Solid-phase synthesis and NMR studies of modified oligonucleotides forming triplex helix and of oligonucleopeptides mimicking the topoisomerase I-DNA covalent complex

Report for the scientific sojourn carried out at the Institut de Biologia Molecular de Barcelona of the CSIC –state agency – from april until september 2007. Topoisomerase I is an essential nuclear enzyme that modulates the topological status of DNA, facilitating DNA helix unwinding during replication and transcription. We have prepared the oligonucleotide-peptide conjugate Ac-NLeu-Asn-Tyr(p-3’TTCAGAAGC5’)-LeuC-CONH-(CH2)6-OH as model compound for NMR studies of the Topoisomerase I- DNA complex. Special attention was made on the synthetic aspects for the preparation of this challenging compound especially solid supports and protecting groups. The desired peptide was obtained although we did not achieve the amount of the conjugate needed for NMR studies. Most probably the low yield is due to the intrinsic sensitive to hydrolysis of the phosphate bond between oligonucleotide and tyrosine. We have started the synthesis and the structural characterization of oligonucleotides carrying intercalating compounds. At the present state we have obtained model duplex and quadruplex sequences modified with acridine and NMR studies are underway. In addition to this project we have successfully resolved the structure of a fusion peptide derived from hepatitis C virus envelope synthesized by the group of Dr. Haro and we have synthesized and started the characterization of a modified G-quadruplex.

Estudi de la variabilitat genètica de diferents poblacions europees de l'espècie Taxus baccata L. (Taxaceae) amb microsatèl·lits nuclears

Estudi realitzat a partir d’una estada a la Università degli Studi di Firenze, Itàlia, durant juliol i agost del 2007. Des de un punt de vista teòric, l’estudi de l’abundància i distribució de les espècies a escala regional és un dels objectius principals de l’ecologia de poblacions i comunitats, i és imprescindible per a adoptar polítiques de conservació i de gestió de la biodiversitat. En aquest context, la persistència i abundància de les espècies a llarg termini front al canvi global depèn de la capacitat de migració i colonització (flux gènic), i de l’ existència de potencial evolutiu a les poblacions locals per a adaptar-se als canvis ambientals. Dispersió i potencial evolutiu, es troben íntimament relacionats. El coneixement bàsic sobre aquests aspectes resulta particularment important en el context biogeogràfic mediterrani, extremadament ric en espècies i subjecte històricament a canvis ambientals com a conseqüència de l’activitat humana. L’objectiu general del nostre grup de recerca és aprofundir en el coneixement de les causes de l’àrea de distribució i del grau de fragmentació de les espècies vegetals mediterrànies, així com les seves conseqüències ecològiques i evolutives. Concretament, determinar el potencial evolutiu i la presència d’adaptacions locals en funció de la distribució geogràfica i del grau de fragmentació. En el cas del teix (T.baccata) el projecte que s’està duent a terme pretén estudiar la distribució de la diversitat genètica de l’espècie i analitzar quins són els processos històrics, evolutius i ecològics que la condicionen. És amb aquest objectiu que es vol realitzar una caracterització de la seva variabilitat genètica utilitzant marcadors moleculars basats en els polimorfismes de l'ADN nuclear, anomenats microsatèl•lits nuclears.

Estat de salut, necessitat i utilització dels serveis d'atenció primària i urgències hospitalàries de la població immigrant

