Ankylosing spondylitis: genomic and functional characterization of candidate genes and their repercussion in clinical practice

RESUMO: Introdução: A espondilite anquilosante (EA) é uma doença inflamatória crónica caracterizada pela inflamação das articulações sacroilíacas e da coluna. A anquilose progressiva motiva uma deterioração gradual da função física e da qualidade de vida. O diagnóstico e o tratamento precoces podem contribuir para um melhor prognóstico. Neste contexto, a identificação de biomarcadores, assume-se como sendo muito útil para a prática clínica e representa hoje um grande desafio para a comunidade científica. Objetivos: Este estudo teve como objetivos: 1 - caracterizar a EA em Portugal; 2 - investigar possíveis associações entre genes, MHC e não-MHC, com a suscetibilidade e as características fenotípicas da EA; 3 - identificar genes candidatos associados a EA através da tecnologia de microarray. Material e Métodos: Foram recrutados doentes com EA, de acordo com os critérios modificados de Nova Iorque, nas consultas de Reumatologia dos diferentes hospitais participantes. Colecionaram-se dados demográficos, clínicos e radiológicos e colhidas amostras de sangue periférico. Selecionaram-se de forma aleatória, doentes HLA-B27 positivos, os quais foram tipados em termos de HLA classe I e II por PCR-rSSOP. Os haplótipos HLA estendidos foram estimados pelo algoritmo Expectation Maximization com recurso ao software Arlequin v3.11. As variantes alélicas dos genes IL23R, ERAP1 e ANKH foram estudadas através de ensaios de discriminação alélica TaqMan. A análise de associação foi realizada utilizando testes da Cochrane-Armitage e de regressão linear, tal como implementado pelo PLINK, para variáveis qualitativas e quantitativas, respetivamente. O estudo de expressão génica foi realizado por Illumina HT-12 Whole-Genome Expression BeadChips. Os genes candidatos foram validados usando qPCR-based TaqMan Low Density Arrays (TLDAs). Resultados: Foram incluídos 369 doentes (62,3% do sexo masculino, com idade média de 45,4 ± 13,2 anos, duração média da doença de 11,4 ± 10,5 anos). No momento da avaliação, 49,9% tinham doença axial, 2,4% periférica, 40,9% mista e 7,1% entesopática. A uveíte anterior aguda (33,6%) foi a manifestação extra-articular mais comum. Foram positivos para o HLA-B27, 80,3% dos doentes. Os haplótipo A*02/B*27/Cw*02/DRB1*01/DQB1*05 parece conferir suscetibilidade para a EA, e o A*02/B*27/Cw*01/DRB1*08/DQB1*04 parece conferir proteção em termos de atividade, repercussão funcional e radiológica da doença. Três variantes (2 para IL23R e 1 para ERAP1) mostraram significativa associação com a doença, confirmando a associação destes genes com a EA na população Portuguesa. O mesmo não se verificou com as variantes estudadas do ANKH. Não se verificou associação entre as variantes génicas não-MHC e as manifestações clínicas da EA. Foi identificado um perfil de expressão génica para a EA, tendo sido validados catorze genes - alguns têm um papel bem documentado em termos de inflamação, outros no metabolismo da cartilagem e do osso. Conclusões: Foi estabelecido um perfil demográfico e clínico dos doentes com EA em Portugal. A identificação de variantes génicas e de um perfil de expressão contribuem para uma melhor compreensão da sua fisiopatologia e podem ser úteis para estabelecer