Biological predictors of survival in limphoma and mechanisms underlying follicular lymphoma transformaion into diffuse large B cell lymphoma (vol I e II)

RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrência da doença, predizer a resposta tumoral à terapêutica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos terapêuticos. Novos biomarcadores são especialmente necessários na abordagem clínica dos linfomas. Actualmente, esses tumores são diagnosticados através de uma combinação de características morfológicas, fenotípicas e moleculares, mas o prognóstico e o planeamento terapêutico estão quase exclusivamente dependentes de características clínicas. Estes factores clínicos são, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporção significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognóstico. O linfoma folicular (LF) é, globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. É tipicamente uma doença indolente com uma sobrevida média entre os 8 e 12 anos, mas é geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as células do LF recapitulam as células normais do centro germinativo na sua dependência de sobrevivência do microambiente não-tumoral, especialmente das células do sistema imunológico. Biomarcadores preditivos de transformação não existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrínseca de progressão do LF poderá revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expressão global de genes ('genomics') obtidos por técnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genéticas que possam representar mecanismos biológicos importantes de transformação. São descritos novos genes e alterações genómicas associados à transformação do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformação em LDGCB. A segunda, baseou-se em várias hipóteses centradas no microambiente do LF, rico em vários tipos de células nãomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrófagos, células T regulatórias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnóstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critérios clínicos, com a evolução clínica e, mais importante, com o risco de transformação em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) técnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas são facilmente acessíveis a partir das biopsias de diagnóstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transição rápida dos novos marcadores para a prática clínica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipóteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, são propostos e validados vários biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente não tumoral, sobretudo dependentes das células do sistema imunológico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opções para a abordagem clínica destas doenças e, eventualmente, novos alvos terapêuticos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (‘genomics’) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside” translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.

Detecção de correlação e causalidade em séries temporais não categóricas

Dissertação de Mestrado em Engenharia Informática

Resistência do betão à compressão em cubos VS cilindros

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil- Perfil de Estruturas

Avaliação da actividade antioxidante e antimutagénica em diferentes infusões medicinais: barbas de milho, carqueja, dente de leão, folhas de oliveira e urtiga-branca

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Tecnologia e Segurança Alimentar

Novas formas de associativismo profissional na ciência em Portugal

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Sociologia – Especialização em Conhecimento, Educação e Sociedade

A filosofia moral em acção: construção e transmissão do conhecimento filosófico

Quando nos propusemos participar nos Encontros Interdisciplinares, tínhamos entendido o seu teor como correspondendo a uma vontade de reflexão sobre os processos epistemológicos que sustentam e legitimam a importância e o alcance da investigação na Universidade. Para nós, tratar-se- -ia de discudr as modalidades de construção e de transmissão do conhecimento, nas várias áreas científicas, do que, eventualmente, resultaria tanto o reconhecimento de proximidades e divergências, quanto uma crítica da sujeição da racionalidade inquiridora aos limites impostos pela racionalidade polídca. Assim, supusemos oportuno debater a confusão disseminada entre uma certa concepção da acção polídca, incluindo a política científica, e a acção cognitiva. Para o efeito, demos conta de um mal-estar causado pelo pressuposto de que o modelo comunicativo interactivo, assente na analogia entre socialização e direito processual, por via da confiança nos procedimentos, modalidade "fraca" da categoria marxista de "praxis", mas, supostamente, melhor ajustada à descrição das formas de regulação e normalização da convivência democrática, pode ser transposto, com resultados garantidos, mediante variações de escala e de instrumentos crídcos, para o domínio da investigação. A origem desse sendmento reside no facto de ficar por formalizar a pergunta sobre a escala das escalas, não com o propósito de impor uma meta-escala, mas de compreender o sentido dos procedimentos praticados.

Contributo para o conhecimento da presença islamica em Yãbura - estudo do espólio exumado nas intervenções arqueológicas do Museu Municipal de Évora

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Arqueologia

Lugar, espaço e geografia. Do real ao virtual na sociedade do conhecimento

A informação é um elemento preponderante para a tomada de decisões e quanto mais informação houver, mais ponderada será. SHANNON e WEAVER (1948:379-423) definem informação como "... aquilo que reduz a incerteza...", o que é discutível, já que inúmeras questões se poderão levantar, aumentando as incertezas em relação a outros pontos. BELL (1979:168) definiu informação como "... processamento de dados no seu sentido mais lato...", uma forma mais simples de explicar um conceito que se rodeia de inúmeros significados. Para MASON et ai. (1995:35), o Homem tem que existir para que haja informação, pois ela representa a forma através "... da qual uma mente consegue influenciar outra..."; em parte esta interpretação tem a ver com percepção e com o raciocínio humano. DAVIS e OHLSON (1985:200) definiram-na como "... dados de tal forma coligidos e processados, que se tomam úteis a um receptor, sendo valiosos para a análise de acções ou tomada de decisões..."; estes autores atribuem à informação um valor acrescentado, pois só a consideram como tal, se o seu uso beneficiar o saber e a decisão.

Participação das mulheres nas elites políticas e económicas no Portugal democrático (25 de Abril 1974 a 2004)

Este artigo surge na seqüência de uma pesquisa'^ que tem como preocupação a análise da modemização da sociedade portuguesa, através do estudo da discriminação do sexo na participação nos órgãos de poder. Representando as mulheres mais de cinqüenta por cento da população portuguesa e tendo actualmente uma prevalência maioritária nas universidades, pretende-se, em lálüma instância, compreender quais os factores sociais e culturais que dificultam que tal proporção - entre homens e mulheres - se verifique na liderança dos centros de poder político e econômico e os que explicam os poucos casos de sucesso. Numa primeira abordagem do problema, ê possível constatar que há um claro défice de participação feminina nestes domínios. Todavia, para que se possa iniciar a constmção de um conhecimento rigoroso sobre o fenômeno, é necessário saber mais. Nomeadamente, qual a extensão e estrutura do fenômeno nos campos político e econômico? Qual a sua evolução ao longo das três décadas? Quais as diferenças que existem entre a área econômica e a política? Só depois de respondermos a estas questões estaremos seriamente habilitados a, de um modo cientificamente rigoroso, procurar as variáveis econômicas, políticas, sociais e culturais que permitiram tais dinâmicas. Este artigo centra-se na análise quantitativa de parte dos resultados referentes à primeira etapa da pesquisa. A segunda etapa, em curso, permitirá uma abordagem sociológica mais fina, e qualitativa, sobre a importância dos papéis sociais de gênero e será objecto de novo texto no futuro. De algum modo, e utilizando a metáfora da floresta, o primeiro passo consiste na obtenção de indicadores sobre a sua dimensão e possíveis conjuntos que a estruturam; só em seguida se procurará analisar as particularidades de certos tipos de árvores e o modo como elas se desenvolveram. Os dados recolhidos apenas fazem uma separação entre homens e mulheres e, conhecendo bem a problemática teórica sobre a diferenciação de sexo e de gênero, o artigo centrar-se-á somente sobre a primeira dimensão do fenômeno. Todavia, procurar-se-á identificar pistas de reflexão sobre os papéis de gênero subjacentes à participação de homens e mulheres nos lugares de decisão.

A representação do conhecimento no discurso arqueológico : exemplo de um baixo-relevo mitraico

A teoria do conhecimento desde há muito que chama a atenção para dois mundos distintos da observação dos fenómenos- quer eles se refiram a objectos ou a documentos escritos. Isto significa que antes de se filosofar sobre qualquer objecto ele deve ser escrupulosamente examinado e descrito. Assim, é necessário observar com rigor e descrever com exact idão aquilo a que chamamos conhecimento, "esse peculiar fenómeno da consciência" (Hessen, 1987:25). Fazêrno-lo procurando apreender os traços essenciais do objecto, por meio de uma auto-reflexão sobre o que vimos quando falamos de conhecimento. Este método fenomenológico é distinto do psico lógico. Enquanto o último investiga os processos psíquicos concretos no seu curso regular e a conexão com outros processos, o primeiro aspira a apreender a essê ncia geral no fenómeno concreto (/bidem:26). Desta forma no conhecimento encontram-se frente a frente duas entidades: o Objecto e o Sujeito. O conhecimento apresenta-se. assim. como uma relação entre estes dois elementos, que permanecem eternamente separados um do outro.

As Necrópoles alto-medievais da Serra de São Mamede (Concelhos de Castelo de Vide e Marvão)

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Arqueologia

Caracterização do betão reforçado com fibras de aço

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Civil-Perfil de Estruturas

De artífice a cientista: evolução da conservação e do estatuto profissional do conservadorrestaurador de documentos gráficos no AHU (1926-2006)

Dissertação para obtenção do grau de Doutor em Conservação e Restauro: Teoria, História e Técnicas

Potencial Utilização de um Enterprise Resource Planning System para Suportar Práticas de Gestão de Conhecimento nas Organizações. Uma Aplicação com Dynamics Nav da Microsoft

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Conhecimento acerca dos benefícios e recomendações para a prática de atividade física: relação com o nível de atividade física autorreportada em indivíduos com diabetes tipo 2

RESUMO: Atualmente a prática de regular de atividade física é mencionada na literatura como uma estratégia fundamental no tratamento da diabetes tipo 2, com influencia positiva na redução das comorbilidades associadas a esta doença. (Sigal et al., 2006; Praet & van Loon, 2009). No entanto, e apesar deste reconhecimento, a maioria da população com diabetes tipo 2, apresenta baixos níveis de atividade física que na literatura têm sido relacionados com conhecimento deficitário ou inadequado acerca dos benefícios e das recomendações para a mesma (Madden, et. al., 2009). Este estudo foi realizado com o objetivo de determinar o nível de atividade física e de avaliar a sua associação com o conhecimento acerca dos benefícios da atividade física e recomendações específicas para a sua prática. Trata-se de um estudo observacional, de natureza descritiva e do tipo Survey (estudo de levantamento) realizado com uma amostra de 50 indivíduos recrutados a partir da consulta de diabetes de uma Unidade de Saúde Familiar da região de Setúbal. A recolha de dados foi feita através da aplicação conjunta, e de uma só vez, de três questionários (Questionário de caracterização sócio-demográfica; versão portuguesa do International Physical Activity Questionnaire - IPAQ; Questionário de Avaliação de Conhecimentos acerca dos benefícios e recomendações específicas da prática regular de atividade física), adaptados ao método de entrevista telefónica. Os resultados revelaram que a maioria dos participantes tinham baixos níveis de atividade física (60%), apesar de demonstrarem bons conhecimentos acerca dos benefícios da sua prática regular (67%). Nas analises exploratórias verificou-se uma associação estatisticamente significativa entre as variáveis, “género” (p= 0,045) e “existência de recomendação para a prática do exercício por parte de um profissional de saúde” (p=0,017), com os conhecimentos acerca dos benefícios da prática regular de atividade física. São os indivíduos do género feminino e com a existência de recomendação para o exercício por parte dos profissionais de saúde, que tendem a demonstrar um nível mais elevado de conhecimento acerca dos benefícios da atividade física. Os resultados mostram igualmente que apesar de não existir uma associação estatisticamente significativa entre o conhecimento acerca das recomendações específicas para a prática da atividade física (recomendações para o modo, frequência duração e intensidade da atividade física), e o nível de atividade física autorreportada, a maioria dos participantes desconhece estas recomendações (70,3%). Estes resultados sugerem a necessidade de realizar programas educativos dirigidos a este aspeto ou de incluir este tipo de informação nas recomendações dos profissionais de saúde para a prática regular de atividade física em indivíduos com diabetes do tipo 2. -----------ABSTRACT:The practice of physical activity has been referred in the research literature as a key strategy in the management of type 2 diabetes mellitus (T2DM), with positive influence in reducing its associated complications (Sigal et al., 2006; Praet & van Loon, 2009). However, the majority of people with T2DM, presents low levels of physical activity, which has been associated, with poor knowledge about its benefits and/or about the current guidelines’ recommendations for that practice (Madden, et. al., 2009). The purpose of this study was to determine the level of physical activity, in a sample of T2DM patients, and to assess its relationship with knowledge of physical activity benefits and knowledge about specific recommendations for the practice of physical activity. An observational descriptive study was carried out with a sample of 50 T2DM participants, recruited from the medical consultation of one of the Familiar Health Units in the Setúbal Region. Three aggregated questionnaires (sociodemographic questionnaire, Portuguese version of the International Physical Questionnaire- IPAQ; Knowledge evaluation about physical activity benefits and specific recommendations for regular physical activity practice Questionnaire) were administrated by telephone interview, all at the same time. The study’s findings showed that the majority of the participants had low levels of physical activity (60%), regardless their appropriate knowledge concerning the benefits of regular physical activity (67%). The results of this study have also shown that participants have a poor and/ or inappropriate knowledge concerning the specific physical activity recommendations that have a positive impact in this specific condition. The exploratory analyses revealed a statistically significant association between an appropriate knowledge about the benefits of physical activity and both “gender” (p=0,045) and “recommendation for physical activity practice by an health professional” (p=0,017). Female participants, who received recommendations for regular physical activity, showed higher levels of knowledge concerning the benefits of being physically ative. The study’s findings suggest that T2DM patients need appropriate information and knowledge about how they should practice physical activity. Practising physical activity following current specific recommendations about the mode, frequency, intensity and duration has a positive effect on the management of T2DM.