Matemàtica i música amb ADN

Treball de recerca realitzat per un alumne d’ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l’any 2005. Estudi sobre l’ADN que té com a finalitat conèixer introductòriament l’utilització del càlcul matemàtic computacional en les investigacions sobre aquest. Els objectius de l’estudi són per una part, conèixer què és l'ADN i quins són els seus mecanismes de duplicació i de transmissió de la informació genètica, així com el paper d'altres molècules que intervenen en aquest procés ; també s’estudia quins han estat els processos de la cèl·lula que l'ésser humà ha estat capaç de copiar o imitar. A partir d’aquesta introducció, es vol conèixer què s'entén concretament per computació amb ADN i alguns dels problemes matemàtics que s'han resolt, així com algunes aplicacions de l'ADN en altres camps. La recerca ha permès arribar a diverses conclusions. Primerament que l'ADN és un excel·lent candidat per poder fer càlculs matemàtics. En segon lloc, tot i que en el present treball no se solucionen problemes computacionalment difícils es mostra la capacitat de les molècules d'ADN per resoldre problemes. En tercer lloc, l'interès mostrat per importants empreses dedicades a la informàtica fa més esperançador que en un futur hi pugui haver ordinadors que funcionin amb molècules d'ADN. Finalment, es demostra que les matemàtiques, la informàtica i la biologia són tres camps que estan interrelacionats. Per tal de trencar una mica amb la serietat del treball, s'acaba descrivint una manera de posar música a les cadenes d'ADN, i es mostren alguns resultats com són les músiques associades als 24 cromosomes humans, així com les corresponents a 29 proteïnes.

Las promociones gratuitas y de venta opcional en la prensa: el caso de El Periódico de Catalunya y de ADN

L’estudi es centra en el fenòmen de les promocions dins del sector de la premsa impresa i la seva repercussió en el negoci editorial des de la doble perspectiva d’un diari de pagament i un altre gratuït, prenent com a model l’activitat promocional d' El Periódico de Catalunya (2003- 2008) i d' ADN (2006- 2008).

Valor del ADN-VPH en el cribado de la población oportunista en el departamento 6 de Valencia

La infecció pel Virus del Papil.loma Humà (VPH) és la causa principal de gairebé tots els casos de càncer cervical. En països on s'apliquen de manera programada tècniques de detecció, hi ha una disminució de la incidència i la mortalitat del càncer cervical. La detecció del VPH és un avenç important per a la prevenció del càncer en permetre un diagnòstic precoç de lesions cancerígenes. És per això que, es va decidir estudiar durant un any a la població de pacients que acudien a les consultes de ginecologia i aplicar si estava indicat el protocol de detecció de l'ADN-VPH segons les indicacions de l’Asociació Espanyola de Patologia Cervical i Colposcopia (AEPCC) per després traure conclusions.

Llegint el llibre de la vida: una proposta de Museu Virtual Interactiu sobre l'ADN

Es descriu el procés de creació d'un Museu Virtual sobre la genètica i l'ADN, i una primera evaluació del projecte.

Visualitzador de molècules d'ADN per laboratori virtual

RESUM Com a continuació del treball de final de carrera “Desenvolupament d’un laboratori virtual per a les pràctiques de Biologia Molecular” de Jordi Romero, s’ha realitzat una eina complementaria per a la visualització de molècules integrada en el propi laboratori virtual. Es tracta d’una eina per a la visualització gràfica de gens, ORF, marques i seqüències de restricció de molècules reals o fictícies. El fet de poder treballar amb molècules fictícies és la gran avantatge respecte a les solucions com GENBANK que només permet treballar amb molècules pròpies. Treballar amb molècules fictícies fa que sigui una solució ideal per a l’ensenyament, ja que dóna la possibilitat als professors de realitzar exercicis o demostracions amb molècules reals o dissenyades expressament per a l’exercici a demostrar. A més, permet mostrar de forma visual les diferents parts simultàniament o per separat, de manera que ofereix una primera aproximació interpretació dels resultats. Per altra banda, permet marcar gens, crear marques, localitzar seqüències de restricció i generar els ORF de la molècula que nosaltres creem o modificar una ja existent. Per l’implementació, s’ha continuat amb l’idea de separar la part de codi i la part de disseny en les aplicacions Flash. Per fer-ho, s’ha utilitzat la plataforma de codi lliure Ariware ARPv2.02 que proposa un marc de desenvolupament d’aplicacions Flash orientades a objectes amb el codi (classes ActionScript 2.0) separats del movieclip. Per al processament de dades s’ha fet servir Perl per ser altament utilitzat en Bioinformàtica i per velocitat de càlcul. Les dades generades es guarden en una Base de Dades en MYSQL (de lliure distribució), de la que s’extreuen les dades per generar fitxers XML, fent servir tant PHP com la plataforma AMFPHP com a enllaç entre Flash i la resta de parts.

