Aitchison Geometry for Probability and Likelihood as a new approach to mathematical statistics

The Aitchison vector space structure for the simplex is generalized to a Hilbert space structure A2(P) for distributions and likelihoods on arbitrary spaces. Centralnotations of statistics, such as Information or Likelihood, can be identified in the algebraical structure of A2(P) and their corresponding notions in compositional data analysis, such as Aitchison distance or centered log ratio transform.In this way very elaborated aspects of mathematical statistics can be understoodeasily in the light of a simple vector space structure and of compositional data analysis. E.g. combination of statistical information such as Bayesian updating,combination of likelihood and robust M-estimation functions are simple additions/perturbations in A2(Pprior). Weighting observations corresponds to a weightedaddition of the corresponding evidence.Likelihood based statistics for general exponential families turns out to have aparticularly easy interpretation in terms of A2(P). Regular exponential families formfinite dimensional linear subspaces of A2(P) and they correspond to finite dimensionalsubspaces formed by their posterior in the dual information space A2(Pprior).The Aitchison norm can identified with mean Fisher information. The closing constant itself is identified with a generalization of the cummulant function and shown to be Kullback Leiblers directed information. Fisher information is the local geometry of the manifold induced by the A2(P) derivative of the Kullback Leibler information and the space A2(P) can therefore be seen as the tangential geometry of statistical inference at the distribution P.The discussion of A2(P) valued random variables, such as estimation functionsor likelihoods, give a further interpretation of Fisher information as the expected squared norm of evidence and a scale free understanding of unbiased reasoning

Some last thoughts on compositional data analysis

One of the disadvantages of old age is that there is more past than future: this,however, may be turned into an advantage if the wealth of experience and, hopefully,wisdom gained in the past can be reflected upon and throw some light on possiblefuture trends. To an extent, then, this talk is necessarily personal, certainly nostalgic,but also self critical and inquisitive about our understanding of the discipline ofstatistics. A number of almost philosophical themes will run through the talk: searchfor appropriate modelling in relation to the real problem envisaged, emphasis onsensible balances between simplicity and complexity, the relative roles of theory andpractice, the nature of communication of inferential ideas to the statistical layman, theinter-related roles of teaching, consultation and research. A list of keywords might be:identification of sample space and its mathematical structure, choices betweentransform and stay, the role of parametric modelling, the role of a sample spacemetric, the underused hypothesis lattice, the nature of compositional change,particularly in relation to the modelling of processes. While the main theme will berelevance to compositional data analysis we shall point to substantial implications forgeneral multivariate analysis arising from experience of the development ofcompositional data analysis…

Compositional Data in Biomedical Research

Modern methods of compositional data analysis are not well known in biomedical research.Moreover, there appear to be few mathematical and statistical researchersworking on compositional biomedical problems. Like the earth and environmental sciences,biomedicine has many problems in which the relevant scienti c information isencoded in the relative abundance of key species or categories. I introduce three problemsin cancer research in which analysis of compositions plays an important role. Theproblems involve 1) the classi cation of serum proteomic pro les for early detection oflung cancer, 2) inference of the relative amounts of di erent tissue types in a diagnostictumor biopsy, and 3) the subcellular localization of the BRCA1 protein, and it'srole in breast cancer patient prognosis. For each of these problems I outline a partialsolution. However, none of these problems is \solved". I attempt to identify areas inwhich additional statistical development is needed with the hope of encouraging morecompositional data analysts to become involved in biomedical research

Impacte de les mutacions del gen kras en pacients afectes de càncer colorectal metastàtic i la seva relació amb els tractaments biològics associats a la quimioteràpia

El càncer colorectal és un dels càncers més comuns i amb major prevalença, presentant una supervivència als 5 anys per sota del 20% sense tractament. Existeixen estudis que demostren que les mutacions en k-ras, present en el 40-50% de càncers colorectals, s’han convertit en marcadors de pronòstic i en factors predictius de manca de resposta a fàrmacs biològics com Cetuximab® o Panitumumab®. Hem analitzat la mutació de KRAS en la nostra sèrie de 60 pacients afectes de càncer colorectal metastàtic candidats a primera línia de tractament. Aquesta mutació estava present en un 41.6%. En el moment del diagnòstic, presentaven malaltia metastàtica sincrònica el 56.6%. De tots ells, un 51.6% va rebre una combinació de quimioteràpia i anticòs monoclonal. En quant a la resposta obtinguda, el control de malaltia va arribar fins el 86.7% en el global de la sèrie. La supervivència lliure de progressió en la nostra sèrie va ser de 11.74 mesos. En pacients amb KRAS natural va ser de 12,59 mesos vs 11.25 mesos en pacients amb KRAS mutat sense observar diferències estadísticament significatives (p=0.958). No es van observar diferències significatives en funció del règim de quimioteràpia administrada, independentment de l’estat de KRAS. La supervivència global va ser de 32,16 mesos. En pacients amb KRAS natural va ser de 32,59 mesos vs. 28 mesos en pacients amb KRAS mutat sense observar diferències estadísticament significatives (p=0.915). La limitació que significa un número petit de pacients, dins una sèrie assistencial, ens ha de fer ser cautelosos en quant a la valoració dels resultats .

