Can power laws help us understand gene and proteome information?

Proteins are biochemical entities consisting of one or more blocks typically folded in a 3D pattern. Each block (a polypeptide) is a single linear sequence of amino acids that are biochemically bonded together. The amino acid sequence in a protein is defined by the sequence of a gene or several genes encoded in the DNA-based genetic code. This genetic code typically uses twenty amino acids, but in certain organisms the genetic code can also include two other amino acids. After linking the amino acids during protein synthesis, each amino acid becomes a residue in a protein, which is then chemically modified, ultimately changing and defining the protein function. In this study, the authors analyze the amino acid sequence using alignment-free methods, aiming to identify structural patterns in sets of proteins and in the proteome, without any other previous assumptions. The paper starts by analyzing amino acid sequence data by means of histograms using fixed length amino acid words (tuples). After creating the initial relative frequency histograms, they are transformed and processed in order to generate quantitative results for information extraction and graphical visualization. Selected samples from two reference datasets are used, and results reveal that the proposed method is able to generate relevant outputs in accordance with current scientific knowledge in domains like protein sequence/proteome analysis.

Fin de partie: l'infini recommencement de rien

Dans Fin de partie, Beckett se révèle de nouveau un maître du théâtre de l’âme, mais d’une façon pas du tout conventionnelle. On doit classer cette pièce dans l’antithéâtre parce qu’elle manque d’intrigue, il n’y a que de situations cycliques toujours répétées, le temps ne veut pas passer, c’est plutôt un moment éternel, les personnages manquent de consistance et d’individualité : ils sont davantage des incarnations d’attitudes humaines, et ils parlent un langage décousu, un bourdonnement dépourvu de sens. Bien que tous ces aspects contribuent à l’ambiguïté de la pièce, rien n’y est laissé au hasard : tout sert à communiquer l’incommunicable. La scène se passe dans un lieu clos, avec une lumière crépusculaire qui suggère la fin du jour. Les personnages et les objets se trouvent dans des poubelles (Nagg et Nell) ou couverts par des draps : peu à peu, les objets et les personnages se dévoilent d’une façon fragmentée. C’est Clov qui nous dit qu’il s’agit de la fin de quelque chose, mais déjà le décor, la lumière, la déchéance physique des personnages et les dialogues à peine esquissés suggèrent un stage final qui n’en finit plus, qui devient un moment éternel, car la mort, elle non plus, ne se présente pas comme une solution pour le problème de notre existence absurde. Et nous voilà de nouveau face à face avec l’absurdité de la condition humaine, où l’homme se sent privé de toute certitude et incapable de découvrir un sens à son existence. Le tragique de la condition humaine, et le désir de lui mettre fin est le fil conducteur de Fin de partie. Les personnages montrent tout au long de la pièce que la condition humaine est intolérable et qu’ils sont écrasés par la routine et l’ennui. Ils se sentent perdus et abandonnés par un dieu quiconque, un monstre qui a créé la nature humaine. La vie est une pile de moments infernaux ; tout le monde est dans l’attente de quelqu’un ou d’un événement qui puisse changer son cours. Mais rien ne change, les personnages sont trop passifs – Clov se prépare pour son voyage, cependant, au lieu de partir, il reste là, immobile, jusqu’à la fin. Mais c’est juste pour ce danger que Beckett veut nous alerter : si nous ne faisons pas usage de notre liberté en nous recréant par une succession de choix, nous serons damnés, c’est-à-dire, condamnés à vivre dans le désespoir, le néant, l’absurde – la vie sera toujours un infini recommencement de rien.

Visualizing control systems performance: A fractional perspective

This article presents a novel method for visualizing the control systems behavior. The proposed scheme uses the tools of fractional calculus and computes the signals propagating within the system structure as a time/frequency-space wave. Linear and nonlinear closed-loop control systems are analyzed, for both the time and frequency responses, under the action of a reference step input signal. Several nonlinearities, namely, Coulomb friction and backlash, are also tested. The numerical experiments demonstrate the feasibility of the proposed methodology as a visualization tool and motivate its extension for other systems and classes of nonlinearities.