Insight into the multicopper oxidases stability

Dissertation presented to obtain the PhD degree in Biochemistry

Low-Spin Heme b3 in the Catalytic Center of Nitric Oxide Reductase from Pseudomonas nautica

Biochemistry, 2011, 50 (20), pp 4251–4262 DOI: 10.1021/bi101605p

Biochemical and spectroscopic characterization of the membrane-bound nitrate reductase from Marinobacter hydrocarbonoclasticus 617

J Biol Inorg Chem (2008) 13:1321–1333 DOI 10.1007/s00775-008-0416-1

A systems biology framework for pathway level culture media engineering: pplication to Pichia pastoris cultures

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Química e Bioquímica

Transplante renal : desigualdades no acesso

RESUMO - Em Portugal estima-se que existam cerca de 14 mil insuficientes renais crónicos e estima-se que em 2025 sejam 24 mil. As alternativas de tratamento são: hemodiálise, diálise peritoneal ou o transplante renal. Das alternativas de tratamento, o transplante renal é considerado a melhor alternativa terapêutica proporcionando melhor qualidade de vida, aumentando a sobrevida dos doentes, caracterizando-se por ser menos oneroso e por apresentar melhor custo- efectivo, quando comparado com hemodiálise ou diálise peritoneal. Portugal situa-se entre os primeiros da Europa, relativo ao número de transplantes renais efectuados (56,1 por milhão de habitante), em 2010 efectuaram-se 573 transplantes renais. Apesar disso, muitos são os doentes que continuam em lista de espera a aguardar transplante, em média os doentes esperam cerca de dois a três anos por um transplante renal, quando o tempo ideal seria três a seis meses. Por outro lado, estudos internacionais demonstram que existem desigualdades no acesso ao transplante renal, assim à semelhança de outros países torna-se pertinente estudar a realidade portuguesa em relação à temática da desigualdade no acesso, dado o objectivo primordial do Serviço Nacional de Saúde de garantir a equidade nos cuidados de saúde. Este trabalho tem como objectivo principal avaliar se factores como o sexo, idade a localização geográfica influenciam o acesso ao transplante renal, contribuindo para desigualdades no acesso. Este trabalho baseou-se na base de dados dos doentes inscritos em lista de espera para transplante renal, respeitante à área de abrangência do Centro de Histocompatibilidade do Sul. Caracterizou-se a população quanto ao sexo, idade, concelho, região de saúde e unidade de transplantação. Determinou-se ainda, os tempos médios de espera para inscrição em lista activa e para transplante por sexo, idade, região de saúde e unidade de transplantação.Dos resultados obtidos salienta-se que as desigualdades encontradas no acesso ao transplante renal verificam-se entre o início do tratamento até à inscrição em lista activa para transplante. Depois dos doentes em lista activa, o tempo de espera médio não é influenciado significativamente pelo sexo, idade ou localização geográfica.

