Computational design with flexible backbone sampling for protein remodeling and scaffolding of complex binding sites

Dissertation presented to obtain the Doutoramento (Ph.D.) degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Qu mica e Biol ogica da Universidade Nova de Lisboa

Assessment of climate change statistical downscaling methods: Application and comparison of two statistical methods to a single site in Lisbon

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Engenharia do Ambiente

Water treatments in semi-closed cooling circuits and their impact on the quality of effluents discharged by CERN

Dissertação apresentada à Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia do Ambiente, Gestão de Sistemas Ambientais

Water treatments in semi-closed cooling circuits and their impact on the quality of effluents discharged by CERN

Mestrado integrado em Engenharia do Ambiente, perfil: Gestão de Sistemas Ambientais

Derivation methods for hybrid knowledge bases with rules and ontologies

Trabalho apresentado no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Part I : Comparing derivatization methods for amino acids – one and two-step procedures using gas chromatography – flame ion detector (GC-FID) Part II: Story of an icon from its execution until its conservation

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Conservação e Restauro

Applications of Fourier methods to the analysis of some stochastic processes

Dissertação de Doutoramento em Matemática: Processos Estocásticos

Comparative analysis of time-frequency methods estimating the time-varying microstructure of sleep EEG spindles

Proceedings of the Information Technology Applications in Biomedicine, Ioannina - Epirus, Greece, October 26-28, 2006

Saúde mental, qualidade de vida e acesso aos cuidados de saúde na comunidade brasileira de Lisboa

