Collaborative environment to support a professional community

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Consistent state software transactional memory

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Anaerobic bacteria: an investigation of metabolic important enzymes: a novel type of oxygen reductase and enzymes of the tetrapyrrole biosynthesis

Desulfovibrio desulfuricans was the first species of a sulphatereducing bacterium to be isolated, in 1895. Since that time, many questions were raised in the scientific community regarding the metabolic and ecological aspects of these bacteria. At present, there is still a myriad of open questions remaining to be answered to enlarge our knowledge of the metabolic pathways operative in these bacteria that have implications in the sulfur cycle, in biocorrosion, namely in sewers and in oil and gas systems, and in bioremediation of several toxic metals. The work presented in this dissertation aimed at contributing with new insights of enzymes involved in two different metabolic systems on Desulfovibrio species, namely enzymes that play a role in the response to oxidative stress and that are involved in the haem biosynthetic pathway.(...)

Cooperative memory and database transactions

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Static detection of anomalies in transactional memory programs

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Freshwater arsenic detoxification through selenium-enriched food supplements. A proteomic approach

Dissertação apresentada para a obtenção do grau de doutor em Bioquímica pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Programa de exercício e promoção da actividade física após cirurgia por cancro da mama

RESUMO: Objectivo: O exercício tem sido identificado como um factor de promoção da qualidade de vida em mulheres submetidas a cirurgia por cancro de mama. Mas os níveis de actividade física tendem a reduzir após o diagnóstico de cancro de mama e a manterem-se baixos após fim dos tratamentos. O objectivo deste estudo é verificar se um programa de exercício físico supervisionado, associado a estratégias motivacionais em mulheres submetidas a cirurgia por cancro da mama e que mantêm a intervenção usual praticada, é mais efectivo no aumento dos níveis de actividade física, na redução do índice de massa corporal e na melhoria da qualidade de vida, do que o tratamento usualmente praticado. Metodologia: Trata-se de um estudo piloto experimental, aleatorizado e controlado. Cumpriram os critérios de inclusão no estudo 37 utentes submetidas a cirurgia por cancro de mama no Hospital Fernando Fonseca, Amadora, e submetidos à intervenção usual da fisioterapia. Foram aleatoriamente distribuídas pelos grupos experimental (n=19) e de controlo (n=18). O contacto telefónico foi feito por um elemento externo, cego em relação à distribuição dos sujeitos. Alguns elementos desistiram ou não puderam participar no estudo. O número de sujeitos final foi de 11 para o grupo experimental e de 10 para o grupo de controlo, idênticos na média de idades. Todos os sujeitos mantiveram a intervenção usual da fisioterapia. Os sujeitos do grupo experimental foram ainda submetidos ao programa de exercício e promoção da actividade física. Todo o grupo foi avaliado no início do programa, no final do mesmo (12 semanas) e após 6 meses de follow-up, nos seguintes indicadores: nível de actividade física, pelo International Physical Activity Questionnaire (IPAQ), índice de massa corporal e qualidade de vida, pelos questionários: European Organization for Research and Treatment of Cancer Quality of Life Questionnaire (EORTC QLQ-C30) e Supplementary Questionnaire Breast Cancer Module (QLQ-BR23). Resultados: O programa implementado demonstrou-se efectivo no aumento dos níveis de actividade física (p=0,017) e na qualidade de vida associada ao estado funcional (p=0,016) e ao estado de saúde global auto-percepcionado (p=0,030) no final do programa. Foi ainda possível identificar resultados positivos noutras variáveis estudadas, como por exemplo a fadiga auto-reportada, mas que não se demonstraram estatisticamente significativos, facto que pode atribuir-se à reduzida dimensão da amostra. Conclusões: Apesar de algumas limitações, este estudo é de grande a importância para a comunidade científica preocupada com crescente problemática do cancro de mama. Mais uma vez se demonstra que o exercício físico é uma estratégia importante para a melhoria do estado de saúde de pacientes confrontados com doença. Esta comprovação é de grande interesse para os profissionais de saúde e particularmente para os fisioterapeutas dedicados à promoção da saúde nesta população.---------------------ABSTRACT: Purpose: Exercise has been identified as a quality of life promoting factor, amongst women after breast cancer surgery. But the physical activity levels reduce significantly after a diagnosis of breast cancer and remain low after treatment is completed. The aim of this study is to determine whether a supervised group exercise program allied to motivating strategies in women after breast cancer surgery in conjunction with standard treatment, is more effective in improving physical activity levels, reducing body mass index and promoting quality of life, than standard treatment on its own. Methods: This is a pilot randomized controlled trial. Thirty-seven women, submitted to breast cancer surgery in the Hospital Fernando Fonseca, Amadora, and submitted to standard physiotherapy intervention, completed the inclusion criteria. They were randomly allocated into intervention group (n=19) and control group (n=18). The telephone contact was done by an external element, blind to the subjects’ allocation. Some elements declined or could not participate. The final intervention group was n=11 and the control n=10, similar in age. All subjects maintained the standard physiotherapy intervention. The experimental group was submitted to the exercise and health promotion program. The complete group was evaluated in the beginning of the program, at the final (after 12 weeks) and after 6 months follow-up, using as outcomes: physical activity index with the international Physical Activity Questionnaire (IPAQ), the body mass index and quality of life using the European Organization for Research and Treatment of Cancer Quality of Life Questionnaire (EORTC QLQ-C30) and Supplementary Questionnaire Breast Cancer Module (QLQBR23). Results: The studied program demonstrated to be effective in improving the physical activity index (p=0,017) and quality of live related to physical functioning (p=0,016) and to global health status (p=0,030) at the end of the program. It was possible to find positive results in some other outcomes, such as fatigue, although the differences were not statistically significant. We believe that these results can be attributed to the small sample size. Conclusions: Although we can identify some methodological constrains, this is a very important study for scientific community working on the breast cancer subject. Once more, exercise was identified as an important strategy to improve global heath status in breast cancer patients. This represents an important contribution to the health professionals and mostly for physiotherapists working on health promotion subject.

Ankylosing spondylitis: genomic and functional characterization of candidate genes and their repercussion in clinical practice

RESUMO: Introdução: A espondilite anquilosante (EA) é uma doença inflamatória crónica caracterizada pela inflamação das articulações sacroilíacas e da coluna. A anquilose progressiva motiva uma deterioração gradual da função física e da qualidade de vida. O diagnóstico e o tratamento precoces podem contribuir para um melhor prognóstico. Neste contexto, a identificação de biomarcadores, assume-se como sendo muito útil para a prática clínica e representa hoje um grande desafio para a comunidade científica. Objetivos: Este estudo teve como objetivos: 1 - caracterizar a EA em Portugal; 2 - investigar possíveis associações entre genes, MHC e não-MHC, com a suscetibilidade e as características fenotípicas da EA; 3 - identificar genes candidatos associados a EA através da tecnologia de microarray. Material e Métodos: Foram recrutados doentes com EA, de acordo com os critérios modificados de Nova Iorque, nas consultas de Reumatologia dos diferentes hospitais participantes. Colecionaram-se dados demográficos, clínicos e radiológicos e colhidas amostras de sangue periférico. Selecionaram-se de forma aleatória, doentes HLA-B27 positivos, os quais foram tipados em termos de HLA classe I e II por PCR-rSSOP. Os haplótipos HLA estendidos foram estimados pelo algoritmo Expectation Maximization com recurso ao software Arlequin v3.11. As variantes alélicas dos genes IL23R, ERAP1 e ANKH foram estudadas através de ensaios de discriminação alélica TaqMan. A análise de associação foi realizada utilizando testes da Cochrane-Armitage e de regressão linear, tal como implementado pelo PLINK, para variáveis qualitativas e quantitativas, respetivamente. O estudo de expressão génica foi realizado por Illumina HT-12 Whole-Genome Expression BeadChips. Os genes candidatos foram validados usando qPCR-based TaqMan Low Density Arrays (TLDAs). Resultados: Foram incluídos 369 doentes (62,3% do sexo masculino, com idade média de 45,4 ± 13,2 anos, duração média da doença de 11,4 ± 10,5 anos). No momento da avaliação, 49,9% tinham doença axial, 2,4% periférica, 40,9% mista e 7,1% entesopática. A uveíte anterior aguda (33,6%) foi a manifestação extra-articular mais comum. Foram positivos para o HLA-B27, 80,3% dos doentes. Os haplótipo A*02/B*27/Cw*02/DRB1*01/DQB1*05 parece conferir suscetibilidade para a EA, e o A*02/B*27/Cw*01/DRB1*08/DQB1*04 parece conferir proteção em termos de atividade, repercussão funcional e radiológica da doença. Três variantes (2 para IL23R e 1 para ERAP1) mostraram significativa associação com a doença, confirmando a associação destes genes com a EA na população Portuguesa. O mesmo não se verificou com as variantes estudadas do ANKH. Não se verificou associação entre as variantes génicas não-MHC e as manifestações clínicas da EA. Foi identificado um perfil de expressão génica para a EA, tendo sido validados catorze genes - alguns têm um papel bem documentado em termos de inflamação, outros no metabolismo da cartilagem e do osso. Conclusões: Foi estabelecido um perfil demográfico e clínico dos doentes com EA em Portugal. A identificação de variantes génicas e de um perfil de expressão contribuem para uma melhor compreensão da sua fisiopatologia e podem ser úteis para estabelecer modelos com relevância em termos de diagnóstico, prognóstico e orientação terapêutica dos doentes. -----------ABSTRACT: Background: Ankylosing Spondylitis (AS) is a chronic inflammatory disorder characterized by inflammation in the spine and sacroiliac joints leading to progressive joint ankylosis and in progressive deterioration of physical function and quality of life. An early diagnosis and early therapy may contribute to a better prognosis. The identification of biomarkers would be helpful and represents a great challenge for the scientific community. Objectives: The present study had the following aims: 1- to characterize the pattern of AS in Portuguese patients; 2- to investigate MHC and non-MHC gene associations with susceptibility and phenotypic features of AS and; 3- to identify candidate genes associated with AS by means of whole-genome microarray. Material and Methods: AS was defined in accordance to the modified New York criteria and AS cases were recruited from hospital outcares patient clinics. Demographic and clinical data were recorded and blood samples collected. A random group of HLA-B27 positive patients and controls were selected and typed for HLA class I and II by PCR-rSSOP. The extended HLA haplotypes were estimated by Expectation Maximization Algorithm using Arlequin v3.11 software. Genotyping of IL23R, ERAP1 and ANKH allelic variants was carried out with TaqMan allelic discrimination assays. Association analysis was performed using the Cochrane-Armitage and linear regression tests as implemented in PLINK, for dichotomous and quantitative variables, respectively. Gene expression profile was carried out using Illumina HT-12 Whole-Genome Expression BeadChips and candidate genes were validated using qPCR-based TaqMan Low Density Arrays (TLDAs). Results: A total of 369 patients (62.3% male; mean age 45.4±13.2 years; mean disease duration 11.4±10.5 years), were included. Regarding clinical disease pattern, at the time of assessment, 49.9% had axial disease, 2.4% peripheral disease, 40.9% mixed disease and 7.1% isolated enthesopathic disease. Acute anterior uveitis (33.6%) was the most common extra-articular manifestation. 80.3% of AS patients were HLA-B27 positive. The haplotype A*02/B*27/Cw*02/DRB1*01/DQB1*05 seems to confer susceptibility to AS, whereas A*02/B*27/Cw*01/DRB1*08/DQB1*04 seems to provide protection in terms of disease activity, functional and radiological repercussion. Three markers (two for IL23R and one for ERAP1) showed significant single-locus disease associations. Association of these genes with AS in the Portuguese population was confirmed, whereas ANKH markers studied did not show an association with AS. No association was seen between non-MHC genes and clinical manifestations of AS. A gene expression signature for AS was established; among the fourteen validated genes, a number of them have a well-documented inflammatory role or in modulation of cartilage and bone metabolism. Conclusions: A demographic and clinical profile of patients with AS in Portugal was established. Identification of genetic variants of target genes as well as gene expression signatures could provide a better understanding of AS pathophysiology and could be useful to establish models with relevance in terms of susceptibility, prognosis, and potential therapeutic guidance.

