Tauroursodeoxycholic acid prevents Bax-induced membrane perturbation and cytochrome C release in isolated mitochondria

Biochemistry, 2003, 42 (10), pp 3070–3080 DOI: 10.1021/bi026979d

Mining protein structure data

The principal topic of this work is the application of data mining techniques, in particular of machine learning, to the discovery of knowledge in a protein database. In the first chapter a general background is presented. Namely, in section 1.1 we overview the methodology of a Data Mining project and its main algorithms. In section 1.2 an introduction to the proteins and its supporting file formats is outlined. This chapter is concluded with section 1.3 which defines that main problem we pretend to address with this work: determine if an amino acid is exposed or buried in a protein, in a discrete way (i.e.: not continuous), for five exposition levels: 2%, 10%, 20%, 25% and 30%. In the second chapter, following closely the CRISP-DM methodology, whole the process of construction the database that supported this work is presented. Namely, it is described the process of loading data from the Protein Data Bank, DSSP and SCOP. Then an initial data exploration is performed and a simple prediction model (baseline) of the relative solvent accessibility of an amino acid is introduced. It is also introduced the Data Mining Table Creator, a program developed to produce the data mining tables required for this problem. In the third chapter the results obtained are analyzed with statistical significance tests. Initially the several used classifiers (Neural Networks, C5.0, CART and Chaid) are compared and it is concluded that C5.0 is the most suitable for the problem at stake. It is also compared the influence of parameters like the amino acid information level, the amino acid window size and the SCOP class type in the accuracy of the predictive models. The fourth chapter starts with a brief revision of the literature about amino acid relative solvent accessibility. Then, we overview the main results achieved and finally discuss about possible future work. The fifth and last chapter consists of appendices. Appendix A has the schema of the database that supported this thesis. Appendix B has a set of tables with additional information. Appendix C describes the software provided in the DVD accompanying this thesis that allows the reconstruction of the present work.

The isolation and characterization of cytochrome c nitrite reductase subunits (NrfA and NrfH) from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774

Eur. J. Biochem. 270, 3904–3915 (2003)

25 anos de Inquérito Nacional de Saúde em Portug

RESUMO - O Inquérito Nacional de Saúde é um instrumento de observação em saúde promovido pelo Ministério da Saúde desde 1987, em resposta às necessidades crescentes de informação de saúde ligadas ao estabelecimento e às exigências de planeamento e avaliação decorrentes da instituição do Serviço Nacional de Saúde. O Inquérito Nacional de Saúde conta, até agora, com quatro edições. Os dados provêm através do estudo transversal de amostras probabilísticas da população portuguesa, através de entrevistas no domicílio, utilizando instrumentos e métodos válidos e estáveis. Os indicadores gerados descrevem o estado de saúde, utilização de cuidados de saúde e determinantes de saúde da população portuguesa residente em unidades de alojamento familiar e tem representatividade a nível nacional e regional. Além de útil para a investigação dos padrões e tendências na área da saúde da população, esta informação é importante como elemento de planeamento, na identificação de necessidades em saúde e na avaliação dos eventuais efeitos e impactes das intervenções realizadas na saúde da população. A evolução do Inquérito Nacional de Saúde depende da definição das necessidades de informação epidemiológica por parte do Estado e da sua integração no sistema europeu de inquéritos de saúde. --------------------------ABSTRACT – The National Health Interview Survey is an instrument of observation in health promoted by the Ministry of Health since 1987, in response to the growing demand for health information, derived from the institution of the National Health Service, as well as its planning and evaluation activities. The National Health Interview Survey has had four editions so far. Data are obtained through the cross-sectional study of probabilistic samples of the Portuguese population, through interviews at home, using valid and stable instruments and methods. Obtained indicators describe the state of health, use of health care and health determinants of the Portuguese population living in familiar dwellings, and are representative at national and regional levels. Besides its usefulness for the study of patterns and trends, this information is important for planning purposes, in the identification of health needs and for the evaluation of the eventual effects of the planned health interventions. The future of the National Health Interview Survey depends on the State’s definition of the needs of epidemiological information and also on its participation in the European system of health surveys. Keywords: health surveys; health indicators; epidem

A representação do conhecimento no discurso arqueológico : exemplo de um baixo-relevo mitraico

