Automated quantitative analysis of MCC-IMS spectra

Ion Mobility Spectrometry coupled with Multi Capillary Columns (MCC -IMS) is a fast analytical technique working at atmospheric pressure with high sensitivity and selectivity making it suitable for the analysis of complex biological matrices. MCC-IMS analysis generates its information through a 3D spectrum with peaks, corresponding to each of the substances detected, providing quantitative and qualitative information. Sometimes peaks of different substances overlap, making the quantification of substances present in the biological matrices a difficult process. In the present work we use peaks of isoprene and acetone as a model for this problem. These two volatile organic compounds (VOCs) that when detected by MCC-IMS produce two overlapping peaks. In this work it’s proposed an algorithm to identify and quantify these two peaks. This algorithm uses image processing techniques to treat the spectra and to detect the position of the peaks, and then fits the data to a custom model in order to separate the peaks. Once the peaks are separated it calculates the contribution of each peak to the data.

Clinical practice guidelines in Portugal : quantitative and qualitative evaluation

RESUMO: Introdução As normas de orientação clínica são ferramentas úteis na translação de conhecimentos desde a investigação para a prática clínica diária. Estratégias ativas de implementação de normas de orientação clínica requerem elevado esforço organizacional e financeiro. Quando os recursos são escassos, as estratégias passivas podem ser a única opção de disseminação. Desde 2011 a Direção Geral da Saúde publicou cento e cinquenta e nove normas de orientação clínica. Nesta Tese é feita uma avaliação do impacto que estratégias de disseminação de normas de orientação clínica têm no padrão de prescrição dos médicos e uma avaliação qualitativa do processo das normas de orientação clínica em Portugal. Métodos: O primeiro artigo é um estudo quasi experimental usando uma série de análises temporais interrompida para comparar os níveis observados e esperados de prescrição de inibidores da ciclooxigenasa-2, antes e depois da publicação da norma de orientação clínica sobre a utilização de anti-inflamatórios não esteroides. O segundo estudo é um artigo de opinião e debate no qual numa primeira parte contextualiza o processo das normas da Direcção Geral da Saúde, na segunda parte aponta virtudes e defeitos no processo e a terceira parte constitui uma contribuição com vista à melhoria do processo. Discussão A produção de normas de orientação clínica requer metodologia rigorosa e complexa. A literatura médica revela que a translação de conhecimento é uma tarefa árdua. Estratégias de implementação ativas requerem recursos financeiros e organizacionais sólidos. Estratégias de implementação passivas podem representar uma solução aceitável se os recursos financeiros e organizacionais escasseiam. Pouco é conhecido sobre a eficácia destas estratégias fora do contexto de investigação. Com esta Tese pretendo contribuir para a clarificação desta resposta, outros países e instituições podem ver utilidade nesta informação, bem como pretendo contribuir para a discussão e melhoria do processo das normas de orientação clínica em Portugal. ------------------ ABSTRACT: Introduction Clinical practice guidelines can help address the failure to translate research findings into clinical practice. Active clinical practice guidelines implementation strategies require active efforts from organizations and are resource and financially demanding. Passive implementation strategies may represent the only option if resources are scarce. Out of research environment, real world efficacy of passive implementation strategies is still undetermined. Since 2011 the Portuguese General Health Directorate published one hundred and fifty nine guidelines. In this Thesis I evaluate the impact of passive dissemination of clinical practice guideline in clinician’s prescription behavior and review, from a qualitative point of view, the Portuguese clinical practice guideline process. Methods The first study is a quasi-experimental study using a retrospective interrupted time-series analysis design to compare the observed and expected prescription of cyclooxygenase-2 before and after the non steroidal antiinflammatory guideline publication. The second study is an opinion and debate article in which I firstly review the General Health Directorate guideline process. The second part states positive and negative aspects in the process and the third part is a contribution aimed at improving the process in the future. Discussion Clinical practice guidelines production demands a rigorous and complex methodology. medical iterature reveals that knowledge translation is a difficult task. Active implementation strategies demand solid financial and organizational resources. Passive implementation strategies may represent an acceptable solution if financial and organizational resources are scarce. Little is known about the efficacy of these strategies out of the research context. With this Thesis I intend to contribute to clarify this question, other countries and institutions with similar conditions may find this information useful, and also to contribute for the discussion and general improvement of national clinical practice guidelines process.

