Mining protein structure data

The principal topic of this work is the application of data mining techniques, in particular of machine learning, to the discovery of knowledge in a protein database. In the first chapter a general background is presented. Namely, in section 1.1 we overview the methodology of a Data Mining project and its main algorithms. In section 1.2 an introduction to the proteins and its supporting file formats is outlined. This chapter is concluded with section 1.3 which defines that main problem we pretend to address with this work: determine if an amino acid is exposed or buried in a protein, in a discrete way (i.e.: not continuous), for five exposition levels: 2%, 10%, 20%, 25% and 30%. In the second chapter, following closely the CRISP-DM methodology, whole the process of construction the database that supported this work is presented. Namely, it is described the process of loading data from the Protein Data Bank, DSSP and SCOP. Then an initial data exploration is performed and a simple prediction model (baseline) of the relative solvent accessibility of an amino acid is introduced. It is also introduced the Data Mining Table Creator, a program developed to produce the data mining tables required for this problem. In the third chapter the results obtained are analyzed with statistical significance tests. Initially the several used classifiers (Neural Networks, C5.0, CART and Chaid) are compared and it is concluded that C5.0 is the most suitable for the problem at stake. It is also compared the influence of parameters like the amino acid information level, the amino acid window size and the SCOP class type in the accuracy of the predictive models. The fourth chapter starts with a brief revision of the literature about amino acid relative solvent accessibility. Then, we overview the main results achieved and finally discuss about possible future work. The fifth and last chapter consists of appendices. Appendix A has the schema of the database that supported this thesis. Appendix B has a set of tables with additional information. Appendix C describes the software provided in the DVD accompanying this thesis that allows the reconstruction of the present work.

The effectiveness of a teacher’s training workshop on Media Smart Program

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Problemáticas de produzir um documentário sobre o passado no presente

Trabalho projecto para o cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências da Comunicação Área de especialização Cinema e Televisão

Avaliação do potencial de poupança de energia elétrica em residências através de monitorização inteligente

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente, perfil de Gestão e Sistemas Ambientais

Mimesis e Alteridade na obra de Jean Painlevé

Dissertação de mestrado para obtenção do grau de mestre em Ciências da Comunicação, Arte e Comunicação.

O Estatuto do Intérprete na Era da Globalização: Reflexões sobre uma Experiência Profissional em Contexto de Trabalho

Neste trabalho de projecto, é abordado o estatuto do intérprete, as suas atribuições e a forma como se integra em face dos novos pressupostos, no contexto da globalização, onde se defrontam visões conformistas e inconformistas que lhe abrem novos horizontes, num tempo que aparenta ser cada vez mais rápido. As possibilidades de avaliação da qualidade do seu desempenho serão também alvo de reflexão. Fazendo referência ao leque de temáticas envolvidas nas actividades em questão, serão analisados exemplos de aplicação efectiva em contexto por parte do autor, em particular: dois trabalhos de interpretação simultânea em televisão e um de interpretação consecutiva e sussurrada em conferência – todos alvo de visionamento e audição em DVD. Pretende-se aquilatá-los, por um lado, à luz da intersecção entre o juízo (em causa própria) do prestador do serviço, como corolário da sua experiência; e, por outro lado, o julgamento dos clientes e a análise inter pares. Através do relato das dificuldades práticas desta realidade profissional, aspirou-se abordar eventuais soluções que pudessem contribuir para reforçar a qualidade do serviço de interpretariado.