Contributo dos músculos respiratórios para a fisiopatologia da hipercápnia na doença pulmonar crónica estabilizada: parte 1 = The role of the respiratory muscles in the pathophisiology of chronic hypercapnia in clinically stable chronic obstructive pulmonary diseases: part 1

Rev Port Pneumol. VII(2): 191-208, 2001

Contributo dos músculos respiratórios para a fisiopatologia da hipercápnia na doença pulmonar crónica estabilizada : parte 2 = The role of the respiratory muscles in the pathophisiology of chronic hypercapnia in clinically stable chronic obstructive pulmonary diseases: part 2

Rev Port Pneumol. VII(2): 210-233, 2001

Contributo dos músculos respiratórios para a fisiopatologia da hipercápnia na doença pulmonar crónica estabilizada : parte 3 = The role of the respiratory muscles in the pathophisiology of chronic hypercapnia in clinically stable chronic obstructive pulmonary diseases: part 3

Rev Port Pneumol. VII(2): 234-250, 2001

Contributo dos músculos respiratórios para a fisiopatologia da hipercápnia na doença pulmonar crónica estabilizada : parte 4 = The role of the respiratory muscles in the pathophisiology of chronic hypercapnia in clinically stable chronic obstructive pulmonary diseases: part 4

Rev Port Pneumol. VII(2): 251-263, 2001

Efeito da exposição às temperaturas extremas na população portuguesa - um contributo da epidemiologia

Backgroud: O International Panel on Climate Change prevê que o aumento da temperatura média global, até ao ano de 2100, varie entre 1,4 e 5,8ºC desconhecendo-se a evolução da adaptação da população a esta subida da temperatura. Em Portugal morre-se mais no Inverno que no Verão. Mas existem evidências de repercussões na mortalidade atribuíveis ao calor extremo. Este estudo procura conhecer os grupos etários e/ou populacionais que parecem revelar vulnerabilidade acrescida à exposição a temperaturas extremas e identificar indicadores de saúde apropriados para revelar esses mesmos efeitos. Métodos: Foram analisados dados de internamentos hospitalar e mortalidade por doenças cardiovasculares, respiratórias, renais, efeitos directos do frio e do calor, na população com 75 e mais anos de idade, nos distritos de Beja, Bragança e Faro, nos meses de Janeiro e Junho. Para os dados de morbilidade o período de análise foi 2002 a 2005 e para os de mortalidade de 2002 a 2004. Os dados meteorológicos analisados corresponderam aos valores da temperatura máxima e percentis da temperatura máxima, nos meses de Janeiro (P10) e Junho (P90). Os excessos de internamentos hospitalares, definidos como os dias em que ocorreram internamentos acima do valor da média mais 2 desvio padrão, foram relacionados com a distribuição das temperaturas extremas (frias abaixo do P10, quentes acima do P90.Os dias com óbitos acima do valor da média foram relacionados com a distribuição das temperaturas extremas (frias abaixo do P10, quentes acima do P90). Os indicadores propostos foram baseados em Odds Ratios e intervalos de confiança que sugeriam as estimativas mais precisas. Resultados: O grupo que revelou maior vulnerabilidade às temperaturas extremas foi o grupo dos 75 e mais anos, com doenças cardiovasculares quando exposto a temperaturas extremas, nos 3 distritos observados.O nº de dias de excesso de óbitos por doenças cardiovasculares relacionados com temperaturas extremas foi o mais elevado comparado com as restantes causas de morte. O grupo etário dos 75 e mais anos com de doenças respiratórias também é vulnerável, às temperaturas extremas frias, nos 3 distritos. Verificaram-se dias de excessos de internamentos hospitalares e óbitos por esta causa de morte, relacionados com a exposição às temperaturas extremas frias. Em Junho, não se verificou excesso de mortalidade associado à exposição a temperaturas extremas por esta causa, em qualquer dos distritos analisados. Apenas se verificou a associação entre os dias de ocorrência de internamentos hospitalares por doenças renais e o calor extremo, em Bragança. Conclusões: Foram encontradas associações estatísticas significativas entre dias de excesso de ocorrência de internamentos hospitalares ou óbitos por causa e exposição a temperaturas extremas frias e quentes possibilitando a identificação de um conjunto de indicadores de saúde ambiental apropriados para monitorizar a evolução dos padrões de morbilidade, mortalidade e susceptibilidade das populações ao longo do tempo.-------------------- Backgroud: International Panel on Climate Change estimates that the rise of mean global temperature varies between 1,4 e 5,8ºC until 2100, with unknowing evolution adaptation of populations. In Portugal we die more in Winter than in Summer time. But there are several evidences of mortality attributable to extreme eat. The proposal of this study is to know the age and/or populations groups that reveal more vulnerability to exposure to extreme temperature and identifying proper health indicators to reveal those effects. Methods: Data from hospital admissions and mortality caused by cardiovascular, respiratory, renal diseases and direct effects from direct exposure to extreme cold and heat, in population with 75 and more years, in Beja, Bragança and Faro districts, during January and June, were analysed. Analysis period for morbidity data was from 2002 to 2005 and form mortality was 2002 to 2004. Meteorological data analysed were maximum temperature and percentile of maximum temperature, from January (P10) and June (P90. Relationship between excess of hospital admission, defined as the days that occurred hospital admissions above mean value more 2 standards desviation and distribution of extreme temperatures were established (cold under P10 and heat above P90. Proposal indicators were based on Odds Ratios and confidence intervals, suggesting the most precises estimatives. Results: The most vulnerable group to extreme temperature were people with 75 or more years older with cardiovascular diseases, observed in the 3 districts. Number of days caused by excess cardiovascular mortality and extreme temperature were the most number of days between the other causes. The group with 75 or more years old with respiratory diseases is vulnerable too, especially to cold extreme temperature, in all the 3 districts. There were excess of days of hospital admissions and days with deaths, for this cause relating to extreme cold temperature. In June, does not funded excess of mortality associated to extreme temperature by this cause in any district of the in observation. Just was found relationship between days of hospital admissions caused by renal diseases in Bragança in days with extreme heat. Conclusions: Were found statistically significant associations between days of excess of hospital admissions or deaths and exposure to extreme cold and heat temperatures giving the possibility of identifying a core of environmental indicators proper to monitoring patterns and trends evolutions on morbidity, mortality and susceptibly of populations for a long time.

