The Cornerstones of Modern Government Maps, Weights and Measures and Census in Liberal Portugal (19th century)

Thesis submitted for assessment with a view to obtaining the degree of Doctor in History and Civilisation from the European University Institute

Unsupervised classification of remote sensing images combining Self Organizing Maps and segmentation techniques

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Impacts of climate change scenarios on terrestrial productivity and biomass for energy in the Iberian Peninsula: assessment through the JSBACH model

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente, Perfil de Gestão e Sistemas Ambientais

Geodynamics of the eastern sector of the Arrábida chain (W Portugal)

N.º4, p.263-267

Transglutaminases do mosquito Anopheles gambiae: Caracterização genética, bioquímica e funcional durante a infecção por Plasmodium berghei

A malária constitui um problema de saúde pública, que tem vindo a agravar-se, sendo crescente a necessidade de estratégias renovadas para o seu controlo, como a interrupção do ciclo esporogónico. Deste modo, é essencial compreender as respostas imunológicas de Anopheles anti-Plasmodium. Demonstrou-se anteriormente, que a inibição de transglutaminases, enzimas que participam em vários processos biológicos ao catalisarem a formação de ligações covalentes entre péptidos, agrava a infecção em mosquitos pelo parasita. O presente trabalho tem por objectivo caracterizar as transglutaminases AGAP009098 e AGAP009100 de Anopheles gambiae. Os métodos utilizados para este efeito foram: a sequenciação de regiões dos genes AGAP009098 e AGAP009100; a clonagem molecular de fragmentos da região codificante do gene AGAP009098, usando o vector plasmídico pET–28a(+) e Escherichia coli como sistema de expressão; e PCR em Tempo Real para analisar a expressão relativa dos genes AGAP009098 e AGAP009100 nos diferentes os estádios de desenvolvimento. AGAP009098 é expressa ubiquamente e AGAP009100 a partir do estádio pupa. Estes resultados apontam para a conclusão de que AGAP009098 e AGAP009100 poderão desempenhar funções em processos biológicos relevantes, por exemplo na defesa imunitária, ou no desenvolvimento. Os péptidos recombinantes, obtidos a partir da clonagem com sucesso de fragmentos da região codificante do gene AGAP009098, constituem uma ferramenta importante para averiguar a função destas TGases, no futuro.

