Semantics of logic programs with explicit negation

After a historical introduction, the bulk of the thesis concerns the study of a declarative semantics for logic programs. The main original contributions are: ² WFSX (Well–Founded Semantics with eXplicit negation), a new semantics for logic programs with explicit negation (i.e. extended logic programs), which compares favourably in its properties with other extant semantics. ² A generic characterization schema that facilitates comparisons among a diversity of semantics of extended logic programs, including WFSX. ² An autoepistemic and a default logic corresponding to WFSX, which solve existing problems of the classical approaches to autoepistemic and default logics, and clarify the meaning of explicit negation in logic programs. ² A framework for defining a spectrum of semantics of extended logic programs based on the abduction of negative hypotheses. This framework allows for the characterization of different levels of scepticism/credulity, consensuality, and argumentation. One of the semantics of abduction coincides with WFSX. ² O–semantics, a semantics that uniquely adds more CWA hypotheses to WFSX. The techniques used for doing so are applicable as well to the well–founded semantics of normal logic programs. ² By introducing explicit negation into logic programs contradiction may appear. I present two approaches for dealing with contradiction, and show their equivalence. One of the approaches consists in avoiding contradiction, and is based on restrictions in the adoption of abductive hypotheses. The other approach consists in removing contradiction, and is based in a transformation of contradictory programs into noncontradictory ones, guided by the reasons for contradiction.

Expressão em Escherichia coli de antigénios do Cell fusing agent virus (Flaviviridae: Flavivirus) como proteína de fusão

RESUMO: O Cell Fusing Agent Vírus (CFAV), considerado como o primeiro “flavivírus específicos de insectos” (ISF), parece estar exclusivamente adaptado aos seus hospedeiros, não replicando em células de vertebrados. Apesar de ter sido identificado há mais de três décadas (1975), a verdade é que muito pouco se conhece sobre a sua biologia. Dado o seu parentesco filogenético com alguns outros flavivírus encontrados naturalmente em mosquitos de diferentes géneros colhidos em diferentes regiões do globo, este vírus poderá ser usado como modelo para o estudo de ISF. No entanto, necessitam do desenvolvimento de ferramentas básicas, tais como clones moleculares ou baterias de soros contendo anticorpos que reconheçam uma ou mais proteínas codificadas pelo genoma viral, produzidas, por exemplo, a partir de antigénios virais produzidos de forma recombinante. Com este trabalho pretendeu-se a optimização de protocolos que permitiram a expressão e purificação parcial de quatro proteínas [duas proteínas estruturais (C e E) e duas não estruturais (NS3hel e NS5B)] do CFAV em E. coli, todas elas produzidas como proteínas de fusão com “caudas” (tags) de hexahistidina nos seus extremos carboxilo. Para a expansão do CFAV foram utilizadas células Aedes albopictus (C6/36). Após a realização da extracção do RNA viral e a obtenção de cDNA, procedeu-se amplificação, por RT-PCR, das regiões codificantes das proteínas C, E, NS3hel e NS5B, utilizando primers específicos. Os quatro fragmentos de DNA foram independentemente inseridos no vector pJTE1.2/blunt usando E. coli NovaBlue como hospedeira de clonagem e, posteriormente, inseridos em vectores de expressão pET-28b e pET-29b usando E. coli BL21(DE3)pLysS e Rosetta(DE3)pLysS como hospedeiras de expressão. Após da indução, expressão e purificação das proteínas recombinantes C, E, NS3hel e NS5B, foi confirmada a autenticidade destas proteínas produzidas através do método Western Blot com um anticorpo anti-histidina. --------- ABSTRACT: The Cell Fusing Agent virus (CFAV) considered as the first "insect- specific flavivirus" (ISF) and seems to be uniquely adapted to their hosts, not replicating in vertebrate cells. Although it has been known for more than three decades (1975), the truth is very little is known about its biology. Given its close phylogenetic relationship with other flavivirus naturally circulating in various genera of mosquitoes collected from different regions of the globe, this virus could be used as a model for the study of ISF. However, such studies require the development of experimental basic tools, such as molecular clones or serum batteries containing antibodies that recognize one or more proteins encoded by the viral genome, produced, for example, from viral antigens recombinant produced. In this work, we carried out the optimization of protocols that allowed the expression and partial purification of four proteins [two structural proteins (C and E) and two nonstructural proteins (NS3hel and NS5B)] CFAV in E. coli as fusion protein for c-terminal hexahistidine tags. For the expansion of the CFAV we used Aedes albopictus (C6/36) cells. After completion of the viral RNA extraction and cDNA obtained, amplification of the coding regions of the C, E, NS5B and NS3hel proteins was carried out by RT-PCR using specific primers. The four DNA fragments were independently inserted into the vector pJTE1.2/blunt using E. coli NovaBlue as cloning host and then inserted into expression vectors pET-28b and pET-29b using E. coli BL21(DE3)pLysS and Rosetta(DE3)pLysS as expression host. After induction, expression and purification of recombinant C, E, NS3hel and NS5B proteins Western Blot analyses with an anti-histidine antibody confirmed the authenticity of these proteins produced.

As Comissões Parlamentares de Inquérito no Portugal democrático, 1976-2015

As transformações operadas no mundo contemporâneo, em especial no que respeita às estruturas do poder, à sua maior autonomização e diferenciação, tiveram particulares reflexos ao nível dos Parlamentos e das funções que prosseguem. Desde a sua origem, no passado século XIII, à atualidade, grandes acontecimentos, clivagens e factos históricos estão presentes na sua linha evolutiva. A democratização do regime parlamentar e a legitimidade outorgada através de eleições democráticas e concorrenciais são um marco ímpar na sua história. A complexidade das sociedades hodiernas catapultou o Poder Executivo em detrimento do Parlamento, enquanto órgão legislativo por excelência. Tal circunstancialismo levou, não ao proclamado declínio dos Parlamentos, mas a reformas estruturantes. Outras e mais importantes funções seriam prosseguidas. Se as iniciativas legislativas e a definição das políticas públicas passaram a ser quase um exclusivo do Governo, havia que desenvolver e ampliar, por parte dos Parlamentos, os instrumentos de controlo, fiscalização e escrutínio da ação governativa. Entre os clássicos instrumentos de controlo avulta o Inquérito Parlamentar, materializado em Comissões Parlamentares de Inquérito, dotadas de poderes especiais para recolha de informação e para investigação. No seu percurso parlamentar, também as Comissões de Inquérito foram sendo alvo de constantes aperfeiçoamentos, de ordem constitucional, legal e regimental. A excessiva partidarização da atividade parlamentar de outrora e sobretudo a confusão entre o governo e o partido que o sustentava a nível parlamentar, o confronto desequilibrado de meios entre as maiorias e as minorias, levaram a um reposicionamento do inquérito parlamentar enquanto garante do direito das minorias. Não sendo expectável que as grandes iniciativas de controlo sejam tomadas pelo partido maioritário, cabe à oposição esse papel. Em Portugal, diminuta era a tradição do instituto do inquérito parlamentar, razão porque foi efémera e sem resultado a sua utilização no tempo da monarquia constitucional. O regime democrático, abraçado com o 25 de abril de 1974, relançou o órgão de soberania Parlamento e estabeleceu prioridades. Até ao amadurecimento da democracia viveram-se tempos mais conturbados mas de grande aprendizagem. O inquérito Parlamentar, a partir da revisão constitucional de 1982, passou conceptualmente a integrar um dos meios mais relevantes da fiscalização política. É, pois, o levantamento exaustivo e a análise das Comissões Parlamentares de Inquérito no Portugal democrático, período de 1976-2015, o objetivo a que nos propomos neste estudo.