modelos com relevância em termos de diagnóstico, prognóstico e orientação terapêutica dos doentes. -----------ABSTRACT: Background: Ankylosing Spondylitis (AS) is a chronic inflammatory disorder characterized by inflammation in the spine and sacroiliac joints leading to progressive joint ankylosis and in progressive deterioration of physical function and quality of life. An early diagnosis and early therapy may contribute to a better prognosis. The identification of biomarkers would be helpful and represents a great challenge for the scientific community. Objectives: The present study had the following aims: 1- to characterize the pattern of AS in Portuguese patients; 2- to investigate MHC and non-MHC gene associations with susceptibility and phenotypic features of AS and; 3- to identify candidate genes associated with AS by means of whole-genome microarray. Material and Methods: AS was defined in accordance to the modified New York criteria and AS cases were recruited from hospital outcares patient clinics. Demographic and clinical data were recorded and blood samples collected. A random group of HLA-B27 positive patients and controls were selected and typed for HLA class I and II by PCR-rSSOP. The extended HLA haplotypes were estimated by Expectation Maximization Algorithm using Arlequin v3.11 software. Genotyping of IL23R, ERAP1 and ANKH allelic variants was carried out with TaqMan allelic discrimination assays. Association analysis was performed using the Cochrane-Armitage and linear regression tests as implemented in PLINK, for dichotomous and quantitative variables, respectively. Gene expression profile was carried out using Illumina HT-12 Whole-Genome Expression BeadChips and candidate genes were validated using qPCR-based TaqMan Low Density Arrays (TLDAs). Results: A total of 369 patients (62.3% male; mean age 45.4±13.2 years; mean disease duration 11.4±10.5 years), were included. Regarding clinical disease pattern, at the time of assessment, 49.9% had axial disease, 2.4% peripheral disease, 40.9% mixed disease and 7.1% isolated enthesopathic disease. Acute anterior uveitis (33.6%) was the most common extra-articular manifestation. 80.3% of AS patients were HLA-B27 positive. The haplotype A*02/B*27/Cw*02/DRB1*01/DQB1*05 seems to confer susceptibility to AS, whereas A*02/B*27/Cw*01/DRB1*08/DQB1*04 seems to provide protection in terms of disease activity, functional and radiological repercussion. Three markers (two for IL23R and one for ERAP1) showed significant single-locus disease associations. Association of these genes with AS in the Portuguese population was confirmed, whereas ANKH markers studied did not show an association with AS. No association was seen between non-MHC genes and clinical manifestations of AS. A gene expression signature for AS was established; among the fourteen validated genes, a number of them have a well-documented inflammatory role or in modulation of cartilage and bone metabolism. Conclusions: A demographic and clinical profile of patients with AS in Portugal was established. Identification of genetic variants of target genes as well as gene expression signatures could provide a better understanding of AS pathophysiology and could be useful to establish models with relevance in terms of susceptibility, prognosis, and potential therapeutic guidance.