A diabetes: principais parâmetros para o controlo da diabetes

RESUMO: A Diabetes Mellitus é uma doença metabólica crónica, com deficiência a nível do metabolismo dos hidratos de carbono, lípidos e proteínas, resultante de deficiências na secreção ou ação da insulina, ou de ambas, que quando não tratada antecipadamente e de modo conveniente, pode ter consequências muito graves. Dado a incidência a nível mundial da Diabetes Mellitus, torna-se de elevada importância avaliar toda a sua envolvência e estudar bem quais os critérios a ter em consideração. Este trabalho propõe-se estudar para além dos parâmetros bioquímicos relacionados com a doença - Glicose e Hemoglobina Glicada A1c (HbA1c), analisar os resultados dos últimos cinco anos (2008-2012) dos ensaios interlaboratoriais do PNAEQ, do Departamento de Epidemiologia, do Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge. Foram também analisadas as metodologias utilizadas e as variações interlaboratoriais, de forma a entender qual ou quais são os parâmetros mais adequados para o seu diagnóstico e controlo. Este estudo utilizou a população de laboratórios portugueses, públicos e privados, de Portugal Continental e Ilhas, um laboratório de Angola e outro de Macau que se inscreveram no PNAEQ nestes cinco anos, sendo a amostra composta pelo n.º de participações. No programa de Química Clinica foram distribuídas 38 amostras e no programa de HbA1c foram distribuídas 22 amostras. Para a glicose, o nível de desempenho nos ensaios é na globalidade das amostras de Excelente, no entanto verifica-se que sempre que a concentração da amostra é de nível patológico, que a maioria dos ensaios o desempenho foi inferior – Bom. O método de eleição e com CV% mais baixos foi o método da hexoquinase. Para a HbA1c, o nível de desempenho nos ensaios é na globalidade das amostras de Excelente. O método de eleição e com CV% mais baixos foi o método de HPLC. O CV% para a glicose ronda desde 2010 a 2012, os 3% e para a HbA1c foi de aproximadamente 4,0% em 2012. A HbA1c tem mostrado ser uma ferramenta muito útil, importante e robusta na monitorização da Diabetes, sendo hoje em dia quase sempre requisitada em análises de rotina a diabéticos de modo a prevenir complicações que possam vir a acorrer. No futuro poderá ser um importante, senão o parâmetro de futuro, para o diagnóstico da Diabetes, no entanto, mesmo já tendo sido muito trabalhada a sua padronização, ainda existem questões por responder como quais são na realidade todos os seus interferentes, qual a verdadeira relação da HbA1c com a glicose média estimada, em todas as populações e com estudos epidemiológicos. Também a própria educação do diabético e clínico deve ser aprimorada, pelo que neste momento as PTGO e os doseamentos de glicose em jejum devem ser utilizados e encontrando-se a Norma da DGS N.º 033/2011 de acordo com as necessidades e com o estado da arte deste parâmetro. A implementação da glicose média estimada será uma mais-valia na monitorização dos diabéticos pelo que deverá ser uma das prioridades a ter em conta no futuro desta padronização, uniformizando a decisão clinica baseada nela e minimizando a dificuldade de interpretação de resultados de laboratório para laboratório. --------------ABSTRACT: Diabetes Mellitus is a chronic metabolic disease, with a deficit in the metabolism of carbohydrates, lipids and proteins, resulting from deficiencies in insulin secretion or action, or both, which if, when not early treated in a proper way, may result in very serious consequences. Given the worldwide incidence of diabetes mellitus, it is highly important to evaluate all its background and study specifically all the criteria to take into consideration. The aim of this thesis is to study and evaluate beyond the biochemical parameters related to the disease - Glucose and Glycated Haemoglobin A1c (HbA1c), analyze the results of the last five years (2008-2012) of the PNAEQ interlaboratorial tests, in the Department of Epidemiology of National Institute of Health Dr. Ricardo Jorge. It is also intended to analyze the methodologies used and the interlaboratorial variations, in order to understand the most suitable parameters for the diagnosis and control. This study was based in a population of Portuguese laboratories, public and private, of Portugal mainland and islands, a laboratory of Angola and other from Macau, who enrolled in PNAEQ in these five years, and the sample was composed by the n. º of holdings. In the Clinical Chemistry Program there were distributed 38 samples and in the program HbA1c were distributed 22 samples. For glucose, the level of performance in the total nº of the samples was Excellent; however, it was found that when the concentration level of the sample was pathological, in most of the tests the performance was Good. The most preferred method with the lowest CV% is the hexokinase method. For the HbA1c, as a whole, the samples’ tests were Excellent, at the level of performance. The method of election with the lower CV% was the HPLC. The CV% for glucose was around 3%, from 2010 to 2012 and the HbA1c was approximately 4.0% in 2012. The HbA1c method has demonstrated to be a very useful tool, important and robust for monitoring diabetes, being nowadays, almost always required in routine analysis to prevent future complications. In the future it may be an important parameter, if not the most important, for the diagnosis of diabetes. However, despite it has already been standardized, there are still some questions that need to be answered, such as, which are in fact all their interferences, which is the true connection of HbA1c, when compared with the estimated average glucose, in all populations and epidemiological studies. Moreover, the education of the patient and the doctor concerning diabetes should be improved. Nowadays, the Oral Glucose Tolerance Test (OGTT) and fasting glucose determinations should be used and, the needs and the state of the art of this parameter, should be in accordance with the Standard DGS N. º 033/2011. The Implementation of the estimated average glucose will be an added value in monitoring diabetics and, therefore, should be a priority to consider in its future standardization and clinical decision based on it, will be uniform and the difficulty of interpreting results from laboratory to laboratory will be minimal.