Análisis del ADN mitocondrial de dos muestras del yacimiento paleolítico de El Pirulejo.

En la presente publicación se presentan los resultados del análisis del ADN mitocondrial (ADNmt) de dos individuos del nivel magdaleniense de El Pirulejo (Córdoba) (Asquerino et al., 1991). Las secuencias obtenidas se encuadran dentro de la variabilidad genética del hombre moderno actual, sin presentar similitud alguna con las secuencias de ADN mitocondrial de neandertal publicadas hasta la fecha. La distribución actual de las variantes mitocondriales encontradas en las dos muestras de El Pirulejo es similar a la encontrada en otros dos individuos Paleolíticos (Caramelli et al., 2003), y coherente con el modelo de expansión del hombre anatómicamente moderno desde África.

La utilización del concepto de ADN en nuestra sociedad: tecnociencia, frases hechas y errores científicos

La tecnología científica relacionada con el ADN y sus aplicaciones ha revolucionado nuestra sociedad. La información respecto a estos progresos se ha extendido rápidamente mediante los medios de comunicación. A su vez, las personas han incorporado conceptos de las tecnologías relacionadas con el ADN en su cosmovisión. La utilización de frases hechas basadas en el ADN ha tenido un gran éxito mediático, pero algunas de ellas contienen errores científicos graves. En este artículo se pretende mostrar dichos errores y posibles vías de actuación para corregirlos. Palabras clave: ADN, cosmovisión, frases hechas, selección natural, darwinismo, herencia de caracteres adquiridos, lamarckismo.

Anàlisis antropològica de les restes neolítiques de la Caserna de Sant Pau (Biometria, Dentició, ADN i Microestriació Dentària).

Les restes esquelètiques analitzades corresponen tant al nivell neolític (n=26) com a l"època del bronze (n=2), encara que aquí es presenten tan sols els resultats de la població neolítica (taula 1). En tots els casos les sepultures són individuals, amb l"única excepció de la sepultura 20, on s"han recuperat les restes corresponents a un individu femení adult (CSP201) i un fetus (CSP202) (taula 1). Per tal de caracteritzar biomètricament la població s"ha emprat la metodologia proposada per Martin i Saller (1959), Brothwell (1981) i Bass (1971). La determinació del sexe s"ha realitzat a través dels caràcters sexuals secundaris del crani i de la pelvis, i se"n pot trobar una descripció més detallada a Estebaranz et alii (2007). En el cas específic de les paleopatologies es van seguir les recomanacions de Campillo (Campillo, 1977).

Anàlisis antropològica de les restes neolítiques de la Caserna de Sant Pau (Biometria, Dentició, ADN i Microestriació Dentària).

Les restes esquelètiques analitzades corresponen tant al nivell neolític (n=26) com a l"època del bronze (n=2), encara que aquí es presenten tan sols els resultats de la població neolítica (taula 1). En tots els casos les sepultures són individuals, amb l"única excepció de la sepultura 20, on s"han recuperat les restes corresponents a un individu femení adult (CSP201) i un fetus (CSP202) (taula 1). Per tal de caracteritzar biomètricament la població s"ha emprat la metodologia proposada per Martin i Saller (1959), Brothwell (1981) i Bass (1971). La determinació del sexe s"ha realitzat a través dels caràcters sexuals secundaris del crani i de la pelvis, i se"n pot trobar una descripció més detallada a Estebaranz et alii (2007). En el cas específic de les paleopatologies es van seguir les recomanacions de Campillo (Campillo, 1977).

