Structure-function relationships in a glycosyltransferase, a phosphatase and an oxidoreductase

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biochemistry

STRUCTURE-FUNCTION ANALYSIS OF MULTI-COPPER OXIDASES

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biochemistry, Structural Biochemistry

A further investigation of the cytochrome b5–cytochrome c complex

J Biol Inorg Chem (2003) 8: 777–786

Molecular diversity of bla genes in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli isolates

Dissertation presented to obtain a Ph.D. degree in Biology, speciality Microbiology, by Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Paralisia cerebral na Região de Lisboa e Vale do Tejo : factores de risco : caracterização multidimensional : inclusão escolar

RESUMO - A Paralisia Cerebral (PC) deve ser olhada como uma patologia do neurodesenvolvimento: a infância é um período de actividade exploratória por essência, a restrição motora condiciona as várias áreas do desenvolvimento. Contextos, apoios, oportunidades e experiências de vida serão determinantes no desenvolvimento de todo o seu potencial. Objectivos/finalidade: Identificar, descrever, comparar e analisar factores de risco associados à PC, sua caracterização multidimensional e integração escolar aos 5 e 10 anos. Procurou‐se contribuir para a sua prevenção primária e secundária, e obter dados para planeamento e implementação dos programas de apoio. Métodos: Adoptou‐se a abordagem do Programa Nacional de Vigilância da Paralisia Cerebral (PNVPC) e da Surveillance of Cerebral Palsy in Europe (SCPE). Analisaram‐se factores de risco, competências funcionais, défices associados, severidade e integração escolar de duas populações de Lisboa e Vale do Tejo, (nascimento 1996/1997‐2001/2002 e prevalência aos 5 e 10 anos). Descreveram‐se os dados, efectuaram‐se correlações, aplicaram‐se testes de independência e compararam‐se com dados dos nadovivos, dados nacionais e europeus. Analisaram‐se os factores que influenciaram a integração escolar através de métodos de regressão logística. Resultados/Conclusões/Recomendações: 1,65‰ e 1,57‰ dos nadovivos desenvolveram PC; a prevalência aos 5 anos foi de 1,7‰ e de 1,48‰; 5,9% e 7,9% faleceram antes dos 5 anos. Em 2001/2002 verificou‐se aumento de: PC espástica bilateral‐2/3membros, prematuridade, causa pos‐neonatal, níveis funcionais ligeiros e graves; percentil estaturo‐ponderal <3 (5‐anos). Diminuição de: disquinésia, anóxia e alguns défices associados. Destacaram‐se as associação: prematuridade e PC espástica bilateral‐ 2/3membros; nascer de termo e anóxia, disquinésia, primíparas, défices associados e severidade; infecção pré‐natal e QI<50, epilepsia e severidade; causa pos‐neonatal e PC espástica bilateral‐4membros e múltiplos défices. Aos 5 anos, as variáveis explicativas para a não inclusão escolar foram: QI<50 e epilepsia; uma elevada percentagem de crianças com PC moderada/grave encontrava‐se integrada; 75% das que se encontravam desintegradas mantiveram‐se nesta situação aos 10. Nesta idade, as variáveis explicativas para a não inclusão escolar foram: QI<50 e motricidade fina; 35,1% encontrava‐se fora do ensino regular; 4,5%, embora em idade de escolaridade obrigatória, não frequentavam qualquer estabelecimento escolar. Informação sistematizada, abrangente, objectiva, simples e acessível, sobre novos casos de PC, factores de risco, prevalência em idades‐chave e caracterização multidimensional constitui uma ferramenta clínica e epidemiológica, que deve sustentar as políticas de saúde, educacionais e sociais, contribuindo para a permanência destas crianças no ensino regular, trazendo às crianças e famílias o suporte que as encorajem e sustentem nestes processos. ABSTRACT ------- Cerebral Palsy (CP) must be recognized as a neurodevelopmental disorder: childhood is, on its nature, a period for exploring the environment and therefore motor deficit interferes with all developmental areas. The context, support, opportunities and life experiences are determinants for the development of his full potential. Objective/Aim: To identify, describe, compare and analyze CP risk factors the multidimensional characterization and school integration levels at the age of 5 and 10 years. We aim to contribute to CP primary and secondary prevention and provide information for service planning and implementation of support programs. Methods: The approach of National Cerebral Palsy Surveillance Programme (NCPSP) and Surveillance of Cerebral Palsy in Europe (SCPE) were used. For two groups of children from Lisboa e Vale do Tejo region, birth data 1996/1997‐2001/2002 and prevalence at 5 and 10 years, were analyzed: CP risk factors, functional ability, associated impairments, severity and school integration settings. Data collected was described, analyzed using correlations, applied tests of independence and compared with new born data, national data and european data. To analyze the factors related to school inclusive settings, logistic regression was appealed. Results/Conclusions/Recommendations: 1,65% and 1,57‰ of the new‐born alive developed CP. The prevalence at 5 years was 1,7‰ and 1,48‰ 5,9% and 7,9% died before their 5th birthday. Bilateral spastic CP 2/3limb, preterm birth, cases of post‐neonatal origin, mild and sever functional impairment; weight and height percentile <3 at 5 years old Increased in 2001. Decreased dyskinetic CP, anoxia and some additional imparments. Were identified among other the association between prematurity and spastic bilateral CP‐2/3 members; born at term and anoxia, dyskinetic CP, first child, associated impairments and severity; prenatal infection and IQ<50, epilepsy and severity; post‐neonatal cause and spastic bilateral CP‐4 members and associated impairments. At 5‐years‐old the more explanatory variables for not be in a school inclusive settings were IQ<50 and epilepsy, a high percentage of children with moderate/severe CP was attending regular school, but most children who were out of inclusive settings at 5 years continue on this situations at 10‐years‐old. At this age the more explanatory variables for not be in a school inclusive settings were: IQ<50 and upper limb function; 35,1% were out of regular school; 4,5%, even in compulsory school age, are out of school. Standardized comprehensive, objective, simple and accessible information about CP new cases, risk factors, prevalence in the key‐age and children multidimensional characterization constitutes a clinical and epidemiological tool that should sustain health, educational and social policy. This would support the continuity of these children in regular schools, encouraging g them and their families in these processes.

The tetranuclear copper active site of nitrous oxide reductase: the CuZ center

J Biol Inorg Chem (2011) 16:183–194 DOI 10.1007/s00775-011-0753-3

A further investigation of the cytochrome b5–cytochrome c complex

J Biol Inorg Chem (2003) 8: 777–786 DOI 10.1007/s00775-003-0479-y

Diversidade genética e resistência aos anti-retrovirais inibidores enzimáticos de vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) de uma população de toxicodependentes por via endovenosa da Grande Lisboa

Neste estudo procedeu-se à caracterização da diversidade genética das regiões codificantes da protease (PR), transcritase reversa (RT) e integrase (IN) do gene pol do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1), bem como à pesquisa de polimorfismos genéticos associados à diminuição da susceptibilidade aos anti-retrovirais inibidores enzimáticos, circulante numa população de 51 indivíduos utilizadores de drogas por via endovenosa (IDUs) da Grande Lisboa. Em termos globais, a análise filogenética realizada com base em 38 sequências nucleotídicas concatenadas revelou que 12 (31,6%), 13 (34,2%) e 13 (34,2%) das sequências analisadas eram dos subtipos B, G/CRF14_BG e de formas genéticas não-B/não-G (1 F1, 4 CRF02_AG e 8 formas recombinantes únicas), respectivamente. Relativamente à pesquisa de mutações associadas a resistência (perfil genotípico), foram encontradas 15, presentes em 50,0% (22/44) dos indivíduos, com uma distribuição de 1-3/indivíduo (4, todas acessórias, na PR; 6 na RT; 5 na IN, uma principal e 4 acessórias). Todavia, apenas 26,7% (4/15) dessas mutações conferiam uma expressão fenotípica de resistência a uma das classes de inibidores (da RT ou IN), em 9,1% (4/44) dos indivíduos. Foi ainda observada uma elevada frequência de outros polimorfismos genéticos, mais frequentes em subtipos não-B, alguns dos quais considerados assinaturas de subtipo. A homologia genética total ou parcial com os subtipos B e G, reconhecida neste estudo, reflectirá a sua predominância na população de IDUs. Este resultado sugere também que a epidemia de HIV-1 em Portugal poderá estar a evoluir para um padrão epidemiológico singular, no qual os subtipos B, G e suas formas recombinantes predominam. A proporção observada de indivíduos portadores de vírus com mutações associadas a resistência, mesmo em indivíduos naive relativamente à terapêutica, indica que a sua transmissão se encontra em curso entre a população de IDUs, tendo, certamente, um impacto relevante ao nível da abordagem terapêutica e monitorização da infecção.

Functional role of macrobenthos in estuarine sediment dynamics

Thesis submitted to the Universidade Nova de Lisboa,Faculdade de Ciências e Tecnologia for the degree of Doctor of Philosophy in Environmental Engineering

Estudo de novos centros contendo ferro: isolamento e caracterização de proteínas de desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Phylogeny and phenotypic characterization of pathogenic cryptococcus species and closely related saprobic taxa in the tremellales

Eukaryotic Cell, Vol.8, Nº3

Preparação de carvões activados a partir de sisal por activação química. Aplicação como catalisadores

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Química e Bioquímica

Efeitos de pré-tratamentos térmicos na digestão anaeróbia termófila de resíduos de casca de batata

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Tecnologia e Segurança Alimentar

Efeito de pré-tratamentos térmicos, à pressão atmosférica, na digestão anaeróbia mesófila e termófila de resíduos de casca de batata

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Energia e Bioenergia

Analysis of the interaction of polycyclic aromatic compounds in a model organism: integration of genotoxic and histopathological effects

Due to their toxicity, especially their carcinogenic potential, polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) became priority pollutants in biomonitoring programmes and environmental policy, such as the European Water Framework Directive. The model substances tested in this study, namely benzo[b]fluoranthene (B[b]F), considered potentially carcinogenic to humans and an effector carcinogenic PAH to wildlife, and phenanthrene (Phe), deemed a non-carcinogenic PAH, are common PAHs in coastal waters, owning distinct properties reflected in different, albeit overlapping, mechanisms of toxicity. Still, as for similar PAHs, their interaction effects remain largely unknown. In order to study the genotoxic effects of caused by the interaction of carcinogenic and non-carcinogenic PAHs, and their relation to histopathological alterations, juvenile sea basses, Dicentrarchus labrax, a highly ecologically- and economically-relevant marine fish, were injected with different doses (5 and 10 μg.g-1 fish ww) of the two PAHs, isolated or in mixture, and incubated for 48 h. Individuals injected with B[b]F and the PAH mixture exhibited higher clastogenic/aneugenic effects and DNA strand breakage in blood cells, determined through the erythrocytic nuclear abnormalities (ENA) and Comet assays, respectively. Also, hepatic histopathological alterations were found in all animals, especially those injected with B[b]F and the PAH mixture, relating especially to inflammation. Still, Phe also exhibited genotoxic effects in sea bass, especially in higher doses, revealing a very significant acute effect that was accordant with the Microtox test performed undergone in parallel. Overall, sea bass was sensitive to B[b]F (a higher molecular weight PAH), likely due to efficient bioactivation of the pollutant (yielding genotoxic metabolites and reactive oxygen species), when compared to Phe, the latter revealing a more significant acute effect. The results indicate no significant additive effect between the substances, under the current experimental conditions. The present study highlights the importance of understanding PAH interactions in aquatic organisms, since they are usually present in the aquatic environment in complex mixtures.