Building 3D City Models: Testing and Comparing Laser Scanning and Low-Cost UAV Data Using FOSS Technologies

Contém resumo

The transformation of work? A quantitative evaluation of changes in work in Portugal

This report is made for the Work Package 15 of WORKS project and tries to develop more information on the Portuguese situation in the work structures changes in the recent years. It starts with an analysis of socio- economical indicators (Macro economical indicators, Employment indicators, Consumption, Technology at the workplace, Productivity), and then approaches the situation in terms of work flexibility in its dimensions of time use and New forms of work organisation. It traces employment in business functions with a sectoral and occupational approach, and analyses the occupational change in South Europe with particular relevance to Portugal (skill utilisation and job satisfaction, occupational and industrial mobility, quantitative evaluation of the shape of employment in Europe. Finaly are analysed the globalisation indicators.

Component-based software engineering: a quantitative approach

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Doutor em Informática pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Modelação 3D de um subsector das mineralizações auríferas de casas novas, Montemor-o-Novo

Dissertação apresentada à Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Geológica (Georrecursos)

Gestão de produto PREMFIRE – sistema de informação geográfica 3D para apoio ao combate a incêndios.

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Ciência e Sistemas de Informação Geográfica.

Sentido de coerência : ligação materno-fetal e estilo de vida da mulher durante a gravidez

RESUMO - Um dos grandes desafios actuais enfrentados pela Saúde Pública diz respeito ao fardo representado pelas doenças crónicas não transmissíveis enquanto co-responsáveis pela maioria das mortes que ocorrem no mundo, pela significativa e progressiva redução da qualidade de vida e aumento das incapacidades dos indivíduos afectados e por uma fasquia bastante elevada das despesas em saúde. Entretanto, a complexa dinâmica genética, biológica, psicológica, afectiva, sócio-cultural e ambiental que envolve o comportamento humano, tão amplamente relacionado com algumas destas doenças – doenças cardiovasculares, alguns tipos de cancro, obesidade, hipertensão, diabetes e doenças osteo-articulares – impõe o desafio constante da busca de novas e efectivas intervenções em promoção da saúde que influenciem positivamente os estilos de vida dos indivíduos, dos grupos e das comunidades. Sendo o sentido de coerência um traço da personalidade do indivíduo desenvolvido sob a influência directa ou indirecta dos mesmo factores acima referidos, o estabelecimento de uma relação entre este constructo e os comportamentos humanos pode revelar-se promissor para a elaboração de novas intervenções em promoção da saúde. Por sua vez, a gravidez, talvez por influência da ligação materno-fetal, pode representar um ponto de viragem na vida da mulher no que respeita ao sentido de coerência e aos comportamentos de saúde e um bom começo na vida do bebé que irá nascer sob a influência dos mesmos. Com a finalidade de contribuir para a construção de intervenções efectivas em promoção da saúde, através da descoberta de prováveis potencialidades salutogénicas dos constructos referidos – sentido de coerência e ligação materno-fetal –, foi desenvolvido um estudo quantitativo, observacional que teve por objectivos: ampliar o conhecimento sobre as mudanças do sentido de coerência no decorrer da vida, especificamente durante a gravidez; ampliar o conhecimento acerca das relações de alguns factores de natureza sócio-demográfica, psico-afectiva e obstétrica com o sentido de coerência das mulheres grávidas e com a ligação materno-fetal; e identificar possíveis relações entre o sentido de coerência, a ligação materno-fetal e o estilo de vida das mulheres grávidas, este último representado pelos hábitos alimentares, consumo de cafeína, consumo de álcool, hábitos tabágicos, prática regular de actividade física e ganho de peso durante a gravidez. O presente relatório descreve a concepção e os resultados deste estudo, que envolveu a uma amostra de 61 mulheres grávidas que estavam a ser acompanhadas nos serviços de saúde materna dos Centros de Saúde de Carnaxide extensão Linda-a-Velha e de Oeiras, no Distrito de Lisboa, Portugal, entre os meses de Fevereiro e Julho de 2005. Os resultados demonstram que, para a amostra de 61 mulheres grávidas que responderam ao inquérito por questionário de auto-resposta, foram encontradas associações estatisticamente significativas entre o sentido de coerência e a escolaridade e entre o sentido de coerência e a percepção do próprio estado de saúde. Além disso, foi encontrada alguma evidência das associações entre o sentido de coerência e a faixa etária, estado civil e rendimento mensal familiar e foi observada alguma tendência para que as mulheres grávidas com níveis de sentido de coerência mais elevados consumissem menos álcool do que as mulheres grávidas com níveis de sentido de coerência inferiores. Entretanto, as demais associações testadas não foram confirmadas. Relativamente à ligação materno-fetal, foram encontradas, para a amostra de 41 mulheres grávidas que participaram do segundo momento de colheita de dados do estudo, entre a 20ª e a 24ª semanas de gravidez, associações estatisticamente significativas com a escolaridade e o nível de rendimento familiar das mulheres grávidas, não tendo sido confirmadas as demais associações testadas. Embora não tenham sido estatisticamente evidenciadas as relações entre o sentido de coerência e a ligação materno-fetal e entre estes e os comportamentos de saúde, o carácter preliminar destes resultados, devido à subjectividade do processo de selecção não probabilístico da amostra estudada e à reduzida dimensão desta amostra, e a escassez de estudos descritos na literatura fazem com que seja prudente a realização de estudos de follow-up, com amostras de maiores dimensões, aleatórias e representativas da população, para que sejam estabelecidas quaisquer conclusões acerca destas questões.-----------------------------ABSTRACT - One of the greatest challenges faced by Public Health in nowadays is the burden represented by chronic diseases as co-responsible for the majority of deaths that occurs in the world, for the meaningful and progressive reduction of quality of life and increase of disabilities in affected individuals and for an important part of health expenses. However, the complexity of the genetic, biological, psychological, emotional, social, cultural and environmental dynamics that involves human behaviours related to some of these diseases – cardiovascular diseases, some kind of cancers, obesity, hypertension, diabetes and joint and bone diseases – poses the continuous challenge of searching for new and effective interventions of health promotion that positively influence individuals, groups and community lifestyles. Due to the fact that sense of coherence is an individual personality trace directly or indirectly influenced by the same factors listed above, the discovery of a relationship between this construct and human behaviours might be promising to the creation of new health promotion interventions. On the other hand, pregnancy may represent a turn point to the mother’s life and a good start in the baby’s life in relation to sense of coherence and health behaviours and It might occur because of the influence of maternal-fetal attachment. With the purpose of contributing with the creation of effective health promotion interventions through the discovery of probable salutogenic potentials in the referred constructs – sense of coherence and maternal-fetal attachment – , it was developed a quantitative observational study with the following objectives: to increase knowledge about changes in sense of coherence throughout life, specifically during pregnancy; to increase knowledge about the relationship between sense of coherence and maternal-fetal attachment and some social, demographical, psychological, emotional and obstetric factors of pregnant women; to identify probable relationships between sense of coherence, maternal-fetal attachment and pregnant women’s lifestyles, represented by diet habits, caffeine consumption, alcohol consumption, smoking habits, physical activity habits and weigh gain during pregnancy. This report describes the structure and the findings of this study involving a sample of 61 pregnant women who had been followed by health professionals in the mother health services of Carnaxide (Linda-a-Velha unity) and Oeiras Health Centres, in Lisbon, Portugal, between February and July of 2005. The results show that, for the 61 pregnant women who filled the self-reported questionnaire, it was found a statistically significant association between sense of coherence and education level. It was also found some evidence of the associations between sense of coherence and age, marital status and mensal household income and a trend toward pregnant women with higher levels of sense of coherence to drink less alcoholic beverages than pregnant women with lower levels of sense of coherence. However, the others associations tested were not confirmed. Regarding maternal-fetal attachment, it was found, for the sample of 41 women who participated in the second moment of data collection, between the 20th and the 24th week of pregnancy, statistically significant associations with education level and mensal household income. The others associations tested were not confirmed. Although the associations between sense of coherence and maternal-fetal attachment and between these constructs and health behaviours were not confirmed, all findings presented here are considered preliminary because of small dimension of sample and non-probabilistic criteria used for sample selection. What’s more, there are almost no studies described in the literature which could confirm or contradict these findings. Therefore, it is better to be careful and develop follow-up studies, with bigger and representative of population samples, before draw any conclusions about these theme.

Profissões : sinergias entre o video interactivo e o 3D estereoscópico

Trabalho de Projecto apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Novos Media e Práticas Web

Communication and choice in yeast mating

Dissertação apresentada para obtenção do grau de doutor em Biologia de Sistemas pelo Instituto de Tecnologia Química e Biológica da Universidade Nova de Lisboa.

Quantitative assessment of modularity of caesarJ components

Dissertação apresentada no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Modelos geológicos estocásticos 3D e interface para modelos de simulação de fluxo: aplicação à área subjacente da antiga fábrica da SPEL

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Geológica (Georrecursos)

Concepção de um aparelho de medição 3D da coluna vertebral: Desenvolvimento de um software de detecção de apófises espinhosas e cálculo da distância ântero-posterior

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Sustentabilidade e bem-estar humano : duas faces da mesma moeda? : estudo exploratório do bem estar subjectivo em comunidades intencionais que vivem segundo princípios de sustentabilidade

RESUMO - Nos últimos vinte anos tem-se assistido a uma crescente consciencialização de que os nossos estilos de vida são insustentáveis aos níveis económico, social e ambiental, o que tem repercussões na nossa saúde e bem-estar. Do crescimento populacional à pobreza e inequidade geradas pelo modelo de “crescimento económico” actual, à perda de biodiversidade e disrupção dos ecossistemas naturais, ao desmesurado crescimento urbano, à poluição e acumulação de desperdícios, às alterações climáticas, ao isolamento individual e à diminuição do capital social na sociedade do consumo: a necessidade de desenvolvimento sustentável e gerador de bem-estar nunca foi tão grande e evidente. Ao longo dos últimos anos têm surgido comunidades intencionais que se organizam segundo princípios de sustentabilidade, como um fenómeno de contra-cultura – as Ecoaldeias (Ecovillages). No entanto, os benefícios para a saúde e bem-estar deste tipo de comunidades não são ainda claros, sendo a experiência de investigação nesta área escassa. O estudo aqui proposto visa conhecer, a título exploratório, os níveis de bem-estar subjectivo em comunidades intencionais que vivem segundo princípios de sustentabilidade em Portugal, se estes níveis são melhores que na população em geral, e quais os factores percebidos que o influenciam. Para tal, terá componentes quantitativas e qualitativas e irá basear-se num questionário auto-administrado aos residentes das Ecoaldeias portuguesas, que inclui o Índice de Bem-estar Pessoal - uma escala de medição do Bem-estar subjectivo validada para a população portuguesa. As suas conclusões poderão contribuir para o desenvolvimento de abordagens mais elaboradas, capazes de edificar uma infra-estrutura teórica para o sistema de conceitos em foco, tão necessária quer a investigações com maior potencial explicativo, quer a decisões com melhor fundamento. ------------ ABSTRACT - Over the past twenty years there has been a growing awareness that the way we live is unsustainable at the economic, social and environmental level, which has impact in our health and wellbeing. From the population growth to poverty and inequity generated by the current model of economic growth, to biodiversity loss and disruption of natural ecosystems, to disproportionate urban growth, to pollution and waste accumulation, to climate change and the individual isolation social loss capital in the consumption society: the need for a development that is sustainable and generates wellbeing has never been greater and more evident. Over the last years intentional communities who live according to principles of sustainability have emerged, has a phenomenon of counter-culture - the ecovillages. The health and wellbeing benefits of this type of communities are not clear, as the investigation in this area is little. The aim of this exploratory study is to know the levels of subjective wellbeing of such communities, in Portugal, if these levels are different from the general population and what are the main perceived contributing factors. This study will have a qualitative and quantitative component and will be based in the application of a self-administered questionnaire that includes the Subjective Wellbeing Index, a measurement scale of subjective wellbeing, validated for the Portuguese population. Its findings may contribute to the development of more elaborate approaches that allow to build a theoretical framework for the system of concepts focused, needed both for further investigations with more explanatory potential, as for more grounded decision-making, to tackle the challenges of sustainable development.

Interacções de proteínas do plasma com potenciais fármacos: estudos 3D a nível molecular

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia