PHYLOViZ: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods

Background: With the decrease of DNA sequencing costs, sequence-based typing methods are rapidly becoming the gold standard for epidemiological surveillance. These methods provide reproducible and comparable results needed for a global scale bacterial population analysis, while retaining their usefulness for local epidemiological surveys. Online databases that collect the generated allelic profiles and associated epidemiological data are available but this wealth of data remains underused and are frequently poorly annotated since no user-friendly tool exists to analyze and explore it. Results: PHYLOViZ is platform independent Java software that allows the integrated analysis of sequence-based typing methods, including SNP data generated from whole genome sequence approaches, and associated epidemiological data. goeBURST and its Minimum Spanning Tree expansion are used for visualizing the possible evolutionary relationships between isolates. The results can be displayed as an annotated graph overlaying the query results of any other epidemiological data available. Conclusions: PHYLOViZ is a user-friendly software that allows the combined analysis of multiple data sources for microbial epidemiological and population studies. It is freely available at http://www.phyloviz.net.

Caracterização bidimensional de um canal rádio Wimax

Com o crescimento previsível e exponencial das redes de comunicações móveis motivado pela mobilidade, flexibilidade e também comodidade do utilizador levam a que este se torne na fatia mais importante do mundo das telecomunicações dos dias que correm. Assim é importante estudar e caracterizar canais rádio para as mais diversas gamas de frequências utilizadas nas mais variadas tecnologias. O objectivo principal desta dissertação de Mestrado é caracterizar um canal rádio para a tecnologia sem fios Worldwide Inter-operability for Microwave Access (Wimax para as frequências de 3,5 GHz e 5 GHz) actualmente vista pela comunidade científica como a tecnologia sem fios com maiores perspectivas de sucesso. Para tal, determinaram-se o Perfil de Atraso de Potência (PAP) e também a Potência em Função da Distância (PFD) recorrendo ao método computacional de simulação Finite-Difference Time-Domain (FDTD). De forma a estudar e caracterizar o canal rádio, em termos de desvanecimento relativo ao espalhamento de atraso, usaram-se dois métodos alternativos que têm como entrada o PAP. Para caracterizar o canal quanto ao desvanecimento baseado em espalhamento de Doppler, recorreu-se também a duas técnicas alternativas tendo como entrada o PFD. Em ambas as situações os dois métodos alternativos convergiram para os mesmos resultados. A caracterização é feita em dois cenários diferentes: um em que consideramos que a maioria dos obstáculos são condutores eléctricos perfeitos (CEP) e que passaremos a designar Cenário PEC, e um segundo cenário em que os obstáculos têm propriedades electromagnéticas diferentes, e que passará a ser designado por Cenário MIX. Em ambos os cenários de análise concluiu-se que o canal é plano, lento e sem ISI.

Perfil ecocardiográfico do doente com estenose aórtica degenerativa

Mestrado em Tecnologia de Diagnóstico e Intervenção Cardiovascular - Área de especialização: Ultrassonografia Cardiovascular.

Dynamical analysis in growth models: Blumberg’s equation

We present a new dynamical approach to the Blumberg's equation, a family of unimodal maps. These maps are proportional to Beta(p, q) probability densities functions. Using the symmetry of the Beta(p, q) distribution and symbolic dynamics techniques, a new concept of mirror symmetry is defined for this family of maps. The kneading theory is used to analyze the effect of such symmetry in the presented models. The main result proves that two mirror symmetric unimodal maps have the same topological entropy. Different population dynamics regimes are identified, when the intrinsic growth rate is modified: extinctions, stabilities, bifurcations, chaos and Allee effect. To illustrate our results, we present a numerical analysis, where are demonstrated: monotonicity of the topological entropy with the variation of the intrinsic growth rate, existence of isentropic sets in the parameters space and mirror symmetry.

Indicadores prognósticos na hipertensão pulmonar

Mestrado em Tecnologia de Diagnóstico e Intervenção Cardiovascular - Ramo de especialização: Intervenção Cardiovascular

As competências dos técnicos de radiologia: um contributo para a sua identificação e definição

Mestrado em Intervenção Sócio-Organizacional em Saúde - Ramo de especialização: Políticas de Administração e Gestão de Serviços de Saúde

ECG Analysis Using Consensus Clustering

Biosignals analysis has become widespread, upstaging their typical use in clinical settings. Electrocardiography (ECG) plays a central role in patient monitoring as a diagnosis tool in today's medicine and as an emerging biometric trait. In this paper we adopt a consensus clustering approach for the unsupervised analysis of an ECG-based biometric records. This type of analysis highlights natural groups within the population under investigation, which can be correlated with ground truth information in order to gain more insights about the data. Preliminary results are promising, for meaningful clusters are extracted from the population under analysis. © 2014 EURASIP.