OSIRISv1.2: a named entity recognition system for sequence variants of genes in biomedical literature

Background: Single Nucleotide Polymorphisms, among other type of sequence variants, constitute key elements in genetic epidemiology and pharmacogenomics. While sequence data about genetic variation is found at databases such as dbSNP, clues about the functional and phenotypic consequences of the variations are generally found in biomedical literature. The identification of the relevant documents and the extraction of the information from them are hampered by the large size of literature databases and the lack of widely accepted standard notation for biomedical entities. Thus, automatic systems for the identification of citations of allelic variants of genes in biomedical texts are required. Results: Our group has previously reported the development of OSIRIS, a system aimed at the retrieval of literature about allelic variants of genes http://ibi.imim.es/osirisform.html. Here we describe the development of a new version of OSIRIS (OSIRISv1.2, http://ibi.imim.es/OSIRISv1.2.html webcite) which incorporates a new entity recognition module and is built on top of a local mirror of the MEDLINE collection and HgenetInfoDB: a database that collects data on human gene sequence variations. The new entity recognition module is based on a pattern-based search algorithm for the identification of variation terms in the texts and their mapping to dbSNP identifiers. The performance of OSIRISv1.2 was evaluated on a manually annotated corpus, resulting in 99% precision, 82% recall, and an F-score of 0.89. As an example, the application of the system for collecting literature citations for the allelic variants of genes related to the diseases intracranial aneurysm and breast cancer is presented. Conclusion: OSIRISv1.2 can be used to link literature references to dbSNP database entries with high accuracy, and therefore is suitable for collecting current knowledge on gene sequence variations and supporting the functional annotation of variation databases. The application of OSIRISv1.2 in combination with controlled vocabularies like MeSH provides a way to identify associations of biomedical interest, such as those that relate SNPs with diseases.

Efficiency and quality in local government management: the case of Spanish local authorities

This study analyses efficiency levels in Spanish local governments and their determining factors through the application of DEA (Data Envelopment Analysis) methodology. It aims to find out to what extent inefficiency arises from external factors beyond the control of the entity, or on the other hand, how much it is due to inadequate management of productive resources. The results show that on the whole, there is still a wide margin within which managers could increase local government efficiency levels, although it is revealed that a great deal of inefficiency is due to exogenous factors. It is specifically found that the size of the entity, per capita tax revenue, the per capita grants or the amount of commercial activity are some of the factors determining local government inefficiency.

L'Educació assistencial i social a Vic

A partir de les fonts documentals de la “Casa Misericòrdia” i de “Casa Caritat” de Vic i també del testimoni de persones que hi havien viscut o hi havien treballat o les coneixien de prop, s’ha volgut explicar el naixement, evolució i decadència de les dues institucions centenàries que van realitzar, gairebé sempre amb pocs mitjans però amb notable dedicació, una tasca ingent en favor dels més desfavorits i que van deixar d’existir a principis dels anys setanta. Casa Caritat atenia persones necessitades d’ambdós sexes, encara que en dues instal•lacions diferents, com l’antic convent dels Trinitaris per al sexe femení i l’antic convent de Sant Domènec, per al masculí. La Misericòrdia va acollir durant poc més de dos-cents cinquanta anys nenes, noies, dones i velles pobres i desemparades. La raresa d’aquesta institució estava en el règim d’autogestió, sense la intervenció de cap ordre religiosa, com era costum en aquells temps. El tancament de les dues institucions va donar lloc a un nou model assistencial i educatiu per als menors, promogut pel bisbe de Vic Ramon Masnou i per Joan Riera, els impulsors de la Llar Juvenil. Es tractava d’un recurs modern i d’inspiració cristiana, ubicat en una casa de nova construcció i sota un reglament molt més humanitzat i amb menys pes de les pràctiques religioses. La conflictivitat dels nens i nenes, a mesura que creixien, i amb les necessitats d’uns altres temps, a més d’assumpció de les competències de menors per part de la Generalitat el 1981, van propiciar la creació per part de la Generalitat i de l’Ajuntament de Vic de Casa Moreta, amb un projecte totalment laic i portat per professionals que després es convertiria en el Centre Residencial Osona i també va suposar el naixement d’una altra entitat, la Llar Terricabras. La recerca, doncs, pretén posar les bases per a futures anàlisis aprofundides sobre l’atenció als menors a la ciutat de Vic, al llarg del temps.

Las Olimpiadas desconocidas: Special Olympics

Este documento se presentó en la Asignatura Campus de la Universidad Autónoma de Barcelona (UAB) “Olimpismo, Sociedad y Deporte” durante el curso académico 1996/97. El objetivo de la autora es mostrar y describir qué es la entidad Special Olympics y cómo funciona.

El Rossinyol torna de França : La realitat del cant coral al tombant del segle XXI

Estudi del moviment coral a Catalunya des d'un punt de vista antropològic i social. Fa èmfasi en el paper dels repertoris del cant coral i en la manera com aquests repertoris reflecteixen la història social i cultural del món del cant coral a Catalunya. Estudi d'un microcosmos: l'Orfeó de les Corts, la seva trajectòria musical i la seva trajectòria com a entitat en els darrers 50 anys a Barcelona. S'analitza què hi ha més enllà del fet coral: el tipus de música, el fet de cantar en grup, els tipus d'associacions, la procedència, els objectius i la filosofia, les inquietuds dels cantaires i les preferències dels directors, per tal de copsar les dinàmiques socials i musicals del moviment coral.

Anàlisi i disseny d'aplicacions enfocades a la gestió de continguts via web, amb tècniques d'orientació objectes.

L'objectiu principal ha estat obtenir un disseny aplicable a qualsevol sistema d'informació extret de l'entitat que vulgui publicar un site independent de la plataforma.

Generació, actualització y consulta de bases de dades relacionals utilitzant XML (Servei d'emmagatzemament de dades a internet)

El que es vol, en aquest projecte, és generar una sèrie d'eines que permetin a una entitat externa d'interactuar en una base de dades relacional sense necessitat de coneixements específics sobre bases de dades. Quan es diu interactuar, s'hi inclou des de la creació de la base de dades fins a la consulta de la informació, passant per l'actualització d'aquesta base de dades.

Passarel·la de Pagaments

El treball consisteix en la realització d'una passarel·la de pagaments triangular. Una passarel·la d'aquest tipus permet gestionar pagaments on-line entre agents (comprador - comerciant - entitat financera), evitant que el comerciant conegui les dades de la tarjeta de crèdit i pugui realitzar canvis de la quantitat a pagar pel client.

Aplicació web per gestió de tornejos d'escacs amb J2EE

L'aplicació consisteix en un programa web que des d'un navegador ens permet realitzar una sèrie de consultes i de gestions contra una base de dades de tornejos d'escacs. Les gestions i consultes variaran segons el rol d'usuari sigui administrador, gestor o usuari Internet. Així, l'aplicació consta d'un servidor, una base de dades, unes classes entitat Java que treballaran a la capa de model per fer els canvis a la Base de dades, unes pàgines html i jsp, que estaran a la capa de vista, uns fitxers de configuració .xml i uns fitxers .java que actuaran a la capa de control. Els rols s'han implantat a nivell de servidor, amb una pàgina de login, i segons el rol escollit, es tindrà accés a una carpeta (zona) o altra.

Construcció i explotació d'un magatzem de dades de planificació hidrològica

El projecte que constitueix la base de aquest TFC, consisteix en la construcció d'un magatzem de dades, com a eina de treball, per als tècnics de la Confederació Hidrogràfica Nord-Est (CHNE), que és l'entitat encarregada de la gestió de l'aigua i infraestructures hidràuliques del nord-est de la península ibèrica. Aquest magatzem ha de permetre automatitzar la recollida de la informació provinent de fulls Excel i explotar aquesta informació amb eines de Business Intelligence adients.

Estudi de tecnologies d'accés a dades

El present projecte és un estudi comparatiu sobre les tecnologies d'accés a dades en la plataforma .NET: model clàssic, Entity Framework i OData.

First-order molecular descriptors for molecular steric similarity

En aquest treball s'analitza la contribució estèrica de les molècules a les seves propietats químiques i físiques, mitjançant l'avaluació del seu volum i de la seva mesura de semblança, a partir d'ara definits com a descriptors moleculars de primer ordre. La difeèsncia entre aquests dos conceptes ha estat aclarida: mentre que el volum és la magnitud de l'espai que ocupa la molècula com a entitat global, la mesura de semblança ens dóna una idea de com està distribuïda la densitat electrònica al llarg d'aquest volum, i reflecteix més les diferències locals existents. L'ús de diverses aproximacions per a l'obtenció d'ambdós valors ha estat analitzat sobre diferents classes d'isòmers

Alternativas de acceso a datos

Este proyecto tiene como objetivo principal el aprendizaje de las tecnologías de acceso a datos .NET de Microsoft, se trata de hacer un análisis de estas diferentes técnicas para poder crear una documentación precisa que nos permita comparar estas tres tecnologías, y para ello se detallarán las principales ventajas y desventajas de las mismas, comparándolas entre sí.

Estimating Gross Value Added (GVA) across multiple scales: theoretical approach and empirical validation

This paper presents an application of the Multi-Scale Integrated Analysis of Societal and Ecosystem Metabolism (MuSIASEM) approach to the estimation of quantities of Gross Value Added (GVA) referring to economic entities defined at different scales of study. The method first estimates benchmark values of the pace of GVA generation per hour of labour across economic sectors. These values are estimated as intensive variables –e.g. €/hour– by dividing the various sectorial GVA of the country (expressed in € per year) by the hours of paid work in that same sector per year. This assessment is obtained using data referring to national statistics (top down information referring to the national level). Then, the approach uses bottom-up information (the number of hours of paid work in the various economic sectors of an economic entity –e.g. a city or a province– operating within the country) to estimate the amount of GVA produced by that entity. This estimate is obtained by multiplying the number of hours of work in each sector in the economic entity by the benchmark value of GVA generation per hour of work of that particular sector (national average). This method is applied and tested on two different socio-economic systems: (i) Catalonia (considered level n) and Barcelona (considered level n-1); and (ii) the region of Lima (considered level n) and Lima Metropolitan Area (considered level n-1). In both cases, the GVA per year of the local economic entity –Barcelona and Lima Metropolitan Area – is estimated and the resulting value is compared with GVA data provided by statistical offices. The empirical analysis seems to validate the approach, even though the case of Lima Metropolitan Area indicates a need for additional care when dealing with the estimate of GVA in primary sectors (agriculture and mining).

Pheno Reports

Trabajo de final de carrera en .NET para hacer informes utilizando WPF, Entity Framework y las librerías Interop.