Kernel-PCA data integration with enhanced interpretability

Background Nowadays, combining the different sources of information to improve the biological knowledge available is a challenge in bioinformatics. One of the most powerful methods for integrating heterogeneous data types are kernel-based methods. Kernel-based data integration approaches consist of two basic steps: firstly the right kernel is chosen for each data set; secondly the kernels from the different data sources are combined to give a complete representation of the available data for a given statistical task. Results We analyze the integration of data from several sources of information using kernel PCA, from the point of view of reducing dimensionality. Moreover, we improve the interpretability of kernel PCA by adding to the plot the representation of the input variables that belong to any dataset. In particular, for each input variable or linear combination of input variables, we can represent the direction of maximum growth locally, which allows us to identify those samples with higher/lower values of the variables analyzed. Conclusions The integration of different datasets and the simultaneous representation of samples and variables together give us a better understanding of biological knowledge.

Semantic data integration in a newspaper content management system

A newspaper content management system has to deal with a very heterogeneous information space as the experience in the Diari Segre newspaper has shown us. The greatest problem is to harmonise the different ways the involved users (journalist, archivists...) structure the newspaper information space, i.e. news, topics, headlines, etc. Our approach is based on ontology and differentiated universes of discourse (UoD). Users interact with the system and, from this interaction, integration rules are derived. These rules are based on Description Logic ontological relations for subsumption and equivalence. They relate the different UoD and produce a shared conceptualisation of the newspaper information domain.

Kernel-PCA data integration with enhanced interpretability

Background Nowadays, combining the different sources of information to improve the biological knowledge available is a challenge in bioinformatics. One of the most powerful methods for integrating heterogeneous data types are kernel-based methods. Kernel-based data integration approaches consist of two basic steps: firstly the right kernel is chosen for each data set; secondly the kernels from the different data sources are combined to give a complete representation of the available data for a given statistical task. Results We analyze the integration of data from several sources of information using kernel PCA, from the point of view of reducing dimensionality. Moreover, we improve the interpretability of kernel PCA by adding to the plot the representation of the input variables that belong to any dataset. In particular, for each input variable or linear combination of input variables, we can represent the direction of maximum growth locally, which allows us to identify those samples with higher/lower values of the variables analyzed. Conclusions The integration of different datasets and the simultaneous representation of samples and variables together give us a better understanding of biological knowledge.

The Case for Linking World Law Data

The present paper advocates for the creation of a federated, hybrid database in the cloud, integrating law data from all available public sources in one single open access system - adding, in the process, relevant meta-data to the indexed documents, including the identification of social and semantic entities and the relationships between them, using linked open data techniques and standards such as RDF. Examples of potential benefits and applications of this approach are also provided, including, among others, experiences from of our previous research, in which data integration, graph databases and social and semantic networks analysis were used to identify power relations, litigation dynamics and cross-references patterns both intra and inter-institutionally, covering most of the World international economic courts.

Estudi teòric pràctic de la solubilitat de noves mescles aquoses de nitrats alcalins per climatització per absorció accionada tèrmicament a alta temperatura

Investigación realizada a partir de una estancia como profesor visitante en el Departamento de Ingeniería Mecánica de la Universitat Rovira i Virgili. Las soluciones acuosas de LiNO3 tienen una gran potencialidad para ser utilizadas como fluidos de trabajo en ciclos de absorción a altas temperaturas. La adición de otros nitratos y/o nitritos alcalinos mejora, entre otras propiedades, su solubilidad en H2O, el principal inconveniente de estas soluciones. La información bibliográfica sobre la solubilidad de estas es prácticamente inexistente, por eso, en este trabajo se ha realizado un estudio teórico-práctico de la solubilidad de algunos de estos sistemas.(...)

Desarrollo y aplicación de estrategias de control avanzado en procesos biológicos de tratamiento de efluentes contaminados

En este proyecto se ha desarrollado estrategias de control avanzadas para plantas de depuración de aguas residuales urbanas que eliminan conjuntamente materia orgánica, nitrógeno y fósforo. Las estrategias se han basado en el estudio multivariable del comportamiento del sistema, que ha producido subsidios para la utilización de lazos de control feedforward, de control predictivo y de un control de costes que automáticamente enviaba las consignas más adecuadas para los controladores de proceso. Para el desarrollo de las estrategias, se ha creado un sistema virtual de simulación (simulador) de plantas de depuradoras, basado en datos de literatura. Para el caso de una planta real, se ha desarrollado un simulador de la planta de Manresa (Catalunya). Sin embargo, el sistema de Manresa se ha utilizado exclusivamente para auxiliar los ingenieros de la planta en la tomada de decisiones de cambio de configuración para que la eliminación de fósforo se dé por la ruta biológica y no por la ruta química. La implementación de los simuladores ha permitido hacer muchas pruebas que en una planta real demandarían mucho tiempo y consumirían muchos recursos energéticos y financieros. Las estrategias de control más elaboradas han podido ahorrar hasta 150.000,00 Euros por año en relación a la operación de la planta sin el control automático. Cuanto a los estudios del modelo de la planta real, se concluyó que la eliminación biológica de fósforo puede sustituir el actual proceso químico de eliminación de fósforo, bajando los costes operacionales (costes del agente precipitante).

