T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Entorn de gestió de dades d'ornitologia

Des de fa uns anys, des de l’EPS de la UVic, s’està duent a terme el desenvolupament d’un dispositiu electrònic que proporciona la capacitat de capturar dades sobre un niu d’ocells. El projecte e-niu, que es pot seguir a www.tutara.info/e-niu, està actualment en una fase de test., i s’ha desenvolupat sobretot la part hardware. Aquest projecte té com a objectiu principal crear un entorn web per poder gestionar les dades que s’obtenen del niu d’ocells informatitzat (e-niu). Les dades que ens arriben dels e-nius estan en un arxiu de text, i el que es pretén és que l’usuari que controla el niu, pugui fer diversos anàlisis de les dades d’aquest. A més de poder veure els resultats en diversos tipus de gràfics, també se li vol donar la opció de treure els resultats en format taula o en format Excel, un format aquest últim, molt interessant, ja que donaria a les dades una gran possibilitat de ser tractades posteriorment, com fer seleccions del tipus de dades, treure percentatges, crear altres tipus de gràfics, etc. L’altre gran objectiu és el fet de poder treballar en la creació d’un entorn web complert a nivell gairebé professional amb l’aprenentatge que això comporta, ja que s’ha aplicat la tecnologia client-servidor, és a dir, que el llenguatge de programació està dins el servidor, i quan algun usuari l’executa, el sistema només li envia la presentació en HTML. El sistema de programació que es fa servir és el de les tres capes. La capa de dades, que està formada per una base de dades relacional del tipus MySQL i és on emmagatzemarem tota la informació. La capa de programació de la que s’encarrega el llenguatge PHP, és on s’efectua tot el tractament de les dades i finalment, la capa de presentació, que és la que s’encarrega de mostrar les dades al client en el navegador mitjançant els templates de HTML.

Implantación de un ERP en una compañía de apuestas por Internet

Aquest projecte intenta cobrir les necessitats que genera una empresa nova que vol vendre loteria a Internet. Es necessita tenir ben definits els circuits de compra, de venda, de facturació, de control d'existències, de cobraments i de pagaments, entre d'altres. Per gestionar tota aquesta activitat, s’ha fet servir el ERP Navision amb SQL Server, adaptant-lo i creant noves funcionalitats. L'aplicació Web ha estat integrada amb Navision i s'ha desenvolupat la seva funcionalitat, tenint sessions per a usuari amb comptes propis que permeten la consulta i la compra dels productes que ofereix l'empresa.

Sistema de control remot d'una màquina de rajos X via web

El projecte desenvolupat té com a objectiu la millora en la gestió de la configuració de les màquines de rajos X de l'empresa Varpe. La principal funció d’aquestes màquines és la inspecció d'envasos de productes alimentaris, amb l'objectiu de detectar anomalies produïdes durant l'envasat. En l'actualitat la resolució d'incidències d'aquestes màquines requereix el desplaçament físic d'operaris a les localitzacions on estan situades les màquines. El projecte proporciona una nova forma de treball a partir de l'ús de bases de dades distribuïdes en les màquines de rajos X i que són gestionades per un servidor central. Entre d'altres, la principal avantatge d'aquesta gestió és que la reconfiguració i resolució d'indecències es pot realitzar fàcilment a través d'una aplicació web.

Sistema de Informació i Gestió Integral de la Producció Pesquera Internacional (SIGIPPI)

Des de la ciència geogràfica combinada amb el coneixement biològic i comercial, aquest projecte pretén crear una eina basada en la biogeografia i les últimes tecnologies de la Informació Geogràfica, que permetrà a l’usuari disposar de informació actualitzada per cada espècie amb interès comercial. El projecte es basa en el desenvolupament d’una aplicació web de consulta, entrada i actualització de dades referents a la producció pesquera internacional. Les eines utilitzades són les bases de dades MySQL i PostgreSQL i programació web amb html, php i javacript. Aquesta aplicació està pensada per ser accessible des de qualsevol ordinador amb connexió a internet i es subdivideix en tres sub-aplicacions. La primera sub-aplicació es basa en l’entrada d’espècies a partir de l’estructura taxonòmica. Partint de l’arbre taxonòmic, l’usuari té la possibilitat d’entrar, eliminar o modificar qualsevol tàxon o espècie. La segona subaplicació és una eina de digitalització cartogràfica on-line on l’usuari podrà marcar, eliminar o modificar sobre un mapa les localitzacions de les espècies que estiguin entrades en la sub-aplicació anterior. Finalment, la tercera sub-aplicació és una eina d’entrada de dades quinzenals referent als comportaments pel que fa tan a les dimensions com a les disponibilitats de pesca per cada espècie i localització.

