Biodiversity of cyanobacteria and green algae on monuments in the Mediterranean Basin: an overview

Microbiology (2009), 155, 3476–3490

Primary bioreceptivity of limestones from the mediterranean basin to phototrophic microorganisms

Dissertação apresentada para a obtenção do grau de Doutor em Conservação e Restauro pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Reproducing stone monument photosynthetic-based colonization under laboratory conditions

Science of the total environment 405(2008) 278-285

Anatase as an alternative application for preventing biodeterioration of mortars: evaluation and comparison with other biocides

International Biodeterioration & Biodegradation 64(2010)388 e 396

Proteínas recombinantes de Plasmodium Falciparum para deteção de malária por nanoimunoensaios

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia

Modulation of α-synuclein aggregation and toxicity

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Nanoimunoensaios para a detecção de antigénios da malária em amostras clínicas

Sendo a malária uma doença infecciosa que põe em risco uma elevada percentagem da população mundial, a presente dissertação apresenta o desenvolvimento de um teste de diagnóstico rápido (RDT) para a detecção da infecção. Para a detecção dos antigénios de Plasmodium falciparum (Pf), parasita da malária, foram estudadas nanopartículas de ouro (AuNPs) com dois diâmetros médios diferentes, 17nm e 48nm, funcionalizadas e conjugadas com anticorpos específicos, formando os bionanoconjugados. Este trabalho abrange dois focos de investigação, interligados, de forma a atingir-se o objectivo prosposto: i) Caracterização físico-quimica das AuNPs e dos bionanoconjugados em solução, usando a espectrocopia de UV-Visível, variando a força iónica e o pH do meio. A compreensão do comportamento e estabilidade das partículas consoante o seu diâmetro e revestimento tem em vista o melhoramento do RDT, tanto em sensibilidade como em custo; ii) Desenvolvimento do RDT usando um método que envolve uma ligação competitiva entre o antigénio e o anticorpo específico imobilizado à superfície das AuNPs. Os antigénios correspondem a biomarcadores da presença de Pf: Heat Shock Protein 70 (PfHsp70) e Histidine Rich Protein II (PfHRPII). Como superfícies para o desenvolvimento do RDT foram usados a nitrocelulose e o papel de filtro. Quanto maior é o diâmetro das AuNPs, maior é a estabilidade apresentada em solução quando aumentada a força iónica. Quando é variado o valor de pH do meio, as partículas adoptam um comportamento dependente do seu revestimento, independente do diâmetro. Os bionanoconjugados formados com AuNPs de ambos os diâmetros revelaram-se muito estáveis em solução, numa gama de forças iónicas de 0 a 0,5M de cloreto de sódio, e de pH de 2 a 7. Uma vez que a proteína Hsp70 é produzida constitutivamente em diversas células humanas, é necessário trabalhar com proteínas específicas da infecção, que nesta dissertação foi a PfHRPII. Foram efectuados testes no suporte de nitrocelulose que provaram o reconhecimento da PfHRPII pelos bionanoconjugados AuNPs-MUA-anti-PfHRPII. Estes ensaios necessitam ainda de algumas optimizações. Ensaios de Western-Blot permitiram a identificação da presença da PfHRPII em culturas infectadas, bem como a confirmação da sua ligação ao anticorpo específico, anti-PfHRPII. Um novo método de revelação é introduzido nesta técnica, efectuado através do uso dos bionanoconjugados. Este método mostrou-se promissor na medida em que é rápido, específico e de baixo custo. O principal contributo do trabalho consistiu no desenvolvimento, com sucesso, de um RDT para diagnóstico de malária, usando o antigénio PfHsp70, tendo como base a detecção colorimétrica com AuNPs de 17nm de diâmetro. Usando uma tira de nitrocelulose foi estabelecido um limite de detecção correspondente a 1600parasitas/μL, valor este considerado válido pela OMS para um correcto diagnóstico de malária. O limite de detecção obtido para as AuNPs de 48nm foi superior, não tendo trazido melhorias para o teste desenvolvido com AuNPs de menor diâmetro.

Biological colonization on majolica glazed tiles: biodeterioration, bioreceptivity and mitigation strategies

The impact of microbial activity on the deterioration of cultural heritage is a well-recognized global problem. Glazed wall tiles constitute an important part of the worldwide cultural heritage. When exposed outdoors, biological colonization and consequently biodeterioration may occur. Few studies have dealt with this issue, as shown in the literature review on biodiversity, biodeterioration and bioreceptivity of architectural ceramic materials. Due to the lack of knowledge on the biodeteriogens affecting these assets, the characterization of microbial communities growing on Portuguese majolica glazed tiles, from Pena National Palace (Sintra, Portugal) and another from Casa da Pesca (Oeiras, Portugal) was carried out by culture and molecular biology techniques. Microbial communities were composed of microalgae, cyanobacteria, bacteria and fungi, including a new fungal species (Devriesia imbrexigena) described for the first time. Laboratory-based colonization experiments were performed to assess the biodeterioration patterns and bioreceptivity of glazed wall tiles produced in laboratory. Microorganisms previously identified on glazed tiles were inoculated on pristine and artificially aged tile models and incubated under laboratory conditions for 12 months. Phototrophic microorganisms were able to grow into glaze fissures and the tested fungus was able to form oxalates over the glaze. The bioreceptivity of artificially aged tiles was higher for phototrophic microorganisms than pristine tile models. A preliminary approach on mitigation strategies based on in situ application of commercial biocides and titanium dioxide (TiO2) nanoparticles on glazed tiles demonstrated that commercial biocides did not provide long term protection. In contrast, TiO2 treatment caused biofilm detachment. In addition, the use of TiO2 thin films on glazed wall tiles as a protective coating to prevent biological colonization was analysed under laboratorial conditions. Finally, conservation notes on tiles exposed to biological colonization were presented.

Improvement of a photoautotrophic chassis robustness for synthetic biology applications

Cyanobacteria are photoautotrophic microorganisms with great potential for the biotechnological industry due to their low nutrient requirements, photosynthetic capacities and metabolic plasticity. In biotechnology, the energy sector is one of the main targets for their utilization, especially to produce the so called third generation biofuels, which are regarded as one of the best replacements for petroleum-based fuels. Although, several issues could be solved, others arise from the use of cyanobacteria, namely the need for high amounts of freshwater and contamination/predation by other microorganisms that affect cultivation efficiencies. The cultivation of cyanobacteria in seawater could solve this issue, since it has a very stable and rich chemical composition. Among cyanobacteria, the model microorganism Synechocystis sp. PCC 6803 is one of the most studied with its genome fully sequenced and genomic, transcriptomic and proteomic data available to better predict its phenotypic behaviors/characteristics. Despite suitable for genetic engineering and implementation as a microbial cell factory, Synechocystis’ growth rate is negatively affected by increasing salinity levels. Therefore, it is important to improve. To achieve this, several strategies involving the constitutive overexpression of the native genes encoding the proteins involved in the production of the compatible solute glucosylglycerol were implemented, following synthetic biology principles. A preliminary transcription analysis of selected mutants revealed that the assembled synthetic devices are functional at the transcriptional level. However, under different salinities, the mutants did not show improved robustness to salinity in terms of growth, compared with the wild-type. Nevertheless, some mutants carrying synthetic devices appear to have a better physiological response under seawater’s NaCl concentration than in 0% (w/v) NaCl.