Introdução: A utilização de serviços de saúde tem implicações importantes para o estado de saúde das populações. As políticas de imigração adoptadas nos países de destino têm influência no estado de saúde das comunidades imigrantes. Políticas que limitam o acesso de imigrantes aos cuidados de saúde aumentarão a vulnerabilidade e os riscos na saúde. Apesar da imigração promover uma série de rupturas na vida do sujeito, migrar, por si só, não pode ser considerado como factor de risco no âmbito da saúde e da saúde mental. O peso dos determinantes socioeconómicos tem ganho relevância no estudo das migrações, estado de saúde geral e mental. Isto porque, em geral, os imigrantes estão em situação mais precária do que a população autóctone. O estatuto socioeconómico baixo, as condições precárias de habitação e de trabalho, a falta de suporte social e a irregularidade jurídica são indicadores de risco acrescido para a saúde mental. Neste sentido é um desafio de monta os governos estabelecerem medidas sustentadas e, simultaneamente, integradoras dos imigrantes. Em Portugal, considera-se que há escassez de estudos relacionados com a área das migrações e da saúde.Metodologia: Estudo exploratório, descritivo e transversal. A finalidade foi a de identificar o estado de saúde, saúde mental e qualidade de vida da comunidade brasileira residente em Lisboa e o seu acesso aos serviços de saúde. Este estudo teve como principais objectivos a caracterização sociodemográfica, a identificação de variáveis inerentes ao processo migratório, a identificação da auto-apreciação do estado de saúde, a caracterização do acesso aos cuidados de saúde, a identificação do grupo em provável sofrimento psicológico, a comparação entre os resultados dos imigrantes juridicamente regulares e irregulares e a comparação entre a população imigrante e a população portuguesa. Inicialmente, foi prevista a utilização da técnica de amostragem de propagação geométrica ou snowball, pois a amostra tornar-se-ia maior à medida que os próprios inquiridos identificam outros potenciais respondentes. Ao longo do estudo, a metodologia inicial mostrou-se insuficiente para estabelecer uma amostra mais representativa dos imigrantes juridicamente irregulares. Para este feito, foi utilizada a metodologia de amostragem por conveniência e o local escolhido para a recolha da amostra foi o Consulado do Brasil em Lisboa. O instrumento de recolha de dados empregue baseou-se no questionário utilizado no 4º Inquérito Nacional de Saúde. O MHI-5 (Mental Health Index 5) é um instrumento de saúde mental e é parte integrante do inquérito, sendo recomendado pela Organização Mundial de Saúde. Consta de cinco itens relativos à saúde mental e os resultados são classificados através de um indicador que mede a existência de provável sofrimento psicológico. Foram incluídos no estudo 213 brasileiros. De seguida, procedeu-se ao tratamento estatístico dos dados. Resultados: A população inquirida é jovem, a maior parte tem entre 18 e 44 anos. As mulheres representam mais de metade da amostra. A taxa de actividade é elevada e a taxa de desemprego é similar à nacional. A inserção laboral prioritária é nos segmentos pouco qualificados ou de semi-qualificação. Aproximadamente um terço dos inquiridos afirmou ser beneficiário do Sistema Nacional de Saúde. A autoapreciação do estado de saúde é classificada como bastante positiva, assim como a qualidade de vida. O provável sofrimento psicológico, definido no MHI-5 pelo ponto de corte no score 52, atinge 23,3% dos participantes. Os homens apresentam melhores resultados do que as mulheres. Além disso, para os valores mais baixos no MHI-5 foram encontradas relações com as longas jornadas de trabalho e o diagnóstico de doença crónica.Discussão: O presente estudo apresenta limitações em relação à dimensão da amostra e à provável existência de enviesamento pela ausência de aleatorização. Apesar da legislação portuguesa garantir o acesso aos serviços de saúde e garantir a equidade no caso dos imigrantes que fazem descontos para a Segurança Social, apenas um terço referiu ser beneficiário do Sistema Nacional de Saúde. Este dado pode ser justificado por factores como o cumprimento da lei por alguns serviços e, também, pela falta de conhecimento da legislação e da forma de funcionamento do Serviço Nacional de Saúde por parte dos imigrantes. O facto das mulheres representarem o maior grupo em provável sofrimento psicológico é consistente com a literatura. As hipóteses levantadas para explicar este resultado podem ser agrupadas em: artefactos metodológicos, causalidade biológica e determinação social. Em relação ao instrumento, é possível que o MHI-5 se comporte de forma diferente no que diz respeito ao género.-------------------------------------------Introduction: The utilization of health services has important implications for the health state of the populations. The immigration policies adopted in the destiny countries are going to influence the health state of immigrant communities. Policies that limit the access of immigrants to health care are going to increase the vulnerability and the risk factor in health. Although immigration promotes several disruptive actions in ones life, migrating, on its own, cannot be considered as a risk factor for health and mental health. The preponderance of the socioeconomic factors has gained relevance in the study of migrations and also in the study of general health state and mental health. This happens because, in general, immigrants are in a more unfavorable situation compared with the destiny country population. The low socioeconomic status, the poor working and housing conditions, the lack of social support and the juridical irregularity are indicators of the incremented risk to mental health. Therefore, it is a major challenge for governments to find sustainable, and simultaneously, integrative measures for the immigrants. The studies related with the migrations and health in Portugal were considered to be few.Methods: It is an exploratory, descriptive and transversal study. The purpose is to identify the health state, mental health, quality of life and the access to health care of the Brazilian community resident in Lisbon. In addition, this study has as main goals the sociodemographic characterization, the variables identification inherent to the migrating process, the identification of the self-appreciation of health state, the characterization of the access to health care, the identification of the group in probable psychological suffer, the comparison between the results of regular and irregular immigrants and the comparison between the immigrant population and the Portuguese population. Initially it was predicted the utilization of the geometric propagation or “snowball”, as sampling technique, because the sample becomes larger as one answerer identify other potential answering persons. Along with the study, the methodology has shown insufficient to establish a more representative sample of the irregular immigrants. For this latter case, it was used a convenient sample methodology and the place chosen for the sample gathering was the “Consulate of Brazil in Lisbon”. The instrument was based in the questionnaire used in the “4th National Health Inquiry”. The MHI-5 (Mental Health Index 5) is a mental health instrument which is part of the enquiry and it is recommended by the World Health Organization. There are five items related to mental health and the results are classified through an indicator which measures the existence of a probable psychological suffer. It were included 213 Brazilian in the study. After, the statistical treatment of the data took place.Results: The answering population is young and the majority is between the 18 and 44 years of age. The women represent more than one half of the sample. The activity rate is high and the unemployment rate is similar to the national one. The priority labor insertion is in the few qualified or of semi-qualification segments. Approximately, one third of the answering people has stated to be beneficiary of the National Health System. The self-appreciation of the health state as well as the quality of life are classified as fairly positive ones. The probable psychological suffer, as defined in the MHI-5 through the cut point in the score below or equal to 52, reaches 23,3% of the sample population. Men show the better results than women. Further, for the lower values of MHI-5 it was found a relation with the long work periods and chronic disease diagnostic. Discussion: The present study evidences limitations in relation to the sample dimension and in relation to the existence of biases due to the lack of randomness. Although the Portuguese legislation guarantees the access to health services and the equality in the cases of the immigrants that do their Social Security discounts, only one third has mentioned to be beneficiary of the National Health System. This can be justified by several facts such as the non-fulfillment of law by some national services or the lack of knowledge of the legislation or the functioning process of the National Health System. Women representing the bigger group in probable psychological suffer has been coherent with the literature review. The hypothesis set to explain this result might be grouped in: methodological artifacts, biologic cause and social determination. In relation to the instrument used, it may be that MHI-5 behaves in a different way in respect to gender.