Antropologia Funerária e Paleobiologia das Populações Pós-Medievais Portuguesas: Os Casos de Nossa Senhora da Anunciada e Espírito Santo

As desigualdades sociais na saúde constituem a problemática abordada nesta dissertação, tendo sido escolhidas para explorar esta questão duas séries esqueléticas – igreja de Nossa Senhora da Anunciada (Setúbal) e capela do Espírito Santo (Loures) – cronologicamente enquadradas no período pós-medieval, entre os séculos XVI e XIX, e cujos indivíduos apresentavam estatutos socioeconómicos diferenciados. Na concretização deste objectivo foi realizada uma primeira abordagem que incidiu no estudo integral – contexto funerário e Paleobiologia – das respectivas séries. Do manancial de resultados obtidos foram seleccionados e explorados na segunda abordagem indicadores de estatuto social e de estatuto biológico (ou esqueléticos de stress fisiológico) capazes de responder à problemática enunciada, procurando demonstrar-se que as desigualdades sociais podem actuar sobre factores fundamentais ao desenvolvimento normal e saúde dos indivíduos, manifestando-se, consequentemente, de forma diferencial entre indivíduos de estatutos socioeconómicos contrastantes. A caracterização geral do contexto funerário revelou que no interior da igreja de N. Sra. da Anunciada, localizada no bairro do Troino, habitado por um segmento da população socialmente mais desfavorecido, registaram-se 93 inumações primárias e 155 secundárias, as quais foram realizadas em covas abertas no subsolo e revelando a quase ausência de espólio votivo e de caixão. Por outro lado, na capela do Espírito Santo foram exumadas 46 inumações primárias e 30 secundárias que foram exclusivamente encontradas em criptas, tendo os indivíduos sido inumados em caixão e identificando-se, igualmente, a presença de espólio votivo associado. A documentação histórica refere o nome de mecenas e benfeitores do respectivo convento com direito a sepultura na sua capela. Na caracterização paleobiológica geral foram revelados os perfis biológicos básicos, tendo sido identificados indivíduos de ambos os sexos e diferentes classes etárias, constatando-se em ambas séries esqueléticas a predominância de indivíduos do sexo feminino. A análise morfológica evidenciou os caracteres discretos e métricos, bem como a estatura dos indivíduos, sendo esta última, igualmente, referida no estudo das desigualdades sociais. Por fim, o estudo paleopatológico revelou a presença de diversas alterações dentárias e ósseas, incluindo condições enquadradas nos indicadores esqueléticos de stress fisiológico. Na segunda abordagem que se centrou no objectivo específico desta investigação, os indicadores de estatuto social – local de inumação, caixão e espólio votivo – mostraram uma associação dos indivíduos com o seu estatuto socioeconómico clara e inequívoca, enquanto os indicadores esqueléticos de stress fisiológico – crescimento, estatura, cáries, perda de dentes ante mortem, hiperostose porótica, cribra orbitalia, hipoplasias lineares do esmalte dentário, formação de osso novo bilateral nas tíbias, fracturas, osteoartrose, discartrose, alterações nas áreas das enteses e DISH – revelaram que a sua interpretação é muito complexa. Concluiu-se que a interpretação das desigualdades sociais na saúde com base em indicadores de estatuto biológico deve ser prudente, já que não é evidente uma associação ii directa com o estatuto socioeconómico dos indivíduos. Esta investigação corroborou a informação histórica e arqueológica que permite aludir ao estatuto socioeconómico dos indivíduos destas séries esqueléticas, mas a associação deste estatuto a uma saúde diferenciada entre grupos revelou-se inconclusiva.

O vestuário no cinema: percursos de análise em filmes portugueses de etnoficção

A presente tese enfrenta o tema do documentário e da ficção no cinema de etnoficção português pondo ao centro deste binómio o vestuário como fenómeno, ora votado a explicitar a verosimilhança das sequencias, ora ferramenta para criar uma simulação da realidade. Tratamos o termo etnoficção como se fosse um género cinematográfico e escolhemos, como exemplo de analise, 3 trilogias do cinema português. Tratamos o vestuário de acordo com os novos conceitos do corpo revestido que veem da Fashion Theory e nossas bases teóricas serão Simmel e Bogatyrev, Barthes e Calefato, entre outros. Analisar o vestuário de filmes por género ajuda por um lado na criação de uma primeira definição de todo este tipo de vestuário e por outro a compreender a sua importância dentro de uma obra fílmica. As partes teóricas sobre Fashion Theory e sobre o conceito de etno-ficção serão depois aplicadas aos filmes escolhidos, tentando ampliar os conhecimentos através da introdução de outros autores que se debruçaram sobre os dois assuntos, ao fim de unificar os dois conceitos, do corpo revestido e da etno-ficção, num só, de vestuário cinematográfico. Filmes analisados. Trilogia do Mar, de Leitão de Barros: Nazaré, praia de pescadores (1927), Maria do Mar (1929), Ala arriba! (1942); Trilogia de Trás-os-Montes, de António Reis e Margarina Cordeiro: Trás-os-Montes (1976), Ana (1984), Rosa de areia (1989); Trilogia das Fontainhas, de Pedro Costa: Ossos (1997), O quarto da Vanda (2000), Juventude em marcha (2006).