A teoria do conhecimento desde há muito que chama a atenção para dois mundos distintos da observação dos fenómenos- quer eles se refiram a objectos ou a documentos escritos. Isto significa que antes de se filosofar sobre qualquer objecto ele deve ser escrupulosamente examinado e descrito. Assim, é necessário observar com rigor e descrever com exact idão aquilo a que chamamos conhecimento, "esse peculiar fenómeno da consciência" (Hessen, 1987:25). Fazêrno-lo procurando apreender os traços essenciais do objecto, por meio de uma auto-reflexão sobre o que vimos quando falamos de conhecimento. Este método fenomenológico é distinto do psico lógico. Enquanto o último investiga os processos psíquicos concretos no seu curso regular e a conexão com outros processos, o primeiro aspira a apreender a essê ncia geral no fenómeno concreto (/bidem:26). Desta forma no conhecimento encontram-se frente a frente duas entidades: o Objecto e o Sujeito. O conhecimento apresenta-se. assim. como uma relação entre estes dois elementos, que permanecem eternamente separados um do outro.

A copper protein and a cytochrome bind at the same site on bacterial cytochrome c peroxidase

Biochemistry, 2004, 43 (46), pp 14566–14576 DOI: 10.1021/bi0485833

The isolation and characterization of cytochrome c nitrite reductase subunits (NrfA and NrfH) from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774

Eur. J. Biochem. 270, 3904–3915 (2003) doi:10.1046/j.1432-1033.2003.03772.x

Validation of alternative additives for paste production

Dissertation presented to confer Master Degree in Chemical and Biochemical Engineering

Old cellulose for new multifunctional networks

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Ciência e Engenharia de Materiais

Entre a Ilha e a Terra. Processos de construção do continente fronteiro à Ilha de Moçambique (1763 - c. 1802)

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Historia Moderna e dos Descobrimentos

A U.C.C.L.A. como Veículo da Lusofonia no Contexto da Globalização

O trabalho de estágio curricular desenvolvido na UCCLA, adiante apresentado, teve como desafio encontrar respostas para os fenómenos de fraccionamentos multidimensionais sentidos e diagnosticados nas cidades capitais luso-afro-américo-asiáticas de língua oficial portuguesa, resultantes do processo de globalização e seus modelos de desenvolvimento político, cultural, sócio-demográfico, económico e ambiental. A luta pela liberdade, comum a todos os povos das nações que incorporam o espaço lusófono, facilitou os entendimentos futuros, sem os quais não teria sido possível construir as alianças que deram origem ao bloco sócio-político da CPLP, hoje merecedor da atenção e respeito da comunidade internacional. A afirmação e a importância crescentes da CPLP no diálogo das nações à escala global têm sido a plataforma estratégica na afirmação do espaço lusófono no mundo. Refira-se a integração rápida dos retornados na sociedade portuguesa, como um dos factores que mais contribuíram para a consolidação de uma sociedade multicultural alicerçada numa vivência conjunta de realidades diferenciadas. Em face desta realidade, é pacífico aceitar que a UCCLA foi a grande precursora do nascimento da CPLP. As transformações económicas, políticas, sociais, culturais e económicas verificadas após o 25 de Abril, provocaram rupturas sociais, as quais constituem o nosso foco de investigação neste relatório. Uma reflexão sobre o desenvolvimento sustentável dos sistemas políticosócio- económicos encontra-se, hoje, na ordem do dia de todos os decisores políticos, económicos e sociais, como forma de alcançar a coesão social. Apontar soluções inovadoras para a resolução ou minimização dos referidos fraccionamentos é, também, objectivo final da nossa investigação. A globalização, o espaço lusófono e os fracionamentos ético-culturais existentes nas cidades capitais luso-afro-américo-asiáticas de língua oficial portuguesa, representam a nossa temática, sobre a qual se debruça o nosso projecto de investigação, visando essencialmente encontrar um modelo de intervenção pragmático que possa ser implementado nessas cidades capitais, por forma a diminuir as desigualdades promovendo uma maior integração social e económica.

A doença pulmonar obstrutiva crónica e o exercício: impacto da doença no declínio funcional e importância do treino de exercício nos benefícios para a saúde