Sensor Data Visualization in Virtual Globe

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Understanding the relationship between central metabolism and virulence in the human pathogen Streptococcus pneumoniae

Dissertation presented to obtain the Ph.D. degree in Biochemistry

A study on reducing digital piracy: an analytical network process approach with benefits, opportunities, costs and risks analysis

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia e Gestão Industrial

A cultura de segurança do doente em alunos do 4º ano dos cursos de tecnologias da saúde

RESUMO - O presente trabalho pretende estudar a cultura de segurança de doente em alunos do ensino superior, na área das tecnologias de diagnóstico e terapêutica. Esta problemática não tem sido abordada pela comunidade científica, pelo que o seu estudo é relevante. Os alunos que finalizam a licenciatura estão legalmente autorizados para intervir perante o doente, contudo, a sensibilidade que têm para as questões da segurança do doente deve ser analisada com o intuito de melhorar a sua preparação como futuros profissionais de saúde. Neste estudo participaram 180 alunos estratificados consoante o curso e sexo de modo a obter uma amostra representativa da população alvo. Foi constituído um questionário com 31 itens numa escala dicotómica que avaliam a cultura de segurança do doente em 7 dimensões – liderança, trabalho de equipa, a prática baseada na evidência científica, a comunicação, a aprendizagem, a justiça, e a prática clínica centrada no doente. Pode igualmente compor-se uma medida global de cultura de segurança do doente através do somatório das 7 dimensões. Os resultados evidenciam a existência de uma correlação positiva moderada entre as dimensões – Trabalho em equipa (0,660); Liderança (0,610); Prática baseada na evidência científica (0,627); Ambiente justo (0,570); Comunicação (0,501) e o Total.

The role of electron transfer in DNA building blocks: evaluation of strand breaks and their implications

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Física

Ensemble classifiers in remote sensing: a comparative analysis

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Watershed-scale runoff routing and solute transport in a spatially aggregated hydrological framework

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies