Structure to function studies in UDP-glucose dehydrogenases and nitroreductases

The thesis is divided into two parts corresponding to structural studies on two different proteins. The first part concerns the study of two UDP-glucose dehydrogenases (UGDs) from Sphingomonas elodea ATCC 31461 and Burkholderia cepacia IST 408, both involved in exopolysaccharide production. Their relevance arises because some of these bacterial exopolysaccharides are valuable as established biotechnological products, the former case, whilst others are highly problematic, when used by pathogens in biofilm formation over biological surfaces, as the latter case, namely in the human lungs. The goal of these studies is to increase our knowledge regarding UGDs structural properties, which can potentiate either the design of activity enhancers to respond to the increased demand of useful biofilms, or the design of inhibitors of biofilm production, in order to fight invading pathogens present in several infections. The thesis reports the production and crystallisation of both proteins, the determination of initial phases by single-wavelength anomalous dispersion (SAD) in S. elodea crystals using a seleno-methionine isoform, and phasing of B. cepacia crystals by molecular replacement (MR) using the S. elodea model, as well as the refinement, structural analysis and comparison between the several UGDs structures available during this work.(...)

Gérer la distance: les sauts d'échelle dans les relations sociales

Espaces et sociétés, N.79, modes de vie et société portugaise, pág. 93-106

Aplicação do Método SFA (Safety Function Analisys) a um. Posto de Transformação de Energia Eléctrica da Renova

Riscos Industriais e Emergentes, 2009 pp. 827-844

Distance continuing education for enterprises in European Universities

Proceedings of EDEN 10th Anniversary Conference, 10-13 June 2001 Stockholm, Sweden

Defective protein folding and function in metabolic disorders: studies on the mitochondrial flavoenzyme ETF

Dissertation presented to obtain the PhD degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Factores que influenciam a actividade física na vida diária dos doentes com doença pulmonar obstrutiva crónica

RESUMO: A monitorização da actividade física diária nos doentes com Doença Pulmonar Obstrutiva Crónica (DPOC) tem sido alvo de grande interesse nos últimos tempos. No entanto, ainda nenhum estudo reuniu o conjunto de factores – grau de obstrução, hiperinsuflação pulmonar, alteração das trocas gasosas, dispneia, dessaturação de oxigénio, capacidade de exercício, ansiedade e depressão – que podem afectar a sua realização, nem os correlacionou com os dados obtidos com o pedómetro e que reflectem o que cada doente realmente faz no seu dia-adia. O presente estudo teve como objectivo principal identificar os factores que influenciam a actividade física na vida diária dos doentes com DPOC. Estudaram-se 55 doentes do sexo masculino com idade média de 67 anos e um FEV1 médio de 50,8% do previsto, com DPOC moderada a muito grave (estadios II a IV), de entre os utentes do Laboratório de Fisiopatologia Respiratória do Centro Hospitalar de Torres Vedras. Avaliaram-se os parâmetros da escala de dispneia modificada do Medical Research Council (MMRC), escala London Chest Activity of Daily Living (LCADL), escala de Ansiedade e Depressão Hospitalar (HADS), índice