Controlling gene expression in enterobacteriaceae: studies on sRNAs and strategies for synthetic biology

Dissertation presented to obtain the Master Degree in Molecular, Genetics and Biomedicine

Evaluation and optimization of a session-based middleware for data management

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Comunicação, Media e Deliberação: O Público e a Crise Iraquiana

Tese apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Doutor em Ciências da Comunicação, Comunicação e Ciências Sociais

Engineered structures for the profiling and enrichment of the phosphoproteome

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Bioengenharia (MIT-Portugal)

Estudos de nutrição para a produção de clamidósporos de Pochonia chlamydosporia em cultura líquida estacionária

O fungo nematófago Pochonia chlamydosporia, estirpe PcMR, tem a capacidade de produzir clamidósporos em cultura líquida. Neste estudo quantificou-se o efeito da adição de hidratos de carbono (glucose, sacarose ou amido) ao meio basal de produção de clamidósporos (ALMA), e o efeito da substituição da lecitina no meio ALMA por outro lípido (ácidos gordos ou triglicéridos). Determinou-se as curvas de crescimento de clamidósporos e peso seco para o meio basal e meios ALMA + glucose, sendo medido o consumo de albumina, lecitina e glucose. Foram obtidas produções elevadas de clamidósporos (superior a 5X105 clamidósporos/ml) nos meios com 0 a 5g/L de glucose ou sacarose. A adição de maiores quantidades de hidratos de carbono ao meio ALMA leva à diminuição da produção de clamidósporos e a um aumento proporcional do peso seco. Ácidos gordos insaturados no meio ALMA permitem obter produções de clamidósporos superiores às obtidas com ácidos gordos saturados ou triglicéridos mas inferiores às obtidas com lecitina. No entanto, o peso seco final é menor quando se utiliza meio ALMA contendo ácidos gordos insaturados do que com quando se utilizam os restantes lípidos mais complexos estudados. O fungo desenvolve-se mais rapidamente nos meios com glucose, embora nesses meios a produção de clamidósporos se inicie mais tarde. Com elevadas quantidades de glucose no meio, o consumo de albumina é limitado, e a produção de clamidósporos é reduzida. Estes resultados mostram que os meios líquidos podem ser utilizados para a produção de elevadas quantidades de clamidósporos, permitem estabelecer alguns dos componentes mais importantes no processo de optimização industrial, e estabelecem a lecitina como o lípido mais importante na produção de clamidósporos.

Estado de direito consuetudinário. Os problemas jusfilosóficos do pluralismo jurídico e das fontes do direito

Com a presente dissertação pretende-se elaborar uma síntese do que se entende hoje por pluralismo jurídico, suas categorizações e reconhecimento nos ordenamentos jurídicos contemporâneos, visando a determinação do lugar que o costume jurídico ocupa. O principal objetivo consiste em desenvolver uma reflexão filosófica sobre a relação dialética entre o Estado e o Direito nas suas manifestações pluralísticas. O método de tematização das matérias assenta numa incessante identificação de problemas que o Direito Consuetudinário suscita, ancorando-se em última análise ao relativismo epistemológico e suas alternativas enquanto princípio aplicado à investigação de conteúdos filosóficos.Com efeito, o tema central da presente dissertação cai no domínio da Filosofia do Direito e funda-se no pressuposto de que a prática filosófica explora problemas e experiências revelados pela tradição em que se realiza. Por isso, o desafio reside na necessidade de explicar a razão por que a modernidade ocidental revela os indícios da sua própria crise, sendo esta suscetível de ser analisada a partir da inadequação do modelo de Estado-nação e dos ordenamentos jurídicos a que dá lugar em determinados contextos históricos. A dimensão empírica da demonstração constrói-se em torno de proposições e premissas que sustentam a descrição dos ordenamentos jurídicos procurando abordar as suas singularidades através de um repertório de casos com a finalidade de identificar os princípios e as normas constitucionais que tematizam essas matérias, avaliando o grau de pertinência das soluções e das respostas perante as questões formuladas.

Optimização de catalisadores básicos provenientes de casca de ovo activos na produção de biodiesel

Uma das dificuldades no que concerne à utilização e produção do biodiesel e que ainda persiste, diz respeito ao recurso a bases fortes como catalisadores num processo homogéneo. Para além destes serem nocivos para o ambiente, possuem o inconveniente de produzirem sabões, os quais dificultam a separação do biodiesel formado. Assim sendo, neste trabalho foi estudada a transesterificação de triglicéridos com metanol, recorrendo a um processo catalítico heterogéneo. Os catalisadores que foram testados são sustentáveis do ponto de vista ambiental e económico, pois foram preparados a partir de casca de ovo. Os catalisadores preparados podem ser agrupados em três diferentes grupos:  ESC1: grupo de amostras catalíticas calcinadas uma vez  ESC2: grupo de amostras catalíticas sujeitas a tratamentos com água durante diferentes tempos  ESCUS: grupo de amostras catalíticas sujeitas ao tratamento em ultrassons durante diferentes tempos Durante o trabalho efectuado, foram realizados testes catalíticos com todos os catalisadores preparados, a fim de perceber a influência das diferentes condições de preparação na actividade catalítica demonstrada para a reacção estudada. Todos os catalisadores preparados e testados laboratorialmente revelaram ser activos na reacção de transesterificação do óleo de soja. No grupo ESC2 foi efectivamente criada porosidade e no grupo ESCUS foram fragmentadas as partículas do catalisador. A fim de perceber a influência da actividade catalítica com as modificações estruturais dos catalisadores, algumas das amostras pertencentes aos diferentes grupos foram caracterizadas mediante difracção de Raio-X (XRD), microscopia electrónica de transmissão (TEM) e caracterização textural através da obtenção das isotérmicas de adsorção e dessorção de azoto. Palavras-chave: Transesterificação; Biodiesel; Actividade Catalítica; Calcinação; Tratamento com água; Tratamento no ultrassons.

Novel affinity pairs "tag-receptor" for the purification of fusion proteins

Fundação para a Ciência e Tecnologia - SFRH/BD/48804/2008 and the project PTDC/BI/65383/2006 assigned to Prof. Cecíla Roque and also to Associate Laboratory REQUIMTE (Pest-C/EQB/LA0006/2011)

Análise e propostas de alteração ao modelo de abertura de lojas numa cadeia de franchising

O franchising é um modelo organizacional presente em diversos sectores da economia. A decisão de franquear um negócio está muitas vezes associada à política de expansão adotada, quer nacional, quer internacional. Note-se que este modelo constitui o pilar da internacionalização de empresas espalhadas por todo o mundo, como é o caso da McDonald’s. Além disso, surge como uma ferramenta ao dispor dos empreendedores, quer sejam franqueadores ou franqueados. Por um lado, é apontado como um meio de fazer face às restrições de capital a que os empreendedores franqueadores estão sujeitos. Por outro lado, permite aos empreendedores franqueados investir num modelo de negócio comprovado e assim reduzir o risco associado à iniciação de um novo negócio. Tal como de seria de esperar, também o franchising tem sido afetado pela atual conjuntura económico-financeira, sendo cada vez mais importante que os franqueadores desenvolvam mecanismos que permitam atrair um maior número de franqueados, como por exemplo, um maior apoio um maior apoio financeiro durante o investimento inicial. No entanto, uma das principais vantagens apontadas ao franchising para o franqueador é a utilização de capital e de trabalho dos franqueados para aumentar o tamanho da rede de franquia. Esta situação traduz-se num tradeoff para as entidades franqueadoras. Tendo em conta todos os aspetos apontados nos parágrafos anteriores e a exigência dos objetivos internos da organização em termos de número de lojas abertas, a entidade franqueadora em estudo está disposta a assumir um papel mais ativo durante o processo de abertura. Por um lado pretende incorrer num maior nível de investimento inicial de modo a conseguir atrair um maior número de franqueados, e por outro lado, pretende assumir as responsabilidades mais problemáticas do franqueado no momento de abertura, tornando assim o processo mais ágil. Posto isto, o principal objetivo da presente dissertação é analisar o modelo atual de abertura de lojas e apresentar um conjunto de propostas de alteração que vão ao encontro das indicações dadas pela entidade franqueadora. Uma das propostas apresentadas passa pela transferência de atividades do franqueado para o franqueador, bem como os seus respetivos custos. Outra das propostas, alternativa à primeira mas menos agressiva, passa pela transferência dessas mesmas atividades, no entanto o franqueador assume os custos no momento inicial e ajusta um modelo de pagamento com o franqueado ao longo dos anos de exploração. É apresentada ainda outra proposta relacionada com a diminuição da garantia bancária. É realizada uma análise económico-financeira das propostas apresentadas na perspetiva do franqueado e na perspetiva do franqueador. Pretende-se que os impactos sejam positivos para o franqueado, mas ao mesmo tempo que não diminuam significativamente a rentabilidade da entidade franqueadora. No final, são apresentadas propostas de trabalho futuro e as limitações ao estudo realizado.

Impact of using different radiation therapy techniques in breat cancer: contralateral breast dose

RESUMO: O cancro de mama e o mais frequente diagnoticado a indiv duos do sexo feminino. O conhecimento cientifico e a tecnologia tem permitido a cria ção de muitas e diferentes estrat egias para tratar esta patologia. A Radioterapia (RT) est a entre as diretrizes atuais para a maioria dos tratamentos de cancro de mama. No entanto, a radia ção e como uma arma de dois canos: apesar de tratar, pode ser indutora de neoplasias secund arias. A mama contralateral (CLB) e um orgão susceptivel de absorver doses com o tratamento da outra mama, potenciando o risco de desenvolver um tumor secund ario. Nos departamentos de radioterapia tem sido implementadas novas tecnicas relacionadas com a radia ção, com complexas estrat egias de administra ção da dose e resultados promissores. No entanto, algumas questões precisam de ser devidamente colocadas, tais como: E seguro avançar para tecnicas complexas para obter melhores indices de conformidade nos volumes alvo, em radioterapia de mama? O que acontece aos volumes alvo e aos tecidos saudaveis adjacentes? Quão exata e a administração de dose? Quais são as limitações e vantagens das técnicas e algoritmos atualmente usados? A resposta a estas questões e conseguida recorrendo a m etodos de Monte Carlo para modelar com precisão os diferentes componentes do equipamento produtor de radia ção(alvos, ltros, colimadores, etc), a m de obter uma descri cão apropriada dos campos de radia cão usados, bem como uma representa ção geometrica detalhada e a composição dos materiais que constituem os orgãos e os tecidos envolvidos. Este trabalho visa investigar o impacto de tratar cancro de mama esquerda usando diferentes tecnicas de radioterapia f-IMRT (intensidade modulada por planeamento direto), IMRT por planeamento inverso (IMRT2, usando 2 feixes; IMRT5, com 5 feixes) e DCART (arco conformacional dinamico) e os seus impactos em irradia ção da mama e na irradia ção indesejada dos tecidos saud aveis adjacentes. Dois algoritmos do sistema de planeamento iPlan da BrainLAB foram usados: Pencil Beam Convolution (PBC) e Monte Carlo comercial iMC. Foi ainda usado um modelo de Monte Carlo criado para o acelerador usado (Trilogy da VARIAN Medical Systems), no c odigo EGSnrc MC, para determinar as doses depositadas na mama contralateral. Para atingir este objetivo foi necess ario modelar o novo colimador multi-laminas High- De nition que nunca antes havia sido simulado. O modelo desenvolvido est a agora disponí vel no pacote do c odigo EGSnrc MC do National Research Council Canada (NRC). O acelerador simulado foi validado com medidas realizadas em agua e posteriormente com c alculos realizados no sistema de planeamento (TPS).As distribui ções de dose no volume alvo (PTV) e a dose nos orgãos de risco (OAR) foram comparadas atrav es da an alise de histogramas de dose-volume; an alise estati stica complementar foi realizadas usando o software IBM SPSS v20. Para o algoritmo PBC, todas as tecnicas proporcionaram uma cobertura adequada do PTV. No entanto, foram encontradas diferen cas estatisticamente significativas entre as t ecnicas, no PTV, nos OAR e ainda no padrão da distribui ção de dose pelos tecidos sãos. IMRT5 e DCART contribuem para maior dispersão de doses baixas pelos tecidos normais, mama direita, pulmão direito, cora cão e at e pelo pulmão esquerdo, quando comparados com as tecnicas tangenciais (f-IMRT e IMRT2). No entanto, os planos de IMRT5 melhoram a distribuição de dose no PTV apresentando melhor conformidade e homogeneidade no volume alvo e percentagens de dose mais baixas nos orgãos do mesmo lado. A t ecnica de DCART não apresenta vantagens comparativamente com as restantes t ecnicas investigadas. Foram tamb em identi cadas diferen cas entre os algoritmos de c alculos: em geral, o PBC estimou doses mais elevadas para o PTV, pulmão esquerdo e cora ção, do que os algoritmos de MC. Os algoritmos de MC, entre si, apresentaram resultados semelhantes (com dferen cas at e 2%). Considera-se que o PBC não e preciso na determina ção de dose em meios homog eneos e na região de build-up. Nesse sentido, atualmente na cl nica, a equipa da F sica realiza medi ções para adquirir dados para outro algoritmo de c alculo. Apesar de melhor homogeneidade e conformidade no PTV considera-se que h a um aumento de risco de cancro na mama contralateral quando se utilizam t ecnicas não-tangenciais. Os resultados globais dos estudos apresentados confirmam o excelente poder de previsão com precisão na determinação e c alculo das distribui ções de dose nos orgãos e tecidos das tecnicas de simulação de Monte Carlo usados.---------ABSTRACT:Breast cancer is the most frequent in women. Scienti c knowledge and technology have created many and di erent strategies to treat this pathology. Radiotherapy (RT) is in the actual standard guidelines for most of breast cancer treatments. However, radiation is a two-sword weapon: although it may heal cancer, it may also induce secondary cancer. The contralateral breast (CLB) is a susceptible organ to absorb doses with the treatment of the other breast, being at signi cant risk to develop a secondary tumor. New radiation related techniques, with more complex delivery strategies and promising results are being implemented and used in radiotherapy departments. However some questions have to be properly addressed, such as: Is it safe to move to complex techniques to achieve better conformation in the target volumes, in breast radiotherapy? What happens to the target volumes and surrounding healthy tissues? How accurate is dose delivery? What are the shortcomings and limitations of currently used treatment planning systems (TPS)? The answers to these questions largely rely in the use of Monte Carlo (MC) simulations using state-of-the-art computer programs to accurately model the di erent components of the equipment (target, lters, collimators, etc.) and obtain an adequate description of the radiation elds used, as well as the detailed geometric representation and material composition of organs and tissues. This work aims at investigating the impact of treating left breast cancer using di erent radiation therapy (RT) techniques f-IMRT (forwardly-planned intensity-modulated), inversely-planned IMRT (IMRT2, using 2 beams; IMRT5, using 5 beams) and dynamic conformal arc (DCART) RT and their e ects on the whole-breast irradiation and in the undesirable irradiation of the surrounding healthy tissues. Two algorithms of iPlan BrainLAB TPS were used: Pencil Beam Convolution (PBC)and commercial Monte Carlo (iMC). Furthermore, an accurate Monte Carlo (MC) model of the linear accelerator used (a Trilogy R VARIANR) was done with the EGSnrc MC code, to accurately determine the doses that reach the CLB. For this purpose it was necessary to model the new High De nition multileaf collimator that had never before been simulated. The model developed was then included on the EGSnrc MC package of National Research Council Canada (NRC). The linac was benchmarked with water measurements and later on validated against the TPS calculations. The dose distributions in the planning target volume (PTV) and the dose to the organs at risk (OAR) were compared analyzing dose-volume histograms; further statistical analysis was performed using IBM SPSS v20 software. For PBC, all the techniques provided adequate coverage of the PTV. However, statistically significant dose di erences were observed between the techniques, in the PTV, OAR and also in the pattern of dose distribution spreading into normal tissues. IMRT5 and DCART spread low doses into greater volumes of normal tissue, right breast, right lung, heart and even the left lung than tangential techniques (f-IMRT and IMRT2). However,IMRT5 plans improved distributions for the PTV, exhibiting better conformity and homogeneity in target and reduced high dose percentages in ipsilateral OAR. DCART did not present advantages over any of the techniques investigated. Di erences were also found comparing the calculation algorithms: PBC estimated higher doses for the PTV, ipsilateral lung and heart than the MC algorithms predicted. The MC algorithms presented similar results (within 2% di erences). The PBC algorithm was considered not accurate in determining the dose in heterogeneous media and in build-up regions. Therefore, a major e ort is being done at the clinic to acquire data to move from PBC to another calculation algorithm. Despite better PTV homogeneity and conformity there is an increased risk of CLB cancer development, when using non-tangential techniques. The overall results of the studies performed con rm the outstanding predictive power and accuracy in the assessment and calculation of dose distributions in organs and tissues rendered possible by the utilization and implementation of MC simulation techniques in RT TPS.

Sexualidade, Amor e Cosmopolitismo no Programa Erasmus

Esta investigação pretende dar a conhecer as motivações que levam os estudantes a fazer Erasmus e o impacto que este assume na vida íntima. Numa abordagem qualitativa de carácter exploratório pretende-se revelar as práticas e representações afectivo-sexuais analisando os discursos dos participantes. Partindo do conceito de modernidade reflexiva (Giddens, Beck e Lash, 1997), o objectivo deste trabalho é verificar o modo como a identidade, a sexualidade e o amor são exploradas na migração, e de que forma a individualização, o capital social e a procura de cosmopolitismo influenciam o desenvolvimento individual. Definindo o Erasmus como um ponto de viragem voluntário na construção de uma biografia individual, identificam-se formas de viver a sexualidade e a afectividade dentro desta experiência internacional e explora-se o significado que estas adquirem nas trajectórias individuais. A análise dos discursos das entrevistas permitiu identificar quatro tipos-ideais: Sexualidade Ausente, Sexualidade Suspensa, Sexualidade de Escape e Sexualidade Cosmopolita, que ilustram modos diversos de viver o Erasmus e diferenças entre as práticas e representações dos participantes. Na parte final deste trabalho, enunciam-se algumas questões relevantes a explorar em futuras investigações.

A vida como um jogo - Metáfora e esquecimento no primeiro Nietzsche

Pretende-se, neste estudo, levar a cabo uma investigação aos primeiros escritos de Friedrich Nietzsche, com o intuito de compreender de que forma o manifesto jovial interesse do filósofo pelas questões da linguagem pode revelar-nos uma perspectiva muito particular e peculiar sobre a vida e sobre o homem em relação com a vida. Para tal, tentar-se-á demonstrar que subjacente ao problema da linguagem está a questão - herdada de Kant e de Schopenhauer - da inacessibilidade, por parte dos homens, à «coisa em si», e que a esta questão, por sua vez, corresponde um esboço da constituição do homem enquanto insuficiente e incompleta perante a tarefa de conhecer a essência das coisas, de conhecer-se a si mesmo e ao seu papel no cosmos. Por outra parte, dependendo o conhecimento humano da linguagem conceptual, será de particular relevância, numa primeira instância, analisar a noção Nietzschiana de metáfora e, por consequência, o papel que o autor concede ao esquecimento. Será posto em evidência e sob análise o ponto de vista do filósofo segundo o qual a linguagem conceptual resulta de um processo duplamente metafórico que transforma um X para nós inacessível numa imagem e essa imagem, posteriormente, num som, ou seja, numa palavra. Concluir-se-á que, para que o homem possa crer na representatividade das palavras, de acordo com os escritos aurorais de Nietzsche, tornar-se-ia imperiosa a capacidade de esquecer a génese metafórica dos conceitos. Por outras palavras, apenas mediante o esquecimento poderia o homem viver com alguma tranquilidade e serenidade, confiando na verdade resultante do imenso edifício de conceitos por si mesmo criado. Ora, uma vez que tal verdade seria meramente humana, não correspondendo, como tal, a uma veritas aeterna, Nietzsche desenvolve, por um lado, uma crítica à razão pós-Socrática e à metafísica teísta, ambas vigentes na modernidade e sustentadas por uma racionalidade incapaz, por definição, de aceder à verdade, e, por outro lado, uma metafísica de artista pensada a partir dos gregos pré-Socráticos. Para que possamos entender esta metafísica, teremos de reflectir acerca da dicotomia, evidenciada, em especial, no Nascimento da Tragédia, entre Apolo e Dioniso, representando o primeiro um mundo de belas formas plásticas e de sonhos, e o segundo o Uno primordial que romperia com o principium individuationis apolíneo. Acima de tudo mais, será do intuito desta reflexão perceber como, no espírito da tragédia grega, no centro do conflito entre os impulsos dionisíacos e apolíneos, Nietzsche descobre um jogo de transitoriedade, i.e. do devir, e entender qual o papel que o filósofo concede, nesse jogo, ao indivíduo, ou seja, ao homem.