La identificació i caracterització de l'estat de salut dels diversos col•lectius d'immigrants que resideixen a la Regió Sanitària Girona (RSG), a la Regió Sanitària Lleida (RSL) i a la ciutat de Barcelona permetrà determinar quines són les seves necessitats, tot comparant-ho amb la població autòctona, i quin cost suposen per l'administració pública. El principal objectiu és el d'apuntar a polítiques sanitàries i socials més adients amb la situació migratòria actual. Per tal d'identificar el col•lectiu immigrant a la RSG es va procedir a la modificació del sistema d'informació primària de l'ICS, ECAP, a través de l'activació de variables existents. La tasca realitzada ha permés la identificació dels usuaris dels serveis sanitaris de les Àrees Bàsiques de Salut (ABS ) i obtenir una referència poblacional fiable. Per detectar l'estat de salut i la necessitat i utilització de serveis s'ha elaborat una enquesta ad-hoc prenent com a referència l'enquesta ESCA i s'ha administrat a una mostra aleatòria dels usuaris (immigrants i autòctons). L’extracció de la mostra, amb un total de 900 efectius s'ha realitzat per estratificació segons origen del pacient atès, obtenint 637 qüestionaris vàlids. A Barcelona s'ha treballat el districte de Ciutat Vella amb un percentatge d'immigrants superior a la mitjana de la ciutat. L’anàlisi de la casuística de l'Hospital del Mar va evidenciar que la major utilització dels serveis hospitalaris per part dels immigrants estava centrada en l'atenció materno-infantil. Per aprofundir-hi es plantejà un estudi de freqüentació d'immigrants i autòctons als serveis d'urgències de l'Hospital del Mar i Peracamps. A la RSL es realitzà un estudi sobre 1699 pacients d'origen immigrant (agrupats per regió d'origen), atesos a l'Atenció Primària de cinc ABS de la ciutat de Lleida tot comparant-ho amb un total de 4156 pacients autòctons. D'altra banda es van estudiar les urgències hospitalàries ateses a l'Hospital Arnau de Vilanova.

Violència contra les dones: anàlisi de la situació psicològica personal i interpersonal d'un grup de dones maltractades

Aquest projecte és la continuació d'un estudi pilot finançat per l'Institut Català de les Dones (U/01-6). Es va anar incrementant la grandària de la mostra -avaluant les característiques del maltractament, la simptomatologia, la personalitat i la seva percepció de la relació de parella-, fins que el 2003 -i gràcies a l'ajut del Departament de Benestar i Família-, dins la Fundació Vidal i Barraquer es va crear un servei d'assistència pública especialitzat en atendre dones maltractades (UNADOM); lloc on durant el 2006 hem desenvolupat el treball que ara presentem. L'objectiu general d'aquest estudi transversal consistia en analitzar la situació psicosocial d'un grup de dones maltractades que acudien a la UNADOM, afegint com a element novedós l'avaluació dels estils d'enfrontament que les dones fan servir després de l'experiència abusiva viscuda. Els instruments utilitzats són l'MCMI-II (Millon, 1999), la DAS (Spanier, 1976), el COPE (Carver et al., 1989) i una adaptació de l’Entrevista Semiestructurada sobre Maltractament Domèstic (Echeburúa et al., 1994). Es recull informació d'un total de 50 dones, 17 de les quals han completat la mesura sobre l'enfrontament. Els resultats indiquen que les escales de personalitat que apareixen més alterades són l'esquizoide, la dependent i l'evitativa, i que aquestes són coherents amb les actituds defensives i les estratègies d'enfrontament predominants de les dones de la mostra. A nivell clínic, i segons l’experiència assistencial, es conclou amb la importància de realitzar entrevistes exploratòries acurades ja que això facilita la indicació terapèutica més adient i la focalització de l'ajuda.

