Distributed replicated macro-components

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Estimating data divergence in cloud computing storage systems

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

TSKY: a dependable middleware solution for data privacy using public storage clouds

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Pricing of exchange traded funds

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Finance from the NOVA – School of Business and Economics

Social entrepreneurship as a solution provider for ageing societies in Europe

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Integrated functional genomics for improved manufacture of recombinant enveloped virus

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Engineering and Technology Sciences-Biotechnology

Novel functions of the cohesin accessory factor dPDS5 uncover a new meiotic checkpoint

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology.

Cohesion decay: quantitative analysis of partial sister chromatid cohesion

Cell division is a highly dynamic process where sister chromatids remain associated with each other from the moment of DNA replication until the later stages of mitosis, giving rise to two daughter cells with equal genomes. The “molecular glue” that links sister DNA molecules is called cohesin, a tripartite ring-like protein complex composed of two Structural Maintenance of Chromosome proteins (Smc1 and Smc3) bridged by a kleisin subunit Rad21/Scc1, that together prevent precocious sister chromatid separation. Accumulating evidence has suggested that cohesion decay may be the cause of segregation errors that underlie certain human pathologies. However it remains to be determined how much cohesin loss abolishes functional sister chromatid cohesion. To answer these questions, we have developed different experimental conditions aiming to titrate the levels of cohesin on mitotic chromosomes in a precise manner. Using these tools, we will determine the minimal amount of cohesin needed to confer functional cohesion. The approaches described here take advantage of a system in Drosophila melanogaster where the Tobacco Etch Virus (TEV) protease can cleave the Rad21 subunit of cohesin leading to precocious sister chromatid separation. Firstly, we tried to express different levels of TEV protease to obtain partial loss of cohesion. However, this approach has failed to produce systematic different levels of sister chromatid separation. Most of the work was therefore focused on a second strategy, for which we established strains with different levels of cohesin sensitive/cohesin resistant to TEV protease. Strains containing different amounts of functional cohesin (TEV resistant) were tested by in vitro cleavage and by in vivo injections in embryos for their ability to promote sister chromatid cohesion. Our results reveal that removal of half of the cohesin complexes does not impair chromosome segregation, implying that chromosome cohesion is less sensitive to cohesin amounts than previously anticipated.

Liberdade e tolerância religiosa: "portugueses não católicos" no ultramar do século XIX

The personal legal status of native non catholic people of Portuguese colonial Empire during the nineteenth century, their position in what concerns Portuguese citizenship, is the main subject of this article. While discussing constitutional articles on religion, Portuguese deputies of the nineteenth century were confronted with a set of problems about that status which they find difficult to solve: should non catholic peoples who were born in Portuguese colonial territory be treated as plain Portuguese citizens or where they just “savage people”, “colonial subjects” or, in a more optimistic approach, “civilizing subjects”. The results were not conclusive, giving rise to an “uncertainty principle” which enabled central and local government to decide in an almost casuistic way about native people status and rights.

Estigma e percepções dos médicos de Clínica Geral sobre a doença mental e o suicídio

RESUMO: INTRODUÇÃO: A OMS (2001) revela que cerca de 450 milhões de pessoas sofrem de perturbações mentais ou comportamentais em todo o mundo, mas apenas uma pequena minoria tem tratamento, ainda que elementar. Transformam-se em vítimas por causa da sua doença e convertem-se em alvos de estigma e discriminação. O suicídio é considerado como um grande problema de saúde pública em todo o mundo, é uma das principais causas de morte de jovens adultos e situa-se entre as três maiores causas de morte na população entre 15-34 anos (OMS, 2001). As perturbações mentais aumentam o risco de suicídio. A depressão, esquizofrenia, e a utilização de substâncias incrementam o risco de suicídio. Estudos (Sartorius, 2002; Magliano et al., 2012) mostram que os profissionais de saúde, tal como o público em geral, podem ter atitudes negativas e estigma em relação às pessoas com perturbações mentais, podendo agir em conformidade, uma vez feito e conhecido o diagnóstico psiquiátrico. Os clínicos gerais são os receptores das perturbações mentais e tentativas de suicídio nas principais portas de entrada no acesso a cuidados de saúde. As crenças, conhecimentos e contacto com a doença mental e o suicídio, podem influenciar a atenção clínica. OBJECTIVOS: Avaliar o estigma e as percepções dos médicos de clínica geral em relação às tentativas de suicídio, o suicídio e perturbações mentais bem como os possíveis factores associados a estes fenómenos. MATERIAIS E MÉTODOS: Estudo do tipo transversal, combinando métodos quantitativos e qualitativos. A amostra é constituída por 125 sujeitos, médicos de clínica geral. Utilizaram-se as versões adaptadas dos seguintes instrumentos: Questionário sobre Percepções e Estigma em Relação à Saúde Mental e ao Suicídio (Liz Macmin e SOQ, Domino, 2005) e a Escala de Atitudes sobre a Doença Mental (Amanha Hahn, 2002). Para o tratamento estatístico dos dados usou-se a estatística 1) descritiva e 2) Análise estatística das hipóteses formuladas (Qui Quadrado - 2) a correlação entre variáveis (Spearman: ρ, rho). Os dados conectados foram limpos de inconsistências com base no pacote informático e estatístico SPSS versão 20. Para a aferição da consistência interna foi usado o teste de Alfa de Cronbach. RESULTADOS: Uma boa parte da amostra (46.4%) refere que não teve formação formal ou informal em saúde mental e (69.35%) rejeitam a ideia de que “grupos profissionais como médicos, dentistas e psicólogos são mais susceptíveis a cometer o suicídio”. Já (28.0%) têm uma perspectiva pessimista quanto a possibilidade de recuperação total dos sujeitos com perturbação mental. Sessenta e oito(54.4%) associa sujeitos com perturbação mental, a comportamentos estranhos e imprevisíveis, 115 (92.0%) a um baixo QI e 35 (26.7%) a poderem ser violentas e e perigosas. Os dados mostram uma associação estatisticamente significativa (p0.001) entre as variáveis: tempo de serviço no SNS, recear estar perto de sujeitos com doença mental e achar que os sujeitos com doença mental são mais perigosos que outros. Em termos estatísticos, existe uma associação estatitisticamente significativa entre as duas variáveis(X2=9,522; p0.05): percepção de que “é vergonhoso ter uma doença mental” e os conhecimentos em relação à doença mental. Existe uma correlação positiva, fraca e estatisticamente significativa entre os conhecimentos dos clínicos gerais(beneficiar-se de formação em saúde mental) e a percepção sobre os factores de risco (0,187; P0,039). DISCUSSÃO E CONCLUSÕES: A falta de conhecimento sobre as causas e factores de risco para os comportamentos suicidários, opções de intervenção e tratamento, particularmente no âmbito da doença mental, podem limitar a procura de ajuda individual ou dos próximos. Percepções negativas como o facto de não merecerem prioridade nos serviços, mitos (frágeis e cobarde, sempre impulsivo, chamadas de atenção, problemas espirituais) podem constituir-se como um indicador de que os clínicos gerais podem sofrer do mesmo sistema de estigma e crenças, de que sofre o público em geral, podendo agir em conformidade (atitudes de afastamento ereceio). As atitudes são influenciadas por factores como a formação, cultura e sistema de crenças. Sujeitos com boa formação na área da saúde mental têm uma percepção positiva e optimista sobre os factores de risco e uma atitude positiva em relação aos sujeitos com doença mental e comportamentos suicidários.