Identification of neuronal alterations induced by Shank3 mutations using iPS cells from Phelan-McDermid Patients' Fibroblasts

A família de proteínas Shank é o principal conjunto de proteinas de suporte e está localizada na densidade pós-sináptica das sinapses excitatórias. Existem 3 genes na família Shank, Shank1, Shank2 e Shank3 e são caracterizados por múltiplos domínios repetidos de anquirina próximo ao N-terminal seguido pelos domínios Src homologo 3 e PDZ, uma região longa rica em prolina e um domínio de motivo α estéril próximo ao C-terminal. Shank proteínas conectam duas subunidades de receptors glutamatérgicos, recetores NMDA e recetores metabotrópicos de glutamato do tipo-I (mGluRs). O domínio PDZ da Shank conecta-se ao C-terminal do GKAP e este, liga-se, ao complexo recetor PSD-95-NMDA. Por outro lado, a proteína Homer interage com o domínio rico em prolina para confirmar a associação entre a proteína Shank com o mGluR tipo-I. A proteína específica em estudo, Shank3, é haploinsuficiente em pacientes com sindrome Phelan-McDermid devido à deleções no braço comprido do cromossoma 22 levando à danos intelectuais, ausência ou atraso no discurso, comportamentos semelhantes ao autismo, hipotonia e características dismórficas. Neste trabalho, investigamos o papel da Shank3 na função sináptica para compreender a relação entre alterações nesta proteína e as características neurológicas presente em Pacientes com síndrome Phelan-McDermid. Foram utilizados dois modelos diferentes, ratinhos knockout Shank3 e hiPSC de pacientes com PMS. Ratinhos geneticamente modificados são ferramentas uteis no estudo de genes e na compreensão dos mecanismos que experiências in vitro não são capazes de reproduzir, mas de maneira a compreender melhor as patologias humanas, decidimos trabalhar também com células humanas. Os fibroblastos dos pacientes com síndrome Phelan-McDermid fora reprogramados em hiPS cells, diferenciados em neurónios e comparados com os neurónios obtidos a partir de doadores saudavéis e da mesma idade. A reprogramação em iPSC foi realizada por infecção de lentivirus com quatro genes de reprogramação OCT4, c-MYC, SOX2 e KFL4 para posteriormente serem diferenciados em neurónios, com cada passo sendo positivamente confirmado através de marcadores neuronais. Através dos neurónios diferenciados, analisamos a expressão de proteínas sinápticas. Pacientes com haploinsuficiencia na proteína Shank3 apresentam níveis elevados de proteína mGluR5 e decrescidos de proteína Homer sugerindo que a haploinsuficiencia leva a desregulação do complexo mGluR5-Homer-Shank3 conduzindo também, a defeitos na maturação sináptica. Assim, a expressão da proteína mGluR5 está alterada nos pacientes com PMS podendo estar relacionada com defeitos encontrados na diferenciação neuronal e maturação sináptica observados nos neurónios de pacientes. Conclusivamente, iPS cells representam um modelo fundamental no estudo da proteína Shank3 e a sua influência no sindrome de Phelan-McDermid.

Global material analysis on phosphorus flows, supply horizon and impact assessment on phosphorus depletion

Different problems are daily discuss on environmental aspects such acid rain, eutrophication, global warming and an others problems. Rarely do we find some discussions about phosphorus problematic. Through the years the phosphorus as been a real problem and must be more discussed. On this thesis was done a global material flow analysis of phosphorus, based on data from the year 2004, the production of phosphate rock in that year was 18.9 million tones, almost this amount it was used as fertilizer on the soil and the plants only can uptake, on average, 20% of the input of fertilizer to grow up, the remainder is lost for the phosphorus soil. In the phosphorus soil there is equilibrium between the phosphorus available to uptake from the plants and the phosphorus associate with other compounds, this equilibrium depends of the kind of soil and is related with the soil pH. A reserve inventory was done and we have 15,000 million tones as reserve, the amount that is economical available. The reserve base is estimated in 47,000 million tones. The major reserves can be found in Morocco and Western Sahara, United Sates, China and South Africa. The reserve estimated in 2009 was 15,000 million tone of phosphate rock or 1,963 million tone of P. If every year the mined phosphate rock is around 22 Mt/yr (phosphorus production on 2008 USGS 2009), and each year the consumption of phosphorus increases because of the food demand, the reserves of phosphate rock will be finished in about 90 years, or maybe even less. About the value/impact assessment was done a qualitative analysis, if on the future we don’t have more phosphate rock to produce fertilizers, it is expected a drop on the crops yields, each depends of the kind of the soil and the impact on the humans feed and animal production will not be a relevant problem. We can recovery phosphorus from different waste streams such as ploughing crop residues back into the soil, Food processing plants and food retailers, Human and animal excreta, Meat and bone meal, Manure fibre, Sewage sludge and wastewater. Some of these examples are developed in the paper.

Sistema online de resolução alternativa de conflitos com recurso à argumentação

Numa sociedade cada vez mais e mais virada para a Internet e para a procura de informação e soluções para todo e qualquer tipo de problema de forma instantânea, imediata ou mesmo urgente, a resolução de conflitos na sua forma mais comum, ou seja, no recurso judicial aos tribunais, parece começar a ser demasiado demorada e ineficaz. Neste sentido, as pessoas procuram, de uma maneira cada vez mais recorrente, alternativas para solucionar estes conflitos, de forma mais célere, sem que no entanto a avaliação da solução encontrada perca qualidade. Surgem, então, sistemas de resolução alternativa de conflitos (Alternative Dispute Resolution – ADR), ou ainda no ambiente Web (Online Dispute Resolution – ODR). As técnicas de ADR com maior destaque são a negociação, a arbitragem e a mediação. Em qualquer dos casos, facilmente podemos associar a sua eficiência e eficácia à utilização da argumentação no processo, satisfazendo as exigências dos implicados no conflito, já que é dada voz às suas perspectivas sobre o mesmo. Argumentar permite expor factos e justificações de suporte ou oposição relativamente ao conflito, enriquecendo a solução e tornando mais claro o entendimento da mesma. Neste trabalho será abordado o tema dos ADR, fazendo uma breve explicação da sua forma de utilização, suas principais técnicas (a negociação, a arbitragem e a mediação), será ainda abordada a argumentação, bem como a sua integração com os sistemas de resolução alternativa de conflitos. O modelo de argumentação de Toulmin foi objecto de análise e aplicação para a resolução do problema definido nesta dissertação, através da sua aplicação aos processos de argumentação. Será proposto um modelo suporte à resolução alternativa de conflitos, e desenvolvido um protótipo que permita a sua validação no contexto estudado.

Desmonte de rocha com explosivos: importância da optimização

Este trabalho pretende avaliar e melhorar o modo de execução da aplicação da técnica de rebentamento com explosivos, aumentando a fragmentação e reduzindo o custo no conjunto das operações de perfuração, carga, detonação e fragmentação secundária e compreender a influência na variação do custo das operações face às melhorias adoptadas. A investigação foi executada na pedreira da Mota-Engil, Engenharia S.A. ‘’ Bouça do Menino’’ Vila Verde, Cervães, tendo os dados iniciais sido recolhidos em 2004 (ano de referência) e comparados com os seguintes 4 anos. A perfuração é geralmente um dos principais factores que influenciam o resultado de um rebentamento, já que do seu rigor pode depender a eficiência do explosivo. Hoje em dia, para além da adequação dos métodos de execução ao local a fragmentar, existem ferramentas que nos permitem visualizar com rigor as circunstâncias em que se desenvolvem os trabalhos, nomeadamente as utilizadas pelos equipamentos de perfuração para controlo de profundidade, inclinação e direcção, a utilização de feixes ‘’laser’’ que nos permitem manter o nivelamento das plataformas, o ‘’laser’’ profile que nos ajuda a definir o posicionamento e inclinação dos furos relativamente à frente livre antes de executar a perfuração, ou ainda, a utilização de equipamentos de registo de coordenadas que nos permitem verificar o posicionamento do furo após a sua execução e decidir sobre a sua utilização mais correcta em função da sua posição. A utilização destas ferramentas associadas a um ‘’software’’ de desenho é ainda uma excelente ferramenta de formação para os operadores da perfuração e utilização dos explosivos, já que permite visualizar e compreender a relação da posição dos furos com o resultado do rebentamento.