Estudi del sistema de constructes en dones víctimes de violència de gènere

Mitjançant les seves experiències, els éssers humans aprenen a construir significats amb els quals donar sentit i organitzar l’entorn físic i social en què es troben immersos. No accedeixen a una realitat vertadera i única sinó que són possibles múltiples construccions de la realitat. Per tant, és necessari elaborar hipòtesis sobre un mateix, els altres i l'entorn. Aquestes hipòtesis personals estan constituïdes per dimensions de significat o constructes, que consisteixen en la captació d’una diferència o en un contrast; implica percebre una discrepància, que s’expressarà en dos pols oposats. Per exemple, construir el significat “fort” implica diferenciar-lo del significat “feble”; a partir d’aquesta dimensió “fort–feble” s'organitzen les experiències classificant-les al llarg d’aquest continuum. Els constructes s’integren en una xarxa constituïnt un sistema. L’experiència clínica evidencia sovint que dones maltractades no reconeixen la violència de gènere. L’experiència d’abús ha de ser detectada, construïda i integrada dins del món dels significats, és a dir, dels constructes, per ser identificada com a tal. Per exemple, és necessari construir la noció d’agressor i de víctima per poder posicionar-hi a un mateix i als altres. L’objectiu d’aquest estudi és explorar el sistema de constructes en dones que pateixen o han patit violència de gènere, centrant-se en la construcció personal de l’abús per identificar els seus constructes i detectar possibles motius que bloquegin el trencament de la relació amb el maltractador o altres possibles solucions. La mostra està constituïda per 36 dones, amb un rang d’edat situat entre els 18 i els 72 anys. La mitjana d’edat es troba al voltant dels 45 anys. La durada d’aquest estudi és de març de 2006 a març de 2007.

Anàlisi global de la petjada ecològica i la forma urbana

Cada cop són més els estudiosos que consideren aquest nou segle com el segle de les ciutats. L’any 2008 més de la meitat de la població mundial viurà en ambients urbans, i això es veu amb temor pel gran impacte que tenen les ciutats sobre el medi, i per la qualitat de vida dins aquestes urbs. Aquest document estudia com els factors urbans determinen la Petjada Ecològica global de les activitats humanes, utilitzant variables com : densitat mitjana de les ciutats, percentatge de població urbana, renda per càpita, latitud, preus de la gasolina i mida de la població.

Identificació de noves dianes terapèutiques en neoplàsies limfoides

El limfoma de cèl•lules de mantell (LCM) és un limfoma de cèl•lules B incurable que presenta sobreexpressió de ciclina D1. Això fa necessari el desenvolupament de noves teràpies. Els gens supressors de tumors estan alterats en càncer pel silenciament epigenètic aberrant, com a conseqüència de la desacetilació de les histones dels seus promotors. Els inhibidors de les desacetilases d'histones (HDACi) són nous compostos amb resultats prometedors per al tractament de tumors. L'objectiu principal, i que ha durat 7 mesos, va ser analitzar l'activitat antitumoral de l'àcid hidroxàmic suberoilanílid (SAHA, vorinostat), un HDACi en fase d'assajos clínics per al tractament de varis tumors, en cèl•lules de LCM. Es va analitzar la sensibilitat al SAHA (Merck Pharmaceuticals) en nou línies cel•lulars humanes de LCM, que es diferenciaven en les alteracions genètiques, les característiques replicatives i la sensibilitat als fàrmacs; i cèl•lules primàries de 6 pacients. El SAHA va presentar un efecte citotòxic heterogeni amb DL50 (Dosi Letal 50) de 3.25 μM a &25 μM amb 24 d'incubació. Aquest efecte citotòxic s'incrementava notablement després de 48 hores d'incubació assolint una DL50 de 0.34 a 5.69 μM. Cal destacar que 5 dels 6 casos de les mostres primàries de LCM van mostrar una elevada sensibilitat (DL50 & 8.07 μM). A nivell mecanistic, el SAHA va augmentar l'acetilació de les histones H3 i H4, i va disminuir els nivells de proteïna de la ciclina D1 i c-Flip. La citometria de flux i els anàlisis per Western Blot van posar de manifest que l'efecte citotòxic del SAHA es dóna a través de l'activació de la via mitocondrial de mort cel•lular i la cascada de caspases. El SAHA indueix l'expressió transcripcional de la proteïna proapoptòtica Bmf. Aquests resultats suggereixen que el SAHA podria ser una nova teràpia prometedora per al tractament del LCM.