Construcción y explotación de un almacén de datos para el análisis de información sobre el tránsito rodado de vehículos

El objetivo principal del TFC es la construcción y explotación de un almacén de datos. El proceso de trabajo se basa en la ejecución de un caso práctico, en el cual se presenta un escenario en el que se necesita desarrollar un almacén de datos para la Fundació d'Estudis per a la Conducció Responsable, la cual desea estudiar la evolución del número de desplazamientos en vehículo de motor en Cataluña así como analizar las posibles correlaciones entre medios de locomoción, perfiles de conductores y algunas variables de seguridad vial.

In silico pathway reconstruction: Iron-sulfur cluster biogenesis in Saccharomyces cerevisiae

Background: Current advances in genomics, proteomics and other areas of molecular biology make the identification and reconstruction of novel pathways an emerging area of great interest. One such class of pathways is involved in the biogenesis of Iron-Sulfur Clusters (ISC). Results: Our goal is the development of a new approach based on the use and combination of mathematical, theoretical and computational methods to identify the topology of a target network. In this approach, mathematical models play a central role for the evaluation of the alternative network structures that arise from literature data-mining, phylogenetic profiling, structural methods, and human curation. As a test case, we reconstruct the topology of the reaction and regulatory network for the mitochondrial ISC biogenesis pathway in S. cerevisiae. Predictions regarding how proteins act in ISC biogenesis are validated by comparison with published experimental results. For example, the predicted role of Arh1 and Yah1 and some of the interactions we predict for Grx5 both matches experimental evidence. A putative role for frataxin in directly regulating mitochondrial iron import is discarded from our analysis, which agrees with also published experimental results. Additionally, we propose a number of experiments for testing other predictions and further improve the identification of the network structure. Conclusion: We propose and apply an iterative in silico procedure for predictive reconstruction of the network topology of metabolic pathways. The procedure combines structural bioinformatics tools and mathematical modeling techniques that allow the reconstruction of biochemical networks. Using the Iron Sulfur cluster biogenesis in S. cerevisiae as a test case we indicate how this procedure can be used to analyze and validate the network model against experimental results. Critical evaluation of the obtained results through this procedure allows devising new wet lab experiments to confirm its predictions or provide alternative explanations for further improving the models.

@neurIST infrastructure for advanced disease management through integration of heterogeneous data, computing, and complex processing services

The increasing volume of data describing humandisease processes and the growing complexity of understanding, managing, and sharing such data presents a huge challenge for clinicians and medical researchers. This paper presents the@neurIST system, which provides an infrastructure for biomedical research while aiding clinical care, by bringing together heterogeneous data and complex processing and computing services. Although @neurIST targets the investigation and treatment of cerebral aneurysms, the system’s architecture is generic enough that it could be adapted to the treatment of other diseases.Innovations in @neurIST include confining the patient data pertaining to aneurysms inside a single environment that offers cliniciansthe tools to analyze and interpret patient data and make use of knowledge-based guidance in planning their treatment. Medicalresearchers gain access to a critical mass of aneurysm related data due to the system’s ability to federate distributed informationsources. A semantically mediated grid infrastructure ensures that both clinicians and researchers are able to seamlessly access andwork on data that is distributed across multiple sites in a secure way in addition to providing computing resources on demand forperforming computationally intensive simulations for treatment planning and research.