RESUMO: A reabilitação respiratória (RR) é uma intervenção abrangente e interdisciplinar dirigida aos doentes respiratórios crónicos e inclui o treino de exercício, programas de educação e de modificação comportamental, entre outros, desenhados individualmente para melhorar o desempenho físico e psicossocial e promover a adesão a longo prazo a comportamentos promotores de saúde. A doença pulmonar obstrutiva crónica (DPOC) é uma doença comum, afetando cerca de 210 milhões de pessoas em todo o mundo, com elevada mortalidade e com custos económicos significativos decorrentes do agravamento progressivo da doença, das hospitalizações e de reinternamentos frequentes. Apesar do crescente conhecimento da DPOC e do papel da RR nos benefícios para a saúde, existem aspetos ainda não esclarecidos que têm impacto na prática clínica e de investigação e nas decisões das autoridades de saúde. A primeira parte desta tese focou a DPOC e o seu impacto negativo e incluiu: o estudo da prevalência da DPOC em Portugal; os fatores clínicos e funcionais que se associam à mortalidade em doentes com DPOC avançada; a morbilidade, impacto funcional e risco dos doentes se tornarem dependentes para as atividades diárias e a influência da inflamação sistémica. A prevalência estimada da DPOC de 14,2% indica que esta é uma doença comum em Portugal e alerta para a necessidade de uma maior sensibilização da população, dos profissionais de saúde e autoridades de saúde com vista a um diagnóstico precoce e à alocação dos recursos terapêuticos adequados. A elevada taxa de mortalidade em doentes com DPOC avançada - 36,6% em 3 anos - associou-se a insuficiência respiratória, a elevado número de exacerbações, ao cancro do pulmão e a reduzida capacidade funcional para a marcha, salientando a importância da referenciação precoce para RR, a identificação e o tratamento das comorbilidades e a prevenção das exacerbações. A aplicação de um questionário que avaliou as atividades da vida diária básicas e instrumentais, permitiu identificar um marcador clínico do risco de dependência, complementando as avaliações funcionais e associando-se a outros marcadores de mau prognóstico, como as exacerbações. Em doentes com DPOC, com FEV1 médio de 46,76% (desvio padrão: 20,90%), 67% da categoria D do GOLD, verificou-se uma associação positiva entre a expressão de genes inflamatórios avaliada pela reação em cadeia da polimerase (ARN mensageiro de IFNg, IL1b, IL6, IL8, TNFa, TGFb1, iNOS) e o índice de massa corporal em repouso, acentuando-se após o exercício. Este estudo aponta a inflamação como o potencial elo de ligação entre a obesidade e a inflamação sistémica em doentes com DPOC. A segunda parte da tese focou a RR, nomeadamente os seus efeitos em doentes das categorias GOLD A, B, C e D; o impacto das comorbilidades nos resultados da RR e os resultados de diferentes intensidades de treino aeróbio. Após o programa de RR, verificaram-se melhorias significativas na capacidade de exercício funcional e de endurance e no estado geral de saúde dos doentes de todas as categorias GOLD. Esta classificação não distingue os doentes que melhor poderão beneficiar desta intervenção, indicando que devem ser referenciados para RR, os doentes sintomáticos ou com repercussão na qualidade de vida, independentemente da categoria da DPOC a que pertençam. A prevalência das comorbilidades no grupo de doentes com DPOC que é referenciado para RR, é elevada, sendo as mais frequentes, as cardiovasculares, as respiratórias e as psicológicas. Apesar de poderem diminuir o impacto da RR, os resultados desta foram semelhantes independentemente do número de comorbilidades. A identificação e o tratamento sistemáticos das comorbilidades conferem maior segurança clínica a esta intervenção terapêutica a qual, por apresentar bons resultados, não deve limitar a referenciação dos doentes. Com o programa de RR, verificou-se melhoria significativa em todos os resultados centrados no doente para ambas as intensidades de treino aeróbio, a 60% e a 80% da potência aeróbica máxima (Wmax), com melhoria do estado geral de saúde, nos sintomas e na capacidade para o exercício, o que questiona a indicação sistemática de elevadas intensidades de treino em doentes com DPOC para a obtenção de benefícios a curto prazo. Na terceira e última parte da tese foi estudado o papel da atividade física na DPOC, focando os fatores que influenciam a atividade física diária; a evolução da capacidade funcional e o estado de saúde 2 anos após um programa de RR e o papel da telemonitorização na quantificação e monitorização da atividade física. Confirmámos que os doentes com DPOC são marcadamente sedentários e os fatores que se associaram ao sedentarismo nestes doentes foram a dispneia e a distância percorrida na prova de marcha de seis minutos. Este estudo sublinha a importância do controlo sintomático, nomeadamente da dispneia, bem como, mais uma vez, o potencial papel da reabilitação respiratória no aumento da capacidade funcional para o exercício e na aquisição de hábitos de vida fisicamente ativa. Verificámos que, apesar de os doentes com DPOC apresentarem benefícios clinicamente significativos na capacidade funcional para o exercício e no estado geral de saúde com o programa de RR, apenas os que se mantêm ativos, podem, no final dos dois anos de seguimento, manter os efeitos benéficos desse programa. O sistema de telemonitorização que combina a oximetria e a quantificação da atividade física provou ser clinicamente útil na avaliação da necessidade de oxigenoterapia de longa duração (OLD) e na aferição do débito de oxigénio em repouso, no esforço e no sono, podendo contribuir para uma melhor adequação da prescrição da OLD. A monitorização dos níveis de atividade física regular é um importante instrumento de avaliação dos programas de RR e o seu uso potencial na telereabilitação permitirá prolongar a eficácia dos programas e reduzir os custos associados aos cuidados de saúde.