Manipulació genètica de vectors virals per a estratègies de teràpia gènica en malalties autoimmunes

Els tractaments actuals per a la Malaltia de Crohn es basen en l’administració de proteïnes recombinants amb capacitat immunosupressora. Aquests tractaments són sistèmics, crònics i causen el desenvolupament d’efectes secundaris severs com infeccions amb patògens oportunistes i una major incidència de tumors. Passar d’una administració sistèmica dels immunosupressors a una administració local sembla clau per evitar la severitat i el nombre de complicacions secundàries. Ha sigut descrit recentment que el subconjunt cel•lular Th-17 juga un paper central en moltes malalties autoimmunes en humans, com ara la Malaltia de Crohn, Escleroderma, Artritis reumatoide o Psoriasis. Per determinar com la via del Th-17 es veu afectada durant el desenvolupament i els estadis aguts de la malaltia, analitzarem una gran bateria de interleuquines/citoquines i els mecanismes intracel•lulars d’activació/inhibició de l’activitat de les cèl•lules del Sistema Immune. En un segon pas, clonarem els gens seleccionats relacionats amb la immunomodulació de la via del Th-17 en vectors recentment desenvolupats (adenovirus quimera 5/40 o diferents pseudotips d’AAVs ), ja que hipotitzem que una producció local d’immunomoduladors s’assolirà amb una eficiència major fent servir aquests vectors, evitant així els efectes secundaris. A aquests efectes, hem començat el projecte clonant els gens de la IL10 i del receptor transmembrenal de la IL23 en adenovirus i en genomes d’AAV.

Risc cardiovascular dels fitoesterols

Els fitoesterols són components importants de la dieta Mediterrània. La seva ingesta augmenta les concentracions en sang i les concentracions elevades s’han relacionat amb un augment de risc cardiovascular. Però el síndrome metabòlic (SMet) s’associa a concentracions baixes de fitoesterols. S’ha investigat la relació entre fitoesterols del plasma i la dieta amb la presència de factors de risc cardiovascular, incloent el SMet, i malaltia cardiovascular. També s’han avaluat factors socioeconòmics que influencien els hàbits dietètics. Per dur-ho a terme s’ha realitzat un anàlisi retrospectiu en l’estudi Prevención con Dieta Mediterránea (PREDIMED) amb dades basals i a l’any d’una intervenció dietètica per avaluar la influència dels fitosterols de la dieta en el perfil lipídic dels participants. En l’estudi European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC) d’Espanya s’ha realitzat una anàlisi transversal per analitzar factors socials i dieta, i un estudi cas-control per avaluar el risc de desenvolupar malaltia cardiovascular segons les concentracions plasmàtiques de fitoesterols. Resultats: el consum de fitoesterols amb la dieta habitual s’ha relacionat amb la ingesta d’aliments saludables, amb una millora del perfil lipídic en els participants del PREDIMED i amb un increment dels fitoesterols plasmàtics. Aquest increment es va associar en l’estudi EPIC amb una millora dels factors de risc cardiovascular, una disminució del risc de patir malaltia cardiovascular o qualsevol component del SMet o el propi síndrome. Fa 10 anys la població espanyola seguia un patró de dieta mediterrània i era accessible a tothom independentment de la posició socioeconòmica. Conclusions. Les concentracions de fitoesterols plasmàtics semblen ser marcadors fiables d’un risc cardiometabòlic menor i un menor risc de patir malaltia cardiovascular. Ja que aquests elements són abundants en els aliments que característicament es consumeixen a Espanya, és necessari evitar que siguin difícils d’aconseguir per un encariment en el mercat i es generin desigualtats en salut a causa de l’alimentació.

Diseño e implementación de un receptor multifrecuencia basado en muestreo paso banda aplicado al sistema Galileo

