Codis no lineals en Magma: noves construccions

L'objectiu principal d'aquest projecte és ampliar la llibreria BinaryCodes, iniciada al 2007, que ens permet construir i manipular codis binaris lineals i no lineals. Per aquest motiu, s'han desenvolupat una sèrie de funcions, amb els seus corresponents tests i exemples, en l'entorn de programació matemàtica Magma. Aquestes funcions consisteixen bàsicament en la construcció de nous codis a partir d'altres ja existents.

Eina gràfica per la creació d'autòmats per a la representació del llenguatge natural

Aquest projecte tracta la implementació d’una eina gràfica multiplataforma de creació i edició de gramàtiques electròniques per representar el Llenguatge Natural. És una eina per lingüistes i projectes com Spanish FrameNet Project amb la quan poden representar fàcilment transductors en un format més visual, les transicions es representen en forma de “caixes”, i guardar els resultats. S’han implementat varies opcions per crear una eina còmode i personalitzable per l’usuari amb funcionalitats enfocades a les seves necessitats com importar/exportar autòmats des d’una Expressió Regular. Es tracta l’implementació de tots els components que s’han necessitat per crear la GUI així com la seva funcionalitat.

dEICbian: una distribució GNU/LINUX personalitzada per laboratoris de docència

En aquest projecte es desenvolupa una distribució GNU/Linux adaptada als laboratoris de docència del departament d’enginyeria de la informació i de les comunicacions. Partint de una anàlisi exhaustiu de les necessitats del departament i gràcies a la col·laboració dels seus membres s’ha realitzat la distribució dEICbian, un sistema que permetrà facilitar les tasques docents als laboratoris del departament. Amb l’objectiu de mantenir el sistema actualitzat també s’ha desenvolupat un generador de noves versions de la distribució dEICbian per tal de garantir tenir, sempre, un sistema modern i lliure d’errors als laboratoris del departament. L’opinió dels usuaris, expressada mitjançant enquestes, ha estat favorable i ara només resta el darrer pas: la seva implementació als laboratoris.

Alineamiento de secuencias genéticas en procesadores multicore

Este trabajo analiza el rendimiento del algoritmo de alineamiento de secuencias conocido como Needleman-Wunsch, sobre 3 sistemas de cómputo multiprocesador diferentes. Se analiza y se codifica el algoritmo serie usando el lenguaje de programación C y se plantean una serie de optimizaciones con la finalidad de minimizar el volumen y el tiempo de cómputo. Posteriormente, se realiza un análisis de las prestaciones del programa sobre los diferentes sistemas de cómputo. En la segunda parte del trabajo, se paraleliza el algoritmo serie y se codifica ayudándonos de OpenMP. El resultado son dos variantes del programa que difieren en la relación entre la cantidad de cómputo y la de comunicación. En la primera variante, la comunicación entre procesadores es poco frecuente y se realiza tras largos periodos de ejecución (granularidad gruesa). En cambio, en la segunda variante las tareas individuales son relativamente pequeñas en término de tiempo de ejecución y la comunicación entre los procesadores es frecuente (granularidad fina). Ambas variantes se ejecutan y analizan en arquitecturas multicore que explotan el paralelismo a nivel de thread. Los resultados obtenidos muestran la importancia de entender y saber analizar el efecto del multicore y multithreading en el rendimiento.

Anàlisi i resolució de puzzles

Aquest projecte és una anàlisi d'algunes tècniques de reconeixement d'objectes en 2D, la seva comparació i equivalència. La solució presentada en aquesta memòria ha estat implementada en C++ per a poder avaluar els resultats així com les diferents problemàtiques aparegudes durant tot el procés. La resolució de puzzles és tan sols un exemple dels múltiples casos d'objectes bidimensionals que ens podem trobar que necessiten tècniques de matching per obtenir un objecte global.