---------------------------------------------------------------------------------------------------ABSTRACT: Pulmonary rehabilitation (PR) is a comprehensive interdisciplinary intervention that includes, but is not limited to, exercise training, education, and behavior change, individually designed to improve physical and psychological conditions of people with chronic respiratory disease and to promote long-term adherence to health-enhancing behaviors. Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a common disease, affecting about 210 million people worldwide, with high mortality and significant health-related costs due to disease progression, hospitalizations and frequent hospital readmissions. Although the increasing knowledge about COPD and benefitial outcomes of PR, some aspects with impact in clinical practice, research and health authorities’ decisions, remain to be clarified. The first part of this thesis focused on COPD and its negative impact, including the study of COPD prevalence in Portugal; clinical and functional factors associated with mortality in advanced COPD patients; morbidity, functional impact and risk of others’ dependance to perform activities of daily living; and the role of systemic inflammation. The evidence of 14.2% estimated COPD prevalence as a common disease in Portugal raises the need of an increasing awareness of population, health care professionals and health authorities towards an earlier diagnosis and apropriate treatment resources allocation. High mortality in patients with advanced COPD – 36.6% in 3 years - was associated with respiratory failure, high frequency of exacerbations, lung cancer and a low functional capacity in walking. This highlightens the importance of an earlier referral to PR, comorbidity identification and treatment, and prevention of exacerbations. A questionnaire evaluated basic and instrumental activities of daily living, and identified a clinical marker of the risk of becoming dependent. This clinical marker complemented other functional evaluations and was associated with prognosis markers such as the number of exacerbations. In COPD patients with a mean FEV1 46.76% (SD 20.90%), 67% belonging to GOLD grade D, we found a positive association between inflammatory gene expression evaluated by polymerase chain reaction (IFNg, IL1b, IL6, IL8, TNFa, TGFb1, iNOS RNA messenger) and body mass index at rest, and a further increase with exercise. This study evidenced obesity as one potential link between COPD and systemic inflammation. The second part of this thesis focused PR, namely its outcomes in patients of GOLD categories A, B, C and D; comorbidities impact in PR outcomes, and the impact of different exercise training intensities in patient related outcomes. xviii With PR intervention, we found significant improvement in functional exercise capacity, endurance exercise capacity and health status in patients of all GOLD categories. This classification did not differentiate which patients would benefit more from PR, hence all symptomatic patients with a negative impact in health status should be referred to PR, regardless of the GOLD category they belong to. There is a high prevalence of comorbidities in COPD patients referred to PR, being cardiovascular, respiratory and psychological, the most prevalent. Although some comorbidities might reduce PR impact, the results were similar regardless of the number of comorbidities. Systematic comorbidities identification and treatment provides safety to PR intervention, and its good results should not preclude patients referral. With PR intervention we found a significant improvement in all patient reported outcomes for exercise training intensities at 60% and 80% maximum work rate (Wmax), namely in health status, symptoms and exercise capacity. These findings challenge the current systematic indication of high exercise training intensities to achieve PR short-term benefits. In the third and last part of the thesis, the role of physical activity in COPD was studied, focusing factors that may influence daily physical activity; the evolution of functional capacity and health status two years after a PR program, and the role of a telemonitoring system in physical activity quantification and monitoring. We confirmed that COPD patients are markedly inactive and factors associated with a sedentary lifestyle are dyspnea and 6 minute walking distance. This study emphasized the importance of symptom control, namely of dyspnea, as well as, once again, the potential role of PR in functional exercise improvement and in integrating physically active habits in daily life. We verified that, although COPD patients improve functional exercise capacity and health status after a PR program, only those who kept physical activity habits were able to maintain those effects after 2 years of follow-up. A telemonitoring system that combines oximetry and physical activity quantification proved to be clinically useful in the evaluation of long-term oxygen therapy (LTOT) indication, as well as in the titration of oxygen levels at rest, exertion, and sleeping, which might contribute to a more adequate LTOT prescription. Monitoring of daily physical activity levels is an important PR evaluation instrument and its potential use in telerehabilitation might allow lengthening programs efficacy, while reducing health-care costs.