Developing and implementing an environmental performance index for the Portuguese military

Business Strategy and the Environment nº 15, p. 71–86

Estimation of infection rate in epidemic models with multiple populations

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Matemática e Aplicações Especialização em Actuariado, Estatística e Investigação Operacional

Evolution of genotypes of Group A streptococci from colonization and infection

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Biologia

Update on the population structure of MRSA causing infection in a central hospital and in healthcare centers in Portugal

RESUMO:Staphylococcus aureus é um dos principais agentes patogénicos humanos, sendo frequentemente associado a infecções nosocomiais e infecções na comunidade. A prevalência de S. aureus resistentes à meticilina (MRSA) em hospitais portugueses é uma das mais elevadas da Europa e tem sido caracterizada extensivamente; contrariamente, a prevalência e epidemiologia de MRSA na comunidade em Portugal não tem sido devidamente seguida. Com o objectivo de compreender as causas possíveis do aumento na frequência de MRSA num dos maiores hospitais centrais portugueses (HSM) ao longo de 17 anos, isolados de MRSA recolhidos em 1993 (n=54) e 2010 (n=180) de pus, sangue e urina foram analisados por PFGE, MLST, tipagem do spa e tipagem de SCCmec. Os resultados mostraram que ocorreu uma mudança global nos tipos clonais predominantes, onde o clone ST22-IVh substituiu os clones, ST239-IIIvar e ST247-I, representando mais de 70% da população actual. Além disso, entre 1993 e 2010 verificou-se um aumento na diversidade genética dos tipos clonais de MRSA. Para determinar a frequência e a natureza clonal de MRSA e S. aureus sensíveis à meticilina (MSSA) isolados de infecções de pele e tecidos moles (SSTI) em pessoas que frequentam centros de saúde em Portugal, 73 amostras foram recolhidas em nove centros de saúde (Rede Médicos Sentinela). Isolou-se um total de 40 S. aureus (55%), dos quais 17,5% eram MRSA. Os isolados de MRSA pertenciam aos clones ST22-IVh (n=4), ST5-IVc (n=2) e ST105-II (n=1), que foram descritos neste estudo como sendo clones de origem hospitalar. Os nossos resultados sugerem que o aumento da frequência de MRSA no HSM pode estar associado à emergência de um clone de MRSA com maior capacidade epidémica. Além disso, verificámos que a principal causa de SSTI em pessoas que frequentam centros de saúde em Portugal são MRSA de origem hospitalar e não MRSA associados à comunidade.------ABSTRACT: Staphylococcus aureus is one of the most important human pathogens, being a major cause of infections worldwide both in the hospital and in the community. In Portugal, the prevalence of methicillin resistant S. aureus (MRSA) in hospitals is one of the highest in Europe and has been characterized extensively; contrarily the prevalence and epidemiology of MRSA in the community has not been followed in a meaningful way. To understand the epidemiological events that could explain a steep increase in MRSA frequency in a major Portuguese central hospital (HSM) within a 17 year period, two MRSA collections recovered in 1993 (n=54) and 2010 (n=180) from pus, blood and urine were analyzed by PFGE, MLST, spa and SCCmec typing. The results showed that a major clonal shift occurred, wherein ST22-IVh clone has replaced the previous ST239-IIIvar and ST247-I clones and accounts for more than 70% of the present population. Moreover, an increase in genetic diversity of MRSA clonal types was observed between the two study periods. With the aim of determining the frequency and clonal nature of MRSA and methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) causing skin and soft tissue infections (SSTI) in patients attending healthcare centers in Portugal, 73 samples were collected from nine healthcare centers (Medicos Sentinela Network). A total of 40 S. aureus were isolated, accounting for 55% of the SSTI, of which 17.5% were MRSA. MRSA isolates belonged to ST22-IVh (n=4), ST5-IVc (n=2) and ST105-II (n=1) that have also been described in the hospital in an equivalent period. Our results suggest that the increase in MRSA frequency in HSM may be associated to the emergence of a MRSA clone with higher epidemic potential. Moreover, we propose that the spillover of MRSA from the hospital rather than community-associated-MRSA was the main cause of SSTI in persons attending healthcare centers in Portugal.

The role of detoxification in the mosquito Anopheles gambiae response to Plasmodium infection

Rute C. Félix PALAVRAS-CHAVE: Malária, mosquito vector, Anopheles gambiae, parasita, Plasmodium berghei, infecção, enzimas de detoxificação, citocromos P450, tubulinas A malária, uma das doenças mais devastadoras que ocorrem em África é causada por um parasita do género Plasmodium e é transmitida aos humanos por mosquitos vectores do género Anopheles durante a refeição de sangue. Apesar da resposta do mosquito à infecção por Plasmodium ter vindo a ser intensamente estudada nos últimos anos, as interacções entre o mosquito vector e o parasita são muito complexas e, estão longe de serem completamente compreendidas. Este estudo tem como objectivo principal contribuir para o conhecimento da resposta do mosquito à infecção por Plasmodium, focando-se no papel das enzimas de detoxificação. Para atingir este objectivo realizouse uma análise transcriptómica com microarrays, com o intuito de identificar alterações de transcrição de enzimas de detoxificação no mosquito Anopheles gambiae em resposta à infecção por Plasmodium. Esta análise permitiu identificar alterações na expressão de 254 genes de destoxificação no estômago e corpo gordo de A. gambiae durante a invasão do intestino médio pelos oocinetos e durante a libertação dos esporozoítos do oocisto. Os resultados mostraram que a invasão do intestino médio pelos oocinetos causou alterações num maior número de genes em ambos os tecidos estudados, sendo o intestino médio do mosquito o tecido mais afectado nas duas fases da infecção do parasita. De todos os genes de destoxificação com expressão alterada, as tubulinas e os citocromos P450 destacaram-se e foram escolhidos para continuar o estudo. As tubulinas foram seleccionadas porque estão associadas à invasão do epitélio do intestino médio e a sua função na resposta à invasão do Plasmodium ainda não está bem definida. Os citocromos P450 foram seleccionados porque já foram descritos como tendo a expressão alterada em resposta ao Plasmodium e a outras infecções. Para identificar e caracterizar o papel das tubulinas durante a infecção pelo parasita e a sua possível associação com os citocromos P450 foi utilizado o silenciamento génico por RNA de interferência e a injecção de inibidores químicos de tubulinas. O silenciamento e co-silenciamento das tubulinas causaram um aumento da taxa e intensidade da infecção. No entanto, apesar de o aumento ser consistente não foi significativo. Por outro lado, a injecção de paclitaxel, um inibidor de tubulinas, aumentou significativamente a taxa e intensidade da infecção, fortalecendo a hipótese do envolvimento das tubulinas na resposta à infecção por Plasmodium. Este trabalho também mostrou que o co-silenciamento da tubulina A e tubulina B e a injecção do inibidor de tubulinas colchicine causam alterações significativas na expressão da CYP6Z2, sendo este proposto como um possível elo de ligação entre as tubulinas e os citocromos P450. Finalmente, uma análise comparativa foi realizada para estudar as regiões promotoras dos citocromos P450: CYP6M2 e o CYP6Z1. Este estudo obteve novos dados sobre compostos que activam estes citocromos e quais os possíveis factores de transcrição envolvidos. Dos diferentes estímulos utilizados, a exposição a insecticidas e a bactérias foram os que mais afectaram estes citocromos. O conjunto total das diferentes abordagens utilizadas neste trabalho contribuiu para aumentar o conhecimento do papel das enzimas de destoxificação durante a passagem do parasita da malária pelo mosquito vector.

Spatial and temporal analysis of recent drought using vegetation temperature condition index: case of Somali regional state of Ethiopia

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Contribuição para a adaptação cultural do Neck Disability Index e caraterização da prática de fisioterapia em pacientes com dor crónica cervical

