Periplasmic nitrate reductase revisited: a sulfur atom completes the sixth coordination of the catalytic molybdenum

J Biol Inorg Chem. 2008 Jun;13(5):737-53. doi: 10.1007/s00775-008-0359-6

Mining protein structure data

The principal topic of this work is the application of data mining techniques, in particular of machine learning, to the discovery of knowledge in a protein database. In the first chapter a general background is presented. Namely, in section 1.1 we overview the methodology of a Data Mining project and its main algorithms. In section 1.2 an introduction to the proteins and its supporting file formats is outlined. This chapter is concluded with section 1.3 which defines that main problem we pretend to address with this work: determine if an amino acid is exposed or buried in a protein, in a discrete way (i.e.: not continuous), for five exposition levels: 2%, 10%, 20%, 25% and 30%. In the second chapter, following closely the CRISP-DM methodology, whole the process of construction the database that supported this work is presented. Namely, it is described the process of loading data from the Protein Data Bank, DSSP and SCOP. Then an initial data exploration is performed and a simple prediction model (baseline) of the relative solvent accessibility of an amino acid is introduced. It is also introduced the Data Mining Table Creator, a program developed to produce the data mining tables required for this problem. In the third chapter the results obtained are analyzed with statistical significance tests. Initially the several used classifiers (Neural Networks, C5.0, CART and Chaid) are compared and it is concluded that C5.0 is the most suitable for the problem at stake. It is also compared the influence of parameters like the amino acid information level, the amino acid window size and the SCOP class type in the accuracy of the predictive models. The fourth chapter starts with a brief revision of the literature about amino acid relative solvent accessibility. Then, we overview the main results achieved and finally discuss about possible future work. The fifth and last chapter consists of appendices. Appendix A has the schema of the database that supported this thesis. Appendix B has a set of tables with additional information. Appendix C describes the software provided in the DVD accompanying this thesis that allows the reconstruction of the present work.

Effects of team task structure on team climate for innovation and team outcomes

In this cross-sectional study we analyzed, whether team climate for innovation mediates the relationship between team task structure and innovative behavior, job satisfaction, affective organizational commitment, and work stress. 310 employees in 20 work teams of an automotive company participated in this study. 10 teams had been changed from a restrictive to a more self-regulating team model by providing task variety, autonomy, team-specific goals, and feedback in order to increase team effectiveness. Data support the supposed causal chain, although only with respect to team innovative behavior all required effects were statistically significant. Longitudinal designs and larger samples are needed to prove the assumed causal relationships, but results indicate that implementing self-regulating teams might be an effective strategy for improving innovative behavior and thus team and company effectiveness.

Management Structure and Work Team Processes; Responsibilities and Responsiveness

This paper explores the management structure of the team-based organization. First it provides a theoretical model of structures and processes of work teams. The structure determines the team’s responsibilities in terms of authority and expertise about specific regulation tasks. The responsiveness of teams to these responsibilities are the processes of teamwork, in terms of three dimensions, indicating to what extent teams indeed use the space provided to them. The research question that this paper addresses is to what extent the position of responsibilities in the team-based organization affect team responsiveness. This is done by two hypotheses. First, the effect of the so-called proximity of regulation tasks is tested. It is expected that the responsibility for tasks positioned higher in the organization (i.e. further from the team) generally has a negative effect on team responsiveness, whereas tasks positioned lower in the organization (i.e. closer to the team) will have a positive effect on the way in which teams respond. Second, the relationship between the number of tasks for which the team is responsible with team responsiveness is tested. Theory suggests that teams being responsible for a larger number of tasks perform better, i.e. show higher responsiveness. These hypotheses are tested by a study of 109 production teams in the automotive industry. The results show that, as the theory predicts, increasing numbers of responsibilities have positive effects on team responsiveness. However, the delegation of expertise to teams seems to be the most important predictor of responsiveness. Also, not all regulation tasks show to have effects on team responsiveness. Most tasks do not show to have any significant effect at all. A number of tasks affects team responsiveness positively, when their responsibility is positioned lower in the organization, but also a number of tasks affects team responsiveness positively when located higher in the organization, i.e. further from the teams in the production. The results indicate that more attention can be paid to the distribution of responsibilities, in particular expertise, to teams. Indeed delegating more expertise improve team responsiveness, however some tasks might be located better at higher organizational levels, indicating that there are limitations to what responsibilities teams can handle.

Periplasmic nitrate reductases: structural and spectroscopic studies

Dissertação apresentada para obtenção do grau de Doutor em Bioquímica, especialidade Bioquímica-Física, pela Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa

Molybdenum-containing proteins from Sulphate Reducing Bacteria: studying proteins with novel cofactors and revealing new features of old enzymes

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica, especialidade de Bioquímica-Física pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Identification of mating type genes in the bipolar basidiomycetous yeast rhodosporidium toruloides: first insight into the MAT Locus structure of the sporidiobolales

Eukaryotic Cell, Vol.7, Nº6

Structure to function studies in UDP-glucose dehydrogenases and nitroreductases

The thesis is divided into two parts corresponding to structural studies on two different proteins. The first part concerns the study of two UDP-glucose dehydrogenases (UGDs) from Sphingomonas elodea ATCC 31461 and Burkholderia cepacia IST 408, both involved in exopolysaccharide production. Their relevance arises because some of these bacterial exopolysaccharides are valuable as established biotechnological products, the former case, whilst others are highly problematic, when used by pathogens in biofilm formation over biological surfaces, as the latter case, namely in the human lungs. The goal of these studies is to increase our knowledge regarding UGDs structural properties, which can potentiate either the design of activity enhancers to respond to the increased demand of useful biofilms, or the design of inhibitors of biofilm production, in order to fight invading pathogens present in several infections. The thesis reports the production and crystallisation of both proteins, the determination of initial phases by single-wavelength anomalous dispersion (SAD) in S. elodea crystals using a seleno-methionine isoform, and phasing of B. cepacia crystals by molecular replacement (MR) using the S. elodea model, as well as the refinement, structural analysis and comparison between the several UGDs structures available during this work.(...)

Modelling a cable structure for a new wind energy production device

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica Especialização em Concepção e Produção

Liderança e estratégia em contexto de inovação nas organizações de saúde : estudos de caso

RESUMO - A presente investigação procura descrever e compreender como a estratégia influencia a liderança e como esta por sua vez interage nos processos de inovação e mudança, em organizações de saúde. Desconhecem-se estudos anteriores, em Portugal, sobre este problema de investigação e da respectiva problemática teórica. Trata-se de um estudo exploratório e descritivo que envolveu 5 organizações de saúde, 4 portuguesas e 1 espanhola, 4 hospitais (dois privados e uma unidade local de saúde). Utilizou-se uma abordagem mista de investigação (qualitativa e quantitativa), que permitiu compreender, através do estudo de caso, como se articulam a estratégia, a liderança e a inovação nessas cinco organizações de saúde. Os resultados do estudo empírico foram provenientes da recolha de dados efectuada através de observação directa e estruturada, entrevistas com actores-chave, documentos em suporte de papel e digital, e ainda inquérito por questionário de auto-resposta a uma amostra (n=165) de actores do line e do staff (Administradores, Directores de Serviço/Departamento, Enfermeiros Chefe e Técnicos Coordenadores) das cinco organizações de saúde. Tanto o modelo de Miles & Snow (estratégia organizacional), como o modelo dos valores contrastantes de Quinn (cultura organizacional e liderança), devidamente adaptados, mostram-se heurísticos e provam poder aplicar-se às organizações de saúde, apesar a sua complexidade e especificidade. Tanto as organizações do sector público como do sector privado e organizações públicas concessionadas (parcerias público privadas) podem ser acompanhadas e monitorizadas nos seus processos de inovação e mudança, associados aos tipos de cultura, liderança ou estratégia organizacionais adoptadas. As organizações de saúde coabitam num continuum, onde o ambiente (quer interno quer externo) e o tempo são factores decisivos que condicionam a estratégia a adoptar. Também aqui, em função da realidade dinâmica e complexa onde a organização se move, não há tipologias puras. Há, sim, uma grande plasticidade e flexibilidade organizacionais. Quanto aos líderes, exercem habitualmente a autoridade formal, pela via da circular normativa. Não são pares (nem primi inter pares), colocam-se por vezes numa posição de superioridade, quando o mais adequado seria a relação de parceria, cooperação e procura de consensos, com todos os colaboradores, afim de serem eles os verdadeiros protagonistas e facilitadores da mudança e das inovações. Como factores facilitadores da inovação e da mudança, encontrámos nas organizações de saúde estudadas o seguinte: facilidade de aprender; visão/missão adequadas; ausência de medo de falhar; e como factores inibidores: falta de articulação entre serviços/departamentos; estrutura organizacional (no sector público muito verticalizada e no sector privado mais horizontalizada); resistência à mudança; falta de tempo; falha no tempo de reacção (o tempo útil para a tomada de decisão é, por vezes, ultrapassado). --------ABSTRACT - The present research seeks to describe and understand how strategy influences leadership and how this in turn interacts in the process of innovation and change in health organizations. Previous studies on these topics are unknown in Portugal, about this research problem and its theoretical problem. This is an exploratory and descriptive study that involved 5 health organizations, 4 Portuguese and 1 Spanish. We used a mixed approach of research (qualitative and quantitative), which enabled us to understand, through case study, how strategy and leadership were articulated with innovation in these five health organizations. The results of the empirical study came from data collection through direct observation, interviews with key actors, documents and survey questionnaire answered by 165 participants of line and staff (Administrators, Medical Directors of Service /Department, Head Nurses and Technical Coordinators) of the five health organizations. Despite their complexity and specificity, both the model of Miles & Snow (organizational strategy) and the model of the Competing Values Framework of Quinn (organizational culture and leadership), suitably adapted, have proven heuristic power and able to be apply to healthcare organizations. Both public sector organizations, private and public organizations licensed (public-private partnerships) can be tracked and monitored in their processes of innovation and change in order to understand its kind of culture, leadership or organizational strategy adopted. Health organizations coexist in a continuum, where the environment (internal and external) and time are key factors which determine the strategy to adopt. Here too depending on the dynamic and complex reality where the organization moves, there are no pure types. There is indeed a great organizational plasticity and flexibility. Leaders usually carry the formal authority by circular normative. They are not pairs (or primi inter pares). Instead they are, sometimes, in a position of superiority, when the best thing is partnership, collaboration, cooperation, building consensus and cooperation with all stakeholders, in order that they are the real protagonists and facilitators of change and innovation. As factors that facilitate innovation and change, we found in health organizations studied, the following: ease of learning; vision / mission appropriate; absence of fear of failure, and as inhibiting factors: lack of coordination between agencies / departments; organizational structure (in the public sector it is too vertical and in the private sector it is more horizontal); resistance to change; lack of time and failure in the reaction time (the time for decision making is sometimes exceeded).

