Regulación transcripcional y relación entre estructura y función de proteínas relacionadas con el metabolismo de colina en Pseudomonas aeruginosa. Transcriptional regulation and relationship between structure and function of proteins related with the choline metabolism in Pseudomonas aeruginosa.

El objetivo general de este proyecto es dilucidar los mecanismos de acción a nivel molecular de enzimas y proteínas involucradas en el metabolismo de colina en Pseudomonas aeruginosa, con énfasis en la identificación de residuos aminoacídicos críticos y regulación de la expresión de los genes en estudio. Los objetivos específicos que se palntean involucran abordajes bioquímicos y moleculares y serán llevados a cabo mediante técnicas de biología molecular y bioquímica (mutación sitio-dirigida, deleción génica, expresión y purificación de proteínas, fusión transcripcional a genes reporteros, etc). Planteo de hipótesis: las proteínas que se inducen por colina (fosforilcolina fosfatasa (PchP), fosfolipasa C (PlcH), acetilcolinestera (AchE), proteínas periplásmicas unidoras de colina (PUch) podrían compartir: a) una organización génica y responder a la regulación por proteínas regulatorias o a factores ambientales de manera similar; b) residuos aminoacídicos conservados que intervengan en la unión o interacción con diferentes ligandos, principalmente, colina. Para ello, se plantean los siguientes Objetivos Específicos: 1) identificar las zonas promotoras de los genes que codifican para PchP, PlcH, AchE y PUch, a fin de localizar posibles sitios de unión a proteínas reguladoras y los factores ambientales que afectan la actividad promotora. 2) determinar en las proteínas mencionadas los residuos aminoacídicos de importancia involucrados en la catálisis y en la interacción con ligandos, principalmente en la unión a compuestos de alquilamonio; 3) Se iniciarán estudios que demuestren la relación entre la inducción por colina de varios factores de patogenicidad la virulencia del microorganismo, empleando mutantes simples o múltiples en estos factores y como modelo de patogenicidad el nematodo C. elegans. A partir de los resultados obtenidos se pretende tener un conocimiento profundo sobre la regulación molecular y bioquímica de varias enzimas comprometidas en la patología que produce P. aeruginosa. Esto más el conocimiento de la fisiología de este microorganismo abre el camino para la búsqueda de posibles blancos de acción de drogas. Por otro lado, se espera tener un conocimiento integral sobre la regulación de la expresión de las actividades enzimáticas relacionadas con el metabolismo de colina y la respuesta de P. aeruginosa ante la presencia de compuestos de alquilamonio utilizados como nutrientes. Se espera conocer el papel que desempeña cada uno de los sitios de unión a los diferentes ligandos para el funcionamiento y control de las enzimas mencionadas y explicar el comportamiento diferencial de las enzimas frente a distintos sustratos y otros ligandos. El conocimiento de los sitios de unión a compuestos de alquilamonio permitirá encontrar esos dominios en diferentes proteínas del género Pseudomonas y otras bacterias Gram negativas. Desde el punto de vista evolutivo, se podrá comparar la similitud de los sitios de unión a colina entre proteínas de organismos eucariotas con procariotas (ej. PUch de bacterias Gram positivas, transportadores de colina, proteína C reactiva, AchE de eucariotas contra las encontradas en bacterias del género Pseudomonas, fosfolipasas A, C o D, etc.). Este proyecto permitirá concretar al menos dos tesis doctorales (Sanchez, Otero) más varios trabajos finales de grado (tesinas) que son y serán realizados por alumnos de la carrera de Microbiología en la UNRC. Les permitirá a los doctorandos y a los alumnos de grado adquirir una formación bastante integral ya que utilizarán herramientas de la fisiología general bacteriana, de la bioquímica clásica, de la biología molecular y de la bioinformática.

Enfoques sobre la ciudadanía. Philosophical Perspectives on Citizenship.

La necesidad que da origen al presente proyecto se relaciona con la ausencia de un tratamiento de la cuestión de la ciudadanía que haga interactuar distintos enfoques filosóficos -el principal indicador de esta carencia es la ausencia de producciones académicas que den cuenta de la complejidad que adquiere la temática si se la aborda desde los problemas que nos proporcionan otras perspectivas filosóficas y políticas-. En este sentido, el problema general del proyecto apunta a hacer discutir diferentes abordajes conceptuales para pensar la ciudadanía. Específicamente, trabajamos a partir de dos enfoques: 1) la discusión entre liberales y comunitaristas y sus actuales derivas y 2) la cuestión de la biopolítica y su relación con la temática de la ciudadanía. Se procura revisar la discusión liberales-comunitaristas propia de las ciencias políticas, interpelándola a partir de conceptos como los de dominación, relaciones de poder, control sobre la vida, disciplina, entre otros provenientes de la filosofía práctica, la teoría social, las ciencias de la educación, etc. Nuestra investigación parte de la hipótesis de que hacer discutir las problemáticas que se disputan liberales-comunitaristas, con la Teoría Crítica de la Escuela de Frankfurt y con los recientes fenómenos biopolíticos, permite un abordaje que atiende a la efectiva complejidad de las prácticas de ciudadanía en nuestra vida en común en las sociedades democráticas contemporáneas. Esto permitirá complejizar los presupuestos con los que tradicionalmente se ha pensado la ciudadanía, a partir sobre todo de los fenómenos socio-políticos más recientes, como los nuevos movimientos sociales, las discusiones acerca de la legislación del aborto y la eutanasia, los esfuerzos de los estados nacionales por incrementar medidas de seguridad que van desde la imposición de fuertes barreras a la inmigración hasta la realización de guerras preventivas. Entendemos que estos, entre otros fenómenos, desafían la hermenéutica tradicional sobre la ciudadanía. Es de esta manera que se buscará comprender los límites y alcances de las ideas de ciudadanía, entendiéndola como un concepto histórico formador de subjetividades. La metodología se basa en una perspectiva interdisciplinaria que proporciona las herramientas para un análisis conceptual de la temática de la ciudadanía. Esta metodología está orientada al desarrollo de un marco teórico que resulte productivo para investigaciones de campo en las ciencias sociales, así como también para la elaboración de un material bibliográfico destinado a docentes abocados a la ciudadanía. Otro de los propósitos fundamentales es el de formar una red entre diferentes equipos de investigación a nivel nacional a partir de las “I Jornadas Nacionales sobre Ciudadanía” y de la organización de un seminario especializado con un profesor visitante. As far as the general topic of citizenship concerns philosophy, the theoretical problem of how to reconcile the different perspectives, assuming that this is an enterprise that can be done, remains an open question. Furthermore, the absence of academic material dealing with the problem seems to be a good indicator of this tendency. The main focus of the present Project aims at coping with some of the most notorious theoretical approaches to citizenship. More specifically, we will analyze the next two approaches: 1) the debate libertarians-communitarians and 2) the relationship between biopolitics and citizenship. Our purpose is to revise the discussion libertarians-communitarians incorporating concepts such as domination, power-relationships, life-control, among others that find their roots in practical philosophy, social theory, education and so on. To the extent that theories of citizenship are only provided with the usual conceptual machinery, some of the most remarkable phenomena of our democratic societies will stand for them out of reach: the existence of new social movements, abortion and euthanasia, inmigration, etc. Our hypothesis is that by making the debate libertarians-communitarians interact with the Critical Theory as well as with biopolitical concepts, we will be in a better position to try to understand these diverse phenomena. With the development of some sort of a new hermeneutics, we expect to criticize the old ideas related to citizenship and to re-elaborate them in a way that allows us to understand this concept in a less-fundamental, historical sense. Methodologically, we will adopt a multi-dimensional approach which expects to be fruitful to many other investigations in the area of social sciences. The Project pretends to be useful as a consultation resource for educators in a bibliographical index to design their curricula. At the same time,a seminar with a visiting profesor, the organization of a Congres will be our main objectives.

Verificación de Sistemas Basada en Teoría de Tipos. System verification in type theory

Este proyecto se enmarca en la utlización de métodos formales (más precisamente, en la utilización de teoría de tipos) para garantizar la ausencia de errores en programas. Por un lado se plantea el diseño de nuevos algoritmos de chequeo de tipos. Para ello, se proponen nuevos algoritmos basados en la idea de normalización por evaluación que sean extensibles a otros sistemas de tipos. En el futuro próximo extenderemos resultados que hemos conseguido recientemente [16,17] para obtener: una simplificación de los trabajos realizados para sistemas sin regla eta (acá se estudiarán dos sistemas: a la Martin Löf y a la PTS), la formulación de estos chequeadores para sistemas con variables, generalizar la noción de categoría con familia utilizada para dar semántica a teoría de tipos, obtener una formulación categórica de la noción de normalización por evaluación y finalmente, aplicar estos algoritmos a sistemas con reescrituras. Para los primeros resultados esperados mencionados, nos proponemos como método adaptar las pruebas de [16,17] a los nuevos sistemas. La importancia radica en que permitirán tornar más automatizables (y por ello, más fácilmente utilizables) los asistentes de demostración basados en teoría de tipos. Por otro lado, se utilizará la teoría de tipos para certificar compiladores, intentando llevar adelante la propuesta nunca explorada de [22] de utilizar un enfoque abstracto basado en categorías funtoriales. El método consistirá en certificar el lenguaje "Peal" [29] y luego agregar sucesivamente funcionalidad hasta obtener Forsythe [23]. En este período esperamos poder agregar varias extensiones. La importancia de este proyecto radica en que sólo un compilador certificado garantiza que un programa fuente correcto se compile a un programa objeto correcto. Es por ello, crucial para todo proceso de verificación que se base en verificar código fuente. Finalmente, se abordará la formalización de sistemas con session types. Los mismos han demostrado tener fallas en sus formulaciones [30], por lo que parece conveniente su formalización. Durante la marcha de este proyecto, esperamos tener alguna formalización que dé lugar a un algoritmo de chequeo de tipos y a demostrar las propiedades usuales de los sistemas. La contribución es arrojar un poco de luz sobre estas formulaciones cuyos errores revelan que el tema no ha adquirido aún suficiente madurez o comprensión por parte de la comunidad. This project is about using type theory to garantee program correctness. It follows three different directions: 1) Finding new type-checking algorithms based on normalization by evaluation. First, we would show that recent results like [16,17] extend to other type systems like: Martin-Löf´s type theory without eta rule, PTSs, type systems with variables (in addition to systems in [16,17] which are a la de Bruijn), systems with rewrite rules. This will be done by adjusting the proofs in [16,17] so that they apply to such systems as well. We will also try to obtain a more general definition of categories with families and normalization by evaluation, formulated in categorical terms. We expect this may turn proof-assistants more automatic and useful. 2) Exploring the proposal in [22] to compiler construction for Algol-like languages using functorial categories. According to [22] such approach is suitable for verifying compiler correctness, claim which was never explored. First, the language Peal [29] will be certified in type theory and we will gradually add funtionality to it until a correct compiler for the language Forsythe [23] is obtained. 3) Formilizing systems for session types. Several proposals have shown to be faulty [30]. This means that a formalization of it may contribute to the general understanding of session types.