Visió per computador en una plataforma basada en un DSP

En aquest projecte s'usa el servidor de vídeo d'Axis Communications 242s IV, basat en el DSP TMS320DM642 de Texas Instruments, com a plataforma per a la implementació d'un algorisme d'extracció de fons i pel desenvolupament d'una solució completa de comptatge de persones per a càmera zenital. En el primer cas, s'ha optimitzat i comparat el rendiment de l'algorisme amb el d'una versió per a PC per a avaluar el DSP com a processador per a lamigració d'una aplicació completa de vídeovigilància. En el segon cas s'han integrat tots els components del servidor en el desenvolupament del comptador per avaluar la plataforma com a base per a solucions completes.

Coupling and monotonicity of queueing processes

The main purpose of this work is to give a survey of main monotonicity properties of queueing processes based on the coupling method. The literature on this topic is quite extensive, and we do not consider all aspects of this topic. Our more concrete goal is to select the most interesting basic monotonicity results and give simple and elegant proofs. Also we give a few new (or revised) proofs of a few important monotonicity properties for the queue-size and workload processes both in single-server and multi- server systems. The paper is organized as follows. In Section 1, the basic notions and results on coupling method are given. Section 2 contains known coupling results for renewal processes with focus on construction of synchronized renewal instants for a superposition of independent renewal processes. In Section 3, we present basic monotonicity results for the queue-size and workload processes. We consider both discrete-and continuous-time queueing systems with single and multi servers. Less known results on monotonicity of queueing processes with dependent service times and interarrival times are also presented. Section 4 is devoted to monotonicity of general Jackson-type queueing networks with Markovian routing. This section is based on the notable paper [17]. Finally, Section 5 contains elements of stability analysis of regenerative queues and networks, where coupling and monotonicity results play a crucial role to establish minimal suficient stability conditions. Besides, we present some new monotonicity results for tandem networks.

Prototipus de visualització d’informació vitivinícola en 3D

iii. El projecte final a consistit en la creació prototipus de SIG (Sistema d’informació Geogràfica) per l’empresa T-Systems. El sistema desenvolupat es troba format per un conjunt de serveis web 3D utilitzant ArcGIS Server 9.2, amb la informació de les parcel•les vitivinícoles del Priorat (Catalunya), i un client personalitzat a les necessitats de l’usuari final, utilitzant ArcGIS Explorer 410. Per programar les eines personalitzades s’ha utilitzat Visual Studio 2005 (Visual Basic .NET).

System analysis of a Peer-to-Peer Video-on-Demand architecture: Kangaroo

Architectural design and deployment of Peer-to-Peer Video-on-Demand (P2PVoD) systems which support VCR functionalities is attracting the interest of an increasing number of research groups within the scientific community; especially due to the intrinsic characteristics of such systems and the benefits that peers could provide at reducing the server load. This work focuses on the performance analysis of a P2P-VoD system considering user behaviors obtained from real traces together with other synthetic user patterns. The experiments performed show that it is feasible to achieve a performance close to the best possible. Future work will consider monitoring the physical characteristics of the network in order to improve the design of different aspects of a VoD system.