Qualidade e satisfação do sistema de seguimento à distância de cardioversores-desfibrilhadores implantáveis

RESUMO - Com o aumento da esperança de vida e das doenças crónicas, cada vez se tem implantado mais cardioversores-desfibrilhadores (CDI) para prevenção de morte súbita. O aumento exponencial no número de implantes aumenta o número de seguimentos dos dispositivos, sobrecarregando os profissionais de saúde e comprometendo a qualidade dos serviços prestados. Segundo as recomendações internacionais, um CDI deverá ser vigiado a cada 3 meses, o que perfaz 4 consultas por ano/doente no mínimo, se não existirem episódios de “choques” ou “descompensações” clínicas, e mensalmente quando é atingido o indicador de substituição electiva do gerador. A evolução da tecnologia, de algoritmos, visualização de episódios e terapias requer recursos técnicos e humanos diferenciados e um gasto de tempo considerável no seguimento. Em países como os Estados Unidos da América, em que os doentes têm de percorrer distâncias muito grandes para aceder aos cuidados de saúde, tornou-se preemente a necessidade de um sistema de vigilância alternativo. Nesse sentido, e usando o conceito da telemedicina, foi criado o seguimento/monitorização à distância de dispositivos cardíacos. Este reduz os custos em consultas, deslocações e recursos humanos, uma vez que contempla apenas uma consulta presencial por ano. Por outro lado, aumenta a segurança do doente com a monitorização periódica e a criação de alarmes, permitindo uma assistência de qualidade e intervenção adequada imediata. Aproveitando as vantagens que este tipo de sistema de transmissão remota oferece, procedeu-se no meu serviço, à distribuição inicial de 62 comunicadores a doentes portadores de CDI´s ou com Ressincronizadores Cardíacos (TRC´s1). Apesar de ser considerada uma melhoria na qualidade dos serviços prestados, é também uma mudança importante na metodologia da consulta feita até aqui. Segundo vários autores, a avaliação da qualidade dos cuidados em saúde está intrinsecamente ligada ao grau de satisfação dos doentes com esses serviços, ou seja, à relação entre as suas expectativas e os resultados percebidos por eles, sendo considerado um importante indicador de qualidade dos serviços. Com este trabalho, pretende-se avaliar a percepção dos doentes face ao novo seguimento em termos de aceitação, satisfação, validade, segurança e confiança no novo sistema. Se este mantém os mesmos padrões de qualidade que o seguimento presencial. Trata-se de um estudo transversal com uma componente retrospectiva de avaliação da nova metodologia de consulta à distância. Para tal, foi elaborado um questionário, que foi aplicado a 40 doentes (17,5% do género feminino e 82,5% do género masculino; média de idades de 65 anos) que constituíram a amostra do estudo. Verificou-se uma média de 5 anos de tempo de implante do CDI. Dos dados obtidos, é de realçar que 70% dos inquiridos estão satisfeitos e 30% estão muito satisfeitos com esta nova metodologia de consulta e cerca 67,4% prefere a consulta à distância. Quando solicitados para comparar a qualidade do serviço prestado entre as duas consultas, 65% respondeu igual e 27,5% melhor. Todos os inquiridos responderam ter confiança e segurança com o sistema de consulta à distância. Cerca de 87,5% dos inquiridos vê-se mesmo a continuar com este tipo de consulta. Os resultados obtidos são bastante satisfatórios no que diz respeito à transição do modo como a consulta de CDI´s é feita. Reflectem também que a tecnologia não é necessariamente uma barreira no acesso aos profissionais de saúde, desde que suportada por algum contacto directo (telefone e através de uma consulta presencial por ano). 1 TRC – Terapia de Ressincronização Cardíaca

C-reactive protein in early risk assessment in acute pancreatitis

ABSTRACT:C-reactive protein (CRP) has been widely used in the early risk assessment of patients with acute pancreatitis (AP), but unclear aspects about its prognostic accuracy in this setting persist. This project evaluated first CRP prognostic accuracy for severity, pancreatic necrosis (PNec), and in-hospital mortality (IM) in AP in terms of the best timing for CRP measurement and the optimal CRP cutoff points. Secondly it was evaluated the CRP measured at approximately 24 hours after hospital admission (CRP24) prognostic accuracy for IM in AP individually and in a combined model with a recent developed tool for the early risk assessment of patients with AP, the Bedside Index for Severity in AP (BISAP). Two single-centre retrospective cohort studies were held. The first study included 379 patients and the second study included 134 patients. Statistical methods such as the Hosmer-Lemeshow goodness-of-fit test, the area under the receiver-operating characteristic curve, the net reclassification improvement, and the integrated discrimination improvement were used. It was found that CRP measured at approximately 48 hours after hospital admission (CRP48) had a prognostic accuracy for severity, PNec, and IM in AP better than CRP measured at any other timing. It was observed that the optimal CRP48 cutoff points for severity, PNec, and IM in AP varied from 170mg/l to 190mg/l, values greater than the one most often recommended in the literature – 150mg/l. It was found that CRP24 had a good prognostic accuracy for IM in AP and that the cutoff point of 60mg/l had a negative predictive value of 100%. Finally it was observed that the prognostic accuracy of a combined model including BISAP and CRP24 for IM in AP could perform better than the BISAP alone model. These results might have a direct impact on the early risk assessment of patients with AP in the daily clinical practice.--------- RESUMO: A proteina c-reactiva (CRP) tem sido largamente usada na avaliação precoce do risco em doentes com pancreatite aguda (AP), mas aspectos duvidosos acerca do seu valor prognóstico neste contexto persistem. Este projecto avaliou primeiro o valor prognóstico da CRP para a gravidade, a necrose pancreática (PNec) e a mortalidade intra-hospitalar (IM) na AP em termos do melhor momento para efectuar a sua medição e dos seus pontos-de-corte óptimos. Em segundo lugar foi avaliado o valor prognóstico da proteína c-reactiva medida aproximadamente às 24 horas após a admissão hospitalar (CRP24) para a IM na AP isoladamente e num modelo combinado, que incluiu uma ferramenta de avaliação precoce do risco em doentes com AP recentemente desenvolvida, o Bedside Index for Severity in Acute Pancreatitis (BISAP). Dois estudos unicêntricos de coorte retrospectivo foram realizados. O primeiro estudo incluiu 379 doentes e o segundo estudo incluiu 134 doentes. Metodologias estatísticas como o teste de Hosmer-Lemeshow goodness-of-fit, a area under the receiver-operating characteristic curve, o net reclassification improvement e o integrated discrimination improvement foram usadas. Verificou-se que a CRP medida às 48 horas após a admissão hospitalar (CRP48) teve um valor prognóstico para a gravidade, a PNec e a IM na AP melhor do que a CRP medida em qualquer outro momento. Observou-se que os pontos de corte óptimos da CRP48 para a gravidade, a PNec e a IM na AP variaram entre 170mg/l e 190mg/l, valores acima do valor mais frequentemente recomendado na literatura – 150mg/l. Verificou-se que a CRP medida aproximadamente às 24 horas após a admissão hospitalar (CRP24) teve um bom valor prognóstico para a IM na AP e que o ponto de corte 60mg/l teve um valor preditivo negativo de 100%. Finalmente observou-se que o valor prognóstico de um modelo combinado incluindo o BISAP e a CRP24 para a IM na AP pode ter um desempenho melhor do que o do BISAP isoladamente. Estes resultados podem ter um impacto directo na avaliação precoce do risco em doentes com AP na prática clínica diária.

Food waste valorization through the production of polyhydroxyalkanoates by mixed microbial cultures

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Química e Bioquímica

Establishment and characterization of a human model of the blood-brain barrier

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade N ova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

A technology diffusion perspective of Enterprise Resource Planning across European Small and Medium Enterprises: from determinants to Use to Value

Tese apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Doutor em Gestão de Informação

Old cellulose for new multifunctional networks

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Ciência e Engenharia de Materiais

Erros de medicação num serviço de internamento hospitalar : estudo de prevalência

RESUMO - Os erros de medicação (EM) são uma das principais causas de eventos adversos, estimando-se serem as causas não relacionados com procedimentos cirúrgicos mais frequentes. Estes podem ser classificados por erros latentes ou erros ativos. Objetivos Definiram-se como principais objetivos deste estudo, determinar a prevalência de EM ativos num internamento hospitalar evitados e não evitados, nos momentos da prescrição escrita, transcrição, distribuição e administração, bem como a sua relação com algumas variáveis, como o Grupo farmacológico, Via de administração, Especialidade médica do prescritor e Área médica do médico responsável pelo episódio de internamento (MREI). Metodologia O estudo foi do tipo observacional descritivo de abordagem quantitativa, transversal com recrutamento prospetivo. Foi utilizado um instrumento de observação (check-list) para o registo de todos os EM e das variáveis em cada fase. Resultados Foram observadas 513 unidades amostrais com uma prevalência de 98,2% de EM, num total de 1655 erros dos quais 75% foram evitados. Nas variáveis Grupo farmacológico e Área médica do MREI não foram encontradas relações estatísticas relevantes. Obteve-se um OR=1,97 [1,18;3,27] para medicamentos orais quando comparados aos endovenosos nos erros de prescrição (EP) e um OR=7 [2,77;17,71] quando comparados com os endovenosos na transcrição dos Serviços Farmacêuticos (TSF). A anestesiologia apresentou um OR=0,41 [0,27;0,63] nos EP comparativamente às outras especialidades. Do total de EM observaram-se 30% de erros de prescrição (EP), 20% de erros na transcrição do internamento, 36% de erros na TSF, 2% de erros na distribuição e 12% de erros na administração. Os erros mais prevalentes foram a identificação do prescritor ilegível (16%) e a identificação do doente omissa na TSF (16%). Conclusão Apesar da elevada prevalência de EM observados, a maioria dos erros foram corrigidos e não chegaram ao doente. Tendo em conta os EM observados, a utilização de meios informáticos e o aumento da adesão dos enfermeiros ao procedimento de identificação dos doentes poderão permitir a redução do número de EM em cerca de 80%, reduzindo também a probabilidade de ocorrência de eventos adversos relacionados com os erros ativos na utilização de medicamentos.

Calibration, selection and mosaicing of SMART-1 AMIE images

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Adjusting to external imbalances within the EMU, the case of Portugal

From 1995 to 2010 Portugal has accumulated a negative international asset position of 110 percent of GDP. In a developed and aging economy the number is astonishing and any argument to consider it sustainable must rely on extremely favorable forecasts on growth. Portuguese policy options are reduced in number: no autonomous monetary policy, no currency to devaluate, and limited discretion in changing fiscal deficits and government debt. To start the necessary deleveraging a remaining possible policy is a budget-neutral change of the tax structure that increases private saving and net exports. An increase in the VAT and a decrease in the employer’s social security contribution tax can achieve the desired outcome in the short run if they are complemented with wage moderation. To obtain a substantial improvement in competitiveness and a large decrease in consumption, the changes in the tax rates have to be large. While a precise quantitative assessment is difficult, the initial increase in the effective VAT rate needed to allow the social security tax to decrease by 16 percentage points (pp) is approximately 10 pp. Such a large increase in the effective VAT rate could be obtained by raising most of the reduced VAT rates to the new general VAT rate of 23 percent. The empirical analysis shows that over time the suggested tax swap could generate surpluses and improve the trade balance. A temporary version of the suggested tax-swap has the attractiveness to achieve a sharper increase in the private saving rate maintaining the short run gains in competitiveness. Finally, the temporary version of the fiscal devaluation could be the basis for an automatic stabilizer to external imbalances within a monetary union.Portugal has been running large current account deficits every year since 1995. These deficits have accumulated to an astonishing 110 percent of GDP negative external asset position. The sustainability of such a large external position is questionable and must rely on fantastic productivity growth expectations. The recent global financial crisis appears to have anticipated the international investors reality check on those future expectations with the result of a large increase in the cost of external financing. Today the rebalancing of the current account through an increase in national savings and an improvement in competitiveness must be at the top of the Portuguese authorities “to do” list as the cost of a pull out from international investors is of the order of 10% of GDP. The external rebalancing is difficult as the degrees of freedom of the Portuguese authorities are limited in number: they have no autonomous monetary policy, no currency to devaluate, and little discretion in fiscal policy as deficit limits and debt targets are set by the Stability Growth Pact and the postcrisis consensus on medium-term fiscal consolidation. One possibility that remains is to change the fiscal policy mix for a given budget deficit. The purpose of this paper is to explore the effects of a “fiscal devaluation”1 obtained through a tax swap between employers’ social security contributions and taxes on consumption2. The paper begins by illustrating Portugal’s current account evolution during the euro period. The second section section lays out a model to offer a qualitative assessment of the dynamic outcomes of the the tax swap. I show that the suggested tax swap can in theory achieve the desired outcomes in terms of competitiveness and consumption if complemented with moderation (stickiness) in wages. I also study the effects of a temporary version of the tax swap and show that it achieves a sharper improvement in the current account that accelerate the rebalancing. The third section moves to the empirical analysis and estimates the likely effects of the tax swap for the Portuguese economy. The fourth section concludes.