BODE, estudo funcional respiratório em repouso, teste de marcha de seis minutos e o número de passos por dia utilizando um pedómetro por um período de três dias. Observou-se que os doentes deram em média 4972 passos por dia e apresentaram uma cotação total média de 17,7 na LCADL, tendo existido diferenças estatisticamente significativas em função da gravidade da doença, sendo que os doentes mais graves são os que em média andam menos no seu dia-a-dia e apresentam maior limitação na realização das actividades de vida diária. O número de passos por dia apresentou correlações significativas com as variáveis idade, dispneia, depressão, hiperinsuflação monar, gravidade de obstrução (FEV1), trocas gasosas (DLCO), saturação arterial de oxigénio mínima e correlação mais forte com a distância percorrida no TM6m. Este estudo permitiu identificar que os factores determinantes da actividade física na vida diária de doentes com DPOC nos estadios II a IV, foram a dispneia e a distância percorrida no TM6m. Além disso, estes doentes constituem um grupo sedentário, particularmente a partir do estadio III, com níveis de actividade física diária baixos.-----------ABSTRACT There has been an increased interest in monitoring the daily physical activity in patients with Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD). However, no specific study has been realized so far that has put the different factors which can affect the results obtained altogether, (such as the degree of obstruction, pulmonary hyperinflation, abnormal gas exchange, dyspnea, oxygen desaturation, exercise capacity, anxiety and depression) or correlated with data obtained from the pedometer, which reflect each patient actual activity in their daily life. This study aimed to identify the main factors that influence physical activity in daily life of patients with COPD. The scope of this study was 55 male patients with an average age of 67 years old and an average FEV1 of 50.8% predicted, with moderate to severe COPD (stages II to IV), among patients from the Respiratory Pathophysiology Laboratory of the Centro Hospitalar de Torres Vedras. Were evaluated the parameters of the modified Medical Research Council dyspnea scale (MMRC), London Chest Activity of Daily Living scale (LCADL), Hospital Anxiety and Depression scale (HADS), BODE index, pulmonary function test at rest, six minute walk test (6MWT) and the number of steps per day using a pedometer for a period of three days. It was observed that patients have walked an average of 4972 steps per day and had a total score of 17.7 at LCADL, and statistically significant differences were stated depending on the severity of the disease. Whereas patients with a more severe degree of the disease have walked least in their daily life and show greater restraint in carrying out activities of daily living. The number of steps per day showed significant correlations with age, dyspnea, depression, lung hyperinflation, severity of obstruction (FEV1), gas exchange (DLCO), minimum arterial oxygen saturation and stronger correlation with distance walked on 6MWT. This study shows that the crucial factors of physical activity in daily life of COPD patients at stages II to IV were dyspnea and distance on 6MWT. Moreover, these patients constitute a sedentary group, particularly from the stage III, with lower levels of daily physical activity.

Constructing the National Canon in Ireland and Macedonia: The Function of Folklore in the Plays The Countess Cathleen and The Land of Heart’s Desire by William Butler Yeats, and Proud Flesh and The Black Hole by Goran Stefanovski and Their Role in Strengthening National Identity

Erasmus Mundus Masters “Crossways in European Humanities” June 2011

Cavin 1 and cavin 2 roles on adipocyte cell function

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Microglial clearance function: dependence on phenotypes

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Molecular modulation of brain development and function: lessons from “old” and “new”

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

Spatial neighborhood matrix computation: Inverse distance weighted versus binary contiguity

Paper presented at Geo-Spatial Crossroad GI_Forum, Salzburg, Austria.

Rinometria acústica: valores de referência numa população de estudantes universitários

RESUMO: A permeabilidade nasal (nasal patency) é um conceito importante na avaliação da função nasal. Pode ser explicado como uma medida do quanto a cavidade nasal está “aberta” e é determinada por fatores dependentes da sua estrutura anatómica que se relacionam com o fluxo e a resistência nasais e a existência de um fenómeno denominado ciclo nasal. Tradicionalmente, a avaliação da permeabilidade nasal baseia-se em indicadores subjetivos, nomeadamente Escalas Visuais Analógicas ou Scores de Sintomas, embora a sensação subjetiva de obstrução nasal seja difícil de quantificar e frequentemente não se correlacione com métodos mais objetivos de avaliação. A Rinometria Acústica (RA) tem adquirido um papel cada vez mais relevante na avaliação das alterações da permeabilidade nasal, pelo seu carácter não-invasivo, rápido, de fácil execução e por ser bem tolerada pelos pacientes. Contudo, não foram ainda publicados valores de referência para a população normal. Com o presente trabalho pretendeu-se determinar áreas transversais (AT) e volumes (Vol) da cavidade nasal em adultos saudáveis através de RA, em condições basais e após a administração de um fármaco descongestionante tópico nasal, relacionando estes parâmetros com variáveis demográficas e antropométricas. MATERIAL E MÉTODOS: O estudo foi realizado em 32 adultos jovens, de ambos os sexos (18 mulheres e 14 homens), com idade igual ou superior a 18 anos, não fumadores, sem patologias crónicas ou infeção recente das vias aéreas superiores. Para a execução do exame de RA foi utilizado o equipamento SRE2000 com Software RhinoScan Interacoustics, Dinamarca). O rinograma foi analisado em condições basais e após descongestionamento até aos 5 cm de distância da narina, obtendo-se os valores médios entre cavidade nasal direita e esquerda das áreas transversais (AT) dos entalhes registados (AT1 e AT2), a sua localização e volumes nasais a diferentes distâncias (Vol.0-2; Vol.2-5 e Vol.0-5). RESULTADOS: Os indivíduos do género masculino apresentaram valores significativamente superiores aos do género feminino em todos os parâmetros estudados. A administração do fármaco descongestionante tópico nasal provocou um aumento generalizado das AT e volumes nasais, traduzindo uma diminuição da congestão da mucosa nasal, mais acentuada posteriormente ao nível dos cornetos. A comparação entre fossas nasais (direita versus esquerda) após descongestionamento, eliminando o efeito do ciclo nasal, revelou simetria significativa. De uma forma geral, os parâmetros rinométricos estudados revelaram correlação positiva significativa com a altura. CONCLUSÃO: O estudo foi pioneiro para a população portuguesa e representa uma contribuição para a obtenção de valores de referência em adultos jovens. Estudos futuros em amostras de maior dimensão e representatividade são necessários para a obtenção de valores de referência com utilidade clínica e em investigação.--------------ABSTRACT: Nasal patency is an important concept in the evaluation of nasal function. It may be explained as a measure of how open the nasal cavity is, and it depends of anatomical aspects, that relate to nasal airflow, resistance and nasal cycle. Nasal patency evaluation is based in subjective indicators like visual analogical scales or symptom scores, but subjective sensation of nasal obstruction is difficult to quantify and usually doesn’t correlate with more objective methods of evaluation. Acoustic rhinometry has gained an increasingly relevant role in assessing changes in nasal patency, because it is noninvasive, fast and easy to perform and well tolerated by patients However, reference values for the normal population have not yet been published. The aim of the present study was to determine nasal cross-sectional areas and volumes in healthy adults by acoustic rhinometry, before and after administration of a topical nasal decongestant drug, correlating these parameters with demographic and anthropometric variables. MATERIAL E METHODS: The study was performed in 32 young adults (18 females and 14 males), aged 18 years old or more, non-smokers, without chronic diseases or recent airway infection. Acoustic rhinometry evaluation was performed using SRE2000 with RhinoScan software (Interacoustics, Denmark). Nasal cavities were assessed up to 5 cm distance from the nostril, before and after administration of the topical nasal decongestant drug, and mean cross-sectional areas of the notches, their location and mean volumes at different distances from nostril were measured. RESULTS: Males presented significant higher values than females for all rhinometric parameters studied. The decongestant drug, significantly increased all the rhinometric parameters evaluated, in particular those corresponding to the more posterior regions. Comparison between nasal cavities after nasal decongestion showed no significant asymmetry. Globally,a positive correlation was found between rhinometric parameters and height . CONCLUSION: This study was pioneer in the Portuguese population and represents a contribution to acoustic rhinometry reference values in young adults . Further studies, on larger and representative samples, are necessary in order to obtain reference values, useful both to clinical and research applications of this technique.

Safety function analysis in an industrial production process

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia e Gestão Industrial

Spatial point pattern analysis of gorilla nest sites in the Kagwene Sanctuary, Cameroon: Towards understanding the nesting behavior of a critically endangered subspecies

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Alterações da função visual e da qualidade de vida relacionada com a saúde em indivíduos idosos

RESUMO: Introdução: A visão é um sentido fundamental na relação do indivíduo com os mais variados ambientes, sendo elemento central na funcionalidade e independência do idoso, qualquer perturbação da função visual provoca limitações na qualidade de vida. As alterações demográficas em curso caracterizam-se pelo envelhecimento progressivo da população, paralelamente constata-se um aumento da prevalência de perturbações do sistema visual com alteração da função e do funcionamento visual. Considerando que os indivíduos idosos são mais dependentes da visão, e que não existem para esta área estudos desenvolvidos em Portugal, esta investigação tem como fundamento analisar a influência que a perturbação da função visual em indivíduos com 65 ou mais anos tem na qualidade de vida relacionada com a saúde. Estudaram-se também as características sócio-demográficas dos indivíduos participantes, da saúde visual e a percepção da saúde geral, bem como identificaram se junto dos idosos participantes e de Médicos especialistas em Medicina Geral e Familiar perspectivas sobre perturbações da função visual e envelhecimento. Desenho de estudo: Estudo transversal, caso-controlo e descritivo-exploratório. Materiais e Métodos: A partir de uma população de 112 indivíduos com 65 ou mais anos, frequentadores de várias instituições de apoio social do Concelho de Loures e de idosos frequentadores/institucionalizados da Mansão de Santa Maria de Marvila, unidade orgânica da Fundação D. Pedro IV, foram incluídos no estudo 90 (80,4%). Após consentimento informado, procedeu-se à avaliação da função visual nos Laboratórios de Ortóptica da Escola Superior de Tecnologia de Saúde de Lisboa, onde também se aplicaram o Questionário de Funcionamento Visual VFQ-25 e uma questão aberta para o tipo de dificuldades de visão sentidas durante o último ano. Aplicou-se ainda, em ambiente virtual, uma pergunta aberta a Médicos especialistas em Medicina Geral e Familiar para aspectos relacionados com o diagnóstico/suspeita relativamente tardio de perturbações da função visual. Procedeu-se ao tratamento descritivo das características sócio-demográficas, da percepção de saúde geral e da saúde visual e das respostas dos idosos e dos médicos. Analisou-se a relação entre função visual e qualidade de vida relacionada com a saúde aplicando o teste não-paramétrico de Mann-Whitney. Resultados: Constatou-se que os indivíduos da amostra são maioritariamente do género feminino (71,1%), casados (41,1%), detentores de baixos níveis de escolaridade em que 63,3% apenas frequentou/concluiu o 1º ciclo do ensino básico e quase na sua totalidade reformados (88,9%). Verifica-se que 77,8% dos idosos percepciona a sua saúde geral como razoável ou boa. Da mesma forma, 86,7% dos indivíduos têm a função visual alterada devido principalmente à alteração da acuidade visual para longe (86,7%), registando-se que 65,5% dos olhos tinham uma acuidade visual igual ou superior a 5/10. Outras dimensões que contribuíram para a alteração da função visual contam-se a sensibilidade ao contraste (63,3%), estereopsia (51,1%), visão cromática (38,9%) e a motilidade ocular (25,6%). Obtiveram-se assim maiores pontuações para as diversas escalas do questionário VFQ-25 em indivíduos com função visual alterada exceptuando nas escalas actividades de perto, condução e dependência. Verificou-se portanto existir relação entre alteração da função visual e perturbação da qualidade de vida relacionada com a saúde. À questão colocada aos idosos, 42,6% não manifestou qualquer razão para que visse mal/sentisse dificuldades de visão durante o último ano. A diminuição da acuidade visual para longe/perto foi referida por 20,5% dos indivíduos, seguido pela deterioração do estado de saúde geral e ocular por 15%. As respostas do Médicos especialistas em Medicina Geral e Familiar sobre razões para a suspeita/diagnóstico relativamente tardia das perturbações da função visual, indicam a iliteracia dos idosos para a saúde da visão e semiologia ocular (34%), a baixa formação/informação dos Médicos de Medicina Geral e Familiar na área da saúde da visão (22%) e a pouca acessibilidade e resposta demorada/ineficaz dos serviços de oftalmologia do SNS (20%) como principais motivos para os assuntos questionados.Conclusões: As alterações do sistema visual com impacto na função e no funcionamento visual alteram a qualidade de vida relacionada com a saúde, devido principalmente à alteração da acuidade visual para longe. Os idosos do estudo não valorizam a saúde visual ao percepcionarem positivamente a saúde geral e a saúde visual relativamente à avaliação da função visual. É fundamental definir estratégias e programas de literacia para a saúde da visão para toda a população, não apenas destinados a idosos. Sugere-se repensar o modelo de formação base dos Médicos com especial incidência na área da saúde da visão, com necessidades sentidas de formação/informação. As respostas obtidas dos idosos e dos Médicos indicaram existir fragilidades na saúde da visão, necessário repensar o modelo de prestação de cuidados de saúde nesta área. Esta investigação permitiu ao autor uma reflexão sobre as temáticas relacionadas com o envelhecimento levando a uma mudança de atitudes e comportamento na abordagem profissional a indivíduos idosos, promovendo autonomia nas escolhas e decisões em questões de saúde, na criação de estratégias para lidar com o problema de visão e na adaptação à nova condição de saúde da visão.