Dawn for the galaxy: creació d'un joc web d'estratègia en temps real, multijugador i massiu

“Dawn or the Galaxy” és un treball de final de carrera que té com a objectiu principal la creació i desenvolupament d’una versió de demostració per a un joc del tipus MMORTS (massive multiplayer online real-time strategy) tractant d’incloure elements innovadors en aquest gènere de jocs i oferint un ampli ventall estratègic des de l’inici del joc. Per tal d’assolir l’objectiu es realitzarà un petit sondeig de mercat inicial i un estudi de models de jocs d’estratègia. El joc estarà integrat per més de seixanta fitxers de codi, una base de dades amb catorze taules interrelacionades no normalitzades i podrà tenir cabuda per a uns cinc-cents jugadors. Un cop programat l’aplicatiu, el joc es provarà en un entorn real, amb usuaris reals. Per a resoldre els problemes durant el transcurs del joc de forma ràpida, la aplicació serà sotmesa a un seguiment exhaustiu. La col·laboració dels jugadors en aquest punt serà fonamental.

Kiosk digital online

Internet se ha convertido en una clara referencia tecnológica; cada vez más las empresas apuestan por desarrollar aplicaciones en la red de redes y no quieren que su presencia pase desapercibida. Las Aplicaciones Ricas en Internet (RIA) son hasta la fecha la mejor opción para desarrollar estas aplicaciones. Este proyecto trata sobre el desarrollo de un Framework (conjunto de componentes orientados a una RIA en concreto: Silverlight) para el desarrollo de aplicaciones web.

Obtenció de jerarquies d'estats cel·lulars via web

Hi ha diversos mètodes d'anàlisi que duen a terme una agrupació global de la sèries de mostres de microarrays, com SelfOrganizing Maps, o que realitzen agrupaments locals tenint en compte només un subconjunt de gens coexpressats, com Biclustering, entre d'altres. En aquest projecte s'ha desenvolupat una aplicació web: el PCOPSamplecl, és una eina que pertany als mètodes d'agrupació (clustering) local, que no busca subconjunts de gens coexpresats (anàlisi de relacions linials), si no parelles de gens que davant canvis fenotípics, la seva relació d'expressió pateix fluctuacions. El resultats del PCOPSamplecl seràn les diferents distribucions finals de clusters i les parelles de gens involucrades en aquests canvis fenotípics. Aquestes parelles de gens podràn ser estudiades per trobar la causa i efecte del canvi fenotípic. A més, l'eina facilita l'estudi de les dependències entre les diferents distribucions de clusters que proporciona l'aplicació per poder estudiar la intersecció entre clusters o l'aparició de subclusters (2 clusters d'una mateixa agrupació de clusters poden ser subclusters d'altres clusters de diferents distribucions de clusters). L'eina és disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es/

Bioinformática: interfaz web para estudiar el efecto de diferentes condiciones sobre la expresión de los genes

El trabajo realizado se divide en dos bloques bien diferenciados, ambos relacionados con el análisis de microarrays. El primer bloque consiste en agrupar las condiciones muestrales de todos los genes en grupos o clústers. Estas agrupaciones se obtienen al aplicar directamente sobre la microarray los siguientes algoritmos de agrupación: SOM,PAM,SOTA,HC y al aplicar sobre la microarray escalada con PC y MDS los siguientes algoritmos: SOM,PAM,SOTA,HC y K-MEANS. El segundo bloque consiste en realizar una búsqueda de genes basada en los intervalos de confianza de cada clúster de la agrupación activa. Las condiciones de búsqueda ajustadas por el usuario se validan para cada clúster respecto el valor basal 0 y respecto el resto de clústers, para estas validaciones se usan los intervalos de confianza. Estos dos bloques se integran en una aplicación web ya existente, el applet PCOPGene, alojada en el servidor: http://revolutionresearch.uab.es.

Simulación de modelos orientados al individuo

Los bancos de peces es un grupo social organizado sin la presencia de un líder. Esta organización se atribuye a dos patrones de comportamiento: atracción biosocial y orientación paralela. Este sistema puede modelarse mediante la aproximación del Modelo orientado al Individuo, donde la conducta de cada individuo por separado define el comportamiento grupal de todos los individuos. El objetivo del trabajo es mejorar el rendimiento del simulador mediante una programación híbrida que aproveche las alternativas de paralelismo en el cómputo que ofrecen las recientes arquitecturas multicore en sistemas de altas prestaciones.