L' Aprenentatge basat en problemes a través de casos clínics simulats. Una proposta metodològica de disseny i avaluació docent

RESUM Les exigències actuals de la professió de d’infermeria requereixen que la docència vagi orientada a interrelacionar els diferents rols a desenvolupar enla pràctica diària, per adquirir experiència en l’aprenentatge i així augmentar la qualitat de les cures d’infermeria. Per assolir aquest objectiu és important l’aprenentatge basat enproblemes. Aquest pretén en primer lloc que els estudiants aprenguin allò que permet desenvolupar-se enla vida professional de la manera més natural possible a partir d’una idea clara i profunda de l’evidència sobre la que s’ha d’actuar. Amb aquesta finalitat es vandissenyar casos clínics amb uns objectius que requerien la integració de coneixements, actituds i valors, en diferents fases a desenvolupar en un període de temps predeterminat. També ens vam proposar una estratègia docent que permetés a l’estudiant incorporar el coneixement científic que dóna suport a la pràctica assistencial per aproximar teoria i pràctica. Es pretén que els estudiants busquin una resposta basada en la millor evidència científica disponible, per prendre una decisió respecte a les cures del pacient. Els objectius de l’estudi són: Avaluar globalment l’aprenentatge basat en la simulació de casos Avaluar com els estudiants valoren la integració del model d’infermeria i del procés d’atenció en l’aprenentatge basat en la simulació de casos. Valorar les sensacions percebudes per l’estudiant durant la simulació del cas. Valorar l’actitud d el’estudiant en relació a la incorporació de l’evidència científica per una millora en la pràctica clínica. Avaluar el grau de dificultat manifestat per l’estudiant en relació al procés de documentació. Avaluar la idonietat de l’argumentació i la decisió de l’estudiant a la pregunta formulada en el cas clínic. Metodologia: L’assignatura d’Infermeria Medicoquirúrgica. Adult I del Departament d’Infermeria de la Universitat de Vic, va iniciar una experiència d’aprenentatge basat en la resolució de problemes, amb estudiants de 2on curs. Les professores responsables dels seminaris van realitzar una avaluació de l’experiència a través d’una enquesta. Aquesta es responia al cap d’un mes de la simulació al laboratori, quan es contrastaven els resultats obtinguts en aquesta entre professores i estudiants després de visualitzar la gravació feta durant el mateix. En el context del seminari de simulació de casos, es va introduir una pregunta/problema, a partir de la que els estudiants, en grup, havien de documentar-se amb el suport d’una guia. Per valorar l’actitud davant aquesta pregunta/problema es va dissenyar un qustionari tipus Likert. L’avaluació del grau de dificultat s’ha registrat a través d’unes escales de puntuació. Per a l’avaluació de la decisió presa, es van valorar les síntesis resum entregades en els treballs escrits pels diferents grups. Resultats: La realització de la simulació en el laboratori va ser avaluada per un alt percentatge d’estudiants (68,8%) amb puntuacions entre 6 i 8 mentre que un 26,6% la van situar en tre 9 i 10, només un 4,7 % la van puntuar amb 5. La integració del model d’infermeria va ser valorada pel 86% amb una puntuació entre 7 i 10. La valoració global de la simulació va ser qualificada pels estudiants amb una puntuació de 8 (34,4%) seguida d’un 28,1% amb una consideració de 7. Un 7,2% van puntuar entre 9 i 10. El 93,3% van assegurar que conèixer les fonts documentals els serviria per millorar l’assistència, el 86,7% esperen obtenir arguments sòlids respecte les seves desicions si la documentació consultada és de qualitat. Un 77,8% dels estudiants consideren estar més satisfets al saber incorporar la presa de decisions basada en evidències. Respecte el grau de dificultat en el procés de documentació la dificultat més gran la presenten en com buscar en les bases de dades de referències bibliogràfiques. Conclusions: L’aprenentatge dels estudiants a través de la simulació de casos és una estratègia vàlida que l’estudiant valora positivament al mateix temps que permet desenvolupar habilitats per a la pràctica professional. L’estratègia docent dissenyada per integrar les evidències en la presa de decisions es considera positiva, no obstant, després d’analitzar els resultats, s’han de modificar alguns aspectes per a la seva millora; tutoritzar per a millorar el procés de documentació i incidir més en la crítica i reflexió, de manera que les troballes de la investigació siguin canalitzades cap a la pràctica.

The role of attention in multisensory integration processes

Report for the scientific sojourn at the University of Queensland, Australia, between June to October 2007. The integration of sensory information coming from different modalities is a subjectively effortless and automatic process. However, recent findings converge on the idea that there might be some limitations on how much multisensory information can our brains integrate at a given moment. The overall objective of this research visit was to expand and reinforce our current line of research addressing the role that attention plays on the mechanisms responsible for multisensory integration. There is also a critical review of the literature as well as a list of research questions of potential interest in the area of the neuropsychology of multisensory attention.

