Arrow Plot: a new graphical tool for selecting up and down regulated genes and genes differentially expressed on samples subgroups

Background: A common task in analyzing microarray data is to determine which genes are differentially expressed across two (or more) kind of tissue samples or samples submitted under experimental conditions. Several statistical methods have been proposed to accomplish this goal, generally based on measures of distance between classes. It is well known that biological samples are heterogeneous because of factors such as molecular subtypes or genetic background that are often unknown to the experimenter. For instance, in experiments which involve molecular classification of tumors it is important to identify significant subtypes of cancer. Bimodal or multimodal distributions often reflect the presence of subsamples mixtures. Consequently, there can be genes differentially expressed on sample subgroups which are missed if usual statistical approaches are used. In this paper we propose a new graphical tool which not only identifies genes with up and down regulations, but also genes with differential expression in different subclasses, that are usually missed if current statistical methods are used. This tool is based on two measures of distance between samples, namely the overlapping coefficient (OVL) between two densities and the area under the receiver operating characteristic (ROC) curve. The methodology proposed here was implemented in the open-source R software. Results: This method was applied to a publicly available dataset, as well as to a simulated dataset. We compared our results with the ones obtained using some of the standard methods for detecting differentially expressed genes, namely Welch t-statistic, fold change (FC), rank products (RP), average difference (AD), weighted average difference (WAD), moderated t-statistic (modT), intensity-based moderated t-statistic (ibmT), significance analysis of microarrays (samT) and area under the ROC curve (AUC). On both datasets all differentially expressed genes with bimodal or multimodal distributions were not selected by all standard selection procedures. We also compared our results with (i) area between ROC curve and rising area (ABCR) and (ii) the test for not proper ROC curves (TNRC). We found our methodology more comprehensive, because it detects both bimodal and multimodal distributions and different variances can be considered on both samples. Another advantage of our method is that we can analyze graphically the behavior of different kinds of differentially expressed genes. Conclusion: Our results indicate that the arrow plot represents a new flexible and useful tool for the analysis of gene expression profiles from microarrays.

Qualidade do processamento sensorial e vinculação infantil

Estudou-se a relação entre a segurança da vinculação e a qualidade do processamento sensorial na primeira infância. Para o efeito, seleccionou-se uma amostra normativa de 40 díades mãe-bebé, com crianças entre os 11 e os 18 meses. Avaliou-se a qualidade da vinculação, observando a díade no procedimento Situação Estranha. Classificaram-se 17 (42,5%) das crianças no grupo de vinculação segura, sendo que as restantes 23 (57,5%) revelaram uma vinculação não segura. A qualidade do processamento sensorial avaliou-se através do Teste de Funções Sensoriais. Constatou-se que a segurança da vinculação infantil associava-se a um score agregando quatro factores ambientais (nível sócio-económico dos pais; existência de internamentos hospitalares; coeficiente de número de irmãos; local onde a criança passa o dia). O Teste de Funções Sensoriais não apresentou valor prognóstico relativamente ao tipo de vinculação. Porém, a boa qualidade no processamento da informação sensorial parece constituir um factor de resiliência no desenvolvimento da vinculação.

O impacto da avaliação do desempenho docente na função docente e no desenvolvimento organizacional da escola

Dissertação apresentada à Escola Superior de Educação de Lisboa para obtenção de grau de mestre em Ciências da Educação - Especialidade Supervisão em Educação

Processamento sensorial e interacção diádica como promotores de resiliência nas crianças de famílias com baixos rendimentos

A pesquisa sobre resiliência sugere que a criança que se desenvolve em contexto adverso, poderá usufruir de atributos relevantes, pessoais e do ambiente. Neste sentido pretendeu-se estudar, até que ponto, as competências de modulação sensorial da criança e a qualidade das interacções mãe-filho, influenciavam as trajectórias de risco e podiam promover as oportunidades de resiliência da criança. Participaram no estudo 136 crianças, 67 do sexo feminino e 69 do sexo masculino, com idades entre os 7 e os 36 meses. Analisámos a sensibilidade materna em situação de jogo livre recorrendo à escala CARE-Index e o processamento sensorial através do de entrevista baseado no protocolo de Dunn (1997) assente nos quatro padrões de processamento sensorial: baixo registo; sensibilidade sensorial; procura sensorial; evitamento sensorial, construto anteriormente validado. Constituímos, com base nas premissas do modelo de avaliação autêntica, um índex de capacidades, que nos serviu como referencial para a avaliação do risco e da resiliência. Os resultados indicaram que a resiliência infantil em ambiente de pobrezaestava associada a indicadores de elevada sensibilidade materna e a índices adequados de processamento sensorial. A discussão dos resultados enquadrou-se nos modelos actuais e emergentes das influências neurobiológicas e ambientais nos processos de risco e de resiliência.