---------------ABSTRACT:Purpose: The vision is a fundamental sense in the individual's relationship with the most varied environments, a central element in the functionality and independence of the elderly, any disturbance of visual function causes limitations in quality of life. The current demographic changes are characterized by progressive aging of population, there has been a parallel increase in the prevalence of disorders of the visual system by changing the visual function and functioning. Whereas the elderly are more dependent on vision, and there are no studies in this area developed in Portugal, this research is based analyze the influence that the disturbance of visual function in subjects aged 65 years or more has on the health related quality of life. We studied also the socio-demographic characteristics of the subjects, the eye health and general health perception, and identified themselves with the elderly participants and medical specialists in Family General Medicine perspective on disorders of visual function and aging. Design: Cross-sectional study, case control, descriptive and exploratory. Methods: From a population of 112 people with 65 or more years, regulars of various social welfare institutions of the Municipality of Loures and elderly regulars/institutionalized the Mansion of Santa Maria de Marvila, organic unity of the Foundation D. Pedro IV, were included 90 (80.4%). After informed consent, proceeded to the assessment of visual function in the Laboratories of Orthopticsof the School of Health Technology of Lisbon, where he also applied the Visual Functioning Questionnaire VFQ-25 and an open question for the type of vision difficulties experienced during the last year. Was applied also in a virtual environment, an open question to Doctors specialists in family general medicine related to the diagnosis/suspected relatively late disturbance of visual function. We carried out the descriptive treatment of socio-demographic characteristics, perception of general health and eye health and the responses of older people and doctors. We analyzed the relationship between visual function and quality of life related to health by applying the nonparametric Mann-Whitney test. Results: We found that individuals in the sample are mostly female (71.1%), married (41.1%), holders of low levels of education in which only 63.3% frequented / completed the 1st cycle of primary and almost entirely retired (88.9%). It is found that 77.8% of the elderly perceive their general health as fair or good. Likewise, 86.7% of individuals have altered vision mainly due to the change in visual acuity away (86.7%),up to 65.5% of eyes had a visual acuity of 5/10 or greater. Other dimensions that contributed to the alteration of visual function include contrast sensitivity (63.3%), stereopsis (51.1%), color vision (38.9%) and ocular motility (25.6%). There was thus obtained the highest scores for different scales of the questionnaire VFQ-25 in patients with altered vision except for scales related to near activities, driving and dependence. It is therefore a relationship between alteration in visual function and disturbance of quality of life related to health. To question for the elderly, 42.6% expressed no reason to see evil/feel difficulty seeing over the last year. The decrease in visual acuity for distance/near was reported by 20.5% of subjects, followed by the deterioration of general health and eye for 15%. The responses of medical specialists in general practice about reasons for the suspicion/diagnosis relatively late disturbance of visual function, indicate the illiteracy of the elderly for healthy vision and ocular semiology (34%), low education/information for Doctors in the health of vision (22%) and poor accessibility and response timeconsuming/ inefficient NHS ophthalmology services (20%) as main reasons for the subjects questioned. Conclusion: Changes in the visual system with an impact on visual function and the functioning change the health related quality of life, mainly due to the change in distance visual acuity. Older people do not value the visual health perceiving the general health and eye health positively relatively of visual function. It is essential to define strategies and literacy programs for eye health for the entire population, not just for the elderly. It is suggested reconsider the model of basic training of Doctors with special focus on the health of the vision, with special needs sensed training/information. The responses of older people and doctors have indicated there is weakness in eye health, need to rethink the model of health care in this area. This research allowed the author to reflect on issues related to aging leading to a change in attitudes and behavior in professional approach to the elderly, promoting autonomy in choices and decisions in health issues, creating strategies to deal with the problem of vision and adaptation to new conditions of eye health.