Este trabajo tiene como objetivo diseñar e implementar un receptor multifrecuencia requerido para aplicaciones Galileo centradas a realizar correcciones de errores y estudios de la ionosfera. Estas características obligan a buscar alternativas respecto los receptores superheterodinos convencionales dado que para éstos los retardos de propagación entre las diferentes bandas de interés son inaceptables. Por ello, se presenta un receptor basado en la técnica de muestreo paso banda, que permite trasladar el espectro mediante el conversor ADC a través de un aliasing intencionado, eliminando así los retardos de propagación entre bandas de interés, dado que todas se albergan en un mismo canal. En este trabajo nos hemos centrado únicamente en las etapas críticas del receptor presentado, siendo éstas la etapa de filtrado y conversión digital. La etapa de filtrado requerirá filtros muy selectivos, ya que el ruido existente fuera de banda se solapará a nuestra banda de interés, degradando la SNR del sistema a medida que tenga más potencia. Esta etapa se ha realizado mediante una estructura duplexora conjuntamente con dos filtros de líneas acopladas. La etapa de conversión se ha realizado fabricando el layout de un conversor comercial, del cual se ha validado el correcto funcionamiento para la aplicación requerida.

El desastre quotidià i la disciplina repressora, respostes a la geometria minimal

La proposta de tesi pren com a punt de partida les respostes artístiques i teòriques dutes a terme a partir dels anys seixanta contra un context de coneixement tradicional fonamentalment racionalista, que segueix la tradició lògica de la modernitat i que troba el seu reflex i aplicació social en l’ordre espaial i per extensió, en la geometria. Un cop descrites les nocions que d’aquesta modernitat han estat aplicades a l’art dels anys 50 i 60, es mostra com les crítiques de determinats filòsofs i artistes han anat conformant un corpus teòric i artístic que ha implicat un intent d’enderrocament d’aquest sistema tradicional de coneixement, interpretació, lectura i atorgament de sentit a les obres artístiques. Aquests són: M.Foucault, J.Derrida, R. Smithson, R. Serra, R. Morris, Mona Hatoum, Imi Knoebel o Tacita Dean, entre d’altres. Seguidament es presenta un anàlisi més profund i detallat d’aquelles respostes artístiques més paradigmàtiques, tant al sistema de pensament tradicional com a l’ordre espaial que aquest conseqüentment implica. Aquestes crítiques s’organitzen en dues parts antagòniques: l’una és “L’adveniment del caos”, i l’altra és la “Crítica de l’ordre”. Els artistes són: L. Bourgeois, E.Hesse, A.Mendieta i P.Halley. En una tercera part, es descriu com aquest inici deconstructor del paradigma de coneixement tradicional iniciat als anys seixanta es desenvolupa durant els següents vint anys tenint en aquest cas com a fonament teòric les crítiques de R.Krauss, J. Baudrillard, P.Virilio, i com artistes els arquitectes P. Eienmann i F. Gehri, entre d’altres. La conclusió fonamental d’aquests apartats intenta posar de manifest la subversió o infracció de la geometria com a contenidora dels conceptes de la modernitat: raó i ordre moral. Finalment, en una quarta part s’inclou el propi projecte artístic que representa l’experimentació i praxi de les conclusions teòriques d’aquesta tesi.

Adopcions internacionals: anàlisi de les motivacions inicials per esdevenir pares adoptius a Catalunya

En els darrers anys Espanya, i concretament Catalunya, s'ha convertit en el país amb major nombre d'adopcions per habitant del món. Aquest fet ens duu a plantejar-nos quines són les motivacions que impulsen als sol•licitants a voler adoptar. En aquest estudi fem una categorització de les principals motivacions inicials de l'adopció internacional manifestades en els processos de valoració per a l'obtenció del Certificat d'Idoneïtat en una mostra catalana de 331 persones. Els resultats obtinguts ens indiquen que la majoria de sol•licitants adopta pensant en les seves necessitats i en les seves dificultats per a procrear i no tant en el menor que volen adoptar.

