Negative non-ground queries in well founded semantics

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Computational Logic

Derivation methods for hybrid knowledge bases with rules and ontologies

Trabalho apresentado no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Depressão : detecção, diagnóstico e tratamento. Estudo de prevalência e despite das perturbações depressivas e tratamento

RESUMO:A depressão clínica é uma patologia do humor, dimensional e de natureza crónica, evoluindo por episódios heterogéneos remitentes e recorrentes, de gravidade variável, correspondendo a categorias nosológicas porventura artificiais mas clinicamente úteis, de elevada prevalência e responsável por morbilidade importante e custos sociais crescentes, calculando-se que em 2020 os episódios de depressão major constituirão, em todo o mundo, a segunda causa de anos de vida com saúde perdidos. Como desejável, na maioria dos países os cuidados de saúde primários são a porta de entrada para o acesso à recepção de cuidados de saúde. Cerca de 50% de todas as pessoas sofrendo de depressão acedem aos cuidados de saúde primários mas apenas uma pequena proporção é correctamente diagnosticada e tratada pelos médicos prestadores de cuidados primários apesar dos tratamentos disponíveis serem muito efectivos e de fácil aplicabilidade. A existência de dificuldades e barreiras a vários níveis – doença, doentes, médicos, organizações de saúde, cultura e sociedade – contribuem para esta generalizada ineficiência de que resulta uma manutenção do peso da depressão que não tem sido possível reduzir através das estratégias tradicionais de organização de serviços. A equipa comunitária de saúde mental e a psiquiatria de ligação são duas estratégias de intervenção com desenvolvimento conceptual e organizacional respectivamente na Psiquiatria Social e na Psicossomática. A primeira tem demonstrado sucesso na abordagem clínica das doenças mentais graves na comunidade e a segunda na abordagem das patologias não psicóticas no hospital geral. Todavia, a efectividade destas estratégias não se tem revelado transferível para o tratamento das perturbações depressivas e outras patologias mentais comuns nos cuidados de saúde primários. Novos modelos de ligação e de trabalho em equipa multidisciplinar têm sido demonstrados como mais eficazes e custo-efectivos na redução do peso da depressão, ao nível da prestação dos cuidados de saúde primários, quando são atinentes com os seguintes princípios estratégicos e organizacionais: detecção sistemática e abordagem da depressão segundo o modelo médico, gestão integrada de doença crónica incluindo a continuidade de cuidados mediante colaboração e partilha de responsabilidades intersectorial, e a aposta na melhoria contínua da qualidade. Em Portugal, não existem dados fiáveis sobre a frequência da depressão, seu reconhecimento e a adequação do tratamento ao nível dos cuidados de saúde primários nem se encontra validada uma metodologia de diagnóstico simples e fiável passível de implementação generalizada. Foi realizado um estudo descritivo transversal com os objectivos de estabelecer a prevalência pontual de depressão entre os utentes dos cuidados de saúde primários e as taxas de reconhecimento e tratamento pelos médicos de família e testar metodologias de despiste, com base num questionário de preenchimento rápido – o WHO-5 – associado a uma breve entrevista estruturada – o IED. Foram seleccionados aleatoriamente 31 médicos de família e avaliados 544 utentes consecutivos, dos 16 aos 90 anos, em quatro regiões de saúde e oito centros de saúde dotados com 219 clínicos gerais. Os doentes foram entrevistados por psiquiatras, utilizando um método padronizado, o SCAN, para diagnóstico de perturbação depressiva segundo os critérios da 10ª edição da Classificação Internacional de Doenças. Apurou-se que 24.8% dos utentes apresentava depressão. No melhor dos cenários, menos de metade destes doentes, 43%, foi correctamente identificada como deprimida pelo seu médico de família e menos de 13% dos doentes com depressão estavam bem medicados com antidepressivo em dose adequada. A aplicação seriada dos dois instrumentos não revelou dificuldades tendo permitido a identificação de pelo menos 8 em cada 10 doentes deprimidos e a exclusão de 9 em cada 10 doentes não deprimidos. Confirma-se a elevada prevalência da patologia depressiva ao nível dos cuidados primários em Portugal e a necessidade de melhorar a capacidade diagnóstica e terapêutica dos médicos de família. A intervenção de despiste, que foi validada, parece adequada para ser aplicada de modo sistemático em Centros de Saúde que disponham de recursos técnicos e organizacionais para o tratamento efectivo dos doentes com depressão. A obtenção da linha de base de indicadores de prevalência, reconhecimento e tratamento das perturbações depressivas nos cuidados de saúde primários, bem como a validação de instrumentos de uso clínico, viabiliza a capacitação do sistema para a produção de uma campanha nacional de educação de grande amplitude como a proposta no Plano Nacional de Saúde 2004-2010.