Factores de rendimiento en entornos multicore

Este documento refleja el estudio de investigación para la detección de factores que afectan al rendimiento en entornos multicore. Debido a la gran diversidad de arquitecturas multicore se ha definido un marco de trabajo, que consiste en la adopción de una arquitectura específica, un modelo de programación basado en paralelismo de datos, y aplicaciones del tipo Single Program Multiple Data. Una vez definido el marco de trabajo, se han evaluado los factores de rendimiento con especial atención al modelo de programación. Por este motivo, se ha analizado la librería de threads y la API OpenMP para detectar aquellas funciones sensibles de ser sintonizadas al permitir un comportamiento adaptativo de la aplicación al entorno, y que dependiendo de su adecuada utilización han de mejorar el rendimiento de la aplicación.

Factores de rendimiento en aplicaciones híbridas

En el entorno actual, diversas ramas de las ciencias, tienen la necesidad de auxiliarse de la computación de altas prestaciones para la obtención de resultados a relativamente corto plazo. Ello es debido fundamentalmente, al alto volumen de información que necesita ser procesada y también al costo computacional que demandan dichos cálculos. El beneficio al realizar este procesamiento de manera distribuida y paralela, logra acortar los tiempos de espera en la obtención de los resultados y de esta forma posibilita una toma decisiones con mayor anticipación. Para soportar ello, existen fundamentalmente dos modelos de programación ampliamente extendidos: el modelo de paso de mensajes a través de librerías basadas en el estándar MPI, y el de memoria compartida con la utilización de OpenMP. Las aplicaciones híbridas son aquellas que combinan ambos modelos con el fin de aprovechar en cada caso, las potencialidades específicas del paralelismo en cada uno. Lamentablemente, la práctica ha demostrado que la utilización de esta combinación de modelos, no garantiza necesariamente una mejoría en el comportamiento de las aplicaciones. Por lo tanto, un análisis de los factores que influyen en el rendimiento de las mismas, nos beneficiaría a la hora de implementarlas pero también, sería un primer paso con el fin de llegar a predecir su comportamiento. Adicionalmente, supondría una vía para determinar que parámetros de la aplicación modificar con el fin de mejorar su rendimiento. En el trabajo actual nos proponemos definir una metodología para la identificación de factores de rendimiento en aplicaciones híbridas y en congruencia, la identificación de algunos factores que influyen en el rendimiento de las mismas.

Estudio epidemiológico de la presencia de cuerpos extraños en pacientes asistidos entre 1983 y 2009 en el servicio de Otorrinolaringologia del Hospital Central de Maputo (Moçambique)

Antecedents: els cossos estranys en l'especialitat d'ORL en països en desenvolupament representen un important problema de salut pública. Objectius: caracteritzar el perfil dels pacients, identificar els cossos estranys i establir relacions entre ells. Metodologia: estudi descriptiu, retrospectiu, de 4.826 pacients amb cossos estranys durant un període ampli (1983-2009). Resultats: el 52.8% dels pacients van ser de sexe masculí i el 64.9% d'edat pediàtrica. Els objectes metàl•lics (24.5%) la localització a l'oïda (40.3%) van ser els més freqüents. Conclusions: es demostren evidències d'interès en salut pública i es proposen estratègies de prevenció i de control.

Migració i integració d’informació GIS al web corporatiu del Parc de Collserola mitjançant APIS de Google

El present document exposa el projecte final del dotzè Màster en Tecnologies de la Informació Geogràfica, fruit de la col·laboració entre el Departament de Geografia de la UAB i el Consorci del Parc de Collserola. Amb la finalitat de gestionar millor la informació espacial del Parc Natural, i amb l’objectiu de difondre al màxim llur patrimoni natural i humà, desenvolupem un GIS web mitjançant APIs de Google, i en el present treball descric des de l’elaboració de cartografia, fins a la migració i integració d’aquesta informació al web corporatiu fent ús de la programació ASP i Javascript

Disseny i desenvolupament d’una aplicació web basada en software lliure per a la gestió d’incidències de les Vies Verdes de Girona

El present document és la memòria descriptiva dels treballs realitzats per la Laura Vergoñós Pascual durant el projecte final del Màster en Tecnologies de la Informació Geogràfica, 12a edició, durant el transcurs del conveni de col·labració entre el Departament de Geografia i el SIGTE (Servei d’Informació Geogràfica i Teledetecció). S’hi exposen la seqüència de tasques realitzades durant el desenvolupament d’una aplicació web basada en software lliure per a la gestió d’incidències de les Vies Verdes de Girona. Processos: construcció de la base de dades, disseny i anàlisi de requeriments de l’aplicació, solució de programació, resultats