The Crystal Structure of the Escherichia coli Autoinducer-2 Processing Protein LsrF

PLOS ONE, 4(8):ARTe6820

Influence of commercially available polyimide and formation conditions on the performance and structure of asymmetric polyimide organic solvent nanofiltration membranes

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia Química e Bioquímica

Characterization of Nitric Oxide Reductase (NOR) from pseudomonas nautica, a study on biologic nitric oxide reduction

Dissertation submitted to obtain the phD degree in Biochemistry, specialty in Physical- Biochemistry, by the Faculdade de Ciências e Tecnologia from the Universidade Nova de Lisboa

Cidadão e comunidade : que relevância no processo de contratualizaç

RESUMO - Nas últimas décadas, a especialização dos cuidados médicos tem conduzido a uma fragmentação do sistema de prestação, que, associada a uma deficiente coordenação entre serviços, cuidados e prestadores, torna a navegabilidade dos utentes nos sistemas de saúde uma tarefa complexa. Um novo modelo de organização, assente na procura de valor para os cidadãos, deve adoptar uma abordagem sistémica, que tenha subjacente uma coordenação integrada de serviços, numa perspectiva de ciclo de cuidados. Reorientar a prestação de cuidados para a obtenção de resultados e valor em saúde, exige uma reengenharia em torno da estrutura, organização e avaliação1 dos cuidados, requerendo, nomeadamente: i) instrumentos e ferramentas que auxiliem e estruturem este novo modelo; ii) assumpção dos papéis definidos para cada um dos actores do sistema, nomeadamente ao nível da coordenação; iii) encorajamento à adopção de modelos de contratualização, pagamento e competição, que responsabilizem os actores envolvidos não só pela prática que desenvolvem, mas pelos resultados em saúde. Estes mecanismos constituem uma oportunidade para expandir e sustentar abordagens, programas e intervenções integradas. Investir num sistema de pagamento por valor em saúde — P4V — payment for value, traduz uma aposta na relação entre diagnóstico, tratamento, resultados clínicos e custos, enquanto estratégia para assegurar ganhos em qualidade dos cuidados, eficiência dos processos e valor em saúde para o cidadão. Neste contexto, a gestão da doença enquanto modelo direccionado para o reforço da perspectiva e participação activa do cidadão, e avaliação compreensiva de novas formas de organização e gestão do sistema de prestação, constitui um instrumento para informar e sustentar esse processo de reengenharia do sistema. Um modelo que procura assegurar o encontro entre o estado da arte na prestação de cuidados e um nível óptimo, garantindo a qualidade de vida expectável para a pessoa com doença crónica. ----------------- ---------ABSTRACT – In the last decades advanced medical sciences trend to specialized care and fragmented health systems, leaving patients with a challenge on navigating services and care, requiring them to see a sequence of specialists each delivering discrete interventions. To overcome these challenges, every health system must redefine health care delivery to use its resources more efficiently and improve quality of care through an organization of the system as a whole. A system currently organized around value for patients, entails a framework that comprises the entire set of activities needed to address a patient´s medical condition, over the full cycle of care. Value- based care delivery therefore requires an integrated practice, both across services and time, and implies a movement through new structures, organization models, evaluation efforts and payment systems that enables, catalyze and reinforces the extension and sustainability of the steps needed to the change required. A shift from a payment for performance to a payment for value focuses attention on maximizing the overall value of care, and encourages coordination and integration between components of care that extends from screening, diagnoses, all the way through treatment, outcomes and costs, and ensuring an incentive for potentially high value types of care as well as innovation. These leave the actors of the system with the task of best allocating and valuing components of care. Disease management as a model designed to structure patient engagement and involvement in their care, and assure a comprehensive evaluation and monitoring of new organization and care delivery strategies align an opportunity as a source of information and sustainability for the progress of a growing number of likeminded efforts now underway across care delivery for chronic diseases. This framework will allow the fulfillment of the gap between sta

Gestão integrada da doença : uma abordagem experimental de gestão em sa

RESUMO - Os sistemas de saúde deparam-se, actualmente, com novos paradigmas, ao nível da qualidade da prestação de cuidados de saúde, bem como no que se refere à necessidade de controlo dos custos com o sector da saúde, obrigando as organizações a adaptarem-se por forma a fornecerem a resposta mais adequada às crescentes necessidades dos indivíduos. O reconhecimento desta realidade tem levado os governos de muitos países a definir políticas orientadas para problemas de saúde específicos e a adoptar estratégias de intervenção que privilegiam uma abordagem integrada com o objectivo de melhorarem progressivamente o nível de saúde das populações, a qualidade dos cuidados prestados e a eficiência na utilização de recursos. Em Portugal, a aplicação dos princípios que estiveram na base dos modelos de gestão da doença, deu origem ao modelo experimental de Gestão Integrada da Doença, que incorpora a gestão clínica da doença, centrada no doente, com especial enfoque na sua autogestão e na clarificação das melhores práticas profissionais, visando a sua uniformização; a reorganização do modelo de prestação de cuidados, com a criação de Centros de Elevada Diferenciação e Centros de Tratamento, com especiais preocupações no que concerne à orientação do doente no sistema para que os cuidados lhe seja ministrados no nível mais adequado; um modelo de financiamento específico, indexado aos resultados, que reflicta a adopção das melhores práticas; um sistema de informação que permita a monitorização e avaliação constante deste processo. O desenvolvimento deste modelo organizacional tem-se revelado como uma estratégia inovadora e como uma ferramenta de elevado potencial para a melhoria da prestação de cuidados de saúde e para a promoção de uma maior efectividade e eficiência, tal como poderá, ainda, constituirse como um veículo, importante e permanente, de informação de apoio à decisão em Saúde. Este modelo visa, no fundo, promover uma acção concertada no sentido da obtenção de uma intervenção precisa, através da mobilização de recursos adequados, que permitam uma melhoria do estado de saúde, da qualidade de vida e do bem-estar global dos doentes. Esta abordagem passa pela colaboração e coordenação dos diferentes níveis de prestação de cuidados, no sentido de oferecerem cuidados integrados de saúde, com níveis de qualidade elevados em termos de prevenção, diagnóstico, tratamento, reabilitação e acompanhamento. ------------------------ --ABSTRACT – The health systems are faced with new paradigms, on one hand in the healthcare services delivered to the populations, and on the other hand, in the need to control costs in the health sector, forcing organizations to adapt and provide the most appropriate response to the individuals growing needs. The magnitude of this problem, in terms of public health, requires the adoption of a directed, targeted, planned and integrated action, based on clear and well defined strategies in order to obtain health gains, improving the quality of care and streamlining the costs. In Portugal, the application of those principles forming the basis of the disease management models, led to the Integrated Disease Management model which, apart from the clinical management of the disease, also incorporates the healthcare delivery structure reorganization, a specific financing model based on an information system that allows the process monitoring and evaluation. The development of Integrated Disease Management models is a central strategy and a tool for improving healthcare delivery, more effectively and efficiently, and can even be an important and permanent vehicle of information for health decision support. Therefore, it is important to promote a concerted action towards achieving a precise intervention, mobilizing the resources, improving the health status, quality of life and the overall patients’ wellbeing. This action means increasing collaboration and coordination of the different levels of care, offering integrated healthcare s