-------------ABSTRACT: INTRODUCTION: The WHO (2001) reveals that about 450 million people suffer from mental or behavioral disorders worldwide, but only a small minority have access to treatment, though elementary. They become victims because of their disease and they become the targets of stigma and discrimination. Suicide is seen as a major public health problem worldwide, is a leading cause of death for young adults and is included among the three major causes of death in the population aged 15-34 years (WHO, 2001). Mental disorders increase the risk of suicide. Depression, schizophrenia, and the substances misuse increase the risk of suicide. Studies (Sartorius, 2002; Magliano et al, 2012) show that health professionals, such as the general public, may have negative attitudes and stigma towards people with mental disorders, and can act accordingly after psychiatric diagnosis is known. General practitioners are the main entry points of mental disorders and suicide attempts in the health sistem. Beliefs, knowledge and contact with mental illness and suicide, may influence clinical care. OBJECTIVES: To assess stigma and perceptions of general practitioners in relation to suicide attempts, suicide and mental disorders as well as possible factors associated with these phenomena. MATERIAL AND METHODS: This was a descriptive cross-sectional study, combining quantitative and qualitative methods. The sample consisted of 125 subjects, general practitioners. We used adapted versions of the following instruments: Questionnaire of Perceptions and Stigma in Relation to Mental Health and Suicide (Liz Macmin and SOQ, Domino, 2005) and the Scale of Attitudes on Mental Illness (Tomorrow Hahn, 2002). For the statistical treatment of the data we used: 1) descriptive (Data distribution by absolute and relative frequencies for each of the variables under study (including mean and standard deviation measures of central tendency and deviation), 2) statistical analysis of hypotheses using (Chi Square - 2, a hypothesis test that is intended to find a value of dispersion for two nominal variables, evaluating the association between qualitative variables) and the correlation between variables (Spearman ρ, rho), a measure of non-parametric correlation, which evaluates an arbitrary monotonic function can be the description of the relationship between two variables, without making any assumptions about the frequency distribution of the variables). For statistical analysis of the correlations were eliminated subjects who did not respond to questions. The collected data were cleaned for inconsistencies based on computer and statistical package SPSS version 20. To measure the internal consistency was used the Cronbach's alpha test. RESULTS: A significant part of the sample 64 (46.4%) reported no formal or informal training in mental health and 86 (69.35%) reject the idea that "professional groups such as doctors, dentists and psychologists are more likely to commit suicide." On the other hand, 42 (28.0%) have a pessimistic view of the possibility of full recovery of individuals with mental disorder. Sixty-eight ( 54.4 % ) of them associates subjects with mental disorder to strange and unpredictable behavior, 115 ( 92.0 % ), to low IQ, 35 ( 26.7 % ) and even to violent and dangerous behavior, 78 ( 62.4 % ) The data show a statistically significant (p = 0.001) relationship between the following variables: length of service in the NHS, fear of being close to individuals with mental illness and considering individuals with mental illness more dangerous than others. In statistical terms, there is a dependency between the two variables (X2 = 9.522, p> 0.05): the perception that "it is shameful to have a mental illness" and knowledge regarding mental illness. There is a positive and statistically significant weak correlation between knowledge of general practitioners (benefit from mental health training) and the perception of the risk factors (0,187; P0,039). DISCUSSION AND CONCLUSIONS: The lack of knowledge about the causes and risk factors for suicidal behavior, intervention and treatment, particularly in the context of mental illness options, may decreaseseeking for help by individual and their relatives. Negative perceptions such as considering that they dont deserve priority in services, myths (weak and cowards, always impulsive, seeking for attentions, spirituals problems) may indicate that general practitioners, may suffer the same stigma and beliefs systems as the general public, and can act accordingly (withdrawal and fear attitudes). Attitudes are influenced by factors such as education, culture and belief system. Subjects with good training in mental health have a positive and optimistic perception of the risk factors and a positiveattitude towards individuals with mental illness and suicidal behaviour.

Changes in prescribing patterns of benzodiazepines after training of general practitioners

RESUMO: Introdução: As benzodiazepinas são os fármacos ansiolíticos e hipnóticos mais utilizados. O elevado consumo destes fármacos tem representado uma preocupação devido aos efeitos secundários do seu uso prolongado e dependência. Portugal tem a maior utilização de benzodiazepinas na Europa. Este estudo pretende analisar a alteração do padrão de prescrição de benzodiazepinas após uma intervenção com clínicos gerais. Métodos: A intervenção consistiu numa sessão educacional a um grupo de clínicos gerais. Foi comparado o padrão de prescrição de benzodiazepinas dos médicos intervencionados com o de um grupo de médicos não intervencionado da mesma região e com o de um grupo de médicos não intervencionados de outra região. Analisaram-­‐se as prescrições de 12 meses antes e depois da intervenção. A análise do padrão de prescrição utilizou como metodologia a Dose Diária Definida (DDD) e a Dose Diária Definida por 1000 pacientes por dia (DHD). A análise estatística recorreu a métodos de regressão segmentada. Resultados: Houve uma diminuição no padrão de prescrição de benzodiazepinas no grupo intervencionado após a intervenção (p=0.005). Houve também uma redução no padrão de prescrição no grupo não intervencionada da mesma região (p=0.037) e no grupo não-intervencionado da região diferente (p=0.010). Analisando por género, prescritores do género feminino prescrevem uma quantidade maior de benzodiazepinas. Os clínicos gerais do género feminino intervencionados tiveram a maior redução na prescrição após a intervenção (p=0.008). Discussão: Os dados demonstraram que a intervenção reduziu a prescrição de benzodiazepinas após a intervenção. A diminuição geral do padrão de prescrição poderá ser explicada pelo efeito de Hawthorne ou pela contaminação entre os três grupos de clínicos gerais. Os dados disponíveis não explicam as diferenças nos padrões de prescrição por género. Conclusão: Este estudo demonstra como uma única intervenção tem um impacto positivo na melhoria dos padrões de prescrição. A replicação desta intervenção poderá representar uma oportunidade para alterar a prescrição de benzodiazepinas em Portugal. -----------------------------ABSTRACT: Introduction: Benzodiazepines are the most utilized anxiolytic and hypnotic drugs. The high consumption of benzodiazepines has been a concern due to the reported side effects of long-­‐term use and dependence. Portugal has the highest benzodiazepine utilisation in Europe. This study aims to analyse the change in General Practitioners’ (GPs) benzodiazepine prescription pattern after na intervention period. Methods: An educational session was delivered to a group of intervened GPs. The benzodiazepine prescription pattern of the intervened group was compared to the pattern of a non-­‐intervened matched group from the same region, and to the pattern of another non-­‐intervened matched group from a diferente region. The research time frame was 12 month before and after intervention. The analysis of the prescription trends used the Defined Daily Dose (DDD) and Defined Daily Dose per 1000 patients per day (DHD) methodology. The statistical methods consisted of segmented regression analysis. Results: There was a decrease in benzodiazepine prescription pattern of intervened GPs after intervention (p=0.005). There was also a decrease in benzodiazepine prescription pattern for the non-­‐intervened group from the same region (p=0.037) and for the non-­‐ intervened group from a diferente region (p=0.010). Concerningthe analysis by gender, female gender prescribed a higher amount of benzodiazepines. The intervened female gender prescribers presented the highest decrease in prescription trend after intervention (p=0.008). Discussion: The data demonstrated that the intervention was effective in reducing benzodiazepine prescription after intervention. The general decrease in prescription trend might be explained by a Hawthorne effect or a contamination effect between the three groups of GPs. The available data couldn´t explain the diferences in prescription patterns by gender. Conclusion: This study demonstrates how a single intervention has a positive impact on improving prescription trends. The replication of this intervention might be an opportunity to changing the worrying benzodiazepine utilisation in Portugal.

Practice variations in the production of health

This study investigates three questions related to medical practice variation. First, it tests whether average length of stay across Portuguese National Health Service hospitals varies when controlling for differences in patients’ characteristics. Second, it looks at hospital-level characteristics in order to find out whether these are able to explain differences in average length of stay across hospitals. Finally, it proposes a best practice average length of stay for each of the six episodes of care analyzed. To perform the analysis, administrative data from the Diagnosis-Related groups’ data set for the year of 2012 was used. A replication of a hierarchical two-stage model with hospital fixed effects was carried out. The results show that after taking patients’ characteristics into account, variation in average length of stay across hospitals exists. This variation cannot be explained by hospital-level characteristics.

Scaling In-Memory databases on multicores

Current computer systems have evolved from featuring only a single processing unit and limited RAM, in the order of kilobytes or few megabytes, to include several multicore processors, o↵ering in the order of several tens of concurrent execution contexts, and have main memory in the order of several tens to hundreds of gigabytes. This allows to keep all data of many applications in the main memory, leading to the development of inmemory databases. Compared to disk-backed databases, in-memory databases (IMDBs) are expected to provide better performance by incurring in less I/O overhead. In this dissertation, we present a scalability study of two general purpose IMDBs on multicore systems. The results show that current general purpose IMDBs do not scale on multicores, due to contention among threads running concurrent transactions. In this work, we explore di↵erent direction to overcome the scalability issues of IMDBs in multicores, while enforcing strong isolation semantics. First, we present a solution that requires no modification to either database systems or to the applications, called MacroDB. MacroDB replicates the database among several engines, using a master-slave replication scheme, where update transactions execute on the master, while read-only transactions execute on slaves. This reduces contention, allowing MacroDB to o↵er scalable performance under read-only workloads, while updateintensive workloads su↵er from performance loss, when compared to the standalone engine. Second, we delve into the database engine and identify the concurrency control mechanism used by the storage sub-component as a scalability bottleneck. We then propose a new locking scheme that allows the removal of such mechanisms from the storage sub-component. This modification o↵ers performance improvement under all workloads, when compared to the standalone engine, while scalability is limited to read-only workloads. Next we addressed the scalability limitations for update-intensive workloads, and propose the reduction of locking granularity from the table level to the attribute level. This further improved performance for intensive and moderate update workloads, at a slight cost for read-only workloads. Scalability is limited to intensive-read and read-only workloads. Finally, we investigate the impact applications have on the performance of database systems, by studying how operation order inside transactions influences the database performance. We then propose a Read before Write (RbW) interaction pattern, under which transaction perform all read operations before executing write operations. The RbW pattern allowed TPC-C to achieve scalable performance on our modified engine for all workloads. Additionally, the RbW pattern allowed our modified engine to achieve scalable performance on multicores, almost up to the total number of cores, while enforcing strong isolation.

Professores realistas: mais eficazes e otimistas

A indisciplina na sala de aula prejudica o ensino e a aprendizagem sendo uma das principais causas do mal-estar dos professores, roubando-lhes energia e tempo conduzindo, muitos deles, à exaustão física e emocional e apresenta-se como um sério problema quer para professores principiantes, quer para professores experientes. A análise do ensino na perspetiva interpessoal possibilita uma nova visão sobre o ambiente de aprendizagem, nomeadamente no que se refere à relação professor-aluno. Nesta perspetiva, o enfoque dirige-se para a análise das perceções dos alunos sobre o comportamento do professor e o impacto que o mesmo tem sobre os alunos. Além de que, ao considerar-se a turma como um sistema deve ter-se em conta que o comportamento não pode ser visto como uma característica da pessoa mas, sim, como uma característica do sistema formado por aqueles que estão envolvidos na interação comunicacional. Analisar as interações comunicacionais à luz da pragmática da comunicação e dos seus cinco axiomas apresenta-se como um poderoso quadro clarificador de muitos dos comportamentos ditos disruptivos, possibilitando aos professores um “novo olhar” sobre o seu papel enquanto gestores da sala de aula. A formação realista de professores apresenta-se como uma estratégia com efeitos muito positivos uma vez que possibilita e ajuda-os a compreenderem o processo de circularidade característico da turma vista como um sistema. Por outro lado, permite evidenciar a impossibilidade dos professores de solucionarem os problemas disciplinares culpabilizando os alunos. Dito de outro modo, a formação realista conduz os professores a um (re) equacionar das suas práticas encorajando-os a selecionarem um comportamento interpessoal mais adequado. No 1º e 3º período letivo, os professores participantes (N= 15) responderam ao Questionário de Interação do Professor (Q.I.P.) e ao Questionário do Otimismo Académico (Q.O.A.) composto por três subescalas: Autoeficácia, Confiança nos alunos e famílias e Ênfase académica. Paralelamente, foram gravadas em suporte vídeo quatro aulas de cada professor, referentes a duas turmas selecionadas previamente pelos mesmos. Após a observação das suas aulas refletiram por escrito aquilo que observaram. No 2º período, participaram numa ação de formação intitulada “Ecologia da sala de aula: relacionamento interpessoal professor-aluno e a criação de ambientes de aprendizagem positivos” baseada no modelo realista de formação de professores. Desta formação resultou um conjunto de relatórios reflexivos que tiveram por objetivo desenvolver nos participantes a sua competência reflexiva, questionarem crenças tidas como inquestionáveis e otimizar a relação professor-aluno. A partir dos resultados obtidos pode afirmar-se que: 1) verificou-se um aumento no otimismo académico e no sentimento de autoeficácia; 2) observou-se um impacto nas conceções prévias, bem como no contexto organizacional.

Regret associated with past and future messes under a maximizing mind-set

Promotions can make you happy if you get the “best” deal or miserable if you miss it. Previous research on this topic has shown that people favor products associated with a past miss to products associated with a future miss, and people in a maximizing mind-set, i.e. people who search for the best in different domains, feel more regret in a consumption domain. This research confirms that consumers prefer purchasing a product associated with a past miss (Experiments 1 and 2) and that regret levels are higher when participants come across the future miss, under the maximizing mind-set (Experiment 2). These studies add to the notion that information on regret might prompt people to make decisions towards a more optimistic outcome.