Corrector d’autòmats per la plataforma ACME : mòdul pertanyent al Projecte ACME

Fa uns anys un grup de professors del departament d’Informàtica i Matemàtica Aplicada de la Universitat de Girona va decidir endinsar-se al món de l’ensenyament a través d’Internet (e-learning). D’aquí va néixer el projecte ACME (Avaluació Continuada i Millora de l’Ensenyament). Inicialment l’ACME anava dirigit a reduir l’elevat fracàs dels alumnes a les assignatures de matemàtiques. El resultat va ser tan bo que es va ampliar a altrescamps d’estudi com la química o la informàtica, amb tot i això encara hi ha moltes matèries a les quals no dóna suport. Aquest Projecte Final de Carrera neix per donar suport a un nou tipus de problemes dins de la plataforma ACME, els autòmats finits. Aquest nou mòdul inclourà les eines necessàries per poder generar diferents tipus de problemes sobre autòmats finits i la seva posterior correcció, donant suport a les assignatures de LGA (Llenguatges, Gramàtiques i Autòmats) i TALLF (Teoria d’Autòmats i Llenguatges Formals)

La Representació de l’Orient a la historieta gràfica : el món àrab i musulmà

El treball analitza la representació de l'Orient a la historieta gràfica, i d'una manera més especifica la imatge dels àrabs i els musulmans. La recerca demostra que els estereotips creats durant l'expansió europea dels segles XVIII i XIX, per l'orientalisme, han estat vigents i formant part de l'imaginari popular durant gairebé dos cents anys. La idisioncràsia popular de la historieta gràfica ha fet que aquests estereotips hagin influenciat la seva narrativa. El nou panorama social i polítc fruit, entre d’altres, del fenomen migratori de la última dècada del segle XX i l'aparició en escena del terrorisme integrista han comportat una transformació dels vells estereotips de l'orientalisme

Periodismo en reconstrucción, la otra cara de la crisis de la prensa

La crisis de la prensa escrita está provocada por el impacto de Internet, los errores estratégicos y la Gran Recesión. Pero existe una cuarta razón: una crisis de confianza y credibilidad provocada, a su vez, por una crisis ética. Por consiguiente las alternativas pasan también por una regeneración ética, por una ‘reconstrucción’ del periodism

El retorn del llop a Catalunya

Treball de recerca realitzat per un alumne d’ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l’any 2010. Davant l'aparació sobtada del llop al Pirineu català, concretament al Parc Natural del Cadí-Moixeró l'any 2004, el treball analitza la viabilitat que presenta Catalunya per poder conviure amb una possible població estable de llops. D’una banda, es presenta un exhaustiu estudi teòric de les vessants biològiques, culturals, històriques i legals de la presència del llop a Catalunya. D’altre banda, s’ha fet un treball de camp d’observació del llop salvatge a Sierra Culebra. A més, s’han realitzat entrevistes amb el doctor Santiago Lavin González, catedràtic de la UAB, així com altres persones amb influència en l'àmbit natural. Basant-se en la recerca bibliogràfica, les successives entrevistes i les pràctiques de camp extreu les seves conclusions sobre l'establiment d'una població estable de llops a Catalunya, argumentant els avantatges i els inconvenients, i com a síntesi del seu treball realitza unes propostes de gestió que donarien resposta a l'impacte social que aquesta recolonització comportaria sobre la població catalana.

Setting the rules of the game: The choice of electoral systems in advanced democracies

The origins of electoral systems have received scant attention in the literature. Looking at the history of electoral rules in the advanced world in the last century, this paper shows that the existing wide variation in electoral rules across nations can be traced to the strategic decisions that the current ruling parties, anticipating the coordinating consequences of different electoral regimes, make to maximize their representation according to the following conditions. On the one hand, as long as the electoral arena does not change substantially and the current electoral regime serves the ruling parties well, the latter have no incentives to modify the electoral regime. On the other hand, as soon as the electoral arena changes (due to the entry of new voters or a change in their preferences), the ruling parties will entertain changing the electoral system, depending on two main conditions: the emergence of new parties and the coordinating capacities of the old ruling parties. Accordingly, if the new parties are strong, the old parties shift from plurality/majority rules to proportional representation (PR) only if the latter are locked into a 'non-Duvergerian' equilibrium; i.e. if no old party enjoys a dominant position (the case of most small European states)--conversely, they do not if a Duvergerian equilibrium exists (the case of Great Britain). Similarly, whenever the new entrants are weak, a non-PR system is maintained, regardless of the structure of the old party system (the case of the USA). The paper discusses as well the role of trade and ethnic and religious heterogeneity in the adoption of PR rules.

Las bases sociales y políticas de la abstención en las elecciones generales españolas: recursos individuales, movilización estratégica e instituciones electorales

Este informe de investigación examina los factores sociales y políticos que han determinado el nivel y variabilidad de la abstención electoral en las elecciones generales españolas. Extendiendo los modelos de carácter psicológico y sociológico que se han empleado (con éxito relativo) para explicar la abstención española, este estudio muestra que el nivel de participación en las elecciones generales depende en buena medida de factores estrictamente políticos: la satisfacción global del electorado con la situación política del país, la implantación y capacidad de movilizaciónde los partidos políticos, el nivel de asociacionismo y 'capital social', el grado de competitividad electoral en cada área geográfica y los cálculosestratégicos que los electores realizan en función del tamaño de las circunscripciones electorales y de las distorsiones a la representación que impone la ley electoral. El informe emplea datos individuales, procedentesde las encuestas postelectorales del CIS, y utiliza regresiones multivariantes no lineales, aplicadas a muestras agregadas en panel.

On the efficiency and sensitivity of a pyramidal classification algorithm

In this paper we propose a Pyramidal Classification Algorithm,which together with an appropriate aggregation index producesan indexed pseudo-hierarchy (in the strict sense) withoutinversions nor crossings. The computer implementation of thealgorithm makes it possible to carry out some simulation testsby Monte Carlo methods in order to study the efficiency andsensitivity of the pyramidal methods of the Maximum, Minimumand UPGMA. The results shown in this paper may help to choosebetween the three classification methods proposed, in order toobtain the classification that best fits the original structureof the population, provided we have an a priori informationconcerning this structure.

Creació d'un programa de rentat industrial amb Visual Basic

Treball de recerca realitzat per alumnes d’ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l’any 2010. L’objectiu del treball ha consistit a desenvolupar un programa informàtic per controlar les fases d'un procés de rentat industrial.

L’Alta velocitat espanyola (AVE): un anàlisi econòmic (1992-2012)

Aquest treball pretén analitzar la política d’infraestructures i transports desenvolupada des del Govern de l’Estat Espanyol en el tren d’alta velocitat. Es vol verificar si l’AVE és un política feta sense tenir en compte la rendibilitat econòmica del projecte i sense haver fet un anàlisi cost-benefici previ o si, per contra, aquesta actuació pública augmenta el benestar de la població gràcies a la seva construcció. S’intenta fer una avaluació d’aquesta política pública, sobretot a través de l’anàlisi cost-benefici per tal de veure si els projectes alternatius haurien sigut més desitjables.

The genome sequencing of an albino Western lowland gorilla reveals inbreeding in the wild

BACKGROUND: The only known albino gorilla, named Snowflake, was a male wild born individual from Equatorial Guinea who lived at the Barcelona Zoo for almost 40 years. He was diagnosed with non-syndromic oculocutaneous albinism, i.e. white hair, light eyes, pink skin, photophobia and reduced visual acuity. Despite previous efforts to explain the genetic cause, this is still unknown. Here, we study the genetic cause of his albinism and making use of whole genome sequencing data we find a higher inbreeding coefficient compared to other gorillas.RESULTS: We successfully identified the causal genetic variant for Snowflake's albinism, a non-synonymous single nucleotide variant located in a transmembrane region of SLC45A2. This transporter is known to be involved in oculocutaneous albinism type 4 (OCA4) in humans. We provide experimental evidence that shows that this amino acid replacement alters the membrane spanning capability of this transmembrane region. Finally, we provide a comprehensive study of genome-wide patterns of autozygogosity revealing that Snowflake's parents were related, being this the first report of inbreeding in a wild born Western lowland gorilla.CONCLUSIONS: In this study we demonstrate how the use of whole genome sequencing can be extended to link genotype and phenotype in non-model organisms and it can be a powerful tool in conservation genetics (e.g., inbreeding and genetic diversity) with the expected decrease in sequencing cost.

Crisi de l'euro, identitat europea i la sostenibilitat de la UE com a projecte transnacional. Narratives mediàtiques de la crisi de deute europeu (anys 2010-2011) a la premsa de referència de diferents països de la UE.

El present treball, Crisi de l’euro, identitat europea i la sostenibilitat de laUE com a projecte transnacional. Narratives mediàtiques de la crisi dedeute europeu (anys 2010-2011) a la premsa de referència de diferentspaïsos de la UE, és una proposta de recerca doctoral. La recerca que esproposa pretèn reflexionar sobre fins a quin punt es dónen les condicionsper a l’existència d’una esfera pública europea en la premsa de referènciageneralista, a partir de l’estudi de les cobertures informatives sobre la criside deute sobirà a la zona Euro efectuades per diaris del Regne Unit,França, Espanya, Alemanya i Itàlia. Amb aquest objectiu, es dissenya una recerca empírica centrada en determinar el grau de convergència discursiva i la visibilitat i els valors atorgats a institucions europees i estatals, i a col·lectius identitaris mitjançant l’estudi d’agendes mediàtiques, frames, idees polítiques i fonts informatives.