Bioprocess design of canine adenovirus vectors for gene therapy applications

The potential of human adenovirus vectors as vehicles for gene transfer with clinical applications in vaccination, cancer treatment and in many monogenic and acquired diseases has been demonstrated in several studies and clinical trials. However, the clinical use of these vectors can be limited by pre-existing humoral and cellular anti-capsid immunity. One way to circumvent this bottleneck while keeping the advantages of using adenovirus vectors is using non-human viruses such as Canine Adenovirus type 2 (CAV-2). Moreover, CAV-2 vectors present attractive features to develop potential treatment of neurodegenerative and ocular disorders. While the interest in CAV-2 vectors increases, scalable and robust production processes are required to meet the need for preclinical and possibly clinical uses.(...)

Flood resilient housing recovery models: a theoretical case study in Maldives

Natural disasters are events that cause general and widespread destruction of the built environment and are becoming increasingly recurrent. They are a product of vulnerability and community exposure to natural hazards, generating a multitude of social, economic and cultural issues of which the loss of housing and the subsequent need for shelter is one of its major consequences. Nowadays, numerous factors contribute to increased vulnerability and exposure to natural disasters such as climate change with its impacts felt across the globe and which is currently seen as a worldwide threat to the built environment. The abandonment of disaster-affected areas can also push populations to regions where natural hazards are felt more severely. Although several actors in the post-disaster scenario provide for shelter needs and recovery programs, housing is often inadequate and unable to resist the effects of future natural hazards. Resilient housing is commonly not addressed due to the urgency in sheltering affected populations. However, by neglecting risks of exposure in construction, houses become vulnerable and are likely to be damaged or destroyed in future natural hazard events. That being said it becomes fundamental to include resilience criteria, when it comes to housing, which in turn will allow new houses to better withstand the passage of time and natural disasters, in the safest way possible. This master thesis is intended to provide guiding principles to take towards housing recovery after natural disasters, particularly in the form of flood resilient construction, considering floods are responsible for the largest number of natural disasters. To this purpose, the main structures that house affected populations were identified and analyzed in depth. After assessing the risks and damages that flood events can cause in housing, a methodology was proposed for flood resilient housing models, in which there were identified key criteria that housing should meet. The same methodology is based in the US Federal Emergency Management Agency requirements and recommendations in accordance to specific flood zones. Finally, a case study in Maldives – one of the most vulnerable countries to sea level rise resulting from climate change – has been analyzed in light of housing recovery in a post-disaster induced scenario. This analysis was carried out by using the proposed methodology with the intent of assessing the resilience of the newly built housing to floods in the aftermath of the 2004 Indian Ocean Tsunami.

Aplicação do CRM no contexto do bloco operatório

RESUMO - Introdução: Na última década, inúmera literatura sobre temas de saúde, principalmente abordando a Segurança do Doente, foca a necessidade e a importância do conceito de trabalho em equipa e da sua implementação na atividade dos profissionais de saúde. É também referido, como exemplo a seguir, por analogia e com a devida adaptação, o conceito e a metodologia do Crew Resource Management (CRM) da aviação civil, em que vários autores reviram a evidência da sua aplicação à medicina e concluíram que era uma ferramenta útil em formação não-técnica para a prática da cirurgia segura. Porquê esta analogia entre a saúde e a aviação civil? Porquê este despertar na saúde para o trabalho em equipa e, principalmente, baseando-se na metodologia do CRM da aviação civil? Qual a importância da formação não-técnica e como pode esta ser adaptada à atividade dos profissionais da saúde, nomeadamente no bloco operatório? São estas as principais questões que irão ser investigadas e analisadas ao longo deste estudo. Objetivos: Na aviação civil, a segurança é uma das prioridades desta indústria e um dos pilares da sua sustentabilidade. Sendo a indústria da aviação civil, como a saúde, uma atividade complexa importa em primeiro lugar compreender como a segurança deve ser abordada nas organizações complexas. Depois de compreendermos os quatro pilares da segurança (política, risco, garantia e promoção) aplicados na aviação civil, analisaremos a necessidade da formação não-técnica, explicando a importância da metodologia do CRM na aviação civil e a possibilidade da “importação” dos seus conceitos pela saúde. Metodologia: Para aferirmos a necessidade de formação não-técnica pelos profissionais da saúde foi desenvolvido um inquérito aos alunos finalistas dos Cursos de Enfermagem e dos Cursos de Medicina e outro inquérito a profissionais da saúde, Enfermeiros e Médicos (Anestesista e Cirurgião) com funções no Bloco Operatório, para responderem às seguintes inquietações:  Tiveram os profissionais de saúde formação formal na sua licenciatura ou pós-graduação em temas sobre comunicação, trabalho em equipa, gestão do erro, gestão do stress, liderança, atitudes e comportamentos para um trabalho em equipa eficiente e seguro?  Tiveram formação inicial no início da sua carreira e formação recorrente equivalente sobre estes temas ao longo da sua carreira?  Estão os profissionais de saúde preparados, com conhecimentos obtidos em formação formal, para trabalhar em equipa? Pretendeu-se igualmente, através de inquérito, saber se os alunos finalistas das licenciaturas acima identificadas consideram importante para a sua futura atividade como profissionais de saúde possuírem competências não-técnicas para o trabalho em equipa para evitarem os eventos adversos. No referido inquérito será também questionado quais as matérias a abordar nas licenciaturas (ou em outra etapa da formação), consideradas necessárias para se obterem competências de trabalho em equipa e qual a opinião sobre a frequência da formação recorrente sobre estes temas. Conclusão: O trabalho ficará concluído com uma proposta de conteúdos programáticos para a formação não-técnica dos profissionais de saúde, para a sua formação inicial e para a formação recorrente ao longo da carreira, baseada na metodologia do CRM da aviação civil. Objetivo final: Como objetivo final do estudo pretende-se contribuir, através da aplicação de formação não-técnicas aos profissionais de saúde, para a melhoria da Segurança do Doente nos cuidados em saúde.

Scaling In-Memory databases on multicores

Current computer systems have evolved from featuring only a single processing unit and limited RAM, in the order of kilobytes or few megabytes, to include several multicore processors, o↵ering in the order of several tens of concurrent execution contexts, and have main memory in the order of several tens to hundreds of gigabytes. This allows to keep all data of many applications in the main memory, leading to the development of inmemory databases. Compared to disk-backed databases, in-memory databases (IMDBs) are expected to provide better performance by incurring in less I/O overhead. In this dissertation, we present a scalability study of two general purpose IMDBs on multicore systems. The results show that current general purpose IMDBs do not scale on multicores, due to contention among threads running concurrent transactions. In this work, we explore di↵erent direction to overcome the scalability issues of IMDBs in multicores, while enforcing strong isolation semantics. First, we present a solution that requires no modification to either database systems or to the applications, called MacroDB. MacroDB replicates the database among several engines, using a master-slave replication scheme, where update transactions execute on the master, while read-only transactions execute on slaves. This reduces contention, allowing MacroDB to o↵er scalable performance under read-only workloads, while updateintensive workloads su↵er from performance loss, when compared to the standalone engine. Second, we delve into the database engine and identify the concurrency control mechanism used by the storage sub-component as a scalability bottleneck. We then propose a new locking scheme that allows the removal of such mechanisms from the storage sub-component. This modification o↵ers performance improvement under all workloads, when compared to the standalone engine, while scalability is limited to read-only workloads. Next we addressed the scalability limitations for update-intensive workloads, and propose the reduction of locking granularity from the table level to the attribute level. This further improved performance for intensive and moderate update workloads, at a slight cost for read-only workloads. Scalability is limited to intensive-read and read-only workloads. Finally, we investigate the impact applications have on the performance of database systems, by studying how operation order inside transactions influences the database performance. We then propose a Read before Write (RbW) interaction pattern, under which transaction perform all read operations before executing write operations. The RbW pattern allowed TPC-C to achieve scalable performance on our modified engine for all workloads. Additionally, the RbW pattern allowed our modified engine to achieve scalable performance on multicores, almost up to the total number of cores, while enforcing strong isolation.