------- ABSTRACT: Clinical depression is a dimensional and chronic affective disorder, evolving through remitting and recurring heterogeneous episodes with variable severity corresponding to clinically useful artificial diagnostic categories, highly prevalent and producing vast morbidity and growing social costs, being estimated that in 2020 unipolar major depression will be the second cause of healthy life years lost all over the world. In most countries, primary care are the entry point for access to health care. About 50% of all individuals suffering from depression within the community reach primary health care but a smaller proportion is correctly diagnosed and treated by primary care physicians though available treatments are effective and easily manageable. Barriers at various levels – pertaining to the illness itself, to patients, doctors, health care organizations, culture and society – contribute to the inefficiency of depression management and pervasiveness of depression burden, which has not been possible to reduce through classical service strategies. Community mental health teams and consultation-liaison psychiatry, two conceptual and organizational intervention strategies originating respectively within social psychiatry and psychosomatics, have succeeded in treating severe mental illness in community and managing non-psychotic disorders in the general hospital. However, these strategies effectiveness has not been replicated and transferable for the primary health care setting treatment of depressive disorders and other common mental pathology. New modified liaison and multidisciplinary team work models have been shown as more efficacious and cost-effective reducing depression burden at the primary care level namely when in agreement with principles such as: systematic detection of depression and approach accordingly to the medical model, chronic llness comprehensive management including continuity of care through collaboration and shared responsibilities between primary and specialized care, and continuous quality improvement. There are no well-founded data available in Portugal for depression prevalence, recognition and treatment adequacy in the primary care setting neither is validated a simple, teachable and implementable recognition and diagnostic methodology for primary care. With these objectives in mind, a cross-sectional descriptive study was performed involving 544 consecutive patients, aged 16-90 years, recruited from the ambulatory of 31 family doctors randomized within the 219 physicians working in eight health centres from four health regions. Screening strategies were tested based on the WHO-5 questionnaire in association with a short structured interview based on ICD-10 criteria. Depression ICD-10 diagnosis was reached according to the gold standard SCAN interview performed by trained psychiatrists. Any depressive disorder ICD-10 diagnosis was present in 24.8% of patients. Through the use of favourable recognition criteria, 43% of the patients were correctly identified as depressed by their family doctor and about 13% of the depressed patients were prescribed antidepressants at an adequate dosage. The serial administration of both instruments – WHO-5 and short structured interview – was feasible, allowing the detection of eight in ten positive cases and the exclusion of nine in ten non-cases. In Portugal, at the primary care level, high depressive disorder prevalence is confirmed as well as the need to improve depression diagnostic and treatment competencies of family doctors. A two-stage screening strategy has been validated and seems adequate for systematic use in health centres where technical and organizational resources for the effective management of depression are made available. These results can be viewed as primary care depressive disorders baseline indicators of prevalence, detection and treatment and, along with clinical useful instruments, the health system is more capacitated for the establishment of a national level large education campaign on depression such as proposed in the National Health Plan 2004-2010.

Every normal logic program has a 2-valued semantics: theory, extensions, applications, implementations

Trabalho apresentado no âmbito do Doutoramento em Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Doutor em Informática

Combining open and closed world reasoning for the semantic web

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Informática

Efficient paraconsistent reasoning with rules and ontologies for the semantic web

Ontologies formalized by means of Description Logics (DLs) and rules in the form of Logic Programs (LPs) are two prominent formalisms in the field of Knowledge Representation and Reasoning. While DLs adhere to the OpenWorld Assumption and are suited for taxonomic reasoning, LPs implement reasoning under the Closed World Assumption, so that default knowledge can be expressed. However, for many applications it is useful to have a means that allows reasoning over an open domain and expressing rules with exceptions at the same time. Hybrid MKNF knowledge bases make such a means available by formalizing DLs and LPs in a common logic, the Logic of Minimal Knowledge and Negation as Failure (MKNF). Since rules and ontologies are used in open environments such as the Semantic Web, inconsistencies cannot always be avoided. This poses a problem due to the Principle of Explosion, which holds in classical logics. Paraconsistent Logics offer a solution to this issue by assigning meaningful models even to contradictory sets of formulas. Consequently, paraconsistent semantics for DLs and LPs have been investigated intensively. Our goal is to apply the paraconsistent approach to the combination of DLs and LPs in hybrid MKNF knowledge bases. In this thesis, a new six-valued semantics for hybrid MKNF knowledge bases is introduced, extending the three-valued approach by Knorr et al., which is based on the wellfounded semantics for logic programs. Additionally, a procedural way of computing paraconsistent well-founded models for hybrid MKNF knowledge bases by means of an alternating fixpoint construction is presented and it is proven that the algorithm is sound and complete w.r.t. the model-theoretic characterization of the semantics. Moreover, it is shown that the new semantics is faithful w.r.t. well-studied paraconsistent semantics for DLs and LPs, respectively, and maintains the efficiency of the approach it extends.

Making the cake and eating it as well

Educação Médica 1991; 2(2): p.3-4.

The Cristo Rei section (Lower Miocene). Distal fluviatile environments in a marine series, plants, vertebrates and other evidence, age

The section at Cristo Rei shows sandy beds with intercalated clayey lenses (IVb division from the Lisbon Miocene series) that correspond to a major regression event dated from between ca. 17.6 and 17 Ma. They also correspond to a distal position (relatively to the typical fluviatile facies in Lisbon), nearer the basin's axis. Geologic data and paleontological analysis (plant fossils, fishes, crocodilians, land mammals) allow the reconstruction of environments that were represented in the concerned area: estuary with channels and ox-bows; upstream, areas occupied by brackish waters where Gryphaea griphoides banks developped; still farther upstream, freshwaters sided by humid forests and low mountain subtropical forests under warm temperate and rainy conditions, as well as not far away, seasonally dry environments (low density tree or shrub cover, or steppe).

Estabilização dinâmica em patologia degenerativa da coluna lombar: estado da arte e contributo pessoal

Resumo Este trabalho encontra-se dividido em três capítulos distintos. No primeiro, é caracterizada a doença degenerativa lombar, demorando-se o autor na descrição pormenorizada das alterações anatómicas, biomecânicas, e bioquímicas inerentes à sua ocorrência. Segue-se a descrição da evolução das diferentes formas de terapêutica, enumerando as que de forma clássica mais frequentemente são utilizadas (cirúrgicas e não cirúrgicas). No segundo capítulo, são referidos os mais recentes avanços tecnológicos nesta área, mencionando, nas suas vertentes biomecânicas, clínicas e terapêuticas, as particularidades das estabilizações dinâmicas interespinhosas e pediculares, bem como da artroplastia de disco. Após esta longa introdução, inicia-se o terceiro capítulo no qual se apresenta um estudo prospectivo da avaliação clínica, funcional, imagiológica e da variação da densidade mineral óssea vertebral em 20 doentes com patologia degenerativa, tratados com sistemas de estabilização dinâmica semi-rígida interespinhosa, e seguidos durante dois anos. Do estudo realizado conclui-se que os sistemas referidos são eficazes clínica e funcionalmente no tratamento de doentes com doença degenerativa lombar. Mais ainda, estes instrumentais proporcionam um aumento da altura do disco confirmado na incidência radiográfica de perfil no nível instrumentado. Constatámos ainda que a densidade mineral óssea vertebral dos doentes intervencionados, avaliada com sistema DXA, não demonstra diferenças com significância estatística ao longo do tempo, omparativamente à determinada em idêntica população mas sem qualquer patologia lombar. Acresce que se obteve uma correlação entre a funcionalidade física e a BMD radial, com significância estatística crescente nas duas medições realizadas. Abstract This study is divided in three different chapters. In the first one the author describes the anatomical, biomechanical and biochemical changes that go along with degenerative lumbar spine disease. The therapeutically possibilities are mentioned, mainly with the classic fusion and decompression as well as the non surgical options. Then, in the second chapter, the author describes, from the biomechanical, clinical and therapeutically point of view, the new techniques of dynamic stabilization, interspinous and pedicular systems, as well as disc replacement. After this introduction, in the third chapter a prospective clinical, functional, imagiologic and vertebral bone mineral density variation study is presented. Twenty patients with degenerative lumbar spine disease are selected, and operated with a semi rigid interspinous system device, and followed for a two year period. The author concludes that the interspinous semi rigid systems were clinically and functionally effective in lumbar degenerative patients. It was also founded that the disc height at the implant segment level increased after surgery. Bone density was assessed with a DXA system device. As far as vertebral bone density is concerned, the author found no differences what so ever inside the group during the study, or to an identical control group without any lumbar pathology. The correlation study between the BMD and physical function showed that there was only significant statistically data in radial BMD measurement, and this happened with growing correlation from year 2006 to 2007.