Análisis de viabilidad para la centralización de entornos distribuidos

Cada vez es más habitual encontrar tanto el software como el hardware común de las empresas distribuido y gestionado en diferentes servidores que se encargan de servir al usuario aquello que necesita sólo cuando éste lo pide. Este sistema de distribución de la información se llama centralización. Este sistema de distribución requiere un mantenimiento constante para así poder atender todas las demandas de los usuarios. El mantenimiento se convierte, gracias a la centralización en algo relativamente sencillo puesto que sólo es en el servidor donde se tienen que realizar los cambios, actualizaciones o instalación de nuevo software. Es importante entonces comprobar que estas nuevas actualizaciones del servidor responderán correctamente cuando los usuarios las requieran remotamente. En este proyecto nos hemos encargado de analizar cómo se realizan las comprobaciones necesarias para asegurar el correcto funcionamiento de los servidores remotos considerando tanto el entorno en el que se realizan como las herramientas necesarias para llevarlo a cabo. Para completar la información nos hemos centrado en un ejemplo particular de test de carga.

Disseny del servidor de control d'un sistema de vídeo sota demanda

El treball realitzat dóna una visió global sobre els sistemes de vídeo sota demanda i la problemàtica associada al seu desenvolupament. Es mostra quines solucions s'han adoptat per abordar aquesta problemàtica a l'hora de dissenyar un sistema de VoD i, en particular, el treball se centra en l'anàlisi i desenvolupament del corresponent servidor de control.

Desenvolupament d'aplicacions per a dispositius mòbils

La finalitat d’aquest projecte és obtenir una visió global de la programació per dispositius mòbils i a més fer una avaluació del que podria costar (tant les eines com el reciclatge de programadors) a una empresa dedicada a TIC començar a implementar aplicacions per a dispositius mòbils. Amb un plantejament molt ampli al principi i reduït només a tres opcions (BlackBerry, Windows Mobile i Android), es desenvolupa una aplicació per aquests dispositius. Els resultats obtinguts mostren que a nivell econòmic les millors opcions són el desenvolupament per Android (gratuït) i per BlackBerry (20$). Però en canvi a nivell d’adaptació dels llenguatges de programació la opció de Windows Mobile és la que presenta menys obstacles per passar de coneixements de programació d’aplicacions de servidor o sobre taula (en entorn .NET) a dispositius mòbils.

Sistema d'autenticació one-time password (OTP) per a mòbils

Aquest projecte consisteix en fer l’anàlisi, disseny i implementació d'un sistema d'autenticació a través de contrasenyes d’un sol ús (One Time Password ‐OTP‐) per a dispositius mòbils. Per evitar l’ús de contrasenyes estàtiques farem una aplicació per a telèfons mòbils capaç de generar contrasenyes aleatòries gràcies a uns paràmetres previs, així com de poder tenir un registre dels serveis on poden ser utilitzades. Partirem d’un protocol repte/resposta on l’usuari interactuarà amb el seu telèfon mòbil i un ordinador personal amb una connexió a Internet. Podrà registrar‐se i, introduint certes dades al mòbil que li proporciona el servidor, podrà fer el procés d’autenticar‐se per poder accedir a zones restringides del servei.

Mòdul per a la gestió d'una borsa de treball a un centre universitari

Aquest projecte consisteix en realitzar el disseny, la implementació i el desenvolupament d’una aplicació que permeti la gestió administrativa d’una oficina de borsa de treball per a un centre universitari. Per a poder realitzar aquesta tasca cal que ofereixi les eines necessàries per a poder introduir, mantenir i explotar les dades relacionades amb estudiants, empreses, convenis, ofertes i reconeixements, que són els elements bàsics que composen les tasques administratives de la borsa de treball. L’aplicació resultant ha de ser multiusuari, dissenyada segons el model client-servidor i s’ha d’integrar com un mòdul nou dins d’una altra aplicació ja existent.

Gestor d'expedients per l'Institut Municipal d'Hisenda

El projecte recull el treball portat a càrrec per l’anàlisi, disseny i implementació d’una eina per l’Institut Municipal D’Hisenda de l’Ajuntament de Barcelona que compleixi les necessitats d’un sistema d’informació capaç de gestionar els expedients que genera una sèrie de tributs, les sancions que comporten així com la documentació necessària per la comunicació amb el ciutadà. Per realitzar l’aplicació s’han utilitzat tecnologies que ens permeten treballar en l’entorn web, un nucli programat en llenguatge Java sobre la plataforma MVC de Struts, tot sobre un servidor d’aplicacions WebSphere i un motor de base de dades Oracle.