Qui va matar Ramsès III? La resposta és en l'ADN

Egiptòlegs, biòlegs, radiòlegs i patòlegs intervenen en un estudi genètic per reconstruir el gran enigma de com va morir el faraó i quin dels seus fills el va substituir

Identificación de características forenses avanzadas a partir del ADN: etnogeografía, patología delictiva y morfoanatomía

Resumen: El uso de la molécula de ADN ha revolucionado el mundo de la Genética forense, convirtiéndose en una herramienta poderosa para resolver un gran número de casos judiciales. El ADN permite identificar a una persona determinada con una probabilidad de error ínfima. Utilizando el análisis del ADN los ámbitos clásicos de actuación han sido: la resolución de grandes delitos, las pruebas de paternidad o de parentesco en general y por último la identificación de restos humanos que estuviesen muy dañados. Sin embargo, los investigadores policiales buscan obtener más información a partir de las moléculas de ADN extraídas de muestras biológicas (sangre, saliva, semen, células epiteliales, etc.). En este trabajo abordaremos los conocimientos que en la actualidad se tienen de algunas de las características del aspecto externo de los individuos a partir del análisis del ADN de las muestras, su interés desde el punto de vista jurídico y sus limitaciones. En concreto nos centraremos en cuatro grandes áreas de estudio: el análisis del origen geográfico de los ancestros, la genética del comportamiento, la genética médica y las predicciones de características externas tales como el color de los ojos, del cabello, de la piel, la estatura y la edad. Palabras clave: Genética forense, ADN. Origen étnico-geográfico. Patología delictiva. Características externas visibles.

Fingerprinting automático de contenidos digitales inspirado en las secuencias de ADN

Peer-reviewed

Visualitzador de molècules d'ADN per laboratori virtual

Com a continuació del treball de final de carrera “Desenvolupament d’un laboratori virtual per a les pràctiques de Biologia Molecular” de Jordi Romero, s’ha realitzat una eina complementaria per a la visualització de molècules integrada en el propi laboratori virtual. Es tracta d’una eina per a la visualització gràfica de gens, ORF, marques i seqüències de restricció de molècules reals o fictícies. El fet de poder treballar amb molècules fictícies és la gran avantatge respecte a les solucions com GENBANK que només permet treballar amb molècules pròpies. Treballar amb molècules fictícies fa que sigui una solució ideal per a l’ensenyament, ja que dóna la possibilitat als professors de realitzar exercicis o demostracions amb molècules reals o dissenyades expressament per a l’exercici a demostrar. A més, permet mostrar de forma visual les diferents parts simultàniament o per separat, de manera que ofereix una primera aproximació interpretació dels resultats. Per altra banda, permet marcar gens, crear marques, localitzar seqüències de restricció i generar els ORF de la molècula que nosaltres creem o modificar una ja existent. Per l’implementació, s’ha continuat amb l’idea de separar la part de codi i la part de disseny en les aplicacions Flash. Per fer-ho, s’ha utilitzat la plataforma de codi lliure Ariware ARPv2.02 que proposa un marc de desenvolupament d’aplicacions Flash orientades a objectes amb el codi (classes ActionScript 2.0) separats del movieclip. Per al processament de dades s’ha fet servir Perl per ser altament utilitzat en Bioinformàtica i per velocitat de càlcul. Les dades generades es guarden en una Base de Dades en MYSQL (de lliure distribució), de la que s’extreuen les dades per generar fitxers XML, fent servir tant PHP com la plataforma AMFPHP com a enllaç entre Flash i la resta de parts.