New ultrasonic-based methods in proteomics

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia.A presente dissertação foi preparada no âmbito do convénio bilateral existente entre a Universidade Nova de Lisboa e a Universidade de Vigo.

Estudo da exposição profissional a formaldeído em laboratórios hospitalares de anatomia patológica

RESUMO - A exposição a formaldeído é reconhecidamente um dos mais importantes factores de risco presente nos laboratórios hospitalares de anatomia patológica. Neste contexto ocupacional, o formaldeído é utilizado em solução, designada comummente por formol. Trata-se de uma solução comercial de formaldeído, normalmente diluída a 10%, sendo pouco onerosa e, por esse motivo, a eleita para os trabalhos de rotina em anatomia patológica. A solução é utilizada como fixador e conservante do material biológico, pelo que as peças anatómicas a serem processadas são previamente impregnadas. No que concerne aos efeitos para a saúde do formaldeído, os efeitos locais parecem apresentar um papel mais importante comparativamente com os efeitos sistémicos, devido à sua reactividade e rápido metabolismo nas células da pele, tracto gastrointestinal e pulmões. Da mesma forma, a localização das lesões correspondem principalmente às zonas expostas às doses mais elevadas deste agente químico, ou seja, o desenvolvimento dos efeitos tóxicos dependerá mais da intensidade da dose externa do que da duração da exposição. O efeito do formaldeído no organismo humano mais facilmente detectável é a acção irritante, transitória e reversível sobre as mucosas dos olhos e aparelho respiratório superior (naso e orofaringe), o que acontece em geral para exposições frequentes e superiores a 1 ppm. Doses elevadas são citotóxicas e podem conduzir a degenerescência e necrose das mucosas e epitélios. No que concerne aos efeitos cancerígenos, a primeira avaliação efectuada pela International Agency for Research on Cancer data de 1981, actualizada em 1982, 1987, 1995 e 2004, considerando-o como um agente cancerígeno do grupo 2A (provavelmente carcinogénico). No entanto, a mais recente avaliação, em 2006, considera o formaldeído no Grupo 1 (agente carcinogénico) com base na evidência de que a exposição a este agente é susceptível de causar cancro nasofaríngeo em humanos. Constituiu objectivo principal deste estudo caracterizar a exposição profissional a formaldeído nos laboratórios hospitalares de anatomia patológica Portugueses. Pretendeu-se, ainda, descrever os fenómenos ambientais da contaminação ambiental por formaldeído e explorar eventuais associações entre variáveis. Considerou-se uma amostra de 10 laboratórios hospitalares de anatomia patológica, avaliada a exposição dos três grupos profissionais por comparação com os dois referenciais de exposição e, ainda, conhecidos os valores de concentração máxima em 83 actividades. Foram aplicados simultaneamente dois métodos distintos de avaliação ambiental: um dos métodos (Método 1) fez uso de um equipamento de leitura directa com o princípio de medição por Photo Ionization Detection, com uma lâmpada de 11,7 eV e, simultaneamente, realizou-se o registo da actividade. Este método disponibilizou dados para o referencial de exposição da concentração máxima; o outro método (Método 2) traduziu-se na aplicação do método NIOSH 2541, implicando o uso de bombas de amostragem eléctricas de baixo caudal e posterior processamento analítico das amostras por cromatografia gasosa. Este método, por sua vez, facultou dados para o referencial de exposição da concentração média ponderada. As estratégias de medição de cada um dos métodos e a definição dos grupos de exposição existentes neste contexto ocupacional, designadamente os Técnicos de Anatomia Patológica, os Médicos Anatomo-Patologistas e os Auxiliares, foram possíveis através da informação disponibilizada pelas técnicas de observação da actividade da análise (ergonómica) do trabalho. Estudaram-se diversas variáveis independentes, nomeadamente a temperatura ambiente e a humidade relativa, a solução de formaldeído utilizada, as condições de ventilação existentes e o número médio de peças processadas por dia em cada laboratório. Para a recolha de informação sobre estas variáveis foi preenchida, durante a permanência nos laboratórios estudados, uma Grelha de Observação e Registo. Como variáveis dependentes seleccionaram-se três indicadores de contaminação ambiental, designadamente o valor médio das concentrações superiores a 0,3 ppm em cada laboratório, a Concentração Média Ponderada obtida para cada grupo de exposição e o Índice do Tempo de Regeneração de cada laboratório. Os indicadores foram calculados e definidos através dos dados obtidos pelos dois métodos de avaliação ambiental aplicados. Baseada no delineado pela Universidade de Queensland, foi ainda aplicada uma metodologia de avaliação do risco de cancro nasofaríngeo nas 83 actividades estudadas de modo a definir níveis semi-quantitativos de estimação do risco. Para o nível de Gravidade considerou-se a informação disponível em literatura científica que define eventos biológicos adversos, relacionados com o modo de acção do agente químico e os associa com concentrações ambientais de formaldeído. Para o nível da Probabilidade utilizou-se a informação disponibilizada pela análise (ergonómica) de trabalho que permitiu conhecer a frequência de realização de cada uma das actividades estudadas. A aplicação simultânea dos dois métodos de avaliação ambiental resultou na obtenção de resultados distintos, mas não contraditórios, no que concerne à avaliação da exposição profissional a formaldeído. Para as actividades estudadas (n=83) verificou-se que cerca de 93% dos valores são superiores ao valor limite de exposição definido para a concentração máxima (VLE-CM=0,3 ppm). O “exame macroscópico” foi a actividade mais estudada e onde se verificou a maior prevalência de resultados superiores ao valor limite (92,8%). O valor médio mais elevado da concentração máxima (2,04 ppm) verificou-se no grupo de exposição dos Técnicos de Anatomia Patológica. No entanto, a maior amplitude de resultados observou-se no grupo dos Médicos Anatomo-Patologistas (0,21 ppm a 5,02 ppm). No que respeita ao referencial da Concentração Média Ponderada, todos os valores obtidos nos 10 laboratórios estudados para os três grupos de exposição foram inferiores ao valor limite de exposição definido pela Occupational Safety and Health Administration (TLV-TWA=0,75 ppm). Verificou-se associação estatisticamente significativa entre o número médio de peças processadas por laboratório e dois dos três indicadores de contaminação ambiental utilizados, designadamente o valor médio das concentrações superiores a 0,3 ppm (p=0,009) e o Índice do Tempo de Regeneração (p=0,001). Relativamente à temperatura ambiente não se observou associação estatisticamente significativa com nenhum dos indicadores de contaminação ambiental utilizados. A humidade relativa apresentou uma associação estatisticamente significativa apenas com o indicador de contaminação ambiental da Concentração Média Ponderada de dois grupos de exposição, nomeadamente com os Médicos Anatomo-Patologistas (p=0,02) e os Técnicos de Anatomia Patológica (p=0,04). A aplicação da metodologia de avaliação do risco nas 83 actividades estudadas permitiu verificar que, em cerca de dois terços (35%), o risco foi classificado como (pelo menos) elevado e, ainda, constatar que 70% dos laboratórios apresentou pelo menos 1 actividade com a classificação de risco elevado. Da aplicação dos dois métodos de avaliação ambiental e das informações obtidas para os dois referenciais de exposição pode concluir-se que o referencial mais adequado é a Concentração Máxima por estar associado ao modo de actuação do agente químico. Acresce, ainda, que um método de avaliação ambiental, como o Método 1, que permite o estudo das concentrações de formaldeído e simultaneamente a realização do registo da actividade, disponibiliza informações pertinentes para a intervenção preventiva da exposição por permitir identificar as actividades com a exposição mais elevada, bem como as variáveis que a condicionam. As peças anatómicas apresentaram-se como a principal fonte de contaminação ambiental por formaldeído neste contexto ocupacional. Aspecto de particular interesse, na medida que a actividade desenvolvida neste contexto ocupacional e, em particular na sala de entradas, é centrada no processamento das peças anatómicas. Dado não se perspectivar a curto prazo a eliminação do formaldeído, devido ao grande número de actividades que envolvem ainda a utilização da sua solução comercial (formol), pode concluir-se que a exposição a este agente neste contexto ocupacional específico é preocupante, carecendo de uma intervenção rápida com o objectivo de minimizar a exposição e prevenir os potenciais efeitos para a saúde dos trabalhadores expostos. ---------------- ABSTRACT - Exposure to formaldehyde is recognized as one of the most important risk factors present in anatomy and pathology laboratories from hospital settings. In this occupational setting, formaldehyde is used in solution, typically diluted to 10%, and is an inexpensive product. Because of that, is used in routine work in anatomy and pathology laboratories. The solution is applied as a fixative and preservative of biological material. Regarding formaldehyde health effects, local effects appear to have a more important role compared with systemic effects, due to his reactivity and rapid metabolism in skin, gastrointestinal tract and lungs cells. Likewise, lesions location correspond mainly to areas exposed to higher doses and toxic effects development depend more on external dose intensity than exposure duration. Human body formaldehyde effect more easily detectable is the irritating action, transient and reversible on eyes and upper respiratory tract (nasal and throat) membranes, which happen in general for frequent exposure to concentrations higher than 1 ppm. High doses are cytotoxic and can lead to degeneration, and also to mucous membranes and epithelia necrosis. With regard to carcinogenic effects, first assessment performed by International Agency for Research on Cancer in 1981, updated in 1982, 1987, 1995 and 2004, classified formaldehyde in Group 2A (probably carcinogenic). However, most recent evaluation in 2006, classifies formaldehyde carcinogenic (Group 1), based on evidence that exposure to this agent is likely to cause