Two different 3D biogeochemical models for the NW mediterranean sea: validation with Meris data and intercomparison

Report for the scientific sojourn carried out at the University of New South Wales from February to June the 2007. Two different biogeochemical models are coupled to a three dimensional configuration of the Princeton Ocean Model (POM) for the Northwestern Mediterranean Sea (Ahumada and Cruzado, 2007). The first biogeochemical model (BLANES) is the three-dimensional version of the model described by Bahamon and Cruzado (2003) and computes the nitrogen fluxes through six compartments using semi-empirical descriptions of biological processes. The second biogeochemical model (BIOMEC) is the biomechanical NPZD model described in Baird et al. (2004), which uses a combination of physiological and physical descriptions to quantify the rates of planktonic interactions. Physical descriptions include, for example, the diffusion of nutrients to phytoplankton cells and the encounter rate of predators and prey. The link between physical and biogeochemical processes in both models is expressed by the advection-diffusion of the non-conservative tracers. The similarities in the mathematical formulation of the biogeochemical processes in the two models are exploited to determine the parameter set for the biomechanical model that best fits the parameter set used in the first model. Three years of integration have been carried out for each model to reach the so called perpetual year run for biogeochemical conditions. Outputs from both models are averaged monthly and then compared to remote sensing images obtained from sensor MERIS for chlorophyll.

Singling out individual inventors from patent data

An increasing number of studies have sprung up in recent years seeking to identify individual inventors from patent data. Different heuristics have been suggested to use their names and other information disclosed in patent documents in order to find out “who is who” in patents. This paper contributes to this literature by setting forth a methodology to identify them using patents applied to the European Patent Office (EPO hereafter). As in the large part of this literature, we basically follow a three-steps procedure: (1) the parsing stage, aimed at reducing the noise in the inventor’s name and other fields of the patent; (2) the matching stage, where name matching algorithms are used to group possible similar names; (3) the filtering stage, where additional information and different scoring schemes are used to filter out these potential same inventors. The paper includes some figures resulting of applying the algorithms to the set of European inventors applying to the EPO for a large period of time.

Integration in strategic alliances : a conceptual framework of IT use in marketing as NPD key factor

En una economia basada en el coneixement, la innovació del producte es considera un factor clau a l'hora de determinar la competitivitat, la productivitat i el creixement d'una companyia. No obstant això, l'experiència de les companyies demostra la necessitat d'un nou model de gestió de la innovació del producte: una gestió basada en el màrqueting, en què la cooperació i l'ús intensiu de les tecnologies de la informació i de la comunicació (TIC) són especialment importants. En els darrers anys, la bibliografia sobre màrqueting ha analitzat el paper de la cooperació en l'èxit del procés d'innovació. No obstant això, fins ara pocs treballs han estudiat el paper que té l'ús de les TIC en el màrqueting en l'èxit del desenvolupament de nous productes (NPD, New Product Development en anglès). És una omissió curiosa, tenint en compte que el nou entorn competitiu és definit per una economia i una societat basades principalment en l'ús intensiu de les TIC i del coneixement. L'objectiu d'aquest treball és investigar el paper que l'ús de les TIC en el màrqueting té en el procés de desenvolupament de nous productes, com a element que reforça la integració d'agents al projecte, afavorint l'establiment de relacions dirigides a la cooperació i l'adquisició d'intel·ligència de mercat útil en el procés de desenvolupament de nous productes. L'estudi d'una mostra de 2.038 companyies de tots els sectors de l'activitat econòmica a Catalunya ens permet contrastar hipòtesis inicials i establir un perfil de companyia innovadora basat en les importants relacions que hi ha entre la innovació, l'ús de TIC en el màrqueting i la integració. Sobresurten dues idees en la nostra anàlisi. En primer lloc, l'ús intensiu de les TIC en el màrqueting fa que la companyia sigui més innovadora, ja que percep que el seu ús ajuda a superar barreres a la innovació i accelera els processos, que es tornen més eficients. En segon lloc, incrementant l'ús de les TIC en el màrqueting es fa augmentar la predisposició de la companyia a integrar agents particulars en l'entorn de negoci en el desenvolupament del procés d'innovació i a col·laborar-hi, de manera que es millora el grau d'adaptació del nou producte a les demandes del mercat.

Local WMR navigation with monocular data

This article presents recent WMR (wheeled mobile robot) navigation experiences using local perception knowledge provided by monocular and odometer systems. A local narrow perception horizon is used to plan safety trajectories towards the objective. Therefore, monocular data are proposed as a way to obtain real time local information by building two dimensional occupancy grids through a time integration of the frames. The path planning is accomplished by using attraction potential fields, while the trajectory tracking is performed by using model predictive control techniques. The results are faced to indoor situations by using the lab available platform consisting in a differential driven mobile robot