Suicide study : a psychological autopsy

RESUMO: O'suicídio'é'atualmente'um'problema'de'saúde'pública.'Estimarse'que'um'milhão'de'pessoas' morra'anualmente'devido'ao'suicídio.'De'acordo'com'diversas'agências'e'organizações'estimar 'que'ocorram'entre'20'a'40'tentativas'de'suicídio'por'cada'suicídio'consumado.'Os'custos'associados'ao'suicídio,'quer'humanos'quer'económicos'são'enormes'e'estendemrse'à'família,'emprego,'economia'e'finanças.'Os'números'oficiais'do'suicídio'em'Portugal'indicam'uma'taxa ligeiramente'acima'dos'10'por' cada'100'000'habitantes'mas' comportando' regiões'onde' são'observadas' taxas' muito' elevadas,' como' no' Sudoeste' de' Portugal' onde' se' observam particularmente taxas 3'vezes'acima'da'média'nacional.' Investigámos' o' fenómeno' com' os' objetivos' de' validar' a' técnica' de' autópsia' psicológica' em' contexto' comunitário' nunca' realizado' em' Portugal,' e' dar' um' contributo' para' uma' compreensão'mais'alargada'deste'problema'de'saúde'pública,'especialmente'nesta'região'de' Odemira.' A' autópsia' psicológica' consiste' em' reunir' detalhadamente' informação' sobre' a'personalidade' e' vida' de' alguém' que' morreu' em' circunstâncias' equívocas' (por' suicídio,' homicídio' ou' acidente)'recorrendo'ainda'a'registos'e'documentação,'bem'como'procedendo'a entrevistas' com' familiares,' colegas' ou' amigos.' Foi' feita' uma' adaptação' de' uma' entrevista' semirestruturada' para' o' efeito.' Foram' recrutados' 2' grupos' de' participantes:' um' grupo' de familiares de pessoas que cometeram'suicídio'(n=30)'e'um'grupo'de'familiares'de'pessoas'que morreram de causas' naturais' (n=24).' O' estudo' decorreu' em' 3' momentos' com' sessões' de' apresentação' (i),' sessões' de' preparação' (ii)' e' entrevistas' para' recolha' de' informação' e'monitorização.'' Os' principais' resultados'mostram' que' existiram' dificuldades' na' obtenção' da' informação' a'partir' dos' entrevistados,' a'maioria' dos' suicidas' eram'homens' acima' dos' 40' anos' de' idade,' afetados' por' lesões' graves' ou' doenças' graves' ' no' período' adulto' embora' apresentassem'condições' válidas' para' trabalhar,' reformados,' vivendo' em' família,' com' traços' de'personalidade' amargurados,' tristes' ou' pessimistas,' com' escassas' atividades' nos' tempos' de' lazer,' sem' problemas' somáticos' significativos' ou' perturbações'mentais' que' comunicaram' a intenção de morrer previamente'e'provenientes'de'famílias'sem'dificuldades'económicas'ou'relações'familiares'desadequadas.' Tendo'em'conta'a'literatura,'algumas'das'características'parecem'ser'muito'particulares'desta'população.'Aparentemente'o'suicídio'poderá'ter'implicações'genéticas'que'deveriam'ser'tidas'em'conta'em'futuras'investigações.' A'integração'da'saúde'mental'nos'cuidados'de'saúde'primários'afigurarse'urgente'tendo'em' conta' que' a' escassez' de' profissionais' de' saúde'mental' é' enorme' numa' parte' do' país' onde'ocorre' o'maior'número'de' suicídios.'Mudar'de'modelo'e'reorganizar'os' serviços'de' forma'a' poder' dar' uma' resposta' ao' défice' de' tratamento' de' saúde' mental' e' ter' em' conta' os' determinantes'sociais'da'saúde'para'fazer'face'ao'isolamento'é'fundamental.' ---------------ABSTRACT: Suicide' is,'nowadays,' a'public'health'problem.'A'million'dies' annually'by' suicide'worldwide.' According'to'several'agencies'and'organizations'an'estimation'of'20'to'40'suicide'attempts'is advanced for each complete' suicide. Associated'costs'to'suicide,'both'human'and'economic,'are' huge' and' spread' on' family,' jobs,' economy,' and' finances.' Official' available' figures' for' suicide' in' Portugal' indicate' a' rate' slightly' over' 10' for' each' 100' 000' inhabitants,' but' with'regions'where'one' can' actually' find'extremely'high' rates,' like' for' instance' in' the'Southwest' part' of' the' country,' where' are' regularly' found' rates' 3' times' higher,' when' compared' to'national'average.'' We' have' investigated' the' phenomenon' aiming' to' validate' the' technique' of' psychological'autopsy' in' a' community' context' never' explored' before' in' Portugal' and' to' contribute' for' a' wider' understanding' of' this' public' health' problem,' especially' in' this' region' of' Odemira.' Psychological'autopsy'consists'into'a'detailed'gathering'of'information'about'the'personality'and' life' of' someone' died' in' equivocal' circumstances' (suicide,' homicide,' accident),' registries and other'documentation'as'well'as'interviews'with'family'members,'corworkers'and'friends.' An' adaptation' of' a' semirstructured' interview' was' made.' Two' groups' of' participants' were'recruited: a'group of'relatives'of'people'committing'suicide'(n=30),'and'a'group'of'relatives'of'people' whose' death' was' after' natural' causes' (n=24).' Study' was'made' in' 3'moments' with'presentation'sessions;'(i)'preparation'sessions;'(ii)'interviewing'data'collection'and'monitoring' iii).'' Main'results'showed'difficulties'to'obtain'information'from'interviewees,'most'suicides'were' from males over 40 years old, affected'by'serious'illness'or'severe'injury'in'adulthood'but'valid'to'work,'retired,'living'in'family,'with'bitterness,'sad'or'pessimistic'as'personality'traits,'with'few' leisure' activities,' without' significant' health' somatic' problems' or' mental' disorders,'communicating'intention'to'die'previously,'coming'from'families'with'no'indication'of'financial'distress'or'inadequate'family'relationship.' Taking'into'account'the'literature'it'looks'like'some'features'seem'to'be'quiet'particular'from'this'population.'Apparently'one'might'say'that'suicide'could'have'genetic'implications'which'further'research'should'account'in'the'future.' Integration' of'mental' health' into' primary' care' is' urgent' once' the' scarcity' of'mental' health' professionals' is' enormous' in' a' part' of' the' country' where' most' suicides' occur.' Scaling' up services must go in order'to'address'to'treatment'gap'and'social'determinants'of'health'should'be'taken'into'account'to'face'isolation.' Results' show' that' the' profile' of' the' suicidal' in' the' region' of' Odemira' is' particular' and'implications' of' genetics' should' be' taken' into' account.' Moreover' much' can' be' done' in'organization' of' services' in' the' region' where' we' performed' the' present' study' in' order' to'address'to'treatment'gap'for'mental'disorders'and'to'the'social'determinants'of'health.

A Classificação Internacional de Funcionalidade, Incapacidade e Saúde : um modelo multidimensional e multideterminado da funcionalidade em idosos assistidos na Rede

RESUMO: Os estudos sobre a funcionalidade da população idosa têm uma representação importante naquilo que é o atual conhecimento da demografia do mundo. Portugal posiciona-se e perspetiva-se como pertencendo aos países mais envelhecidos, possuindo uma rede de cuidados pós-agudos – a Rede Nacional de Cuidados Continuados Integrados (RNCCI)– que assiste uma parcela importante dessa população. Os aspetos conceptuais da funcionalidade de acordo com a OMS e operacionalizados pela Classificação Internacional de Funcionalidade (CIF), não mereceram até agora suficiente aplicabilidade no nosso país, inviabilizando a possibilidade de oferecermos contributos para a sua operacionalização. Da mesma forma, também os Core Sets da Classificação não têm sido sujeitos a processos de validação que contemplem amostras portuguesas, mantendo-se desconhecimento da especificidade dos fatores contextuais na nossa população. O presente estudo tem como objetivos conhecer a evolução da funcionalidade dos idosos assistidos na RNCCI na região do Algarve nas unidades de convalescença e média duração, validar o Core Set Geriátrico da OMS e propor uma versão abreviada da sua modalidade abrangente, no contexto destes cuidados. A amostra constituída por 451 idosos, dos quais 62,1% eram mulheres, revelou na pré-morbilidade níveis favoráveis de funcionalidade, com exceção para as Atividades Domésticas. Contudo, os mais idosos (≥ 85 anos), os indivíduos sem escolaridade, as mulheres e os viúvos/solteiros apresentaram mais casos desfavoráveis quando comparados com os seus pares. Na evolução da funcionalidade observámos melhorias significativas em todos os domínios avaliados, com diferenças relativamente à idade e à escolaridade; apesar dos resultados positivos os mais idosos e os indivíduos sem escolaridade apresentaram níveis inferiores de evolução. No entanto, a funcionalidade alcançada revelou ficar com resultados significativamente inferiores na comparação com aquela que os indivíduos possuíam na pré-morbilidade. Os modelos de regressão revelaram que as Funções Mentais, a Perceção do Estado de Saúde e a atividade Usar o Telefone, foram as variáveis que melhor explicaram os outcomes da funcionalidade alcançada. A validação do Core Set Geriátrico foi possível na maioria das categorias, sendo que foi no componente das Funções do Corpo onde esse processo revelou maior fragilidade. As Funções Neuromusculoesqueléticas e Relacionadas com o Movimento foram aquelas que registaram em ambos os momentos avaliativos frequências mais elevadas de deficiência, enquanto no componente Atividades & Participação isso ocorreu na atividade Utilização dos Movimentos Finos da Mão. Os capítulos Apoios e Relacionamentos e Atitudes foram considerados os Fatores Ambientais mais Facilitadores mas também com maior impacto Barreira. A proposta para o Core Set Geriátrico Abreviado resultou das categorias independentes que explicaram os modelos da funcionalidade alcançada e cujo resultado engloba um conjunto de 27 categorias, com um enfoque importante no componente Atividades/Participação de onde se destacam os domínios da Mobilidade e dos Auto Cuidados. A funcionalidade dos indivíduos e das populações deve ser considerada uma variável incontornável da Saúde Pública, cuja avaliação deve refletir uma abordagem biopsicossocial, apoiada na Classificação Internacional de Funcionalidade. A operacionalização da Classificação a partir dos Core Sets necessita de pesquisa mais aprofundada relativamente às caraterísticas psicométricas dos seus qualificadores e dos seus processos de validação.-----------ABSTRACT: The studies about the functioning of the elderly play an important role on what the present knowledge of the demography in the world is. Portugal figures high on the most aged countries, having a network of post-acute care - the National Network of Integrated Continuous Care (RNCCI) - which assists a large part of that population. The conceptual aspects of functioning according to WHO and operated by the International Classification of Functioning (ICF), have been insufficiently addressed concerning its adequate applicability in our country, hindering the contributions of its operation. In the same way, also the Core Sets of the Classification have not been subjected to validation procedures that include portuguese samples, keeping the unawareness of specificity of the contextual factors in our population. The objectives of the present study were to know the evolution of the functioning of the elderly assisted in the RNCCI in the Algarve region in units of convalescence and average duration, validate the WHO Geriatric Core Set and propose an abridged version of this comprehensive core set in this healthcare context. The sample was composed by 451 elderly people, of which 62.1% were women, they showed favourable levels in functioning in the pre-morbid state, except for Domestic Activities. However, the oldest (≥ 85 years), the individuals with no education, women and widowed/ unmarried showed more unfavourable cases when compared to their peers. In the evolution of functioning we observed significant improvements in all domains assessed, with diferences with respect to age and education. In spite of positive results, the oldest and the individuals with no education showed lower levels of evolution. However, the functioning achieved showed significantly lower results when compared to the those observed in pre-morbidity state. Regression models reveal that Mental Functions, the Perceived Health Status and the Use of the Phone activity, were the variables that better explain the functioning of the outcomes achieved. The validation of the Geriatric Core Set of ICF was possible in most categories, and Body Functions was the component where this process showed greatest weakness. Neuromusculoskeletal and Movement-Related Functions experienced in both evaluation times with higher rates of disability, while in the Activities & Participation component this occurred in the Fine Hand Use activity. The Support and Relationships and Attitudes chapters were considered the Environmental Factors most Facilitators but also with greater impact Barrier. The proposal for the Brief Geriatric Core Set has resulted from the independent categories that explained the regression models of functioning and includes a set of 27 categories, with na important emphasis on Activities & Participation component where we can highlight the areas of Mobility and Self Care domains. The functioning of individuals and populations should be considered as an unavoidable variable of Public Health, of which the assessment should reflect a biopsychosocial approach, based on the International Classification of Functioning. The operationalization of the Classification from the Core Sets requires further research regarding the psychometric characteristics of their qualifiers and their validation procedure.

Mortalidade por neoplasias malignas na população residente próximo de minas de urânio em Portugal : Epidemiologia

RESUMO - Introdução: O encerramento das minas de urânio em Portugal tem suscitado preocupação no que respeita aos eventuais efeitos que as radiações emitidas e os agentes químicos presentes terão na saúde das populações. Para esclarecer a existência de tal efeito foi delineado um programa de investigação em que o presente estudo se enquadra. Sendo conhecido que as populações expostas a minas de urânio, nomeadamente os mineiros, têm risco acrescido de sofrer de neoplasias, especialmente de «neoplasias da traqueia, dos brônquios e do pulmão», foi este o grupo de neoplasias seleccionado para constituir a hipótese principal do estudo. Assim, o estudo pretendeu verificar se existe associação entre exposição a minas de urânio e suas escombreiras (especialmente à mina da Urgeiriça, no concelho de Nelas) e a mortalidade por alguns grupos de neoplasias malignas, nomeadamente as «neoplasias malignas da traqueia, dos brônquios e do pulmão». Material e métodos: Trata-se de um estudo «ecológico» em que se consideraram «expostos» os residentes no concelho de Nelas, bem como no conjunto de concelhos com minas de urânio, e «não expostos» os residentes nos restantes concelhos das NUTS Dão-Lafões e Beira Interior Norte e Serra da Estrela. A análise centrou-se no cálculo, para cada concelho ou grupo de concelhos, das razões padronizadas de mortalidade (RPM) por «neoplasias malignas da traqueia, dos brônquios e do pulmão», por «neoplasia maligna do estômago» e por «todas as neoplasias malignas » no período de vinte anos compreendido entre 1980 e 1999. Resultados: Tomando os dois sexos em conjunto, o concelho de Nelas teve a RPM mais elevada para as «neoplasias malignas da traqueia, dos brônquios e do pulmão» (RPM = 133; p = 0,003). Teve também o valor mais elevado no sexo masculino (RPM = 126, não significativo) e o segundo mais elevado no sexo feminino (RPM = 142, não significativo). A razão das RPM concelho de Nelas/concelhos limítrofes de Nelas foi 1,46, p = 0,002 (homens: 1,50 p = 0,003; mulheres: 1,27, não significativo). As razões das RPM concelho de Nelas/concelhos com minas (1,94, p = 0,001) e concelho de Nelas/concelhos sem minas (1,57, p = 0,001) foram claramente superiores a 1. Pelo contrário, as RPM por «neoplasia maligna do estômago » foram sobretudo elevadas nos concelhos da NUTS Beira Interior Norte, que inclui grande parte do distrito da Guarda, (Trancoso: 154, p = 0,000; Sabugal: 146, p = 0,000), embora se tenham observado valores elevados em alguns concelhos da NUTS Dão-Lafões (Vila Nova de Paiva: 154, p = 0,001). Saliente-se que os dois valores mais baixos ocorreram nos concelhos de Tábua (RPM = 57; p = 0,000) e de Nelas (RPM = 60; p = 0,000). Para o conjunto de «todas as neoplasias malignas» as RPM dos vários concelhos variaram entre 62 e 100 sem que a distribuição desses valores sugerisse qualquer associação positiva relevante. Discussão: Os resultados mostraram que a população do concelho de Nelas teve, no período estudado, um risco acrescido de morrer por «neoplasias malignas da traqueia, dos brônquios e do pulmão» quando comparado com a dos concelhos limítrofes e restantes concelhos das NUTS estudadas. A existência da mina da Urgeiriça e da sua escombreira é uma possível causa desse excesso de mortalidade. Ele poderá ter sido gerado, por um lado, através da existência de uma percentagem elevada de ex-mineiros, bem como, por outro lado, através de uma exposição ambiental geral, facto este que é sustentado pela ocorrência de excesso de mortalidade tanto em homens como em mulheres. O excesso de mortalidade por aquele grupo de neoplasias pode ainda ter origem noutras exposições cujo potencial papel é discutido.

Contributions towards smart cities : exploring block level census data for the characterization of change in Lisbon

The interest in using information to improve the quality of living in large urban areas and its governance efficiency has been around for decades. Nevertheless, the improvements in Information and Communications Technology has sparked a new dynamic in academic research, usually under the umbrella term of Smart Cities. This concept of Smart City can probably be translated, in a simplified version, into cities that are lived, managed and developed in an information-saturated environment. While it makes perfect sense and we can easily foresee the benefits of such a concept, presently there are still several significant challenges that need to be tackled before we can materialize this vision. In this work we aim at providing a small contribution in this direction, which maximizes the relevancy of the available information resources. One of the most detailed and geographically relevant information resource available, for the study of cities, is the census, more specifically the data available at block level (Subsecção Estatística). In this work, we use Self-Organizing Maps (SOM) and the variant Geo-SOM to explore the block level data from the Portuguese census of Lisbon city, for the years of 2001 and 2011. We focus on gauging change, proposing ways that allow the comparison of the two time periods, which have two different underlying geographical bases. We proceed with the analysis of the data using different SOM variants, aiming at producing a two-fold portrait: one, of the evolution of Lisbon during the first decade of the XXI century, another, of how the census dataset and SOM’s can be used to produce an informational framework for the study of cities.