nasopharyngeal cancer in humans. This study principal objective was to characterize occupational exposure to formaldehyde in anatomy and pathology hospital laboratories, as well to describe formaldehyde environmental contamination phenomena and explore possible associations between variables. It was considered a sample of 10 hospital pathology laboratories, assessed exposure of three professional groups for comparison with two exposure metrics, and also knows ceiling concentrations in 83 activities. Were applied, simultaneously, two different environmental assessment methods: one method (Method 1) using direct reading equipment that perform measure by Photo Ionization Detection, with 11,7 eV lamps and, simultaneously, make activity description and film. This method provided data for ceiling concentrations for each activity study (TLV-C). In the other applied method (Method 2), air sampling and formaldehyde analysis were performed according to NIOSH method (2541). This method provided data average exposure concentration (TLV-TWA). Measuring and sampling strategies of each methods and exposure groups definition (Technicians, Pathologists and Assistants) was possible by information provided by activities (ergonomic) analysis. Several independent variables were studied, including temperature and relative humidity, formaldehyde solution used, ventilation conditions, and also anatomic pieces mean value processed per day in each laboratory. To register information about these variables was completed an Observation and Registration Grid. Three environmental contamination indicators were selected has dependent variables namely: mean value from concentrations exceeding 0,3 ppm in each laboratory, weighted average concentration obtained for each exposure group, as well each laboratory Time Regeneration Index. These indicators were calculated and determined through data obtained by the two environmental assessment methods. Based on Queensland University proposal, was also applied a methodology for assessing nasopharyngeal cancer risk in 83 activities studied in order to obtain risk levels (semi-quantitative estimation). For Severity level was considered available information in scientific literature that defines biological adverse events related to the chemical agent action mode, and associated with environment formaldehyde concentrations. For Probability level was used information provided by (ergonomic) work analysis that helped identifies activity frequency. Environmental assessment methods provide different results, but not contradictory, regarding formaldehyde occupational exposure evaluation. In the studied activities (n=83), about 93% of the values were above exposure limit value set for ceiling concentration in Portugal (VLE-CM = 0,3 ppm). "Macroscopic exam" was the most studied activity, and obtained the higher prevalence of results superior than 0,3 ppm (92,8%). The highest ceiling concentration mean value (2,04 ppm) was obtain in Technicians exposure group, but a result wider range was observed in Pathologists group (0,21 ppm to 5,02 ppm). Concerning Method 2, results from the three exposure groups, were all lower than limit value set by Occupational Safety and Health Administration (TLV-TWA=0,75ppm). There was a statistically significant association between anatomic pieces mean value processed by each laboratory per day, and two of the three environmental contamination indicators used, namely average concentrations exceeding 0,3 ppm (p=0,009) and Time Regeneration Index (p=0,001). Temperature was not statistically associated with any environmental contamination used indicators. Relative humidity had a statistically significant association only with one environmental contamination indicator, namely weighted average concentration, particularly with Pathologists group (p=0,02) and Technicians group (p=0,04). Risk assessment performed in the 83 studied activities showed that around two thirds (35%) were classified as (at least) high, and also noted that 70% of laboratories had at least 1 activity with high risk rating. The two environmental assessment methods application, as well information obtained from two exposure metrics, allowed to conclude that most appropriate exposure metric is ceiling concentration, because is associated with formaldehyde action mode. Moreover, an environmental method, like Method 1, which allows study formaldehyde concentrations and relates them with activity, provides relevant information for preventive information, since identifies the activity with higher exposure, as well variables that promote exposure. Anatomic pieces represent formaldehyde contamination main source in this occupational setting, and this is of particular interest because all activities are focused on anatomic pieces processing. Since there is no prospect, in short term, for formaldehyde use elimination due to large number of activities that still involve solution use, it can be concluded that exposure to this agent, in this particular occupational setting, is preoccupant, requiring an rapid intervention in order to minimize exposure and prevent potential health effects in exposed workers.

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