rDock: A Fast, Versatile and Open Source Program for Docking Ligands to Proteins and Nucleic Acids

Identification of chemical compounds with specific biological activities is an important step in both chemical biology and drug discovery. When the structure of the intended target is available, one approach is to use molecular docking programs to assess the chemical complementarity of small molecules with the target; such calculations provide a qualitative measure of affinity that can be used in virtual screening (VS) to rank order a list of compounds according to their potential to be active. rDock is a molecular docking program developed at Vernalis for high-throughput VS (HTVS) applications. Evolved from RiboDock, the program can be used against proteins and nucleic acids, is designed to be computationally very efficient and allows the user to incorporate additional constraints and information as a bias to guide docking. This article provides an overview of the program structure and features and compares rDock to two reference programs, AutoDock Vina (open source) and Schrodinger's Glide (commercial). In terms of computational speed for VS, rDock is faster than Vina and comparable to Glide. For binding mode prediction, rDock and Vina are superior to Glide. The VS performance of rDock is significantly better than Vina, but inferior to Glide for most systems unless pharmacophore constraints are used; in that case rDock and Glide are of equal performance. The program is released under the Lesser General Public License and is freely available for download, together with the manuals, example files and the complete test sets, at http://rdock.sourceforge.net/

Implementación de un sistema de almacenamiento y distribución multi-centro de imágenes médicas, mediante software libre

Este trabajo de fin de grado plantea probar la viabilidad de realizar un sistema de almacenamiento y distribución de imágenes médicas, utilizando únicamente software de código abierto, libre distribución o gratuito.

Millora i implementació de l’eina Open-Source AC2GeoNetwork per ArcCatalog

L’ETC-LUSI ha modificat l’aplicació de publicació de les metadades al portal de GeoNetwork amb l’objectiu de presentar i millorar la publicació de les mateixes, adaptant-se a la nova tipologia d’arxius d’emmagatzematge de les darreres versions del software de la casa ESRI, així com poder-les fer arribar al major nombre d’usuaris possible interessats en el intercanvi d’informació cartogràfica

OpenNebula y Hadoop : Cloud Computing con herramientas Open Source

El presente proyecto consiste en una introducción al "cloud computing" y un estudio en profundidad de las herramientas OpenNebula, dentro del modelo IaaS (Infraestructure as a Service), y Hadoop, dentro del modelo PaaS (Platform as a Service). El trabajo también incluye la instalación, integración, configuración y puesta en marcha de una plataforma "cloud computing" utilizando OpenNebula y Hadoop con el objetivo de aplicar los conceptos teóricos en una solución real dentro de un entorno de laboratorio que puede ser extrapolable a una instalación real.

Open source business strategies in the domain of embedded systems

El tema de este estudio es el aumento de la comprensión teórica y empírica de la estrategia de negocio de código abierto en el dominio de sistemas embebidos por investigar modelos de negocios de código abierto, retos, recursos y capacidades operativas y dinámicas.

Implementació d'un ERP open source amb programació a mida

This work presents, from the perspective of a freelancer professional, a case study of a practical and real implementation of an Open Source ERP software suite to a very small company, including the development of a custom software module to adapt the suite to the particular needs of the company.

Servei de rutes basat en Open Source Routing Machine

Aquesta memòria descriu la preparació, l'execució i els resultats obtinguts d'implementar un sistema calculador de rutes. El projecte Open Source Routing Machine és un motor calculador de rutes d'alt rendiment que utilitza les dades de OpenStreetMaps per calcular el camí més curt entre dos punts. En aquest projecte final no únicament es volen utilitzar les dades OpenStreetMap sinó que també es pretenen utilitzar dades pròpies en format shapefile i poder visualitzar-los en un visor web. Aquest visor permet a l'usuari, de forma senzilla, sol•licitar rutes al servidor OSRM creat, obtenint la ruta desitjada en molt pocs milisegons

Sistema de monitorització Open Source: projecte d'empresa per Computer Technology Catalunya

L’objectiu del projecte consisteix en l’estudi, simulació i implantació d’un conjunt d’aplicacions que permeten tenir un control sobre possibles problemes que puguin succeir a la nostra xarxa. Aquest projecte és la solució als problemes de detecció d’errors en el funcionament de les infraestructures de networking de les que disposen els nostres clients.

Open source framework for trucks fleet control (client)

Aquest projecte desenvolupa la part client d'una aplicació per controlar una flota de camions. Està implementada per funcionar sobre un dispositiu mòbil que funcioni amb el sistema operatiu Android.

Gestió Documental Open Source per Agresso CRM

Estudi i integració d'una aplicació Open Source especialitzada en la gestió documental amb Agresso CRM. L'objectiu d'aquesta aplicació és oferir nova funcionalitat a la gestió documental inicial i augmentar-ne les seves capacitats. Per tal de dur-lo a terme s’ha fet una recerca i un estudi d'aplicacions Open Source especialitzades en la gestió documental. Entre les aplicacions estudiades s'ha escollit KnowledgeTree pel desenvolupament de la integració, ja que era la que responia d’una manera més satisfactòria als requisits.

Creació automàtica de gràfics estadístics a partir de dades de soroll d’Europa amb tecnologies Open Source en el visor Noise Map Viewer de l’ETC-LUSI

El projecte ha consistit en la creació de gràfics estadístics de soroll d’Europa de forma automàtica amb tecnologies Open Source dins el visor Noise Map Viewer per Europa de l’ETC-LUSI. La llibreria utilitzada per fer aquest procés ha estat JFreeChart i el llenguatge de programació utilitzat ha estat Java (programació orientada a objectes) dins l’entorn de desenvolupament integrat Eclipse. La base de dades utilitzada ha estat PostgreSQL. Com a servidors s’han fet servir Apache (servidor HTTP) i Tomcat (servidor contenidor d’aplicacions). Un cop acabat el procés s’ha integrat dins de MapFish canviant el codi JavaScript corresponent de la web original.

Aplicación de la ingeniería del software sobre la herramienta MATE: Common y DMLib

Aquest projecte intenta implantar una metodologia de treball sobre MATE. MATE es una eina de sintonització d'aplicacions paral·leles sorgida de la tesis doctoral d'Anna Sikora a 2003. Vistos els resultats obtinguts, es va decidir donar un pas endavant i convertir-la en un producte software Open Source. Per fer-ho ha sigut necessari aplicar una serie d'estàndards i fer un proces de tests. En aquest treball s'ha creat part de la metodologia i s'han modificat dos dels mòduls principals.

Herramientas open source para la creación de portales

En aquest treball es proposa una aproximació al món del codi font obert des del punt de vista de la realització de portals col·laboratius i les seves eines involucrades. Per fer-ho, es passa revista als diferents tipus d'aplicacions, plataformes i utilitats que trobem disponibles, i s'agrupen en diferents categories: infraestructura i sistemes, serveis de comunicació, serveis de comunitat, serveis genèrics de portal, eines d'interacció amb sistemes mòbils, eines per al desenvolupament i prova i llibreries de suport.

Instalación de software GNU/Linux en entornos industriales

Instalación de software propio adjunto a la instalación del sistema operativo.

Publicación de un proyecto de Software Libre

Proceso a seguir para la publicación de un proyecto de Software Libre y la creación de una comunidad que lo continúe.