Clúster creatius en entorns urbans: 22@Bcn i Shoreditch East London

La localització de les empreses de nova economia en zones urbanes, a pesar que el factor distància no sigui important, no deixa de ser considerable pels seus avantatges que els suposa estar situades conjuntament en relació amb les infraestructures, consum, beneficis socioculturals, i facilitat en les transaccions cara a cara. És inevitable que el primer quart del segle vint-i-un estigui lligat a l’economia creativa de forma similar amb que el començament del segle vint estava íntimament lligat a l’economia industrial i la invenció del sistema de producció en massa. La ciutat també va jugar un dels papers més importants per al desenvolupament de “la nova economia industrial” a les albors del segle vint, com ho és la ciutat del coneixement que acull “la nova economia creativa” al segle vint-i-un. És evident que els resultats morfològics, socials, econòmics i urbans són ben diferents en ambdós fenòmens, però l’impacte a les ciutats és molt gran. L’objectiu d’aquest estudi és analitzar els mecanismes d’aglomeració (clustering) d’activitats competitives basades en creació de coneixement i de serveis avançats que estan al darrera de desenvolupaments punters a ciutats com Barcelona, el projecte 22@bcn, i East London, el projecte Shoreditch. L’esforç que han posat les autoritats locals en crear l’entorn apropiat per atreure i crear empreses innovadores, com a motor de desenvolupament d’algunes ciutats modernes europees ha resultat en el sorgiment de nuclis o centres urbans molt dinàmics que suposadament estan preparats i acullen punts de creació de coneixement (“Urban Knowledge Hubs”), amb una demanda i llocs de treball altament qualificats. Aquest és el cas dels projectes de Barcelona (22@bcn) i East London (Shoreditch).

Geometria integral i convexitat en espais de curvatura holomorfa constant

En aquest treball es tracten qüestions de la geometria integral clàssica a l'espai hiperbòlic i projectiu complex i a l'espai hermític estàndard, els anomenats espais de curvatura holomorfa constant. La geometria integral clàssica estudia, entre d'altres, l'expressió en termes geomètrics de la mesura de plans que tallen un domini convex fixat de l'espai euclidià. Aquesta expressió es dóna en termes de les integrals de curvatura mitja. Un dels resultats principals d'aquest treball expressa la mesura de plans complexos que tallen un domini fixat a l'espai hiperbòlic complex, en termes del que definim com volums intrínsecs hermítics, que generalitzen les integrals de curvatura mitja. Una altra de les preguntes que tracta la geometria integral clàssica és: donat un domini convex i l'espai de plans, com s'expressa la integral de la s-èssima integral de curvatura mitja del convex intersecció entre un pla i el convex fixat? A l'espai euclidià, a l'espai projectiu i hiperbòlic reals, aquesta integral correspon amb la s-èssima integral de curvatura mitja del convex inicial: se satisfà una propietat de reproductibitat, que no es té en els espais de curvatura holomorfa constant. En el treball donem l'expressió explícita de la integral de la curvatura mitja quan integrem sobre l'espai de plans complexos. L'expressem en termes de la integral de curvatura mitja del domini inicial i de la integral de la curvatura normal en una direcció especial: l'obtinguda en aplicar l'estructura complexa al vector normal. La motivació per estudiar els espais de curvatura holomorfa constant i, en particular, l'espai hiperbòlic complex, es troba en l'estudi del següent problema clàssic en geometria. Quin valor pren el quocient entre l'àrea i el perímetre per a successions de figures convexes del pla que creixen tendint a omplir-lo? Fins ara es coneixia el comportament d'aquest quocient en els espais de curvatura seccional negativa i que a l'espai hiperbòlic real les fites obtingudes són òptimes. Aquí provem que a l'espai hiperbòlic complex, les cotes generals no són òptimes i optimitzem la superior.

Globalization and international relations: the Olympic Movement and European Integration

Essay elaborated by Shaelyne Johnson, undergraduate student of Global Studies at the University of California-Santa Barbara, during her internship at CEO-UAB for the academic course 2008/2009. She compares the organisational structure, goals and objectives of the institutions in the Olympic Movement and the European Integration, in order to find connections between both movements which were caused by globalization. The paper begins with an introduction of the changing world nowadays, followed by an overview on the structural similarities in the historical unfolding between these two parallel movements and, before concluding, new means for international relations are considered. This document is available in English through the digital library at the CEO-UAB Portal of Olympic Studies and the digital repository RECERCAT.