Biological activity of well defined hydantoin derivatives on efflux pump systems of bacteria and cancer cells

A multi-resistência a antibióticos e medicamentos usados em quimioterapia é um dos grandes problemas com os quais as instituições de saúde se debatem hoje em dia. A acção provocada por bombas de efluxo é uma das suas causas. Estas bombas têm uma importância fundamental, uma vez que, ao expelirem todo o tipo de tóxicos para o exterior das células, também expelem medicamentos, fazendo com que estes não tenham o efeito desejado dentro delas. As bombas de efluxo são transportadores que se encontram nas membranas de todo o tipo de células. Existem dois grandes tipos de bombas de efluxo: as primárias e as secundárias. As primeiras conferem multi-resistência principalmente em células eucariotas, como as células do cancro em humanos, tendo como função a mediação da repulsa de substâncias tóxicas por intermédio da hidrólise de ATP. A primeira a ser descoberta e mais estudada destas bombas foi a ABCB1 que é o gene que codifica a glicoproteína-P (P de permeabilidade). Enquanto as secundárias, que são a maior fonte de multi-resistência em bactérias, promovem a extrusão de substâncias tóxicas através da força motriz de protões. Neste tipo de bombas são conhecidas quatro famílias principais, das quais uma das mais importantes é a superfamília RND, uma vez que inclui a bomba AcrAB-TolC, que é muito importante no metabolismo xenobiótico de bactérias Gramnegativas, nomeadamente a E.coli. Com o objectivo de reverter a multi-resistência, tanto em células eucariotas como procariotas, têm-se desenvolvido estratégias de combate que envolvem a descoberta de substâncias que inibam as bombas de efluxo. Assim sendo, ao longo dos tempos têm sido descobertas variadas substâncias que cumprem este objectivo. É o caso, por exemplo, dos derivados de fluoroquinolonas usados como inibidores de bombas de efluxo em bactérias ou do Tamoxifen, utilizado na terapia de pacientes com cancro da mama. Um dos grupos de substâncias estudados para o desenvolvimento de possíveis compostos que actuem como reversores de multi-resistência são os compostos derivados de hidantoínas. Estes, são conhecidos por possuírem uma grande variedade de propriedades bioquímicas e farmacológicas, sendo portanto usados para tratarem algumas doenças em humanos, como a epilepsia. Nestes, estão englobados compostos com actividade anti-convulsão que constitui a sua grande mais-valia e, dependente da substituição no anel que os constitui, uma grande variedade de outras propriedades farmacológicas como a anti-fungica, a anti-arritmica, a anti-viral, a anti-diabética ou por exemplo a antagonização de determinados receptores, como os da serotonina. Apesar de pouco usados em estudos experimentais para desenvolver substâncias anti-carcinogénicas, existem alguns estudos com este efeito. Objectivos: O presente projecto envolve o estudo de bombas de efluxo primárias e secundárias, em células eucariotas e procariotas, respectivamente. Em bactérias, foram usados quatro modelos experimentais: Staphylococcus aureus ATCC 25923, Enterococcus faecalis ATCC 29212, E. coli AG 100 e Salmonella Enteritidis NCTC 13349. Em células de cancro foram usadas, células T de linfoma de rato parentais e células T de linfoma de rato transfectadas com o gene humano MDR-1. O principal objectivo deste estudo foi a pesquisa de novos moduladores de bombas de efluxo presentes em bactérias e células do cancro, tentando assim contribuir para o desenvolvimento de novos agentes farmacológicos que consigam reverter a multi-resistência a medicamentos. Assim sendo foram testados trinta compostos derivados de hidantoínas: SZ-2, SZ-7, LL-9, BS-1, JH-63, MN-3, TD-7k, GG-5k, P3, P7, P10, P11, RW-15b, AD-26, RW-13, AD-29, KF-2, PDPH-3, Mor-1, KK-XV, Thioam-1, JHF-1, JHC-2, JHP-1, Fur-2, GL-1, GL-7, GL-14, GL-16, GL-18. Como forma de atingir estes objectivos, a actividade biológica dos trinta compostos derivados de hidantoínas