Polyglutamine diseases (PolyQ): construction and characterization of yeast models

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Development of CO-releasing molecular for the treatment of inflammatory diseases

Dissertation presented to obtain a Ph.D. degree (Doutoramento) in Chemistry at the Instituto de Tecnologia Quimica e Biol6gica da Universidade Nova de Lisboa

Expression of cyclooxygenase enzymes and prostaglandin E2 receptors in inflammatory airway diseases

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock

RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.

Insights into the role of almond CBF transcription factors in the environmental control of cold acclimation and dormancy break

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

New roles of Rab GTPases on eye diseases: targeting VEGF secretion

RESUMO: A retina é composta, entre outras estruturas, pelo epitélio pigmentar da retina (EPR)e pela coróide. A região central da retina denomina-se mácula, e é a zona mais afetada na degenerescência macular relacionada com a idade, a forma mais comum de degenerescência da retina. Nesta doença, a secreção de fatores de crescimento pelo EPR é afetada, nomeadamente a do fator de crescimento vascular endotelial (VEGF), e pouco se sabe ainda sobre os mecanismos moleculares conducentes a esta condição. A família de proteínas Rab GTPases está envolvida nas vias intracelulares de sinalização e tráfego membranares, essenciais na transdução de sinais extracelulares em respostas biológicas. A sua crucial importância nestes mecanismos levou-nos a considerar o seu potencial envolvimento nas vias de secreção do VEGF, e a questionar-nos se teriam algum papel regulador sobre as mesmas. O principal objetivo deste trabalho é identificar Rab GTPases importantes para as vias de secreção e endocitose do VEGF no EPR. Essa identificação ajudará a esclarecer a patogénese da degenerescência macular da retina, e poderá servir para uma procura mais direcionada de novos agentes terapêuticos. A caracterização de dois modelos in vitro do EPR, células primárias isoladas de murganho e a linha celular B6-RPE07,levou-nos a concluir que são ambos semelhantes. Contudo, a linha celular foi escolhida como protótipo do EPR por permitir o acesso a um número ilimitado de células. No decurso deste trabalho, desenvolvemos e caracterizámos uma biblioteca de ferramentas moleculares que nos permitiram reduzir os níveis proteicos das proteínas Rab GTPases, com base na tecnologia de ácido ribonucleico (ARN) de interferência. O papel das proteínas Rab GTPases na secreção do VEGF no EPR foi estudado com base no silenciamento de apenas uma proteína, ou combinando várias, segundo a sua localização e funções intracelulares descritas. Este trabalho permitiu-nos concluir que as proteínas Rab GTPases são importantes intervenientes no processo de secreção de VEGF pelo EPR, e confirmar dados anteriores que relatam o envolvimento de algumas Rab GTPases endocíticas no processo. Propomos ainda um novo modelo para a interação destas proteínas no EPR, e sugerimos que a Rab10 e a Rab14 atuam negativamente sobre a Rab8, controlando o seu funcionamento. Os nossos resultados evidenciam a importância das proteínas Rab GTPases na secreção do VEGF pelas células do EPR, e servem de base a futuros estudos que melhor procurem compreender este mecanismo e de que modo a sua alteração se relaciona com a degenerescência da retina.