Dynamic and interaction of cytochrome c with Pf1 virus

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em BioOrgânica

Strategies of the African swine fever virus to manipulate innate immunity

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

Expressão em Escherichia coli de antigénios do Cell fusing agent virus (Flaviviridae: Flavivirus) como proteína de fusão

RESUMO: O Cell Fusing Agent Vírus (CFAV), considerado como o primeiro “flavivírus específicos de insectos” (ISF), parece estar exclusivamente adaptado aos seus hospedeiros, não replicando em células de vertebrados. Apesar de ter sido identificado há mais de três décadas (1975), a verdade é que muito pouco se conhece sobre a sua biologia. Dado o seu parentesco filogenético com alguns outros flavivírus encontrados naturalmente em mosquitos de diferentes géneros colhidos em diferentes regiões do globo, este vírus poderá ser usado como modelo para o estudo de ISF. No entanto, necessitam do desenvolvimento de ferramentas básicas, tais como clones moleculares ou baterias de soros contendo anticorpos que reconheçam uma ou mais proteínas codificadas pelo genoma viral, produzidas, por exemplo, a partir de antigénios virais produzidos de forma recombinante. Com este trabalho pretendeu-se a optimização de protocolos que permitiram a expressão e purificação parcial de quatro proteínas [duas proteínas estruturais (C e E) e duas não estruturais (NS3hel e NS5B)] do CFAV em E. coli, todas elas produzidas como proteínas de fusão com “caudas” (tags) de hexahistidina nos seus extremos carboxilo. Para a expansão do CFAV foram utilizadas células Aedes albopictus (C6/36). Após a realização da extracção do RNA viral e a obtenção de cDNA, procedeu-se amplificação, por RT-PCR, das regiões codificantes das proteínas C, E, NS3hel e NS5B, utilizando primers específicos. Os quatro fragmentos de DNA foram independentemente inseridos no vector pJTE1.2/blunt usando E. coli NovaBlue como hospedeira de clonagem e, posteriormente, inseridos em vectores de expressão pET-28b e pET-29b usando E. coli BL21(DE3)pLysS e Rosetta(DE3)pLysS como hospedeiras de expressão. Após da indução, expressão e purificação das proteínas recombinantes C, E, NS3hel e NS5B, foi confirmada a autenticidade destas proteínas produzidas através do método Western Blot com um anticorpo anti-histidina. --------- ABSTRACT: The Cell Fusing Agent virus (CFAV) considered as the first "insect- specific flavivirus" (ISF) and seems to be uniquely adapted to their hosts, not replicating in vertebrate cells. Although it has been known for more than three decades (1975), the truth is very little is known about its biology. Given its close phylogenetic relationship with other flavivirus naturally circulating in various genera of mosquitoes collected from different regions of the globe, this virus could be used as a model for the study of ISF. However, such studies require the development of experimental basic tools, such as molecular clones or serum batteries containing antibodies that recognize one or more proteins encoded by the viral genome, produced, for example, from viral antigens recombinant produced. In this work, we carried out the optimization of protocols that allowed the expression and partial purification of four proteins [two structural proteins (C and E) and two nonstructural proteins (NS3hel and NS5B)] CFAV in E. coli as fusion protein for c-terminal hexahistidine tags. For the expansion of the CFAV we used Aedes albopictus (C6/36) cells. After completion of the viral RNA extraction and cDNA obtained, amplification of the coding regions of the C, E, NS5B and NS3hel proteins was carried out by RT-PCR using specific primers. The four DNA fragments were independently inserted into the vector pJTE1.2/blunt using E. coli NovaBlue as cloning host and then inserted into expression vectors pET-28b and pET-29b using E. coli BL21(DE3)pLysS and Rosetta(DE3)pLysS as expression host. After induction, expression and purification of recombinant C, E, NS3hel and NS5B proteins Western Blot analyses with an anti-histidine antibody confirmed the authenticity of these proteins produced.

Integrated functional genomics for improved manufacture of recombinant enveloped virus

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Engineering and Technology Sciences-Biotechnology

Estudo da distribuição das espécies invasoras Hydrangea macrophylla e Agapanthus praecox nas estradas, levadas e veredas no Parque Natural da Madeira, com vista ao seu controlo

A elaboração desta Dissertação tem como fator relevante a presença de duas espécies exóticas, com caráter invasor, dentro do limite do Parque Natural da Madeira, área protegida que inclui o Património da Humanidade (UNESCO), a Floresta Laurissilva. Foram efetuados levantamentos de campo para o estudo da distribuição de Agapanthus praecox e Hydrangea macrophylla, espécies exóticas invasoras, ao longo de diferentes percursos e determinação dos parâmetros do meio propiciadores à sua dispersão e expansão. Estes levantamentos foram efetuados nos três concelhos em que a presença da Floresta Laurissilva é mais significativa (Porto Moniz, São Vicente e Santana), estando todos eles localizados no Norte da ilha da Madeira. A presença destas espécies em zonas protegidas pode ter impactes extremamente negativos, podendo colocar em risco a sobrevivência das espécies nativas, algumas delas extremamente raras. Desta forma, os levantamentos foram efetuados em estradas, veredas e levadas, de modo a determinar a localização dos núcleos destas invasoras e posteriormente elaborar mapas que permitam, num Sistema de Informação Geográfica, explicar a distribuição, em conjunto com parâmetros ambientais. Estas espécies deverão ter sido introduzidas intencionalmente, dada a localização dos núcleos estar frequentemente próxima de habitações ou de locais com forte influência humana, com atividades como a agricultura e o pastoreio. Este estudo revela uma presença mais significativa da espécie Agapanthus praecox, em relação à espécie Hydrangea macrohylla, notando-se que as zonas consideradas como reservas naturais ou áreas protegidas não se encontram tão afetadas. Foi estudada a relação entre a radiação, altitude, declive, precipitação média anual e temperatura e a distribuição das espécies invasoras em estudo, mas não foi detetado nenhum padrão, pelo que os resultados se revelaram inconclusivos. No entanto, estes dados ambientais não possuíam uma resolução tão fina com a dos dados de campo, pelo que no futuro será de explorar estas relações mas com dados ambientais a uma maior escala. O plano de gestão apresentado para o controlo das espécies invasoras poderá servir de guia para que as ações a desenvolver sejam atempadas, de modo a evitar atuar apenas quando a situação já se encontra descontrolada.