foi avaliada nas quatro estirpes de bactérias da seguinte forma: foram determinadas as concentrações mínimas inibitórias dos trinta compostos como forma de definir as concentrações em que os compostos seriam utilizados. Os compostos foram posteriormente testadas com um método fluorométrico de acumulação de brometo de etídeo, que é um substrato comum em bombas de efluxo bacterianas, desenvolvido por Viveiros et al. A actividade biológica dos compostos derivados de hidantoínas nas células de cancro foi demonstrada por diferentes métodos. O efeito anti-proliferativo e citotóxico dos trinta compostos foi avaliado nas células T de linfoma de rato transfectadas com o gene humano MDR-1 pelo método de thiazolyl de tetrazólio (MTT). Como o brometo de etídeo também é expelido pelos transportadores ABC, estes compostos foram posteriormente testados com um método fluorométrico de acumulação de brometo de etídeo desenvolvido por Spengler et al nos dois diferentes tipos de células eucariotas. Resultados: A maioria dos compostos derivados de hidantoínas foi eficaz na modulação de bombas de efluxo, nas duas estirpes de bactérias Gram-negativas e nos dois diferentes tipos de células T de linfoma. Em contraste com estes resultados, nas duas estirpes de células Gram-positivas, a maioria dos compostos tiveram pouco efeito na inibição de bombas de efluxo ou até nenhum, em muitos dos casos. De uma maneira geral os melhores compostos nas diferentes estirpes de bactérias foram: Thioam-1, SZ-2, P3, Rw-15b, AD-26, AD-29, GL-18, GL-7, KF-2, SZ-7, MN-3, GL-16 e GL- 14. Foram portanto estes os compostos que provocaram maior acumulação de brometo de etídeo, inibindo assim com maior eficácia as bombas de efluxo. No presente estudo, a maioria dos compostos conseguiu inibir a resistência provocada pela bomba de efluxo ABCB1, tanto nas células parentais bem como nas células que sobre-expressam esta bomba, causando a acumulação de brometo de etídeo dentro das células. As células que sobreexpressam a bomba ABCB1 foram posteriormente testadas com citometria de fluxo que é a técnica padrão para pesquisa de inibidores de bombas de efluxo. Os compostos que foram mais efectivos na inibição da bomba ABCB1, causando assim maior acumulação de brometo de etídeo nas células que sobre-expressam esta bomba foram: PDPH-3, GL-7, KK-XV, AD-29, Thioam-1, SZ-7, KF-2, MN-3, RW-13, LL-9, P3, AD-26, JH-63 e RW- 15b. Este facto não corroborou totalmente os resultados da citometria de fluxo uma vez que os moduladores que provocaram maior inibição da bomba ABCB1 foram o MN-3, JH-63 e o BS-1, sendo que o último não foi seleccionado como um bom composto usando o método fluorométrico de acumulação de brometo de etídeo. Conclusão: Os compostos derivados de hidantoínas testados tiveram maior efeito nas estirpes de bactérias Gram-negativas do que nas Gram-positivas. Relativamente às células eucariotas, as estruturas mais activas apresentam substituintes aromáticos bem como alguns fragmentos aminicos terciários.

Bridging environmental conflicts with social metabolism : forestry expansion and socioeconomic change

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Ciências do Ambiente, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Stratigraphic interpretation of Well-Log data of the Athabasca Oil Sands of Alberta Canada through Pattern recognition and Artificial Intelligence

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Extracting temporal and spatial distributions information about marine mucilage phenomenon based on Modis satellite images; a case study of the Tyrrhenian and the Adriatic Sea, 2010-2012

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Fate of nitrogen in bioreactor landfills: lab-scale in situ aeration in well decomposed MSW

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do ambiente, perfil de engenharia sanitária

The internationalization process of mychild to São Paulo, Brazil

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics