Bacterial inter-species communication mediated by the autoinducer-2 signal

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology by Universidade Nova de Lisboa, Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Instituto Gulbenkian de Ciência.

Transverse Vibrations in Beams Supported by a Piece-Wise Homogeneous Visco- Elastic Foundation

Transversal vibrations induced by a load moving uniformly along an infinite beam resting on a piece-wise homogeneous visco-elastic foundation are studied. Special attention is paid to the additional vibrations, conventionally referred to as transition radiations, which arise as the point load traverses the place of foundation discontinuity. The governing equations of the problem are solved by the normalmode analysis. The solution is expressed in a form of infinite sum of orthogonal natural modes multiplied by the generalized coordinate of displacement. The natural frequencies are obtained numerically exploiting the concept of the global dynamic stiffness matrix. This ensures that the frequencies obtained are exact. The methodology has restrictions neither on velocity nor on damping. The approach looks simple, though, the numerical expression of the results is not straightforward. A general procedure for numerical implementation is presented and verified. To illustrate the utility of the methodology parametric optimization is presented and influence of the load mass is studied. The results obtained have direct application in analysis of railway track vibrations induced by high-speed trains when passing regions with significantly different foundation stiffness.

Hymenoptera.

We present the fi rst review of Hymenoptera alien to Europe. Our study revealed that nearly 300 species of Hymenoptera belonging to 30 families have been introduced to Europe. In terms of alien species diversity within invertebrate orders, this result ranks Hymenoptera third following Coleoptera and Hemiptera. Two third of alien Hymenoptera are parasitoids or hyperparasitoids that were mostly introduced for biological control purposes. Only 35 phytophagous species, 47 predator species and 3 species of pollinators have been introduced. Six families of wasps (Aphelinidae, Encyrtidae, Eulophidae, Braconidae, Torymidae, Pteromalidae) represent together with ants (Formicidae) about 80% of the alien Hymenoptera introduced to Europe. Th e three most diverse families are Aphelinidae (60 species representing 32% of the Aphelinid European fauna), Encyrtidae (55) and Formicidae (42) while the Chalcidoidea together represents 2/3 of the total Hymenoptera species introduced to Europe. Th e fi rst two families are associated with mealybugs, a group that also included numerous aliens to Europe. In addition, they are numerous cases of Hymenoptera introduced from one part of Europe to another, especially from continental Europe to British Islands. Th ese introductions mostly concerned phytophagous or gall- maker species (76 %), less frequently parasitoids. Th e number of new records of alien Hymenoptera per year has shown an exponential increase during the last 200 years. Th e number of alien species introduced by year reached a maximum of 5 species per year between 1975 and 2000. North America provided the greatest part of the hymenopteran species alien to Europe (96 species, 35.3%), followed by Asia (84 species, 30.9%) and Africa (49 species, 18%). Th ree Mediterranean countries (only continental parts) hosted the largest number of alien Hymenoptera: Italy (144 spp.), France (111 spp.) and Spain (90 spp.) but no correlation was found with the area of countries. Intentional introduction, mostly for biological control, has been the main pathway of introduction for Hymenoptera. Consequently, the most invaded habitats are agricultural and horticultural as well as greenhouses. To the contrary, Hymenoptera alien in Europe are mostly associated with woodland and forest habitats. Ecological and economic impacts of alien Hymenoptera have been poorly studied. Ants have probably displaced native species and this is also true for introduced parasitoids that are suspected to displace native parasitoids by competition, but reliable examples are still scarce. Th e cost of these impacts has never been estimated.

A framework for scientific computing with GPUs

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Incêndios urbanos no concelho da Amadora. O risco de incêndio nas freguesias da Mina e Venteira

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Gestão do Território, Área de Especialização em Ambiente e Recursos Naturais.

Modeling assembly program with constraints. A contribution to WCET problem

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Lógica Computacional

Linear amplification with multiple nonlinear devices

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e Computadores

Distributed processing of large remote sensing images using MapReduce - A case of Edge Detection

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Hydrologic modeling and uncertainty analysis of an ungauged watershed using mapwindow-swat

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

A família cuidadora perante a dependência do seu familiar idoso

RESUMO: O envelhecimento demográfico tem vindo a acentuar-se nas últimas décadas. É expectável um aumento mais acentuado no número de pessoas com mais de 80 anos, o que importará maiores custos médicos, mais suporte familiar e comunitário, maior probabilidade de cuidados de longa duração devido à prevalência de doenças crónicas. Conduzindo a uma maior procura de apoios formais e informais. A preocupação com aqueles que atingem idades avançadas tem vindo a suscitar inquietação face à urgência de necessidades de suporte, sentidas por familiares, amigos e vizinhos. A questão central que orientou este estudo diz respeito aos familiares cuidadores ou gestores de cuidados do seu familiar idoso dependente e ao idoso dependente. Procurei identificar quais as dificuldades sentidas e as estratégias desenvolvidas pela família cuidadora ou gestora dos cuidados prestados ao idoso dependente, descrever e caracterizar a dependência destes idosos. É um estudo transversal, exploratório, descritivo, de abordagem quantitativa e qualitativa. Apliquei um questionário a 25 familiares cuidadores ou gestores dos cuidados a idosos dependentes, internados nos serviços de medicina e cirurgia de um hospital privado, Hospital CUF Descobertas, possuindo previamente alguma dependência. Dos dados obtidos ressalta que as principais dificuldades sentidas pelos familiares cuidadores ou gestores dos cuidados são essencialmente na gestão do tempo e a saúde do cuidador. Estratégias mais desenvolvidas foram o recurso a empregada doméstica e a outros familiares. Posso Concluir que há uma tendência preferencial por parte da família, na complementaridade de apoios informais e formais para prestar os cuidados ao idoso dependente no seio da família.------------ ABSTRACT: Demographic aging has risen progressively over the past decades. The number of people over the age of 80 years old is expected to increase considerably and surely result in the rise of medical costs, the growing need for additional community and family support, higher probability of long-term medical care due to the increased risk of chronic disease and the seeking of help regarding formal and informal support. The concern with persons that attain advanced age has brought about a certain degree of uneasiness regarding the urgency of the need of support systems felt by family members, friends, neighbours. The main topic that has steered this study pertains to the family caregivers or the care managers of dependant elderly relatives and dependant elderly persons. I endeavoured to identify encountered difficulties and the strategies undertaken by family caregivers or care managers in regard to the elderly dependant, to describe and characterize the nature of the dependency of these elderly persons. Furthermore, this study could be defined as being wide-reaching, exploratory and descriptive, by means of a qualitative and quantitative approach. I utilized a questionnaire that involved 25 family caregivers and care managers of dependant elderly (hospitalized in medical or surgery wards of private hospital, CUF Descobertas Hospital and suffering from some type of dependency). Conclusions: The main difficulties felt by family caregivers or care managers are primarily related to time management and the health of the caregiver. Let it be mentioned that more developed strategies were adopted such as the employment/recruitment of a housemaid and the help of other relatives. In sum, it can be concluded that there is a preferential tendency by families in seeking the complementarity of informal and formal support in order to provide the necessary care to the dependent elderly in the family environment.

Studies on BolA and ribonuclease R: two important factors in the control of bacterial gene expression

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Biology

A cultura de segurança do doente em alunos do 4º ano dos cursos de tecnologias da saúde

RESUMO - O presente trabalho pretende estudar a cultura de segurança de doente em alunos do ensino superior, na área das tecnologias de diagnóstico e terapêutica. Esta problemática não tem sido abordada pela comunidade científica, pelo que o seu estudo é relevante. Os alunos que finalizam a licenciatura estão legalmente autorizados para intervir perante o doente, contudo, a sensibilidade que têm para as questões da segurança do doente deve ser analisada com o intuito de melhorar a sua preparação como futuros profissionais de saúde. Neste estudo participaram 180 alunos estratificados consoante o curso e sexo de modo a obter uma amostra representativa da população alvo. Foi constituído um questionário com 31 itens numa escala dicotómica que avaliam a cultura de segurança do doente em 7 dimensões – liderança, trabalho de equipa, a prática baseada na evidência científica, a comunicação, a aprendizagem, a justiça, e a prática clínica centrada no doente. Pode igualmente compor-se uma medida global de cultura de segurança do doente através do somatório das 7 dimensões. Os resultados evidenciam a existência de uma correlação positiva moderada entre as dimensões – Trabalho em equipa (0,660); Liderança (0,610); Prática baseada na evidência científica (0,627); Ambiente justo (0,570); Comunicação (0,501) e o Total.

Qualidade e satisfação do sistema de seguimento à distância de cardioversores-desfibrilhadores implantáveis

RESUMO - Com o aumento da esperança de vida e das doenças crónicas, cada vez se tem implantado mais cardioversores-desfibrilhadores (CDI) para prevenção de morte súbita. O aumento exponencial no número de implantes aumenta o número de seguimentos dos dispositivos, sobrecarregando os profissionais de saúde e comprometendo a qualidade dos serviços prestados. Segundo as recomendações internacionais, um CDI deverá ser vigiado a cada 3 meses, o que perfaz 4 consultas por ano/doente no mínimo, se não existirem episódios de “choques” ou “descompensações” clínicas, e mensalmente quando é atingido o indicador de substituição electiva do gerador. A evolução da tecnologia, de algoritmos, visualização de episódios e terapias requer recursos técnicos e humanos diferenciados e um gasto de tempo considerável no seguimento. Em países como os Estados Unidos da América, em que os doentes têm de percorrer distâncias muito grandes para aceder aos cuidados de saúde, tornou-se preemente a necessidade de um sistema de vigilância alternativo. Nesse sentido, e usando o conceito da telemedicina, foi criado o seguimento/monitorização à distância de dispositivos cardíacos. Este reduz os custos em consultas, deslocações e recursos humanos, uma vez que contempla apenas uma consulta presencial por ano. Por outro lado, aumenta a segurança do doente com a monitorização periódica e a criação de alarmes, permitindo uma assistência de qualidade e intervenção adequada imediata. Aproveitando as vantagens que este tipo de sistema de transmissão remota oferece, procedeu-se no meu serviço, à distribuição inicial de 62 comunicadores a doentes portadores de CDI´s ou com Ressincronizadores Cardíacos (TRC´s1). Apesar de ser considerada uma melhoria na qualidade dos serviços prestados, é também uma mudança importante na metodologia da consulta feita até aqui. Segundo vários autores, a avaliação da qualidade dos cuidados em saúde está intrinsecamente ligada ao grau de satisfação dos doentes com esses serviços, ou seja, à relação entre as suas expectativas e os resultados percebidos por eles, sendo considerado um importante indicador de qualidade dos serviços. Com este trabalho, pretende-se avaliar a percepção dos doentes face ao novo seguimento em termos de aceitação, satisfação, validade, segurança e confiança no novo sistema. Se este mantém os mesmos padrões de qualidade que o seguimento presencial. Trata-se de um estudo transversal com uma componente retrospectiva de avaliação da nova metodologia de consulta à distância. Para tal, foi elaborado um questionário, que foi aplicado a 40 doentes (17,5% do género feminino e 82,5% do género masculino; média de idades de 65 anos) que constituíram a amostra do estudo. Verificou-se uma média de 5 anos de tempo de implante do CDI. Dos dados obtidos, é de realçar que 70% dos inquiridos estão satisfeitos e 30% estão muito satisfeitos com esta nova metodologia de consulta e cerca 67,4% prefere a consulta à distância. Quando solicitados para comparar a qualidade do serviço prestado entre as duas consultas, 65% respondeu igual e 27,5% melhor. Todos os inquiridos responderam ter confiança e segurança com o sistema de consulta à distância. Cerca de 87,5% dos inquiridos vê-se mesmo a continuar com este tipo de consulta. Os resultados obtidos são bastante satisfatórios no que diz respeito à transição do modo como a consulta de CDI´s é feita. Reflectem também que a tecnologia não é necessariamente uma barreira no acesso aos profissionais de saúde, desde que suportada por algum contacto directo (telefone e através de uma consulta presencial por ano). 1 TRC – Terapia de Ressincronização Cardíaca

Satisfação profissional dos dietistas nos hospitais do Serviço Nacional de Saúde : um primeiro estudo empírico

RESUMO - A satisfação no trabalho é entendida como um conjunto de sentimentos ou respostas afetivas relacionados com aspetos particulares do trabalho. Os autores não são unânimes na sua definição concetual. Neste estudo pretende-se compreender a satisfação profissional dos dietistas a exercer nos hospitais públicos em Portugal continental. A satisfação profissional foi avaliada através de um questionário (adaptado de Graça,1999) dividido em três partes. Foi aplicada uma escala de intervalos, na Discrepância entre as Expetativas (E) e Resultados (R), constituída por 8 dimensões e 44 itens. Mediu-se igualmente a importância motivacional que os dietistas atribuíram a cada uma das 8 dimensões, e foi feita a sua caraterização sociodemográfica da população estudada. De uma população inicial constituída por 42 elementos, contactada por email para responder ao questionário “on line”, tivemos 34 respondentes. Quatro respostas, por incompletas, não foram consideradas no tratamento. No final, temos uma amostra de conveniência constituída por 30 dietistas, todos eles a trabalhar atualmente em hospitais do SNS. A taxa de resposta válida é, pois, de 71,4%. Trata-se de um estudo descritivo, observacional e tipo transversal. A análise de dados baseou-se na estatística descritiva e analítica. O score médio global (2,59), indicador da discrepância E-R, permite classificar a amostra como estando “bastante satisfeita” em relação ao seu trabalho e à sua profissão. Em relação à ordenação das dimensões segundo a importância motivacional, a Realização pessoal e profissional & desempenho organizacional (1º) (2,57), é aquela que os inquiridos consideraram a mais importante, seguida da Relação profissional/utente (2º) (3,78) e finalmente a Autonomia & poder (3º) (3,96). Os melhores scores médios de cada dimensão são a Relação profissional/utente (1º) (1,36), seguida do Status e prestigio (2º) (1,51) e por último as Relações de trabalho e suporte social (3º) (2,39). Em conclusão, em relação à ordenação das dimensões segundo a importância motivacional, a Realização pessoal e profissional e desempenho organizacional foi considerada pelos dietistas a mais importante e a dimensão menos importante foi a do Status e prestígio. A Relação profissional/utente foi a dimensão com melhor score médio, ou seja, é a dimensão onde os dietistas se encontram mais satisfeitos, e a remuneração foi a dimensão onde a população se encontra menos satisfeita. A satisfação profissional dos dietistas que trabalham em hospitais públicos pode contribuir para melhorar a prestação de cuidados de saúde à população. Recomendamos por isso, mais investigação que aborde aquela temática, tornando mais visível a importância do dietista no contexto da saúde em Portugal.

Estudo da expressão génica da Legionella pneumophila estirpe paris após co-cultura em Acanthamoeba castellanii

RESUMO: A Legionella é um bacilo Gram-negativo que replica dentro de protozoários como Acanthamoeba castellanii (A. castellanii) e no interior de macrófagos alveolares humanos, podendo resultar numa pneumonia grave. A Legionella em meio líquido tem um ciclo de vida bifásico, apresentando traços replicativos na fase exponencial e expressando factores transmissíveis na fase estacionária. Estudos recentes demonstraram que a Legionella precisa de assegurar um tempo preciso no seu ciclo de vida para efectuar com êxito a infecção das células hospedeiras. Muitos modelos de estudo foram desenvolvidos a fim de aumentar o conhecimento sobre o ciclo de vida intracelular e identificar os genes necessários para a modulação da célula hospedeira. Embora o conhecimento sobre a interacção bactéria-hospedeiro ainda seja limitado, parece que esta interacção gera um conjunto de características de virulência permitindo que a bactéria infecte células fagocíticas humanas e cause doença. O objectivo do presente projecto de investigação foi investigar e seleccionar genes críticos para a infecciosidade da Legionella pneumophila estirpe Paris (Lp Paris), desenhar e optimizar uma técnica de PCR em tempo real para o estudo da expressão génica e comparar o perfil de expressão da Lp Paris antes e depois da co-cultura em A. castellanii. Os resultados mostraram que oito dos 12 genes em estudo alteraram a sua expressão relativa após co-cultura em A. castellanii quando os ensaios foram realizados com culturas de Lp Paris na fase estacionária precoce (cinco foram induzidos e três reprimidos) Quando os ensaios foram realizados com culturas de Lp Paris na fase estacionária tardia 11 genes apresentaram repressão na sua expressão relativa. Analisando os resultados, concluímos que o perfil de expressão de Lp Paris foi modificado pela interacção com A. castellanii, no entanto essa mudança foi dependente da fase do seu ciclo de vida.-------ABSTRACT: Legionella is a pathogenic Gram-negative bacterium that replicates not only within aquatic protozoa like Acanthamoeba castellanii (A. castellanii), but also within human alveolar macrophages, which can result in a severe pneumonia. Legionella has a biphasic life cycle in broth, where exponential phase cultures display replicative traits and stationary bacteria express transmissive factors. Recent studies demonstrated that for successful infection of host cells, Legionella needs to ensure a precise timing of its life cycle. Many models of study were developed in order to learn about the intracellular life cycle and to identify the genes necessary for the host cell modulation. Although knowledge about the bacteria-host interaction is still limited, it appears that this interaction generate a pool of virulence traits, allowing the bacterium to infect human phagocytic cells and cause disease. The purpose of the present study was to investigate and select de critical genes for the infectivity of Legionella pneumophila strain Paris (Lp Paris), design and optimize a real time PCR technique for gene expression study and compare the expression profile of Lp Paris before and after co- culture of A. castellanii. The results show that eight of 12 genes in study changed its relative expression after coculture in A. castellanii when we performed the intracellular assays with early stationary phase Lp Paris cultures (five were induced and tree were repressed). When we performed the intracellular assays with late stationary phase Lp Paris cultures 11 genes showed a repressed relative expression. Analysing the results, we conclude that the expression profile of Lp Paris was modified by interaction with A. castellanii but this change was dependent of the timing of its life cycle.