Functional and structural characterization of the RNase II-family of enzymes

Dissertation presented to obtain a Doctoral Degree in Biology by Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Metals in proteins from sulphate-reducing bacteria: adenylate kinase and ATP sulfurylase. Proteins containing cobalt, zinc, iron (II) ions

A Thesis submitted at the Faculty Science and Technology of the New University of Lisbon for a degree in Doctor of Philosophy in Biochemistry with specialization in Physical Biochemistry

As teses do defensor Pacis, II, XIII

pp. 205-227

O Impacto Económico da II Guerra Mundial no Sector Vitivinícola Português - O caso dos Vinhos Comuns

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em História Contemporânea

Contribuição para a análise espacial da distribuição, variação e evolução da precipitação anual na bacia hidrográfica do Rio Mira: Projecto PREMIRA II

Relatório de Estágio apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Gestão do Território

Os anúncios na imprensa periódica portuguesa – da grande depressão à II Guerra Mundial

Dissertação de Mestrado em História Contemporânea

Entre Constâncio II e Juliano: a linguagem de potâmio de Lisboa e o conhecimento da lusitânia do Séc. IV

Com um nome de ressonâncias gregas, que nos transporta para o conceito de rio, em gr. Potamós, Potamius surge-nos na História como o primeiro bispo conhecido de Lisboa, cuja acmê ou, melhor dizendo, cujo floruit se baliza entre os anos de 343 e 360. Esteve presente no Sínodo anomeano de Sirmium, na Panónia, reunido no ano de 357, cuja fórmula ariana assinou e, possivelmente, participou também no Concilio de Rimini de 359'. Teria passado do catolicismo ao arianismo nos anos 355-356 e falecido por volta de 360, a caminho de uma Villa que lhe teria sido oferecida pelo Imperador Constâncio II, que reinou entre 337 e 361. Como, porém, a notícia da sua morte só nos vem de um texto escrito em 383 ou 3842, Q^^Q bispo poderá ter vivido até aos anos oitenta do séc. FV, ou seja, até ao tempo do Imperador Teodósio.

Implementação de um sistema para simulação por Monte Carlo da passagem de fotões através do olho humano mediante a utilização da plataforma GEANT4 – II

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Biological predictors of survival in limphoma and mechanisms underlying follicular lymphoma transformaion into diffuse large B cell lymphoma (vol I e II)

RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrência da doença, predizer a resposta tumoral à terapêutica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos terapêuticos. Novos biomarcadores são especialmente necessários na abordagem clínica dos linfomas. Actualmente, esses tumores são diagnosticados através de uma combinação de características morfológicas, fenotípicas e moleculares, mas o prognóstico e o planeamento terapêutico estão quase exclusivamente dependentes de características clínicas. Estes factores clínicos são, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporção significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognóstico. O linfoma folicular (LF) é, globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. É tipicamente uma doença indolente com uma sobrevida média entre os 8 e 12 anos, mas é geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as células do LF recapitulam as células normais do centro germinativo na sua dependência de sobrevivência do microambiente não-tumoral, especialmente das células do sistema imunológico. Biomarcadores preditivos de transformação não existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrínseca de progressão do LF poderá revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expressão global de genes ('genomics') obtidos por técnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genéticas que possam representar mecanismos biológicos importantes de transformação. São descritos novos genes e alterações genómicas associados à transformação do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformação em LDGCB. A segunda, baseou-se em várias hipóteses centradas no microambiente do LF, rico em vários tipos de células nãomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrófagos, células T regulatórias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnóstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critérios clínicos, com a evolução clínica e, mais importante, com o risco de transformação em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) técnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas são facilmente acessíveis a partir das biopsias de diagnóstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transição rápida dos novos marcadores para a prática clínica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipóteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, são propostos e validados vários biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente não tumoral, sobretudo dependentes das células do sistema imunológico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opções para a abordagem clínica destas doenças e, eventualmente, novos alvos terapêuticos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (‘genomics’) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside” translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.

Armas e Ritos na II Idade do Ferro do Ocidente Peninsular

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Arqueologia

Das inter-etnicidades em processos de inserção social diferenciadas às dinâmicas do sistema-mundo: uma abordagem estrutural-dinâmica

Em pesquisas anteriores, procurámos mostrar que (i) as representações identitárias possuem uma estrutura multidimensional, cujos níveis (pessoal, bio-cultural, sócio-histórico / político, ideal, «moral», etc.) estão inter-relacionados, e formam um sistema identitário pessoal, se bem que partilhado, em proporções variáveis, com os outros emissores identitários inseridos na mesma categoria sócio-histórica; (ii) sistema identitário esse detentor de potencialidades estratégicas (Kastersztein, 1990) - ideológicas, simbólicas e fantasmáticas -, derivadas da articulação inconsciente entre os diferentes níveis mobilizados. Tentámos evidenciar ainda, no nível mais abrangente das representações identitárias dos grupos sócio-históricos, (iii) como o grau de sobreposição e convergência das atribuições identitárias, tanto ao grupo.de identificação como aos grupos de comparação interactiva, é parcial, indiciando estratégias de maior ou menor distanciação / aproximação identitária inter-nacional ou inter-étnica; (iv) e como, no seu conjunto, as representações identitárias apresentam uma lógica e uma economia retórica, tendenciosa e performativa (pro domo sua), criando para os sujeitos, no interior dos seus grupos, e para os seus grupos identitários, na comparação com os outros, uma imagem de primo inter pares, na medida em que constroiem como «real» o «real identitariamente conveniente» e não aquele que «objectivamente » é «objectivado» (em termos de poder tecnológico, econômico ou militar).

Emotion-oriented interventions for environment and the facilitation of pro-environmental behavior

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Ambiente, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Análise de pressupostos para definição de um modelo interno no âmbito da solvência II

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Matemática e Aplicações

Desulfovibrio gigas ferredoxin II: redox structural modulation of the [3Fe–4S] cluster

J Biol Inorg Chem (2006) 11: 307–315 DOI 10.1007/s00775-005-0077-2

Molecular determinants of ligand specificity in carbohydrate-binding modules: an NMR and X-ray crystallography integrated study

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica – Ramo Bioquímica Estrutural