. 13 SNPs were identified by both methods in the total population. Using resources from the Texas Bladder Cancer study we were able to replicate 30% of the SNPs assessed. The associations between inflammatory SNPs and bladder cancer were reexamined among non-smokers to eliminate the effect of tobacco, one of the strongest and most prevalent environmental risk factor for this tumor. A 9 SNP-signature was detected by BTL. Here we report, for the first time, a set of SNP in inflammatory genes jointly associated with bladder cancer risk. These results highlight the importance of the complex structure of genetic susceptibility associated with cancer risk.

Use of open educational resources at the UOC

The Open University of Catalonia (UOC: Universitat Oberta de Catalunya) is currently implementing its 2009-2014 Strategic Plan, which devotes an entire section to open educational resources. The working group on this topic is drafting a report that establishes the objectives to be met, analyses the current lay of the land and sets out the actions required to meet the objectives. This paper examines each of these three points.

Percepció i coneixements dels estudiants d'infermeria sobre la violència en la parella

Les últimes dades de l'estudi europeu del 2014, sobre la violència de parella indiquen que gairebé 62 milions de dones europees, havien sofert actes de violència de gènere, entre els quals es destaca els relacionats amb la violència de parella (VP). Els maltractaments constitueixen un problema molt greu que genera al nostre país cada vegada més alarma social i més actuacions legals i professionals per fer-li front. El sistema de salut és, amb freqüència, el primer lloc al que les víctimes de violència domèstica acudeixen a la recerca d'assessorament i ajuda, sent aquest el motiu pel qual els professionals de la salut tenen un paper central per a la seva assistència. Aquests formen part implicada en el sistema de detecció, atenció i actuació. Per això, els plans d'estudi de Grau d'Infermeria recullen en el BOE la formació en VP des de l’àmbit universitari. L’objectiu del nostre estudi consisteix en la identificació de la percepció i dels coneixements en relació a la violència de parella dels estudiants del Grau d’Infermeria de la Universitat de Girona durant el curs acadèmic 2012-2013. Per a dur-lo a terme es va realitzar un anàlisi quantitatiu dels resultats a través de l’administració d’una enquesta sobre sis aspectes de la VP, l’enquesta incloïa el perfil demogràfic (sexe, edat i anys d'estudi) dels estudiants i les declaracions relatives a les seves percepcions i coneixements sobre la VP: causes d'abús; la identificació de les dones objecte de VP i del seus autors; creences de les infermeres; funcions perceptibles; i la preparació educativa. Els estudiants del Grau d’Infermeria mostren tenir un bon coneixement sobre les causes del abús en VP, així com una formació adequada. També cal destacar que un 54,42% dels alumnes enquestats es veuen capacitats per afrontar un cas de VP com a infermer/a. S’observa una millora de la formació educativa en el transcurs acadèmic. En 1r curs un 40,09% té una bona formació, aquest valor augmenta fins a un 56,58% a tercer curs, baixant lleugerament fins un 44,27% a 4rt curs. Els resultats obtinguts són semblats a estudis de mostres similars en estudiants d'infermeria de Memphis (EUA) i de la University of Southern Queensland (Austràlia) quant a coneixements i percepció sobre la VP. Encara que els resultats mostren un coneixement i una percepció sobre la VP adequada, destaquem que això no succeeix en gairebé un 40% dels enquestats. La introducció de matèries específiques sobre igualtat i sobre violència contra la dona en els plans d’estudis, pot esdevenir una mesura preventiva per revisar i corregir possibles mites i creences en VP. Per tant, és necessari millorar la formació del currículum en estudiants d'infermeria per la importància d'aquest greu problema de salut pública, donant major èmfasis en la satisfacció de les necessitats emocionals i en la comprensió dels diferents enfocaments en VP, especialment en mesures de prevenció i educació

Escacs: un recurs educatiu per ajudar a millorar aprenentatges i conductes

En aquest número, com en el passat, publiquem un proposta didàctica al voltant dels escacs. L’article que us presentem justifica i emmarca aquestes propostes. Les directrius del Parlament de Catalunya i del mateix Parlament Europeu fan que s’iniciï una recerca educativa que evidenciï els avantatges del treball dels escacs a l’aula a nivell cognitiu i social i es converteixi en un programa educatiu institucional que s’està desenvolupant a Catalunya

L'aplicació de la normativa comptable europea en el sector sanitari públic: estudi comparat sobre l'aplicació del Sistema Europeu de Comptes SEC-95 als centres sanitaris del Regne Unit, França i Alemanya

Aquest informe té per objecte analitzar com s'interpreta i aplica la normativa comptable europea (el Sistema Europeu de Comptes SEC-95) en el sector sanitari públic, des d'una perspectiva de Dret comparat. Concretament, l'estudi es centra en l'aplicació del SEC-95 als centres sanitaris del Regne Unit, França i Alemanya, amb la finalitat de poder extreure conclusions que resultin d'utilitat en l'àmbit de les Empreses Públiques i Consorcis (EPIC) del Sistema Sanitari Català.

Anàlisi de la gestió de fons d’inversió de renda variable en el període 2009-2013

La crisi financera que es va originar l’any 2007 va tenir uns efectes devastadors a tots els àmbits de l’economia. El mercat hipotecari es va desplomar i l’accés al crèdit es va restringir a la majoria de la població. Els efectes que va tenir la crisi sobre aquests mercats han estat analitzats i estudiats repetidament en diverses assignatures. Però el que es vol observar amb la realització d’aquest treball són els efectes que va provocar la crisi econòmica sobre un altre àmbit del mercat financer, el mercat de fons d’estalvi i més concretament, en el de fons d’inversió. Aquest treball vol analitzar si els mercats espanyol i europeu de fons d’inversió ha patit els efectes de la crisi econòmica i si ha estat així, en quin grau s’han vist afectats. Aquests mercats venen regits per experts professionals en la matèria i la rendibilitat d’aquests actius vindrà determinada per la gestió que aquests facin. Per poder mesurar si la seva gestió aconsegueix millorar els resultats que podríem obtenir invertint en el mercat, utilitzarem uns índexs financers anomenats mesures de performance. Dins el ventall disponible de fons d’inversió, ens centrarem en el mercat de renda variable ja que és el que presenta major variabilitat i està més sotmès a possibles canvis en el mercat. En concret s’analitzaran els resultats de la gestió del mercat de fons d’inversió de renda variable durant els anys posteriors a la crisi fins a l’actualitat tant al mercat espanyol com al mercat europeu per diferents categories de fons.

Validació i adaptació de l'EuropASI a la població penitenciària catalana (Índex europeu de la severitat de l'addicció)

Aquest treball d'investigació fa una anàlisi de les possibilitats de l’escala EuropASI. Aquest instrument, adaptació europea de l'Addiction Severity Index (ASI), ha demostrat la seva utilitat com a instrument que permet avaluar diferents àrees, assignar als usuaris un tractament i avaluar els canvis produïts per un tractament. També s'han administrat altres proves, com ara la CMR-versió presó i la TECVASP, i s'han recollit diferents variables penitenciàries. En aquesta investigació s'ha fet una revisió dels principals treballs relacionats amb aquest instrument i s'ha utilitzat una mostra de 49 interns dels DAE del Centre Penitenciari Quatre Camins i del Centre Penitenciari Brians 2. Després d'analitzar les dades obtingudes, s'han observat algunes diferències significatives entre els interns del dos DAE que l'EuropASI és capaç de detectar. Les correlacions entre les escales de l'EuropASI indiquen una coherència interna en relació amb les mostres observades. Algunes escales, com ara les d'estat psiquiàtric, relacions familiars i socials i consum d'alcohol i drogues són les que aporten major informació en el global de l'escala. La inclusió de l'escala de l'ASI Criminalitat aporta informació especifica que complementa la resta de les escales. Al treball també s'emfatitzen alguns aspectes relacionats amb l'aplicació i amb la recomanació que les persones que utilitzin aquest instrument tinguin algun tipus de formació, així com algunes propostes relacionades amb l'escala.

Participació de Catalunya en convocatòries del 7è Programa marc d'R+D de la UE. Període 2007-2009

Resum de l'informe "Participació de Catalunya en convocatòries del 7è Programa marc d'R+D de la UE. Període 2007-2009" elaborat per investigadors del Grup de Recerca AQR - Institut de Recerca en Economia Aplicada (IREA) de la Universitat de Barcelona, que pretén donar a conèixer la realitat de la participació catalana en el 7è Programa Marc de la Unió Europea, el principal instrument europeu de finançament de la recerca, durant el període 2007-2009.

Recolecta : resultados y balance de su actividad 2009

Recolecta sorgeix sota els auspicis de la Fundación para la Ciencia y la Tecnología (FECYT) i la Red Bibliotecas Universitarias Española (REBIUN) amb l'objectiu d'impulsar i coordinar la creació d'una infraestructura a nivell nacional de dipòsits digitals interoperables segons estàndards internacionals i actuar com a agència nacional respecte a la infraestructura global de dipòsits digitals científics com a part integrant de l'Espai Europeu de Recerca.Es presentaran els resultats i balanç de la seva activitat 2009 en el marc del Conveni Rebiun / Fecyt 2008-2009.

Avaluació de l’estructuració genètica humana a la Península Ibèrica i a d’altres regions del sudoest europeu: implicacions poblacionals i epidemiològiques

Els avenços en tècniques de genotipat de polimorfismes genètics a gran escala estan liderant una revolució en el camp de l’epidemiologia genètica i la genètica de poblacions humanes. La informació aportada per aquestes tècniques ha evidenciat l’existència d’estructuracions poblacionals que poden augmentar l’error en els estudis d’associació a escala genòmica (GWAS, genome-wide association studies). Estudis recents han demostrat la presència d’aquestes estructuracions a nivell interregional i intrarregional a Europa. El present projecte ha avaluat el grau d’estructuració genètica en poblacions de la Península Ibèrica i altres regions del sudoest europeu (Itàlia i França) per quantificar l’impacte que aquesta potencial estructuració pot tenir en el disseny d’estudis d’associació GWAS i reconstruir la història demogràfica de les poblacions de la Mediterrània. Per aconseguir aquests objectius, s’han analitzat mostres de DNA de 770 individus de 26 poblacions de la Península Ibèrica, França, Itàlia i d’altres països de la Mediterrània. Aquestes mostres van ser genotipades per 240000 SNPs utilitzant l’array 250K StyI d’Affymetrix en el marc d’aquest projecte o mitjançant altres arrays d’Affymetrix en els projectes internacionals HapMap i POPRES. S’han realitzat anàlisis estadístiques incloent anàlisis de components principals, Fst, identitat per descendència, desequilibri de lligament, barreres genètiques, etc. Aquests resultats han permés construir un marc de referència de la variabilitat en aquesta regió, avaluar el seu impacte en estudis d’associació i proposar mesures per evitar l’increment de qualsevol tipus d’error (tipus I i II) en estudis nacionals i internacionals. A més, també han permés reconstruir la història de les poblacions humanes de la Mediterrània així com analitzar les seves relacions demogràfiques. Donada la duració limitada d’aquesta acció (24 mesos, d’octubre de 2010 a setembre de 2012), els resultats d’aquest projecte es troben actualment en fase de redacció i conduiran a diverses publicacions en revistes internacionals i a la preparació de comunicacions a congressos.

El derecho a una buena administración

El dret a una bona administració va néixer a la Unió Europea i a la seva creació jugà un paper fonamental el Defensor del Poble Europeu. Aquest dret, reconegut a la Carta de Drets Fonamentals de la Unió Europea (més coneguda com a Carta de Niça), no adquirí rang de dret primari i clara força vinculant fins el 1 de desembre de 2009, data en la que va entrar en vigor el Tractat de Lisboa. A nivell nacional, no existeix una normativa que reguli de manera expressa el dret a una bona administració. Ara bé, alguns dels subdrets que formen part del dret a una bona administració sí són reconeguts per la nostra Carta Magna i altres per la normativa infraconstitucional, com és la Llei 30/1992, de 26 de novembre, de règim jurídic de les administracions públiques i del procediment administratiu comú. En canvi, a nivell autonòmic, alguns dels nous Estatuts d’Autonomia aprovats entre els anys 2006 y 2008 han incorporat de forma expressa el dret a una bona administració. Alguns exemples són els següents: l’Estatut d’Autonomia de la Comunitat Valenciana, l’Estatut d’Autonomia de Catalunya, l’Estatut d’Autonomia de les Illes Balears, l’Estatut d’Autonomia per a Andalusia i l’Estatut d’Autonomia de Castilla i Lleó. Finalment, no ha d’obviar-se que el dret a una bona administració es troba íntimament lligat als codis de bona conducta administrativa ja que només conscienciant al personal que forma part de l’Administració, es podrà arribar a la màxima eficàcia d’ acord amb l’ètica.

Les elits polítiques del Parlament de Catalunya. Un estudi sociològic i polític dels diputats de la cinquena legislatura

L'estudi que presentem forma part d'un treball de recerca sobre les elits polítiques parlamentàries de Catalunya, desenvolupat per estudiants de tercer cicle de la Universitat de Barcelona sota la direcció del doctor Jordi Matas. Per ser més exactes, s'ha centrat en els diputats de la cinquena legislatura del Parlament de Catalunya: totes les persones que van sortir elegides en les eleccions autonòmiques del dinou de novembre de 1995 i que actualment exerceixen el càrrec de diputat. La intenció és conèixer qui són aquestes persones, com les podem caracteritzar i definir des del punt de vista sociològic i polític. Totes ocupen per definició unes posicions de poder en la institució més característica de la democràcia liberal: el Parlament. Però a banda d'aquesta obvietat, la intenció de la recerca és conèixer quins altres fets els relacionen.

Memòria d'activitats: BCBL 2009

Postprint (published version)

Memòria 2009

Postprint (published version)