Etiología de enfermedades asociadas al decaimiento del peral. Mejora de técnicas de detección de fitoplasmas

El fitoplasma causante de la enfermedad del decaimiento del peral o Pear decline (PD) había sido descrito en nuestro país, pero se desconocía la incidencia real del patógeno, ya que las sintomatologías observadas se confundían a menudo con otros patógenos o con posibles desordenes fisiológicos. Se propuso realizar un estudio conducente a discernir la presencia del PD de otros agentes afines, así como determinar su incidencia y distribución por variedades y patrones en el área frutícola de Cataluña y Cuenca del Ebro. Así mismo, para un adecuado control de la enfermedad era necesario conocer cuales eran las especies de insectos vectores de la enfermedad en la zona y conocer si existía un único aislado del fitoplasma o por el contrario existía variabilidad genética del mismo. Se desconocía si la distinta expresión de síntomas observada era debida a variabilidad genética del fitoplasma o a una respuesta varietal. En el momento de iniciarse el proyecto únicamente dos especies del género Cacopsylla habían sido identificadas como vectores de la enfermedad C. pyricola y C. pyrisuga, aunque se sospechaba que C. pyri también era probablemente vector de la enfermedad, ya que era la especie más abundante en los países mediterráneos y se habían identificado individuos de esta especie portadores del fitoplasma. Por otro lado, la dificultad de diagnosticar las enfermedades producidas por fitoplasmas era también uno de los principales problemas para su control. La técnica de la PCR aunque era la más sensible, resultaba poco asequible para la aplicación rutinaria en empresas o para la certificación de material vegetal. Los principales problemas eran debidos a la complejidad del proceso de extracción del ADN, especialmente en leñosas y muy especialmente en peral, donde la presencia de inhibidores interfiere a menudo en el desarrollo de la PCR. Por estos motivos se planteó la mejora de las técnicas de detección para este fitoplasma y la puesta a punto de modificaciones que simplificaran la técnica de la PCR y permitieran su utilización de forma más rutinaria. Otro punto importante para la detección precoz de la enfermedad era conocer la distribución y concentración del fitoplasma en los distintos estadios fenológicos del árbol y en los distintos tejidos u órganos, con el fin de determinar el mejor momento para realizar la detección. Otra finalidad de este objetivo era determinar en que épocas del año podía propagarse la enfermedad a través de la multiplicación vegetativa, ya que se creía que el fitoplasma descendía a las raíces durante el invierno y por tanto las yemas tomadas durante este período estaban libres del mismo. También se planteó un estudio para determinar la correlación entre la detección del fitoplasma y la expresión de síntomas, ya que la detección del fitoplasma en plantas asintomáticas es esencial en los procesos de propagación vegetativa y de certificación del material vegetal obtenido.

Renovación y mejora varietal de frutales de hueso

El melocotonero (Prunus persica (L.) Batsch) es un cultivo de importancia creciente en España, particularmente para producción temprana en las regiones meridionales de la Península. Además tiene una elevado ritmo de sustitución de variedades. Solamente entre los años 1990-96 se comercializaron en el mundo alrededor de 500 nuevos cultivares (Fideghelli et al. 1998). El valor de las nuevas obtenciones es muy elevado, por lo que existe también un gran interés en su protección por parte de los mejoradores, y en el control de su identidad por viveristas o agricultores. La identificación varietal con datos sobre la morfología y fisiología de los frutales se realiza en ensayos de campo que requieren largo tiempo, generalmente años, de observación. Estos procesos son demasiado lentos para aplicaciones como el control de identidad en vivero o para la protección de los derechos de obtentor. Los marcadores moleculares, basados en la variabilidad del ADN, pueden detectarse en cualquier momento del desarrollo de la planta, y en diferentes tejidos, permitiendo establecer en pocos días un perfil único para cada variedad. El melocotonero es una de las especies menos variables del género Prunus (Byrne, 1990). Ello se debe a su sistema de autocompatibilidad que permite la autofecundación, lo que probablemente ha causado una importante erosión de su variabilidad genética especialmente desde el uso de las técnicas modernas de mejora genética. La baja variabilidad de este cultivo significa que los 2 marcadores que deben ser utilizados para su identificación han de buscarse entre los de mayor polimorfismo, ya que el uso de marcadores de buena calidad pero poco polimórficos no permite el objetivo de la caracterización individual de cada genotipo (Messeguer et al., 1986).