RESUMO: Objetivo: Este trabalho teve como objetivo contribuir para o processo de adaptação cultural do Neck Disability Index (NDI), através da análise da sua unidimensionalidade e do estudo da sua fiabilidade (consistência interna e fiabilidade teste-reteste), validade de constructo e poder de resposta. De igual forma pretendeu-se caraterizar a intervenção realizada pela fisioterapia e os resultados obtidos em pacientes com Dor Cervical Crónica (DCC). Introdução: A dor cervical é um problema cada vez mais comum nos países industrializados, constituindo uma das três condições mais frequentemente reportadas por queixas de origem músculo-esquelética. A sua incidência é um fenómeno em crescimento, com custos implicados para a sociedade. Desta forma reconhece-se a importância de um instrumento que monitorize a evolução da incapacidade funcional associada à DCC. O NDI é atualmente o instrumento de avaliação mais recomendado para avaliar a incapacidade funcional associada à dor cervical. Foi traduzido e adaptado à língua portuguesa, mas à data não foi realizada nenhuma avaliação das suas propriedades psicométricas. Por outro lado, apesar de a literatura referir que os serviços de Fisioterapia são extremamente procurados por indivíduos com DCC, em Portugal, a informação sobre a sua prática nesta condição clínica é escassa ou mesmo inexistente. Assim, e sendo a incapacidade nas atividades funcionais uma das variáveis de maior impacto da DCC e ao mesmo tempo um dos resultados principais da intervenção da Fisioterapia, importa por um lado possuir instrumentos capazes de avaliar o nível de incapacidade funcional e a sua mudança, e por outro, aferir qual a intervenção realizada pela Fisioterapia e quais os resultados obtidos. Metodologia: Realizou-se um estudo de coorte prospetivo com uma amostra de conveniência, do tipo não probabilístico, constituída por 88 pacientes com DCC de origem músculo-esquelética e causa não traumática referenciados para 6 serviços de fisioterapia / medicina física e de reabilitação de clínicas e centros de reabilitação, sendo elegíveis todos os pacientes que cumprissem os critérios de inclusão e exclusão estabelecidos. Os pacientes foram avaliados em três momentos pré-definidos: antes do início das sessões de fisioterapia ou na 1ª semana de tratamento; 4 a 7 dias após a 1ª avaliação; e 7 semanas após o início da fisioterapia. Para verificação da unidimensionalidade do NDI, procedeu-se a uma Análise Fatorial Exploratória. As propriedades psicométricas do NDI avaliadas foram a Fiabilidade (consistência interna e fiabilidade teste-reteste), a Validade de Constructo e o Poder de Resposta. Posteriormente procedeu-se à caraterização da prática da fisioterapia quanto às modalidades utilizadas, número de sessões de tratamento e duração do episódio de cuidados. Adicionalmente descreveu-se os resultados obtidos após a intervenção da fisioterapia ao nível da dor e incapacidade. Resultados: os resultados obtidos foram positivos e significativos, com a confirmação da unidimensionalidade do NDI, sendo que em todos os critérios seguidos o fator mínimo retido foi de um. Na avaliação da consistência interna o valor obtido foi acima do mínimo aceitável (α Cronbach = 0,77), enquanto o valor de fiabilidade teste-reteste foi elevado (CCI =0,95). De igual forma, os resultados foram positivos para a validade de constructo, obtendo-se uma associação positiva do NDI com a Escala Numérica da dor (END). O valores de poder de resposta reportaram uma Área Abaixo da Curva de 0,63 (IC 95%=0,51-0,75), com valor de Diferença Mínima Clinicamente importante de 5,5 pontos (sensibilidade = 69,6%; especificidade = 43,6%). Relativamente á intervenção de fisioterapia em casos de DCC verificou-se que as características da prática da fisioterapia reportadas neste relatório são de difícil comparação ou análise dada a escassez ou inexistência de trabalhos publicados sobre este assunto em pacientes com DCC. No entanto, neste estudo, encontraram-se reduções significativas na intensidade da dor e incapacidade funcional após a intervenção de fisioterapia (z= -7,16; p<0,001 e t= 10,412, p<0,05, respetivamente). Conclusão: Os resultados do presente estudo revelam que o NDI-VP possui uma boa Fiabilidade, Validade de Constructo e Poder de Resposta. Revela ainda que a intervenção da fisioterapia em casos de DCC, apesar da escassez de trabalhos publicados, proporciona uma redução significativa dos níveis de dor e incapacidade em pacientes com DCC.--------------- ABSTRACT:Objective: the aim of this study was to contribute for the process of cultural adaption of the Neck Disability Index (NDI), through the analysis of his unidimensionality and the study of his reliability (internal consistency and test-retest reliability), construct validity and responsiveness. At the same time it pretends to characterize the intervention performed by physical therapy and the results in patients with Chronic Neck Pain (CNP). Introduction: neck pain is a common problem in the industrialized countries, since is one of the three most reported conditions by complaints with musculoskeletal origin. His incidence is a growth phenomena that implicate great costs to society. Therefore the importance of an instrument that monitories the evolution of the functional disability associated to CNP is recognized. Nowadays, NDI is the instrument most recommended to evaluate functional disability associated to neck pain. It has been translated and adapted to portuguese but, till now, no evaluation of his psychometric proprieties has been completed. In the other hand, despite literature refers that physical therapy services are extremely searched by patients with neck pain, in Portugal, the information about practice in this clinical condition is very few or inexistent. Therefore, and since disability in the functional activities is one of the variables with most impact of CNP and, at the same time, one of the main results of physical therapy interventions, it’s important to have instruments capable of evaluate the level of functional disability and his change, and also calculate which intervention of physical therapy is most appropriate and his results. Methodology: it was used a prospective cohort study with a convenience sample, non-probabilistic, consisting of 88 patients with CNP of musculoskeletal origin and non-traumatic cause, referred to 6 physical therapy services of clinics and rehabilitation centers, and fulfilled the inclusion and exclusion criteria established. Patients were evaluated in three pre-defined moments: before the beginning of physical therapy or during the first week of treatment; 4 to 7 days after the first evaluation; and 7 weeks after beginning of physical therapy. To verify NDI unidimensionality, we run an Exploratory Factorial Analysis. NDI psychometric proprieties evaluated were reliability (internal consistency and test-retest reliability), construct validity and responsiveness. Subsequently, it was proceeded the characterization the practice of physical therapy regarding to the modalities used, the number of treatment sessions and duration of the episode of care. Additionally it was described the results obtained after the intervention of the physical therapy, the level of pain and the disability. Results: results were positive and significant, with the confirmation of the NDI unidimensionality, since in every followed criteria the minimal retained factor was one. In the evaluation of internal consistency the value was above the minimal accepted (α Cronbach = 0,77), and the test-retest reliability value was high (CCI =0,95). Results were positive to construct validity, with an positive association of the NDI with Numeric Rating Scale (NRS). Responsiveness values reported an Area Under Curve (AUC) of 0,63 (IC 95%=0,51-0,75) with a Minimal Important Detectable Change (MIDC) of 5,5 points (sensitivity = 69,9%; specificity = 43,6%). Regarding physical therapy interventions in CNP, it was verified that the physical therapy characteristics reported are difficult to compare or analyze since there are very few published studies about this topic. However, in this study, significant reductions were founded in pain intensity and functional disability after intervention(z= -7,16; p<0,001 and t= 10,412, p<0,05, respectively).Conclusion: present study results reveals that NDI has an good reliability, construct validity and responsiveness. It also reveals that physical therapy intervention in CNP, beside few studies published, result in a significant reduction of pain and disability levels in patients with CNP.