Reason Maintenance Systems: Tools for Foundations-based Belief Revision

Dynamic and distributed environments are hard to model since they suffer from unexpected changes, incomplete knowledge, and conflicting perspectives and, thus, call for appropriate knowledge representation and reasoning (KRR) systems. Such KRR systems must handle sets of dynamic beliefs, be sensitive to communicated and perceived changes in the environment and, consequently, may have to drop current beliefs in face of new findings or disregard any new data that conflicts with stronger convictions held by the system. Not only do they need to represent and reason with beliefs, but also they must perform belief revision to maintain the overall consistency of the knowledge base. One way of developing such systems is to use reason maintenance systems (RMS). In this paper we provide an overview of the most representative types of RMS, which are also known as truth maintenance systems (TMS), which are computational instances of the foundations-based theory of belief revision. An RMS module works together with a problem solver. The latter feeds the RMS with assumptions (core beliefs) and conclusions (derived beliefs), which are accompanied by their respective foundations. The role of the RMS module is to store the beliefs, associate with each belief (core or derived belief) the corresponding set of supporting foundations and maintain the consistency of the overall reasoning by keeping, for each represented belief, the current supporting justifications. Two major approaches are used to reason maintenance: single-and multiple-context reasoning systems. Although in the single-context systems, each belief is associated to the beliefs that directly generated it—the justification-based TMS (JTMS) or the logic-based TMS (LTMS), in the multiple context counterparts, each belief is associated with the minimal set of assumptions from which it can be inferred—the assumption-based TMS (ATMS) or the multiple belief reasoner (MBR).

Low frequency of TERT promoter mutations in gastrointestinal stromal tumors (GISTs)

Somatic mutations in the promoter region of telomerase reverse transcriptase (TERT) gene, mainly at positions c.-124 and c.-146 bp, are frequent in several human cancers; yet its presence in gastrointestinal stromal tumor (GIST) has not been reported to date. Herein, we searched for the presence and clinicopathological association of TERT promoter mutations in genomic DNA from 130 bona fide GISTs. We found TERT promoter mutations in 3.8% (5/130) of GISTs. The c.-124C>T mutation was the most common event, present in 2.3% (3/130), and the c.-146C>T mutation in 1.5% (2/130) of GISTs. No significant association was observed between TERT promoter mutation and patient's clinicopathological features. The present study establishes the low frequency (4%) of TERT promoter mutations in GISTs. Further studies are required to confirm our findings and to elucidate the hypothetical biological and clinical impact of TERT promoter mutation in GIST pathogenesis.

Immunohistochemical molecular phenotypes of gastric cancer based on SOX2 and CDX2 predict patient outcome

Background Gastric cancer remains a serious health concern worldwide. Patients would greatly benefit from the discovery of new biomarkers that predict outcome more accurately and allow better treatment and follow-up decisions. Here, we used a retrospective, observational study to assess the expression and prognostic value of the transcription factors SOX2 and CDX2 in gastric cancer. Methods SOX2, CDX2, MUC5AC and MUC2 expression were assessed in 201 gastric tumors by immunohistochemistry. SOX2 and CDX2 expression were crossed with clinicopathological and follow-up data to determine their impact on tumor behavior and outcome. Moreover, SOX2 locus copy number status was assessed by FISH (N = 21) and Copy Number Variation Assay (N = 62). Results SOX2 was expressed in 52% of the gastric tumors and was significantly associated with male gender, T stage and N stage. Moreover, SOX2 expression predicted poorer patient survival, and the combination with CDX2 defined two molecular phenotypes, SOX2+CDX2- versus SOX2-CDX2+, that predict the worst and the best long-term patients’ outcome. These profiles combined with clinicopathological parameters stratify the prognosis of patients with intestinal and expanding tumors and in those without signs of venous invasion. Finally, SOX2 locus copy number gains were found in 93% of the samples reaching the amplification threshold in 14% and significantly associating with protein expression. Conclusions We showed, for the first time, that SOX2 combined with CDX2 expression profile in gastric cancer segregate patients into different prognostic groups, complementing the clinicopathological information. We further demonstrate a molecular mechanism for SOX2 expression in a subset of gastric cancer cases.

TERT Promoter Mutations Are a Major Indicator of Poor Outcome in Differentiated Thyroid Carcinomas

Context: Telomerase promoter mutations (TERT) were recently described in follicular cell-derived thyroid carcinomas (FCDTC) and seem to be more prevalent in aggressive cancers. Objectives: We aimed to evaluate the frequency of TERT promoter mutations in thyroid lesions and to investigate the prognostic significance of such mutations in a large cohort of patients with differentiated thyroid carcinomas (DTCs). Design: This was a retrospective observational study. Setting and Patients: We studied 647 tumors and tumor-like lesions. A total of 469 patients with FCDTC treated and followed in five university hospitals were included. Mean follow-up (±SD) was 7.8 ± 5.8 years. Main Outcome Measures: Predictive value of TERT promoter mutations for distant metastasization, disease persistence at the end of follow-up, and disease-specific mortality. Results: TERT promoter mutations were found in 7.5% of papillary carcinomas (PTCs), 17.1% of follicular carcinomas, 29.0% of poorly differentiated carcinomas, and 33.3% of anaplastic thyroid carcinomas. Patients with TERT-mutated tumors were older (P < .001) and had larger tumors (P = .002). In DTCs, TERT promoter mutations were significantly associated with distant metastases (P < .001) and higher stage (P < .001). Patients with DTC harboring TERT promoter mutations were submitted to more radioiodine treatments (P = .009) with higher cumulative dose (P = .004) and to more treatment modalities (P = .001). At the end of follow-up, patients with TERT-mutated DTCs were more prone to have persistent disease (P = .001). TERT promoter mutations were significantly associated with disease-specific mortality [in the whole FCDTC (P < .001)] in DTCs (P < .001), PTCs (P = .001), and follicular carcinomas (P < .001). After adjusting for age at diagnosis and gender, the hazard ratio was 10.35 (95% confidence interval 2.01–53.24; P = .005) in DTC and 23.81 (95% confidence interval 1.36–415.76; P = .03) in PTCs. Conclusions: TERT promoter mutations are an indicator of clinically aggressive tumors, being correlated with worse outcome and disease-specific mortality in DTC. TERT promoter mutations have an independent prognostic value in DTC and, notably, in PTC.

Molecule: Sistema de organização e visualização de tags

No dia-a-dia existe regularmente a necessidade de rotular um item com informação adicional de forma a poder ser mais facilmente recuperado ou identificado posteriormente. Diversas plataformas permitem que os utilizadores rotulem recursos com tags que habitualmente são partilhadas com outros utilizadores. Assim, ao longo do tempo foram propostas várias formas de visualização das tags associados aos recursos, com o intuito de não só facilitar aos utilizadores a pesquisa dos mesmos, mas também permitir a visualização do tag space. A nuvem de tags destaca-se como a forma mais comum de visualização. Este documento apresenta um estudo efetuado sobre formas de visualização de tags, as suas vantagens e limitações, e propõe uma forma de visualização alternativa. Sugere-se também uma nova interpretação sobre como pesquisar e visualizar recursos com tags associadas: o sistema Molecule, uma solução viável e inovadora, para vários dos problemas associados à tradicional nuvem de tags que, para além de permitir aos seus utilizadores associem tags aos s recursos, proporciona uma abordagem multivista para os mesmos navegarem no tag space e pesquisarem informação.