--------ABSTRACT: Retinal pigment epithelium (RPE) and choroid are components of the mammalian retina, of which the central region is called macula. The most common form of retinaldegeneration, age-related macular degeneration (AMD), involves primarily deregulation of growth factors secretion by the RPE. Very little is known about the molecular mechanisms that lead to impairment of RPE’s homeostatic intracellular processes, namely the secretion of vascular endothelial growth factor (VEGF). Rab GTPases’ family regulates membrane targeting and traffic, being essential in the transduction of signal pathways. Given Rab proteins’ role in intracellular trafficking, we propose to identify key regulatory Rab proteins involved in either the secretory or the recycling pathways of VEGF in RPE. Understanding how Rab proteins’ function disruption could lead to retinal and choroidal pathology would ultimately contribute to find new therapeutic agents. Here, we characterized two mouse RPE in vitro cell models, primary cells and B6-RPE07 cell line, and concluded that both display important epithelial features as the RPE presents in vivo. Considering unlimited cell number and results reproducibility, we chose B6-RPE07 cells to further study Rab proteins’ function. To scrutinize the consequences of Rab proteins’ absence or diminished levels, we have developed novel molecular tools to achieve silencing of these key proteins using miRNA technology. We further addressed the effect of Rab proteins’ absence on VEGF secretion by performing an extensive screening where different Rab proteins were silenced, both individually and in multiple combinations considering their cellular/ compartment location. We conclude that Rab GTPases are important intervenients in VEGF secretion by RPE cells, confirming endocytic Rab proteins’ role in regulation of VEGF biology. We also propose a novel model for Rab proteins’ interaction in RPE. Our results suggest that Rab10 and Rab14 might influence Rab8 in a negative feedback mechanism, important for controlling VEGF secretion. Our achievements’ unravel Rab proteins’ role in VEGF secretion by RPE cells and are the basis for future studies to better understand RPE molecular secretory machinery.

Longitudinal evaluation of hemorheological markers in acute inflammatory diseases

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

Social-media monitoring for cold-start recommendations

Generating personalized movie recommendations to users is a problem that most commonly relies on user-movie ratings. These ratings are generally used either to understand the user preferences or to recommend movies that users with similar rating patterns have rated highly. However, movie recommenders are often subject to the Cold-Start problem: new movies have not been rated by anyone, so, they will not be recommended to anyone; likewise, the preferences of new users who have not rated any movie cannot be learned. In parallel, Social-Media platforms, such as Twitter, collect great amounts of user feedback on movies, as these are very popular nowadays. This thesis proposes to explore feedback shared on Twitter to predict the popularity of new movies and show how it can be used to tackle the Cold-Start problem. It also proposes, at a finer grain, to explore the reputation of directors and actors on IMDb to tackle the Cold-Start problem. To assess these aspects, a Reputation-enhanced Recommendation Algorithm is implemented and evaluated on a crawled IMDb dataset with previous user ratings of old movies,together with Twitter data crawled from January 2014 to March 2014, to recommend 60 movies affected by the Cold-Start problem. Twitter revealed to be a strong reputation predictor, and the Reputation-enhanced Recommendation Algorithm improved over several baseline methods. Additionally, the algorithm also proved to be useful when recommending movies in an extreme Cold-Start scenario, where both new movies and users are affected by the Cold-Start problem.