Recent droughts and the impact of North Atlantic Oscillation in Iberia; a spatiotemporal analysis based on vegetation temperature condition Index (VTCI)

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

The effects Ishares IBovespa index fund creation on the liquidity of underlying stocks

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Finance from the NOVA – School of Business and Economics

A happiness index of human development

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Economics from the NOVA – School of Business and Economics

HDL in HIV-1 infection: a quality perspective through paraoxonase-1 activities

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Active ageing index and quality of life

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Economics from the NOVA – School of Business and Economics

FSR Quorum Sensing: Role in Enterococcus faecalis Biology & Host Infection

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology.

the liver endoplasmic reticulum in malaria liver infection

Malaria, a disease caused by Plasmodium, represents a major health problem with a still disconcertingly high mortality rate (655 000 malaria deaths were estimated by the World Health Organization in 2012), mainly in Africa [1]. After a bite by an infected Anopheles mosquito occurs, Plasmodium sporozoites reach their target organ, the liver, within minutes. After traversing several hepatocytes, the parasite invades a final one and establishes a parasitophorous vacuole, where it replicates exponentially generating thousands of infective merozoites, the red blood cell infectious forms that are released in the blood stream. The liver stage is the first obligatory phase of malaria infection and, although no symptoms are associated with it, it is absolutely crucial to the establishment of a successful infection.(...)

Rigid pavements distresses - pavement condition index evaluation

Pavements require maintenance in order to provide good service levels during their life period. Because of the significant costs of this operation and the importance of a proper planning, a pavement evaluation methodology, named Pavement Condition Index (PCI), was created by the U.S. Army Corps of Engineers. This methodology allows for the evaluation of the pavement condition along the life period, generally yearly, with minimum costs and, in this way, it is possible to plan the maintenance action and to adopt adequate measures, minimising the rehabilitation costs. The PCI methodology provides an evaluation based on visual inspection, namely on the distresses observed on the pavement. This condition index of the pavement is classified from 0 to 100, where 0 it is the worst possible condition and 100 the best possible condition. This methodology of pavement assessment represents a significant tool for management methods such as airport pavement management system (APMS) and life-cycle costs analysis (LCCA). Nevertheless, it has some limitations which can jeopardize the correct evaluation of the pavement behavior. Therefore the objective of this dissertation is to help reducing its limitations and make it easier and faster to use. Thus, an automated process of PCI calculation was developed, avoiding the abaci consultation, and consequently, minimizing the human error. To facilitate also the visual inspection a Tablet application was developed to replace the common inspection data sheet and thus making the survey easier to be undertaken. Following, an airport pavement condition was study accordingly with the methodology described at Standard Test Method for Airport Pavement Condition Index Surveys D5340, 2011 where its original condition level is compared with the condition level after iterate possible erroneous considered distresses as well as possible rehabilitations. Afterwards, the results obtained were analyzed and the main conclusions presented together with some future developments.